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cryoSPARCの「Deep Picker」から topaz を使用しての粒子ピッキングができます
っでそれを実行するには topaz がインストールされている事が必要なのですが、
現状は topaz version 0.2.5 の利用を想定しているみたい. それ以外はダメ見たい.
こちらに作り方らが掲載されています
https://guide.cryosparc.com/processing-data/all-job-types-in-cryosparc/deep-picking/topaz
って感じでしょうか.
まずはconda環境を整備します. ここではいつものように pyenv の上に conda(anacondaやminiforge)を敷いてconda環境を用意してます
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
(既に環境があれば)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.shっとconda環境に乗った上で topaz を作ります
[root@cs ~]# conda create -n topaz-0.2.5 python=3.6
[root@cs ~]# conda activate topaz-0.2.5
(topaz-0.2.5) [root@cs ~]# conda install topaz=0.2.5 mkl=2024.0.0 -c tbepler -c pytorch -c conda-forge
(topaz-0.2.5) [root@cs ~]# conda list
:
cudatoolkit 11.3.1 hb98b00a_13 conda-forge
:
mkl 2024.0.0 ha957f24_49657 conda-forge
mkl-devel 2024.0.0 ha770c72_49657 conda-forge
mkl-include 2024.0.0 ha957f24_49657 conda-forge
:
python 3.6.15 hb7a2778_0_cpython conda-forge
:
pytorch 1.10.2 py3.6_cuda11.3_cudnn8.2.0_0 pytorch
:
topaz 0.2.5 py_0 tbepler
:
(topaz-0.2.5) [root@cs ~]# conda deactivate
[root@cs ~]#cryoSPARCの「Path to Topaz executable」欄に
/apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/topaz-0.2.5/bin/topazと入力します.
っが長いでwrapper scriptを用意するのもいいです
「/apps/topaz-0.2.5.sh」を下記のように作ります
[root@cs ~]# vi /apps/topaz-0.2.5.sh
#!/usr/bin/env bash
if command -v conda > /dev/null 2>&1; then
conda deactivate > /dev/null 2>&1 || true # ignore any errors
conda deactivate > /dev/null 2>&1 || true # ignore any errors
fi
unset _CE_CONDA
unset CONDA_DEFAULT_ENV
unset CONDA_EXE
unset CONDA_PREFIX
unset CONDA_PROMPT_MODIFIER
unset CONDA_PYTHON_EXE
unset CONDA_SHLVL
unset PYTHONPATH
unset LD_PRELOAD
unset LD_LIBRARY_PATH
source $HOME/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
conda activate topaz
exec topaz $@
[root@cs ~]# chmod +x /apps/topaz-0.2.5.shっとして「/apps/topaz-0.2.5.sh」を「Path to Topaz executable」に充てる.
注意点としては standalone ならこれでいいけど、master-worker/cluster 運用で他の計算ノードにジョブを流すなら /apps が共有されている事。っで各ノードが同じOSである事でしょうか.
