cryoSPARC/update

不定期に cryoSPARC のupdate/patch がリリースされます.
その適用法について.

メンテナンスモードにしてデータベースのバックアップを作成する†

大事.
cryoSPARCを動かしているユーザになって

[root@cryosparc ~]# su - cryosparc
[cryosparc@cryosparc ~]$
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm maintenancemode on     <-- 実行中のジョブはそのまま実行されますが、新規ジョブの受付が却下されます
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm cli "set_instance_banner(True, '*** Notice ***', 'We are updating cryoSPARC.')"  <--(オプション)webにバナーを出せます
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm jobstatus              <-- 実行中のジョブが完了したかを確認して
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm backup

バックアップ先は cryosparc_master/config で定義されている「CRYOSPARC_DB_PATH」のフォルダの下に「backup」フォルダを作ってそこに置かれます
ファイルフォーマットは下記の仕様です
「cryosparc_backup_YYYY_MM_DD_HHhSS.archive」例「cryosparc_backup_2025_10_25_02h31.archive」

データベースサイズが 2TB, 3TB とかになると１日かなぁ..

↑

update to v5.x†

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm update
 
or 
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm update --download-only
からの
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm update --skip-download

終わったら

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm maintenancemode off
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm cli "api.config.set_instance_banner()"

v5からコマンド系が各種変更されました

↑

update†

現在使用しているバージョンと最新リリースのバージョンは「cryosparcm update --check」で調べられます

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm update

これでその時点での最新版がインストールされます.

たまにversion指定が求めれることがあって、その場合は

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm update --version=v4.7.1

と「--version」で指定します. ちなみにこれで以前のバージョンにも戻せます.
適用可能なversionは「cryosparcm update --list」で見れますが、v4.4.0以降のcryoSPARCはv3.4.0までなら戻せる. 使っているMongoDBのversionのため.

運用形態が「スタンドアローン形式」もしくは「Master-Worker形式」なら「Master」に続き「Worker」も同時にupdateされますが、
「Clusters形式」だと「Master」しかupdateされません。
その場合は「cryosparc_master」フォルダのダウンロードされた workerのパッケージを「cryosparc_worker」にコピーして「cyrosparcw update」を実行します

cp cryosparc_master/cryosparc_worker.tar.gz   cryosparc_worker/
cd cryosparc_worker/
./bin/cryosparcw update

「cryosparcm update --download-only」でupdateファイルのみ取得できます
「cryosparcm update --skip-download」でcryosparc_masterに置いてある「cryosparc_master.tar.gz」「cryosparc_worker.tar.gz」を使ってupdateします

↑

patch†

たまにpatchが提供されることがある. v4.7.1で出された 250814 とかである。

当て方は下記のようにします.

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm patch

こちらも「スタンドアローン形式」もしくは「Master-Worker形式」なら「Master」「Worker」共にpatchが適用されるが、
「Clusters形式」だと「Master」のみ適用される.

この場合ですが、「cryosparcm patch --download」でパッチファイルのみをダウンロードします. 既に「Master」にpatchが適用されてたら「cryosparcm patch --download --force」を使う
っで取得した「Master」のパッチファイルを cryosparc_worker に運んで適用させます

cryosparcm patch --download --force
 
cryosparcm patch --install
 
cp cryosparc_master/cryosparc_worker_patch.tar.gz   cryosparc_worker/
cd cryosparc_worker
./bin/cryosparcw patch

↑

メンテナンスモードを解除†

[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm maintenancemode off
 
[cryosparc@cryosparc ~]$ cryosparcm cli "set_instance_banner(False)"     <-- (オプション)webにバナーを閉じます

っで一連の作業は完了

御品書き
■samba スキーマ拡張
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win参加 RSAT lin参加
 透過的ファイル圧縮