ctffind

本家様 https://grigoriefflab.umassmed.edu/ctf_estimation_ctffind_ctftilt
サイト変更があったみたい

CentOS8で使ってみる

提供されているバイナリーバージョンの「ctffind-4.1.13-linux64.tar.gz」を展開して実行してみると

Segmentation fault (core dumped)

で動かいないみたい。
っで、ソースコードを入手して、コンパイルしてみる。
*CentOS7では動きました

ソース展開、コンパイル †

本家様からソースコードをダウンロードして展開、コンパイル

[root@c src]# gzip -cd ctffind-4.1.13.tar.gz | tar xf -
[root@c src]# cd ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
 :
 :
checking wxWidgets version... ./configure: line 15586: wx-config: command not found
not found
configure: error: "wxWidgets version > 3.0.0 required."
[root@c ctffind-4.1.13]#

と言われる。
っで追加のパッケージを入れます。調べたところepelのwxBase3-develに「wx-config」があって、同時にwxGTK3-develも入れる

[root@c ~]# yum --enablerepo=epel install wxBase3-devel wxGTK3-devel
 
(ほかにも)
[root@c ~]# yum install libjpeg-turbo-devel

っで、ここでconfigureは通るのだが、makeすると

[root@c ctffind-4.1.13]# ./configure --prefix=/apps/ctffind-4.1.13
[root@c ctffind-4.1.13]# make
 :
 :
In file included from src/programs/ctffind/ctffind.cpp:1:
src/programs/ctffind/../../core/core_headers.h:98:10: fatal error: pdb.h: No such file or directory
 #include "pdb.h"
          ^~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [Makefile:621: src/programs/ctffind/ctffind-ctffind.o] Error 1

で止まる。
っで調べたら、pdb.hなるものはctffindのソースには入ってなく、「core_headers.h」の中で修正が必要のようでした。
参照先https://grigoriefflab.umassmed.edu/forum/software/ctffind_ctftilt/error_compiling_version_4113_linux_missing_pdbh_waterh_files
修正内容はこんな感じ

--- src/core/core_headers.h.orig        2019-01-02 12:07:53.000000000 -0500
+++ src/core/core_headers.h     2019-12-05 07:39:39.626724560 -0500
@@ -95,8 +95,6 @@
 #include "myapp.h"
 #include "rle3d.h"
 #include "local_resolution_estimator.h"
-#include "pdb.h"
-#include "water.h"
 
 
 #ifdef MKL

っで、コンパイルをすすめます。

ここでまで来ればコンパイルできる。

[root@c ctffind-4.1.13]# make
 
[root@c ctffind-4.1.13]# make install

↑

使う †

大抵は relion からコールされて使うのが常なのであんまりそのままでは使わない。
けど、こんな感じでインターラクティヴに使うものです。
(ヒアドキュメントみたいな実行方法もあるけど)

[root@c ~]# /apps/ctffind-4.1.13/bin/ctffind
 
 
        **   Welcome to Ctffind   **
 
            Version : 4.1.13
           Compiled : Dec  5 2019
               Mode : Interactive
 
Input image file name [input.mrc]                  :

ソース展開、コンパイル †

使う †

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