• 161217
    NFSが遅い
    relionを複数実行すると妙にもたつく。NFSをチューンすれば回避可能なのか、あるいは別の
    共有ファイルシステムを用意すべきなのだろうか。
  • 161216
    勤め先でPCパーツのみを購入してPCを作ることになった。組み上げたらメモリー問題でエラーが発生...
    調べたら最新のCPUにbiosが対応していないのが原因。っが、一世代前のCPUなんて持ってなく
    販売店へ返送してbios更新をさせて頂いた。本日bios更新版で動かしたら難なく稼動。
  • 161206
    体調不良。ふと思う。自宅に居ながら仕事ができた場合、体調が芳しくなくとも少々のことならしてしまいそう。
    この「少々」の程度に問題はありそうな気がするが。
    在宅勤務が可能な職場に行きたいものである
  • 161204
    relion_refineをローカルで実行すると「-j 8」ならtopコマンドで600%近い値が出てload averageは1.0以下
    これをqsub経由で流すと実行マシン上のtopコマンドで100%付近に留まるのだが、load averageは6ほど。
    qstat -nで見ると1coreしか使ってないと表示される。
    はて、qsubで流した「refine」ジョブはいったい何個のcoreで計算しているの?
  • 161202
    AD専用マシンとファイルサーバ兼ADサーバの2台でADを運用していたのをAD専用マシンの1台体制にしようとした。
    ファイルサーバ兼ADサーバを降格したら、このマシン自体がADドメインから抜けてしまった。。。
    急遽winbind経由で再度ドメインに再参加させた。一応これで復旧したが認識できないアカウントが発覚。
    sidの付け替えは覚悟でそのアカウントを再作成(User Profile Wizardに頼った)
    このファイルサーバはTorqueのサーバでもあるのだが、winbindと連携が取れずキューが流せない状態へ。
    なのでnssはwinbindだが、Torque向けにsssdを設置して回避した。sssdで一本化も可能だが、これで暫く見守る
  • 161126
    relion-2.0.2がリリース。早速コンパイルしてみた。不具合は解消されたようだが、一部はまだだった。。
    勤め先のマシンを使ってBenchmarksを行ってみている。gcc/icc、openmpi-1.x/2.x、ib/tcpらで比較できたらと
  • 161124
    ストレージリソースを複数のマシンで共有して計算する際「NFS/SAMBAによるファイルシステムでの共有」と
    「FC/iSCSIを使ったブロックデバイスレベルの共有」のどちらがいいのだろうか。
    手段は
  • 161120
    samba-4.5.1へupgrade完成samba/update
  • 161117
    NFSとiSCSIとかによるGFS。どっちがいいのだろうか。
    4port10GbpsHUBが出てきたので試したくなってきた。
  • 161114
    体調不良で一日休んでまぁまぁ回復。
    勤め先からqemuの仮想マシンが起動しないとの連絡があった。どうやらsaveになってそれから起動できないみたい。
    mangedsave-removeで消して再起動すればと思ったが、相手はCentOS5でそんなコマンドがない。なので
    domain.saveファイルを別の場所に移動して、起動させてみた。幸い成功。そろそろ最新に揚げねば。
  • 161106
    samba-4.4.4から4.5.1へupgradeを試したらエラーが続出。断念して4.4.7へupdateした。要調査事案
    relionのmacosx版を作ってみた。macosxで画像を見たり、計算パラメータを調整してqsubへ投げるくらいならいいのかと
    dhtmlxのサンプルアプリ。wsgiベースで作ろうとしたが挫折した。phpベースで作ろうと思う。
  • 161024
    商用品のPBSがオープンソースとなっていた。試すつもりでgit cloneを行った。どうせならと思い
    IPoIBを使ってのNFSを準備してみたib/NFS。だがベンチを取るのに手間取っている。。
    準備している最中にOverlayFSなるものを見つけた。これ複数NFSサーバ環境下なら試したい代物ですな。
    ただext4限定と言うのが、、せめてxfs対応は既定で欲しいな。xfs対応への抜け道はあるようだけど
  • 161016
    dhtmlxを使ってサンプルアプリを作っている。お遊び程度のものだけどRDKit/Cartridge/web
    構造式の画像をいっせいにダウンロードさせるならHTTP/2の採用が望ましいのだが、CentOS7のhttpdは未対応
    Nginxに乗り換えるればHTTP/2は使える。
  • 161013
    RDKitを使ってデータベースに収めたsmilesからブラウザに構造式を描かせてみたDepict#se9f9017
    画像ファイルを作らずに直接ブラウザに表示するタイプ。登録時のMolを使えばもっと見やすい画像になるかも
  • 161010
    relion-2.0.1のmpiテストを行っていた。relion_refine_mpiのrank0が非GPU対応なので
    qsub.shを改修してみたRelion/TORQUE
    MacMiniでUSBによるMacOSXクリーンインストールを行いたいのだが、よくわからん。。
  • 161002
    同一ネットワークで、samba ADをLDAPに見立ててのMacOSX接続には成功した。
    だが目的のNAT越しでNATルータをLDAPに見立ててログインする方法は、、一応できたのだがかなり怪しい。
    当然、SASLの無効化は必要だったが、NAT越しのNFSでvers=3にしないと無理だった。
    あと、ログインのたびごとにキーチェーンが見つからないと起こられた...微妙..samba/LDAP/MacOSX
  • 161001
    samba ADをLDAPに見立ててMacOSXへのログイン認証を任せてみた。ようやくできたsamba/LDAP/MacOSX
    キーワードはSASLの無効化だったのね
  • 160927
    mpirunで動くアプリがある。1ノードなら問題ないのだが複数ノードでは動かない事態が発生した。
    ログにはライブラリが読めませんでしたとの表示。rank0から派生するプロセスで正しい環境変数が
    読めないみたい。「mpirun -x」でも駄目。なのでstaticでバイナリを作り直した。っで成功。
  • 160925
    RDKit/Cartridgeの見直し完了。ついでに簡単なwebアプリを試作中。
    RDKitをpython経由で使うのでCGIで、、っていうよりWSGIで作るべきなのでしょうね。
  • 160921
    samba/LDAPのMacOSXの部分は、MacOSX10.7(Lion)なら行けた。っが、OS X El Capitan(10.11)だと駄目だった..
    解決策を探している最中
  • 160919
    RDKitを見直し中。cartridgeをyum配布のpostgreSQLで使おうと試したのだが、エラーが発生。
    仕方なくpostgreSQLもソースからコンパイルしてみることに。yumでコンパイルせずに構築できて、
    即座に本質の運用(もしくは運用のための準備[スクリプト作成ら])に持っていけるのはありがたいと思う。
    だが、そううまくは行かないのもあり、、まぁ難しい
  • 160915
    intel nucを使っているのだが、sambaでのファイル転送が遅い。crystaldiskmarkでseq.16MB/secほど..
    iperf3で計測したがネットワーク部分的には 938 Mbits/sec と申し分ない。っとなると問題はファイルシステムとsamba。
    転送中サーバの1つのcpuは100%に近かった。単にcpuが遅いのが問題?cpuが律速?
