$HOMEにcryoなるフォルダを用意して

setfacl  -m user:cryosparc:rx  $HOME
setfacl  -m user:cryosparc:rx  $HOME/cryo
setfacl -dm user:cryosparc:rxw $HOME/cryo
setfacl -dm user:$USER:rxw     $HOME/cryo

とcryoSPARCサービスの稼働ユーザcryosparcに書き込み権限を与える. そして解析を進めていけばどんどん $HOME のサイズは当然大きくなる.

LVMやzfs、btrfs、cephらを駆使しつつ $HOME を単一ボリュームとして大きくできるが、
別のボリュームにも移したい事がある.
例えば
 /home/$USER
から
 /home2/$USER
にとか.

ここではそのようなデータ移動について記載します

同一インスタンス内での移動

参照先 https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-management/software-system-guides/guide-data-management-in-cryosparc-v4.0+#use-case-moving-a-project-directory-from-one-storage-location-to-another

cryoSPARCでは「project directory」と称して1つのディレクトリ内に解析結果を置いている.
その1つの「project directory」の中に複数の「Workspace」が置かれる

cryoSPARC 3とかなら「P1」「P2」とかでしょうか. 最近では「CS-<プロジェクト名>」になってきてます.

同一インスタンス内での移動は

これで別の場所にプロジェクト ディレクトリが移動できます.
注意点としては、移動先のフォルダがcryoSPARCサービスで参照可能で書き込み権限があるかでしょうか.

画面を用いて説明すれば、異動対象のプロジェクトを選択して、右側にある「...」をクリックしてメニューを表示させます. そこで「Archive Project」を選びます
2023y08m28d_031408373.png

その後、OKを選択して
2023y08m28d_031710119.png

最終確認画面に移ります. そこでこのプロジェクトのIDを入力して「Archive」を押下します. これでフォルダがアーカイブモードになりました.
2023y08m28d_031725731.png

cryoSPARC画面はそのままプロジェクトは残ってますが、「Archived」になってます.
2023y08m28d_032245626.png

次に、実際のファイルシステム側での作業となります.
今回は $HOME/cryo から $HOME/cryo2 へ移動を想定します. なので

mkdir $HOME/cryo2
setfacl  -m user:cryosparc:rx  $HOME/cryo2
setfacl -dm user:cryosparc:rxw $HOME/cryo2
 
mv $HOME/cryo/CS-rc-sample-run $HOME/cryo2/

で移動させます.

っで最後にまたcryoSPARC画面にてファイルシステムでデータを移動させても残っているプロジェクトの右側の「...」をクリックして「Unarchive Project」を選びます.
2023y08m28d_032431492.png

OKかの選択を経て
2023y08m28d_032633676.png

移動させたデータの場所を指定します。ここではフォルダ名を指定するだけです。そしてUnarchiveを押下します
2023y08m28d_032809321.png

これで移動は完了です

これは同一のインスタンス. 同じcryoSPARCデータベース内での実ファイルの移動を行う際のお話. 次は、別のインスタンス、他のcryoSPARCサービスへの移動のお話になります

別のインスタンスへの移動

参照先 https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-management/software-system-guides/guide-data-management-in-cryosparc-v4.0+#use-case-transfer-a-project-from-one-cryosparc-instance-to-another

別のインスタンスへの移動は

で行えます。この際数字番号な「P1」「P2」とかの数字は異なるみたい.

メモ

今あるプロジェクトのリスト

cryosparcm cli "list_projects()" | sed "s/'/\"/g" | sed "s/False/false/g" |sed "s/True/true/g" | jq -r |less
 
cryosparcm cli "list_projects()" | sed "s/'/\"/g" | sed "s/False/false/g" |sed "s/True/true/g" | jq -r '.[] | [.uid, .project_dir, .title]|@csv'

で閲覧可能. 結果はこんな感じかな

"P1","/home/cryosparc/P1","sample"
"P2","/home/cryosparc/P2","ABC"

っでこれをdetachの場合は「cryosparcm cli "detach_project('P1')"」とします。これで「/home/cryosparc/P1」は他のインスタンス、他のマシンのインスタンスに移せます

移した後でのatacheは「attach_project(owner_user_id: str, abs_path_export_project_dir: str)」とある. owner_user_id値は「cryosparcm listusers」で表示されるIDです。英数字の24文字かな.
なので

cryosparcm  cli "attach_project('64c2f47e09e87fxxxxxxxxxx', '/cryo/P1')

とかでしょうか.
以上は detach-attachの場合。



前段の archive-unarchive は同一マシン内のでフォルダ移動です。「archive_project(project_uid: str)」と「unarchive_project(project_uid: str, abs_path_to_project_dir: str)」なので

cryosparcm  cli "archive_project('P1')"
 
<フォルダのcopy>
 
cryosparcm  cli "unarchive_project('64c2f47e09e87fyyyyyyyyyy','/data/P1')"

でしょうか.

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Last-modified: 2023-10-12 (木) 00:48:58