外部らのアクセスを制限したい

ほとんどfirewallな話なのですが、cryoSPARCはwebサービスなのでここに記載します

webサービスのポートは既定で39000を使用してます。
あと内部で 39001-39005まで使っているようなので下記を実行します。 不要かもしれないけど..

firewall-cmd  --add-port=39000/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd  --add-port=39001/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd  --add-port=39002/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd  --add-port=39003/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd  --add-port=39004/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd  --add-port=39005/tcp --zone=public --permanent
 
(あと接続元を制限したいなら下記も追加. 注:他のサービス[ssh]らも同時に制限されます)
firewall-cmd  --add-source=192.168.0.0/24 --zone=public  --permanent
 
(最後に)
firewall-cmd --reload

計算機を再起動したら

計算機を再起動すると cryosparc も停止します。自動起動はないみたい。
っでそれを起動させるには

  • cryosparcユーザになる
    一旦rootになって「su - cryosparc」になっても可。直接「su - cryosparc」でも可
  • cryosparcm start」を実行する

これで行けます。もし立ち上がらないのなら

  • cryosparcm restart

あるいは、「/tmp/cryosparc-supervisor-******.sock」があって起動しないとのメッセージがあるのなら

  • /bin/rm -f /tmp/cryosparc-supervisor-******.sock

としてそのファイルを削除してから「cryosparcm start」としてください。

あとは珠にcryosparcのサービスが勝手に停止している場合があります。
その場合、プロセスの残骸が生きていてうまくサービスの再開ができない場合がありますので、

  • cryosparcm stop

の後に
root権限になって「ps -ef |grep cryosparc」でまだ生き残っているプロセスをkillします。
簡単な方法としては、計算機の再起動を行ってください。
そうした上で「cryosparcm start」としてください。

ユーザの追加とか

cryosparcユーザになってから。

  • 現在の登録済みユーザ一覧
    「cryosparcm listusers」
  • ユーザ作成
    「cryosparcm createuser --email saber_at_chaperone.jp --password artoria --name SABER」
  • パスワード変更
    「cryosparcm resetpassword --email saber_at_chaperone.jp --password starving」
  • ユーザ情報の変更
    「cryosparcm updateuser --email saber_at_chaperone.jp --password starving --name alternative --admin true」
    emailとパスワードをキーとして、「name」と「admin(管理者)」かどうかを定義できます

再起動時に自動的にサービスをupするには

以前のバージョンには「cryosparc autostart」でcronを駆使した再起動時自動upが施されるのだが、
今のバージョンではその機能が消えてしまったみたい。

High resolution image of 2D classification

https://discuss.cryosparc.com/t/high-resolution-image-of-2d-classification/3395

実行するにはまずpythonをcryoSPARCのpythonに切り替える必要がある。
それと「CRYOSPARC_ROOT_DIR」の定義も必要みたい。

これらは単純に

export PATH=/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/bin:$PATH
export CRYOSPARC_ROOT_DIR=/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master

でいいみたい。

次にpythonを立ち上げる

[saber@c ~]$ which python
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/bin/python
 
[saber@c ~]$ python
Python 2.7.15 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 10 2018, 21:32:13)
[GCC 7.3.0] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
>>> import os
>>> os.chdir(os.environ['CRYOSPARC_ROOT_DIR'])
>>> from cryosparc2_compute import plotutil
>>> from cryosparc2_compute.blobio import mrc
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>> 
>>> mrc_path_abs = '/home/saber/relion30_tutorial_precalculated_results/Class2D/job015/run_it025_classes.mrcs'
>>> plt=plotutil.plot_2D_classes(template_mrc, rows=3, cols=3)
>>> plt.show()

これで下記のような画面が表示される。
2020y02m19d_232235788.png


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Last-modified: 2020-09-11 (金) 00:19:22 (79d)