  • 160912
    samba-4.5がリリースされたので記事も修正予定
  • 160911
    ADのNAT越えを試している。windowsPCのNAT越えAD接続は無理っぽい。ローカルにアカウントを作って
    ログインスクリプトで統制を取るのが管理として最大限かな。まぁパスワードはローカル管理になるので
    一元管理は無理なのだが。
    LinuxPCとMacOSXについてはNATにポートフォワードを仕掛け、NATがLDAPサーバになるようにすれば
    行けるみたい。残りはNAT越しのNFSである。uid/gidの名前がAD(LDAP)から引ければいいのだが...
  • 160908
    sambaでADを構成して、誰がどのwindowsマシンにログインしているかを調べるのにsmbstatusだけで拾えるのか?
    多少のタイムラグはあるけど、一応取れそうな気がする。
    ぁ、samba-4.5.0がリリースされた模様。sambaのバージョンアップは定期的で六ヶ月ごとに行われる。
    っで、3世代前の4.2.xは本日を持ってEOL。yum updateで簡単に更新できれば嬉しいのだが、samba-dc関係は未だ
    提供されていない(CentOS)。
  • 160907
    dhtmlxのスケジューラを試している。他のdhtmlxライブラリとの連携が取れるのでいいかも。
  • 160905
    ibを再編集した。清書のためにマシンをクリーンにして確かめてみるけど。
    次はInfiniBandを使ったNAMD。CUDA+InfiniBandとInfiniBandだけで違いはさてと。あとrelionでの差も見てみたいかな
  • 160828
    ほぼ復旧達成
    大事な書類らをクラウドサービスへ転送すべきかと検討。その際、単にファイルを送るのではなくキーフレーズで暗号化した上で
    送りたいものである。共通鍵方式なら簡単に「zip -e」、暗号化アルゴリズムを特定して使うなら「openssl enc」。
    公開鍵暗号方式なら「gpg」かな。
  • 160824
    復旧率3割かな。dhcpd.confの紛失が痛い。こちらを台帳代わりにしたのが響いている。
    samba-adはあっけなく解消した。profile情報をローカルのマシンに置いていた為、User Profile Wizard
    使って新規発行のSIDでwindowsPCのprofileらを上書きさせた。
  • 160823
    webサーバのHDDが止まった。モーター自体が回ってないのでデータは全損みたい。
    幸いコンテンツは http://chaperone.sakura.ne.jp/w/ と同期させていたので戻せたが、
    その他のsamba-adの稼働環境が全て消え失せた。日ごろのバックアップは大事だなぁ〜って改めて思う...
  • 160814
    ubuntuのzfsを実機で試した。メモリさえあればsoftware-raidより結構いい選択肢かと。
    btrfsは試してないけど同じくらいのパフォーマンスなのかな。
    日々増えるデータをシングルボリュームで扱うには、zfs/btrfsで垂直方向、gluster/BeeGFSな水平方向の
    両面の塩梅と、付随する速度・冗長を考慮した設計が不可避と思える
  • 160813
    同じHDDにbonnie++, fio, ddを試した。sequential readっぽい計測はほぼ同じ感じ。だけどRAID-HDDだと
    まちまちな気がする。
  • 160731
    BeeGFSを試している。ってもVMware上だからあんまり意味がない。まぁー構築の手順習いって感じ。
    ストレージにext4、xfsのほかにzfsも使えるとある。Linux向けのバイナリを提供しているのにzfsが有効って?
    たしかzfsってLinuxではライセンス的に微妙と聞いているのだが、、はて。
    Ubuntu16.04のzfsで組めるって事かな。
  • 160719
    namdを試そうと思い、vmdを触っていたら、初期構造が必要でpymolを構築した。
    linux版は作れたのだがwindows版はハードルが高くて無理。お金に余裕があるのなら有償版は宜しいかと思う。
  • 160707
    intelのimpiで複数台gpuマシンのmpi計算にやっと成功。openmpi/gccはまだ...コンパイル時のmpi.hの指定違いが
    原因っぽい。「ompi_info -a」でcuda対応にしたのだが、険しい。
    https://service.clustervision.com/content/example-mpi-c-cuda-device-query-programが動かない..
  • 160703
    google様から「ページがモバイル フレンドリーではありません」と言われた。って言われてもなぁ....
    この夏、ssl証明書を付けるかも。samba/ldap関係で試したいので。まずはmail環境の整備からかな
  • 160702
    暑い。熱に弱い。
    複数台のcentosにgpuカードを載せてとある計算を検討中なのだが、openmpiが未対応であった...rpmbuildで再構築。
    intelさんのmpiは対応のようなのだが、うごかねぇ..
  • 160630
    bcacheを検討中。なんか素直にkernelをあげた方がいい感じ。CentOS7のkernelを調整するより、いっそあげた方が楽かな。
  • 160616
    pt2のドライバをCentOS7に組み込もうとしたら署名云々で蹴られた。
    UEFIを調整してセキュアブートを無効にしたら組み込みに成功した。UEFIではなくBIOSを使ったら遭遇しない現象かな?
  • 160606
    HDF5(Hierarchical Data Format)、HELM(Hierarchical Editing Language for Macromolecules)らを考慮した
    ストレージを考えねば...
  • 160601
    データが増えすぎて、その対応をずっと考えている。商用品で賄えればいいのだが、そうは...
    っで、その答えになりそうなのがこれかなgluster compliance archive
    まだ存在しないけど。
  • 160523
    どうも調子が悪い。日頃の不摂生がとも言えるが、、参った
    linuxのsymbolic linkを含んだファイルらをltfsをwindowsで取り出す際、エラーになるのは現状の仕様みたい。
    なのでtarファイルとそのファイルリストの2つをltfsに置くのがいいのかなぁ...
  • 160518
    jettyによるservletを作っている。慣れないので難しい。。HTML5のCanvasを使って絵を描かねば...
    ttyのない状態でのsudo、グループへのsudoなどメモを入れておきたいが余裕がない..
    ssoでweb認証はいいのだが、sso配下で一旦ログアウトして別ユーザでログインするにはどうすればいいのか..
    LTFSでゼロバイトのSymlinkファイルがLTO6テープに紛れていて、windowsマシンからコピーすると途中で止まる...
    回避方法はないのか....ltfscpでも駄目だった...
  • 160430
    ルータ特化OS pfsenseを使っている。web画面で操作設定。結構いいですね。
    専用HWもあるけど、これならnic2つ持つMBを用意すれば行ける。
    速度が専用HWと比べてどうかが知りたい。まあossなので検索すれば見つかるかな
  • 160427
    2,3周の周回遅れなのだが、node.jsを勉強中。ブラウザ間でのリアルタイム同期が可能っぽい。
    webアプリでフォルダを作ったら、別のPCのブラウザでもリロードなしで情報が書き換わる。
    在庫管理とまでは行かなくとも、同じ在庫管理の作業アプリに今現在だれがログインして
    どんな操作しているかが分かれば面白いかも。範疇ではないのだろうが、複数ターミナルでの
    コマンド履歴を一つにまとめられないものか....
