cryoSPARC/run

ジョブの実行は運用形態によってまちまち

• スタンドアローン形式
  当然ながら「Master」と「Worker」が同じ計算機なのでログインしている計算機のリソースで計算が行われる
  GPUが複数搭載されていると「Run on specific GPU」も選択肢として現れる。
  「Run on specific GPU」を押下すると下記のようになり、GPUが選択できる
  

• Master-Worker形式
  「Queue to Line」にて複数の計算機が候補として表示されるのだが、どれが優先されるのか不明.
  「Run on specific GPU」なら個別ノードを指定できる. ノードを跨った指定はできないみたい(MotionCorrのみ？)
  またこの際、「Compute setting」の「Number of GPUs to parallelize:」の数にあったノードが示される
  
  

• Clusters形式
  「Master-Worker形式」でworkerノードを定義したまでジョブコントロールcryoSPARC/qsubを使う設定を行うと下記のような混在となる.
  「Run on specific GPU」は「Master-Worker形式」の表記が適用されているみたい.
  

Instance Information†

「Master-Worker形式」で追加されたworkerノードの詳細は掲示されるが、
「Clusters形式」で追加されたLaneは Core数、Memory数、GPUs数は感知されないみたい. でもジョブは流せる

御品書き
■samba スキーマ拡張
ユーザ登録(1,2)
NFS DFS VSS GPO SSO
win参加 RSAT lin参加
透過的ファイル圧縮

ホームディレクトリ
共有フォルダ(1)
Server-Side Copy
時刻同期

■FreeIIPA
構築 ユーザ登録
nfs client
パスワードポリシー
samba

■ＬＤＡＰ
構築 参照 登録 接続
qnap smb 複数smb
smbldap-passwd
バックアップ UpGrade
ldapAccountManager
memberOf ApacheDirectoryStudio
autofs

■windowsServer
ユーザ登録 Lin参加
nfsサーバ

■windows11
WSL CUDA
WSL-RockyLinux

■nis nfs
nis with kerberos

■ＡＰＰＬＥ
Homebrew conda
TimeMachine
仮想化

■電顕
Relion Frealign
EMAN2 ctffind
MotionCor2 Gctf
Gautomatch
Xmipp Scipion
cisTEM cryoSPARC
ChimeraX IMOD
ResMap em2em
Focus
Appion Leginon
OpenSerialEM
画像変換
Gwatch silo Eos
CueMol crYOLO
Warp Fiji
CCP-EM(Doppio)
TranSPHIRE
Cinderella
JANNI
Bsoft gP2S
PyTom Dynamo
emClarity
SIDESPLITTER
topaz
ISAC
PyEM
cryoDRGN 3DFSC
EPU_group_AFIS
DeepEMhancer
MiRPv2 servalcat
Deepfinder
reliosparc
SPRING
ModelAngelo

■ジョブ管理
OpenPBS slurm
TORQUE SGE
parallel

■Ｘ線結晶構造解析
立体視
ccp4 coot PyMOL
cns Phenix XDS
KAMO
Amber MicroED

■構造式検索
RDKit(Cartridge,DB)
OpenBabel(Cartridge,DB構築,登録)
Depict CDK

■web
dhtmlx wdCalendar CMS SharePoint httpd nginx certbot japan-map pukiwiki

■データベース
●FileMaker
●MSSQL(鯖,蔵)
●ORACLE

■仮想化
Incus
docker VMware
Singularity
QEMU libvirt vm作成
vmHDD拡張 oVirt
bridge-net

■ストレージ
MegaRAID
AdaptecRAID
LVM soft-RAID(1)
HighAvailability
HBA

■ファイルシステム
NFS
Ceph
btrfs,OpenZFS,GFS2
OCFS2,Lustre,
BeeGFS,GlusterFS(2)
xfs CacheFS
LizardFS DRBD
OrangeFS
Gfarm
ACL

■言語
oneAPI
bash
CUDA NVIDIA
Ｒ
python
Jupyter
Java
php PhpSpreadsheet
gcc devtoolset
OpenMPI

■アプリ管理
EnvironmentModules

■リモートアクセス
vnc
VirtualGL
NoMachine
noVNC
xrdp Remmina
Guacamole
WireGuard
OpenVPN
TeamViewer AnyDesk
ssh

■X11
Xming VcXsrv
仮想フレームバッファ

■ファイル転送
lsyncd Aspera
inotify-tools
encryption
progress
rsync

■Bio
Alphafold
localcolabfold
RoseTTAFold
RaptorX-3DModeling
MODELLER
namd gromacs
I-TASSER

■コード管理
Jetty GitBucket

■システム管理
ipmi cacti Zabbix
Nagios Hinemos
IPMIView snmp
Webmin

visudo
ntp
dhcp dnsmasq
Radius

■firewall
iptables router

■(XML系)
xmllint

■(他)
cygwin Browse
全文検索 Top 矩形貼付
UnixBench wget
pandoc
Remmina
Rocket.Chat
pigz

■OS
RockyLinux10
RockyLinux9
CentOS8
CentOS(メモ,2,3,4)
CentOS6 yum
ubuntu(zfs)
FreeBSD
kickstart Ansible
proxy リポジトリ
FreeNAS,NAS4Free

■未分類
リンクサーバ
MySQL削除
CalenderServer
ooffice自動 pt2
認証 bind
アプリケーション配置
地域メッシュコード

DiCE

瑣末なこと
isoファイル
不良セクタの直し方
消えたNIC mail

■バックアップ
rsnapshot,VTL,LTFS
Bacula

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