本家様 https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt
サイト変更があったみたい
CentOS8で使ってみる
提供されているバイナリーバージョンの「ctffind-4.1.13-linux64.tar.gz」を展開して実行してみると
Segmentation fault (core dumped)
で動かいないみたい。
っで、ソースコードを入手して、コンパイルしてみる。
*CentOS7では動きました
ソース展開、コンパイル †
本家様からソースコードをダウンロードして展開、コンパイル
[root@c src]# gzip -cd ctffind-4.1.13.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
:
:
checking wxWidgets version... ./configure: line 15586: wx-config: command not found
not found
configure: error: "wxWidgets version > 3.0.0 required."
[root@c ctffind-4.1.13]#
と言われる。
っで追加のパッケージを入れます。調べたところepelのwxBase3-develに「wx-config」があって、同時にwxGTK3-develも入れる
[root@c ~]# yum --enablerepo=epel install wxBase3-devel wxGTK3-devel
(ほかにも)
[root@c ~]# yum install libjpeg-turbo-devel
っで、ここでconfigureは通るのだが、makeすると
[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# make
:
:
In file included from src/programs/ctffind/ctffind.cpp:1:
src/programs/ctffind/../../core/core_headers.h:98:10: fatal error: pdb.h: No such file or directory
#include "pdb.h"
^~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [Makefile:621: src/programs/ctffind/ctffind-ctffind.o] Error 1
で止まる。
っで調べたら、pdb.hなるものはctffindのソースには入ってなく、「core_headers.h」の中で修正が必要のようでした。
参照先https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files
修正内容はこんな感じ
| --- src/core/core_headers.h.orig 2019-01-02 12:07:53.000000000 -0500
+++ src/core/core_headers.h 2019-12-05 07:39:39.626724560 -0500
@@ -95,8 +95,6 @@
#include "myapp.h"
#include "rle3d.h"
#include "local_resolution_estimator.h"
-#include "pdb.h"
-#include "water.h"
#ifdef MKL
|
っで、コンパイルをすすめます。
ここでまで来ればコンパイルできる。
[root@c ctffind-4.1.13]# make
[root@c ctffind-4.1.13]# make install
使う †
大抵は relion からコールされて使うのが常なのであんまりそのままでは使わない。
けど、こんな感じでインターラクティヴに使うものです。
(ヒアドキュメントみたいな実行方法もあるけど)
[root@c ~]# /apps/ctffind-4.1.13/bin/ctffind
** Welcome to Ctffind **
Version : 4.1.13
Compiled : Dec 5 2019
Mode : Interactive
Input image file name [input.mrc] :