  • 160424
    CentOS6でBridgeなSquidClamavを作った。結構かかった....
    bridge(br0)に対してiptableを有効にするsysctlフラグが肝だったみたい。
  • 160410
    訂正。どうもできそう。
  • 160406
    Torqueは計算中のジョブをsuspendにはできないみたい。ジョブの投入への優先順位付けは当然できるが、
    いざ「計算」に入ったジョブをsuspendにして、他のジョブを先に「計算」させる芸当はないみたい。
    slurmはできそうなのだが未確認。
  • 160328
    XmingをXDMCPとして使っていたが、TeraTermとかと連携してXアプリを呼び出せることに今更気がついた。
    samba4.4がリリース。って3/22だったのね。SMB3 Multi-Channelが導入された。L2スイッチでVLANを複数作れば
    試せまる。windows2012R2とwindows10で試したが2つのNICで2倍近く1枚ファイルのsmb転送が早まった。
    L2HUB/LANの設計が面倒。10Gbeに代えたほうがいいような気がする
  • 160327
    windows7に戻って、windows7proに移行した。
    Linux,Windows7,MacOSXとアカウント共有、リソース共有を念頭に描いている本サイトであるが、著者の日常環境を
    やっとそれに移行した次第である。QNAPでTimeMachineを試したが、設定は難ない。っが初回バックアップを行うと
    うまく行っていない様に見える。でもほっといたら無事に完了してた。疑問が沸くがまぁーいいや。
  • 160315
    windows10に鞍替えしたが、とある都合でwindows7に戻りました。windows7homeからwindows7proにしたい...
  • 160311
    意を決して、windows10に鞍替えしてみた。Core2Duo 2.53GHzでもまぁー使えるみたい。
  • 160306
    kernel-4.4.4を入れてたら知ったが、nfs-4.1のserver機能が使えるのですね。nfs-4.1のクライアントはサポートしていたのは
    知ってましたが、サーバ機能が使えるとは素晴らしい。早速テストしてみたいものです。
  • 160302
    手元にあるMacMiniを10.11に揚げた。samba adの配下で使っているのだが、まあ問題ない。
    ただ、Linuxのディスクトップ環境で作られるフォルダとの連携に注意したい。
    Linuxのディスクトップ環境を使う機会は少ないのであるが...windowsとの連携はprofile管理が面倒だな..
  • 160222
    sambaでspotlightを試みたが、うまくいかない...netatalkの方も...
    MSSQLのCLRを記載。SQL関数以外の外部ライブラリや自作関数が使える物。FileMakerで言う所の外部関数プラグインかな。
    RDKitのFingerprintsを混ぜて、bit計算で部分構造検索らが可能かと。まあ、そもそもRDKitにpostgresの
    カートリッジが提供されているから不要なのだろうが。
  • 160214
    win2k12r2とwindows10でsmb Multichannelを試してみた。確かに追加したnicだけ早くなるみたい。
    VLAN対応のHUBを調整してLANセグメントを作ったりと面倒だけど高速にファイル転送ができる。
    研究室なら使えそうかな。まあ10Gbeまでの普及次第だろうけど。「1Gbe < SSD/HDD速度 < 10Gbe」
  • 160213
    windows10を触っている。windows10向けのリモートサーバ管理ツールの確認をするため
  • 160202
    sambaでsmb Multichannelって行けるのかな?調査中。smb通信限定だけど、nicを増やした分だけ単一ファイル転送速度があがるそうな
  • 160201
    もう2月だ....
    BeeGFS と Lustre の比較記事を読んだ。そのままのカーネルが使えるBeeGFSに興味が引かれる。10GbHubで遊びたいものだ
  • 160125
    netatalkでTimeMachineを作ってみた。スケジュールはrsnapshotっぽい。使い勝手はwindowsの「以前のバージョン」っぽい。
    Baculaもこんな感じで楽にできたらいいのだが....
  • 160114
    久々にESXi5.1のパッチを適用。操作環境は素晴らしいのだが、一方でQEMUも使っていてこちらをメインにしたい。
    QEMUであれが動くか確定しないと移れない...
  • 160105
    samba関係の記事の移行がまだまだある。単純なコピーはせず、内容を確認しながら行っているためと理由のつらつら。
    先日勤め先のファイルサーバが落ちた。リカバーに数時間を要するなら二重化もありなのかな。
  • 160101
    謹賀新年
  • 151231
    CentOS7.2を使ってみている。dfすると見慣れないエントリーがある。どうやらuidにひも付いたRAM diskなのかな。
    /tmpとかのファイルシステムではなく、より高速なRAM上に展開され、かつuidでプロテクトされる利点があるそうな。
  • 151229
    改めてGPOを調べたら結構深いのね。その関係で2ndDCを書き直し中
  • 151223
    SSOのhttpを追加した。AD認証を引き継いでユーザ情報が渡せている。windows7なPCでiis-phpでも行けるのかな?
    出来てもライセンス的な絡みで制限がありそうな気がする
  • 151220
    ちょこちょことsamba関連の記事を修正している。samba41とsamba42のリンクを削って現行に一本化するために。
    sambaのパッケージをインストールするとglusterFS関連も同時にインストールされる。分散FS環境ならありかな。
    年末。そろそろwindows10でも触ろうかな...
  • 151213
    http/2もまた注目している。apatch httpでもできるとあるが、nginxが軽量なら使ってみたいものだ
    CentOS7.2がリリースされたそうな。物理環境も仮想環境もefiを使っている。grubもそうなのだが、efiも習得せねば。。
  • 151210
    php7が話題になっているみたい。従来よりも早くなっているそうな。このサイトに使ってみるか検討
  • 151208
    このサイトは用途に合わせて仮想マシンをその都度作っている。いい加減自動仮想マシン作成に移行したい。
    それと合わせて勤め先で作っているWebアプリのDevOpsを図りたい...
  • 151204
    今年中にsamba関係を作り上げたい...samba-4.3.2に揚げた。
  • 151201
    CentOS7に古いrubyアプリケーションをインストール..は完了。コンパイル系も古くしなくとも行けた。
  • 151129
    CentOS7に古いrubyアプリケーションをインストール。なんかコンパイル系も古くしないと駄目みたい。
    sambaのACLsは諦めた。共有フォルダの中身、サブフォルダをwindowsのACLsで定義させようと思ったのだが、
    上手く動かなかった。なので当面はsmb.confの設定で。ADDCなら問題ないのにmember serverだと制限があるのかな?
  • 151125
    ここずっとACLsを行っている。windowsの操作ですべてを行おうとするとユーザフォルダがDCに限定とか
    member serverの領域を共有にする際 domain のadministratorだと操作できないとか、回避可能だけど
    全部が全部windowsと代替てきる訳ではないのが分かる。
    CentOS7でruby187なアプリをコンパイル中...行けるか微妙..
  • 151116
    ADDCマシンのOSを変更することになった。一旦別のDCを建ててfsmoを渡して、OSをインストールしてDCにさせてfsmoを再び受けた。
    すんなりいくのだが、DNS周りの対応がややこしかった。リモートサーバ管理ツールの有難さを再認識。
  • 151115
    member serverでwinbind経由なwbinfoを使うとadministratorが引けない...
    ADDCでなら「wbinfo -i administrator」でUID:0, GID:100が返ってくる。
  • 151112
    sambaにおいてメンバーサーバを作る際、sssdで連携させているが、winbind(rfc2307)でも問題なく行けそう。
    あとdomain adminグループに所属するadministrator以外のユーザを作って、それで管理が望ましいな。
  • 151104
    ここんとこ、ずっと具合が良くない。まいった。。。
  • 151026
    GitBucketを勤め先に構築。コード保全は非常にありがたい。もっと前からやっておくべきだった...
    sambaのsnapperだけど、LVMなxfsかLVMなext4、あるいはbtrfsのみが対象みたい。LVMは便利で
    シングルボリュームのまま大きくできる。まあbtrfsでもできるけど。。。よりいいのはどっちなの?
  • 151023
    Tokyo/Fallに行くの辞めた。
    sambaの冗長は成功した。週末はbackend DNSとかかな。そろそろDockerを習得せねば...
  • 151016
    どうにも風邪気味。参った。sambaの冗長がうまくいかない。どうにも失敗してしまう....
  • 151012
    連休中、勤め先のjquery仕事を予定していたのだが、結局sambaに奪われた...まぁいいや。
    sambaのDC間でfsmoの移行を行いたいと思っているのだが、多用が過ぎる。
    cronでここ web.chaperone.jp/w から さくらインターネットのミラー chaperone.sakura.ne.jp/w へコピーを始めた。
    回線が細いため、参照は chaperone.sakura.ne.jp をお勧めします。まぁ自宅回線を太くすればいいのだが、懐が寒くてね。。
  • 151004
    秋の夜長、さくらインターネットのレンタルサーバを試している。やっぱり早くて快適
    ただドメインの移行が面倒で躊躇している。まぁオリジナルはここで、ミラーをあっちにして、使うのはあっちがいいのかな。
    でもミラーが遅い....lftpを使っているのだが、、、
  • 151002
    オープンソースカンファレンス2015 Tokyo/Fallに参加してみようかと考えている。
    TORQUEslurmとかのジョブ管理システムでDockerが使えればと思う時があって、その情報収集にでもと。
  • 150927
    10Gbeを試した。6.79 Gbit/secの速度が出たが、NFS/sambaでの値ではなく、通信だけに特化してのお話。
    実際ファイル転送とかの値はまだ出していないけど、まあーSATA 3.0(6Gbps)なHDDと同等なら十分かも。
  • 150921
    10Gbeのカードを入れて認識させてみた。まあー大丈夫そう。だが、まだ光ファイバは繋げていない。
    ESXiの仮想マシンでテストしようとダイレクトパススルーを行ったのだが出来なかった...
    samba-4.3で書き直しているが、従来とのページの重複に悩む。今後はsambaを基本に一本化。
    次のsambaのバージョンが出ても、sambaを起点にして書く予定。
  • 150919
    連休開始。10Gbeのカードを入手した。っがsamba-4.3を書いている。
  • 150916
    10Gbeのカードが郵便局にある。取りに行きたいが時間がない...
    まあ連休に間に合ったからいいけど。
  • 150912
    sfp+トランシーバーモジュールが届いた。
  • 150905
    久々にAERS(FAERS)を観察。DEMOとDRUGにフィールド追加があった。着実にデータ件数も増える一方で
    属性情報の追加も行われているみたい。各四半期を繋げるフィールド欄の変更はないが、
    マージ作業には注意が必要みたい。DEMOが750万件、DRUGが2600万件らのデータはPOSTGRESでも大丈夫かな?
  • 150901
    samba4.3.0rc4がリリース。早々に4.3.0が正式リリースっぽい。それに伴いコンテンツをどうすればいいのか思案中。
    基本、いまのままで4.3.0の機能追加なページを付ける感じで行こうかと。
    勤め先で使用可能になったPGIコンパイラを触っている。動的リンクで参照される共有ライブラリって
    再配布可能なの?良くわからないから静的リンクで作るけど、、、ライセンスが良くわからん
  • 150827
    22番のみが許されるような環境でルータ越しにxdmcpを考えることになった。ルータに穴を空けた方が
    楽なのかと思うのだが、vnc/xinetdとPortForwardで達成できた模様。Xmingよりも接続の手順が嵩むが、、
  • 150819
    結局何もできなかった。収穫はいつも通信テストに使っているAtomマシンのNICが送信は1Gbps近く出せるのだが、
    受信がその半分500Mbpsほどであった事。kernelを上げてもドライバを更新しても受信速度は上がらない。
    このマシンでBondingの動作確認を行いたかったのだが、、、
  • 150812
    明日から夏季休暇。っと言っても確認したい事が沢山ある。どうも腑に落ちないbonding、vbox由来のLinux仮想の
    virtioドライブ化、bacula、ldap、oracle12c、、、そのうち一つできればいいや。
  • 150809
    4port nicを購入。暑さにやられた感がする。まあいい。bacula,ldap,oracle,and so on,,まあ楽しみながら試している。
    先日samba-4.3-rc2のWHATSNEW.txtを読んだ。FileChangeNotifyはSYSVOL共有への布石かな。
    Spotlightへの対応はいいねぇ。っが構築が面倒そう...SMB 3.1.1への対応ってwin10への対応速っ。
    でもお金に余裕があるのならMS謹製でADを拵えましょう。要らぬ苦労は減り、早く帰れますよ
  • 150804
    来週に夏休みがある。何をしようかと悩むのだが、今取り掛かっているbaculaは当然の事、ldap on CentOS7とかかな。
    baculaはD2D2Tの検討。ldapはやっぱりまだまだ基幹だからお浚いに。Oracle12cもそろそろ勉強しないといかんな...
  • 150729
    熱で落ちたみたい...そろそろawsかな...
  • 150724
    外部からアクセスすると妙に遅い事に気が付いた。awsでホスティングとか考えようかな。
    t2.micro(1vCPU,1GBメモリ)で3年$247かぁ...年間1万円かぁ...
    あとHDDなるEBSが必要で10GBなら$0.08*10(GB)*12(月)=$9.6 迷う...
  • 150716
    ノートPCのモニターが割れた。。。。。。。
  • 150712
    ここんとこ、ずっとbaculaをやっているのだが、難しい。。。まだ理解できていない箇所がある。
    1weekを単位に2世代管理とかはわかったのだが、OneTimeBackupで恒久的に保存を目的として、
    残存破棄後のリストアが分からない。一応Backup媒体にls -Rlaな情報(DBのdump)は残せるのだが、、、
    あと、Baculaとwebminは辞める。なんか動かねぇー。まあこちらの間違いの可能性が高いけど。
  • 150708
    VirtualBoxのvdiファイルをqemuのqcow2に変換したいのだが、どうやらVirtualBoxに含まれるVBoxManageコマンドが
    必要みたい。イメージファイル間のパスを描いたページが欲しいものだ。
  • 150706
    BaculaとWebmin、VTLを繋げてバックアップの勉強をしている。この時期、なかなか時間が取れない....
    inotifywaitは概略が完了かな。ただphpにinotifyにも興味があるけど、ちょいと目的と違いそうな気がする。
    単純なファイル作成完了後に自動処理を組み込みたいだけですからね。
    今週中にsamba-4.2.3がリリースのご様子。新機能が追加されたら検証するかも。
  • 150626
    inotifywaitを習得中。mount.cifsでマウントしたwindowsなファイルシステムを対象ではinotifywaitは効かなかった。
    windows側が作るファイルを発端にして動作させるには、samba共有ドライブをwindows側に提供して、
    windowsが書き込むと、共有ドライブ提供元のLinuxマシンがinotifywaitで発見、処理実行が筋っぽい。
    phpにinotify関連があるけど、これも調査かな。
  • 150621
    sambaでDomainAdminsグループを付与すると、作られるファイルの所有者は3000000(Administrators)と見えてしまう。
    でもgetfaclで確認すると「ユーザ」の所有権も一応含まれている。
    見かけ上、3000000(Administrators)になっているだけで本質は問題ないのだが、
    linuxで「ls -l」とかすると、少々躊躇う。windows側ではそんなに所有者情報が現れる訳でないので心配ないのだが。
    できれば、表にでてくる「ls -l」などの情報も「ユーザ」にしてもらいたいかな。
  • 150620
    ノートPCのモニターが割れた。とある場所でモニター部分だけを入手して交換。
    2002年の製品なのだがあるところにはまだあるみたい。
  • 150617
    基本、windowsマシンを常用しており、CentOS7への接続にはターミナルエミュレータ「TeraTerm」を使っている。
    まれにXアプリを使うため、これまではXmingを使っていたが、どうやらCentOS7では無理みたい。
    っで、CentOS7-(VNC)-windows か CentOS7-(xdrp)-windows、どちらが簡単なのだろうか。用途次第だけど..
  • 150616
    winbindとsssd。ここでは主にsssdを使ってます。最近久々にwinbindで繋げてみたけど、あんまり変化がなかった。
    単に設定の仕方が悪いのかもしれないけど、当面sssdでいいや。
    Linux<->windows<->MacOSXのファイルシステム相互融通表が欲しい。
  • 150615
    samba-4.2.2でもDomainAdminsグループの追加による不具合は回避可能っぽい。っていうかできた。
    基本はsetfaclを駆使することだけ。なんか微妙だけどね。
  • 150612
    samba4ADにてユーザをDomainAdminsグループに追加するとフォルダの所有者が3000000(Administrators)になる件
    samba-4.1.18ならAdministratorsグループにposixGroup/gidnumberを加えれれば回避可能
    samba-4.2.2だとうまく動かない....現象的には作ったフォルダへのACLが正しく付与されないのが原因っぽい
  • 150606
    Baculaを検討している。っが、時間が掛かり過ぎている....
    とあるアプリでcudaを使う場面に出くわした。最近のGeForceで難なく出来たが、昔のquadroだとどうも動かない...
    幸い手元にあるK600で試したいと思う。
  • 150603
    QNAP(A)に入っていたHDDを別のQNAP(B)に入れた。そしたらQNAP(A)で使っていたOSが動いた。
    てっきりそこらへんは、筐体依存かなって思ったのだが、どうやらHDDにQTSが入っていた模様
  • 150526
    QNAPの調子が悪い...っでHDDのチェックを行ったが問題なし。っが使っているとエラーが発生する。
    自己診断モードとかないのかな。。
  • 150523
    samba4ADでZドライブが使えない問題の原因が判明。Domain Adminをユーザに追加したのが原因のようで、
    外したらZドライブが使用できた。っが、他のsamba4ADシステムでは同一の事は起こっていない。
    SPARC64向けのrelionができた。
  • 150516
    ddnsが不調なようでアクセスに支障が生じている...まいった...
    mpi/pthreadsなハイブリッドな計算を行うには mpirun にて -bind-to none にすべきみたい。
    これを指定したらパフォーマンスが相当向上した。
    SPARC64向けのrelionが作れない....samba4ADでZドライブが使えない...CentOS7にxdmcp接続できない....
    問題山積...
  • 150504
    連休中にTORQUEの追記(rsh対応、maui追記)、ownCloudそしてBaculaを描いている。GitBucketは無理っぽい
    SPARC64向けのrelionは計算途中で転けた...ハードル高過ぎ...
  • 150430
    SPARC64プロセッサ向きにRelionをコンパイルしているが、、、ようやく完成。当然ソースには手を加えていないが、
    Makefile/libtoolの内容をいろいろ調整した。はて動くかな?....
  • 150428
    Bind-9.9.7とsamba-4.2.1をupdate。
    mount.cifsでsmb共有したらファイルがフォルダになる...これって基本kernelっぽい気がしてならない。
  • 150427
    RDKitの記事を調整中。そろそろsamba-4.2.1とかESXiのパッチとかあてるかも。
    KVMでMacOSXが動くらしい。興味深いがライセンス的にはどうなのかな?
  • 150423
    連休中はクラウド関係を試す予定。GitBucketとかownCloudとかね。もちろんsamba4と絡めて。
    まあーあくまでも予定なのだがね。ちっちゃいツールなのだが、管理にGitHubを使えたらと思いましてね。
  • 150419
    dhtmlxのdhtmlxTreeGridってProfessional版でのみ提供なのね...軽く6時間無駄にした...
  • 150416
    複数のテーブルがあって、A.ID=B.IDと結べるが、AとBそれぞれ1000万件だとまあー遅い。
    AとBそれぞれの結果を得てアプリ側で対応するか、
    サブクエリを駆使して、小さい件数に落とすのが望ましいみたい。
  • 150415
    OSSなDBで全文検索。sphinxとgroongaって実装が同じ方向なのかな?
    まあーどっちでもいいのだが、早く利用できるようにしたい。っが、新参者な愚生には難しい....
  • 150412
    全文検索。dbに取り込んだ品目、一文を検索対象とすることになった。
    SQLserver、ORACLEとかでもいいのだがpostgreSQLとmariadbで試している。
    件数に依るのだろうが、8000万件とかになるとOSSでは厳しいのかな。目下試している
  • 150405
    会社の仕事でajaxをやっている。以前はjavascriptベースで作ってたけど今回はjQueyを使っている便利だなぁ〜。
    freeNAS/NAS4freeのコンテンツをアップデートしたい。そして、これらをsamba4ADに組み入れたい。
  • 150403
    samba-4.2ドメインに参加しているwindowsPCで、ファイルを作る。当然windowsPCからは所有者情報が
    記載されるのだが、この所有者情報を維持したままLinux側に持ってこれない....
  • 150330
    SSOをやっている。httpd側でユーザをどのように拾えるのかな..
  • 150327
    samba-4.2の更新はひとまずかな。snapperが残ってるけど、、コンパイルができないのでは進めない。
    後はwebのSSOとかかな。2nd sambaADDCとか、sambaクラスター(CTDB)とかあるけど、研究室レベルではない。
    プリンターサーバの類は、プリンターがないので書けないのが悔やまれる。
  • 150324
    MacOSX10.7.5(Lion)をsambaドメインに参加させた。
    結局、属性のマッピングを調整してUID/GIDは揃えれた。マッピング調整対象がそれくらいで、
    loginShellとかドメイン由来にならないみたい。あと/homeにはならず/Usersでsmb接続。
    ここら辺の調整も含むならADDCをLDAPと見做してマッピング調整が必要みたい。
  • 150322
    MacOSX10.7.5(Lion)をsambaドメインに参加させてみている。素直にドメインに参加しても駄目で
    uidNumberとかunixHomeDirecotry,loginShellらの属性と正しくマッピングが必要みたい。
    smb経由でホームディレクトリを共有すると/Usersが起点になるようだが、、/homeに合わすなら
    MacOSXがNFSmountを行う必要がある。一筋縄にはいかないみたい...
  • 150319
    sambaで[homes]のsnapshotに成功した。
    まあー/homeをbtrfsにする必要があるけど、CentOS7は一応選べるファイルシステムだからって思っている
  • 150317
    samba-4.1なコンテンツは移動した。samba-4.2のsnapperってdbus-develでrecompileが必要みたい。
    btrfsのコマンドで「以前のバージョン」は作れたけどsmb.confの[homes]には作れなった。
    こちらの勘違いかも知れないけど。この度のvfs_snapperでここができるか調べたい
  • 150315
    samba-4.2のリリースに伴いコンテンツを改修中。ベースはCentOS7。そろそろMacOSXとの接続を考えねば....
    目下samba-4.1にあったメモリーの消費増大には見合っていない。
  • 150310
    あーあの日は温泉に出かけて震災に遭遇した。温泉といってもスーパー銭湯なのだが。お風呂は波立っていた...
    ロッカーは倒れ、着替え中に余震が襲う。休暇を取って疲れを癒すつもりが、心労を増やしただけだった。
    当然マシな方なのだろう。
  • 150308
    samba-4.2のリリースに伴い現在新しいページを作成中。
    あとTORQUEだけどmauiが必要でした。TORQUEってノード数が軸で、slurmはコア数が軸みたい..
  • 150305
    祝samba-4.2リリース
  • 150301
    CentOS7に移行してqemu/libvirtを再構築。仮想マシンの自動起動はできるのだが、自動shutdownが働かない...
    停止時は手動で落とすのがある意味当然なのかな。sambaはsamba-4.2を試している。まだrc版だけどね。
    smb3を試してみたい。
  • 150228
    CentOS6からCentOS7へ移行。dhcpとhttpdはyumで済ませたが、bind,qemu,libvirt,sambaは手動インストール
    systemctl関係に慣れるのに丁度いい感じ。pukiwikiのcode.inc.phpだが、phpのhtmlspecialchars関数の
    仕様変更に対処する必要あり。まあ「htmlsc」に置換すればいいみたい
  • 150227
    InfiniBandのOFED/MLNX_OFEDドライバを最新にしようと思ったが、hwが古くて既に放置みたい。
    単純にOS由来のが最新っぽい。最新にしたければkernelを上げた方がいいみたい。
    新たなカードで試してみたいが、、、そのまえにこのカードでmpichを試してみたいかな
  • 150222
    InfiniBandに夢中。IPoIB/10GbEを試している。やっぱ早いねぇ〜
    samba4.2の正式リリースはいつになるのだろうか...
  • 150217
    CentOS7でDDRなInfiniBandを試した。以前とあまり変わらないのだが、今回は通信速度らを調べてみる予定。
    あとRDMAを絡めてmpi、glusterfsも調べる予定。
  • 150216
    CentOS7のBinding/Teamingはnmtuiで設定できるけど、細かい調整は直接ファイルの編集が必要みたい。
    NetworkManagerはいいのだが、以前のifcfg-bond0だけで調整の方がよくね?とも思う。
  • 150215
    CentOS6でBondingの試験がようやく完成。送受信とも2本なら2Gbpsの帯域になる事を確認。
    1枚ファイルの送受信は1Gbpsのままだけど、計算環境によっては望ましいと再確認。次はCentOS7で試すか
  • 150213
    CentOS7でBondingやTeamingを試している。基本NetworkManager下で行っている。
    従来のrc.init側のnetworkから離れるのだが、、少々面倒だな。っが、対応せねば...
  • 150205
    glusterFS。意外に楽に構築できる。っが実運用はどうなのかは知らないです。RedHat様が商品として
    出荷しているのですからその意味があるものなのでしょう。
    InfiniBandCard。iperfで動かすと.....ib_write_bwとかのコマンドだと公称の値が出る.....
    やり方が良くないのだろう...
  • 150130
    ORACLE12cを試した。従来からのOEMがEnterpriseManagerExpress12cとなっていた。あれぇ。。テーブルやら
    インデックスらの調整がここでは無理なのかな?なので同時にOracleSQLDeveloperを導入
    バックアップの設定ってどこでするの?調べねば....
  • 150127
    samba4とbindを更新してみた。そろそろbaseをcentos7にすべきかな....まあー7.1が出てからかな....
    MSSQLのCLRを試している。SQL言語に囚われずより複雑な演算がこなせる。WindowsSearch4をlinkサーバで
    繋げられなったが、これを使えばできるそうな。是非とも書き残したい部分である。
  • 150126
    GlusterFSを引き続き試している。replica構成だとDRBDとほぼ同等なのだろうか。
    構成マシンを増強してもシングルボリュームが提供できるのはすごい。オンラインで出来るのか試す予定
    未開封のHW-RAIDカードがある。HW-RAIDカードにも寄るのだろうが、これらはオンラインで容量拡張できるのかな
  • 150120
    FreeNASのインストール方法が本家現行方法と違うみたい。書き直さねば。。。
    GlusterFS 複数台のファイルサーバを連携させて1台のNFSサーバに見立てれる。これに階層化ファイルシステムを
    載せてみたいものだ。頻度が高いファイルはSSD、低くなったらSATAに移動とか。
    windows専用のvvaultならティアリングとして提供している。windows2012R2の記憶域と組み合わせてみたいものだ
  • 150116
    samba4に異常に高いメモリー消費なプロセスが存在した。複数のプロセスでsamba4は稼働しているのだが、1つだけ以上に高い。
    /proc/<PID>/statusからVmHWM:1797648 kB(1.7gb)、VmRSS:1779712 kB、VmData: 1953208 kBである。
    他のはVmHWMで50mbほど。このためか認証が遅くなることがある。原因を突き止めたいが、術を知らない。
    4.2で回避されれば嬉しいのだが....
  • 150113
    glusterFSを取りかかっている。複数台による分散ファイルシステム。共有ディスクを使わない設計。
    どんどん肥大するストレージにとってはいい選択肢なのかも。
  • 150104
    放置していたインテリジェント・L2スイッチでIEEE802.3adのLACPでbonding。
    なんか普通のスイッチHUBで冗長・負荷分散はできてたんだ....いづれ掲載予定
  • 150101
    謹賀新年
    旧年中はひとかたならぬご厚情を賜り、誠にありがとうございました。
    本年も相変わらず、よろしくお願い致します。
    皆様のご健康とご多幸をお祈り申し上げます。
  • 141231
    大晦日
    前半はsamba4に没頭して、samba4を中心に研究室でのユーザ、データ管理を考えてみていた。
    後半に入りストレージに注目しつつ、ジョブコントロール関係にも手を出した。
    明日以降は、samba4.2とかが注目になるのかな。MacOSXとの連携がまだだからそれを見て見たいかな。
    win2k12r2を研究室のメインに据えるのが一番確実で安心です。研究費が割けるのならぜひ充てましょう。
    費用を浮かせたいなら、苦労と時間が必要です。ここがその手助けになればと切に思います。
  • 141224
    インフルエンザ罹患...
  • 141221
    MacOSXでCTFFIND4のgfortranによるコンパイルは諦めた。次のgccバージョンが出たら再度挑戦してみる。
    slurmを行っている。まだまだ未完成。
  • 141219
    固定IPが欲しい..最近外から見れていない状態が多いみたい。
  • 141216
    CTFFIND4がコンパイルできない...Intel様のコンパイラーならできるよと書かれているのだが、、
    客先において24portのGigaHubでIEEE 802.3ad対応、可能ならば10GB SFP+が2portほどが付いた製品が望ましいのだが、、
  • 141212
    MacOSXにgcc-4.9.2を入れてみた。まあgfortranを使いたいだけなのだが。単純にportとかで済ませれば楽なのかも。
    そのコンパイルの際、make testがautogenがないのでできず、構築にはguileが必要で、さらにguileにはlibltdlが...
    と際限ない。年内slurmとLustreだけは片づけたいものだ...
  • 141209
    TORQUEについて管理ノードの /var/lib/torque って計算ノード、ジョブ投入ノードで共有すべき場所なのかな?
    あーぅん。そうなんだろうなぁ。。
    routerについて再度書き直し。やっと小さくだけど理解できた。
  • 141205
    同僚・旧同僚と呑んだ。呑みすぎた.....
    relionとTORQUE(PBS)。連携がうまくいかない...100%愚生の認識間違いのは分かった。こつこつ修正を始めている...
    RDKitのfingerprintって駄目なん?「あれじゃなきゃダメ」ってまだあるん?満足って其々なんですなぁ...
    「妥協」が安価に繋がり、「固執」が価格を上げる。製品によりその基準線が上にも下にもなるのだろうけど、
    本来の目的が一番大事かと思うんだけどな。フリーなソフトで済む世界もあれば、商用品でないと済まない世界もある。
  • 141201
    今日から12月。って何にもないけど。今年中に片づけたい、知識を得たいものが沢山ある。
    slurm、Lustre。x-ray構造解析の初歩、relionの初歩、samba4.2ADとwin8.1などなど。
    AmberToolsはぜひ触ってみたい。QM/MMってできるのかな。FEPってできるの?とかとか
    あーRDKitにとよる1000万件検索とかもしてみたい。まあー自己満足の世界だけど。
  • 141130
    TORQUEがようやく完了。tracejobコマンドを鑑みると/var/lib/torqueを共有すべきなのかな?とも思うが、まあいいや。
    samba4ADとの連携を考慮する際、TORQUEを最新にして、その時に考慮してみたい。slurmだったらどうなのかも興味がある
  • 141127
    TORQUEのドキュメントの量に感謝
    samba4のSSO、krb5-NFSで統合的にTORQUEを使うためには最新版のコンパイルが必要なのかな。。まあーまだ先でいいけど。
    samba4ADへのMacOSX参加とかもしようかと。っが4.2リリースからでいいかな。。
  • 141123
    MacOSXへのrelionは完了。OpenMPI版は結局あきらめた。まあーpthreadによる同一マシン内複数core演算でっという事で。
    pNFSは、、DSとクライアントをNFSで繋げる方式だとgfs2を使うらしい。っが、、なんかなぁ〜って思い一時凍結。
    ならLustreでよくね?って思いが強い。まあー目的に寄るだろうが。っで、逃避っぽくTORQUEの導入。slurmもやるけど。
  • 141117
    MacOSXにrelionを載せるべく対処を試みたが、結果がでない...10.7.5なら問題ないのに、10.9はどう足掻いても駄目だった。
    体調も芳しくなく少々休んで再チャレンジの予定。pNFSは結局CentOS6でも行けそうな感じ。記事はまだ書いてないけど。
  • 141114
    pNFSサーバを作ってるのだが、あんまり進まない。。Lustreにどうも興味が移る...
    MacOSXにrelionを乗っける。うまくいく場合とそうでない場合がある。まあー結構手間っぽい
  • 141108
    久々にシリグラを触った。現役で使い続けている箇所にて、IPアドレスを変更。あれぇ?どうするんだっけ?と暫し沈黙。
    っが、キーボードを眺めると思いだすもので/etc/sys_idと/etc/hosts、/etc/resolv.confに/etc/config/static-route.options。
    サブネットマスクは/etc/config/ifconfig-1.optionsと指が覚えていた....
  • 141106
    GFS2は一応完了。だけど、、pNFSとかLustreの方がいいように見えてきた。既存環境の継続性を考えないと...
    あとslurmをやってみている。SGEよりは分かりやすいかな。
  • 141029
    win2003が切れるからこれがチャンスだとばかりsamba4ADへと促すのを見ると....いいの?大丈夫か?と思う。
    まあー行けなくはないけど、、費用面だけ見てOSSを入れても残業代が増えては意味がないような気がする
  • 141028
    GFS2を調理中。なかなか面白い。これでクラスターを作ってAmberによるMDを掛けてみようかと思案中。PBCで水分をたっぷり入れてね。
    ORACLE11gが来年1月で通常保守が切れるみたい。そろそろ12cの勉強も始めるか...ASM前提だよなぁ
  • 141026
    iSCSIのターゲットをtgtとLIOで作ってみた。tgtはCentOS6、LIOはCentOS7で標準。LIOはなんかGUIが既に存在して
    設定出来そうな気がする。探してないけど。
  • 141023
    iSCSIによるマルチパスI/O(MPIO)と複数接続セッション(MCS)を勉強中。計算機クラスタ組むならこっちの方がいいのかな?
    pNFSとあわせて勉強中。10Gを導入すれば楽なのでしょうが、既存のままで改善できれば望ましいのかと。
  • 141019
    CentOS6にbtrfsでフォーマットしたFSをマウントすると固まる....なんかだめっぽい。
  • 141015
    QNAPはドメインコントローラーになれるみたい。
    なんかこれで十分な気がしてきた。。。
  • 141014
    CentOS7でsamba4.1によるsambaNTドメインを作ってみた。まあー問題ないみたい。
    ORACLE...手間取ってます。
  • 141013
    今更ながらsamba3.6でNTドメインを作ってみた。要件だったNISと絡めても機能的に十分かな。
    次はsamba4.1.xでNTドメインって作れるのか調べてみたい。あと、4.2のsnapperに興味津々
  • 141004
    nisとsambaのパスワード同期。Userminを使っても同期できるそうな。
    測定装置の関係でsambaNTドメインが必要になった。samba4でNTドメインって作れるんだっけ?
  • 140928
    nisとsambaのパスワード同期を掲載した。双方向でパスワードの同期が可能であった。まあー実行場所の限定があるけど。
    samba4のADに移行せずとも目的がパスワードの二重管理の解消ならこれでもいいのかと。
    windowsマシンのアカウント管理まで範疇ならsamaba4ADはありですけどね。
    さてCentOS7のdedupでも調べるか。
  • 140922
    samba4への移行資料を見直している。基底のドメイン名が変更になり、それがhost名の取り扱い、kerberos認証にも
    波及している感じがする。問題が発生した際、ログの書き出し方法など調査方法はあるが、やっぱり基本的な
    知識がないと難しい。
  • 140918
    同封cootの起動不可はどうやらこちらの環境要因が原因で、他環境では稼働確認済み。残りはphenix。
    Fink、MacPortsなしで動きそう。できればMacOSXのSamba4AD参加を作りたい。秋の夜長の仕事にはいいのかも。
    それ以外にもFAERS、lxcやらCentOS7移行とか。vpnについても理解を深めたいものです。
  • 140916
    MacOSXにccp4iをインストール。成功。っが、同封のcootが動かない。10.7.5だから?
    CentOSみたいなyumっぽいものがあって、それを使えば不足なライブラリが容易に手に入る感じがする。要調査事項
    Phenixは、、インストール成功で、稼働しました。っが、どうやれば/Applicationsに入れられるか思案中。
  • 140915
    NIS/kerberos認証でNFSv4/krb5ができたけど、、autofsでNFSv4/krb5ができない。なのでsamba4ADでautofsな
    NFSv4/krb5も同様にできないのかなと思う。静的NFSv4/krb5はできるのでsamba4ADでも静的NFSv4ならOKなのかも。
    CentOS7で解消されている可能性はあるけどね。samba4ADでautofs/CentOS5はNFSv4/sysでldap認証で解決
    依頼されたMacOSX/Phenix,ccp4,cootを準備せねば
  • 140913
    CentOS5ではautofs、sssdが古くてsamba4ADDCに置いたauto.homeデータを読めないみたい。
    仕方なく他の方法を試している。
  • 140908
    relionのMacOSXコンパイル、chroot、samba4ADDCへのcentos5接続(sssd)確認を早々に片づけないと...
    chrootは古くからあるjail手法。ただHDD利用制限、CPU利用制限が課せれない。なら仮想化で、ってならそれは重過ぎる。
    centos7でlxcを試してみたい
  • 140907
    基本を押さえるべくNIS/NFSからkerberosを仕組んでいる。
    あとchrootや、lxcもやらねば....
  • 140904
    samba4ADDCでNFSv3のautofsはOKなのだが、NFSv4のkrb5ができない...NFSv4のsysは問題ないのだが、、、
    NFSv4のkrb5はKerberos?で鍛錬を積んでから再チャレンジかな。なのでkrb5はpending。ハードルが高かった...
  • 140901
    samba4ADDCにautofsな仕組みを入れてみた。複数台のNFSサーバある場合必要だから。結果はOK
    現状NFSv3である。いずれkerberosなNFSv4に移行予定。ただbtrfsによるsnapshot、vssができない。。。
  • 140827
    aws ec2を勉強中
    ハイパワーなマシンを手軽に借りられる。しかも計算時間分だけ。潤沢な計算リソースが必要な部屋には
    選択肢の一つなのかも。目的は計算を行い結果を得る事。機材の選定、搬入、設置、運営、廃棄に手間が
    不要なら研究者はもっと本来の仕事に注力できよう。さて、この時代においては何が価値を持つのかな。。ふと考える
  • 140824
    smbpasswdからsamba4ADDCへの移行はほぼ完了かな。samba-ldapからsamba4ADDCへの移行の方が
    需要は多いかも知れないが、、、一応書く予定だけど。ldapとkerberos連携を済ませてからにしたいかな。
    ここが分からない。あとnfs4でkerberosも..
    年明けに購入したIEEE802.1X対応HUBでリンクアグリゲーションをテストしたいなあ。
  • 140822
    samba4への移行が愚だ愚だになってきた....途中絵を書かないと説明できない....
    qnapのsamba4はADはまだのご様子。FMとsamba4ADで連携させ、簡単なドキュメント管理ができないものか..
  • 140820
    暑い....
    qnapの中で仮想マシンが作れるとの事。だが、、特定のマシンのみ。そっすよねぇ。所有しているqnapは対象外。残念
    qnapでsamba4が動くみたい。ADになれるかは未確認だけど。
  • 140819
    FileMakerのDeveloperSubscriptionを継続。FMとdhtmlxの連携を行っている。Excelで情報共有もいいけど、
    FMで共有が楽かなって思う時がある。FMadvでファイル存在をチェックする関数を作りたい。それがあれば
    FM外に配置した各種ファイルをwindowsSearchしてFMに取り込み結果を表示するなど文書管理に使えるのだが....
  • 140818
    nisとsambaのパスワード二重管理からの離脱を模索。samba4ADでsssdによるパスワード管理ができるから
    統一できないかと思案。サポート外だけど、nisをldapにしてsamba4ADのbackendsにしてみるのがある。
    まあーいろいろ試してみる。SW-raidのシステム領域ってありなのかな。HW-raidなら聞くけど、本質を調べてみたい
  • 140810
    ルータ作成だがwindows版は諦めた...うまく作れない....floppyfwとCentOSの2種類を作ってみた。
    CentOSなのだが、双方向にしたい場合、どうしてIP MASQUERADEが必要なのか分からない。単に不勉強なのかも。
    次はsamba2.xからの移行を検討中。smbpasswdのデータをsamba4のsam.ldbにどうやって持ってくるか思案中
  • 140806
    windowsで2枚NICなルータを作ってるのだが、うまく作れない....CentOS6とかCentOS5でも試している。
    そもそもVMwareの中では無理なのかな?floppyfwと合わせて記載予定
  • 140804
    SGEのキュー作成が難しい。
    今更なのだがwindowsXP。装置付属の制御PCがXPで、ソフトもXPが指定。隔離孤立ネットワークを作るのはいいのだが、
    データの運び出しはネット経由が求められる。っとなるとルーターを介するのだが、外部インターネットには接続不可で
    ルータ越しの特定のマシンにのみ一方向データ転送のみを許す。はてどうすべきか。floppyfwで十分なのかな。
  • 140802
    ようやくSGEが完成かな。細かい調整は残るものの大筋はこれでいいのかと思っている
    SGEの構築途中でsamba4ADによるパスワードなし認証を試した。rshはもちろんsshも可能になった。
    このsso関係ではwebへのログインが未完成。ADに所属部署情報の他に参加プロジェクト・テーマ情報を入れて引けるのかな?
  • 140731
    samba4ADに参加させたLinux同士でkerberosによるパスワードなしrshができたsamba4/SSO/rsh
    あとはsamba4AD傘下のwindowsPCから PuTTY 経由で同傘下のLinuxマシンへパスワードなしログインsamba4/SSO
    そして、さらにそこから、別にsamba4AD傘下のLinuxマシンへパスワードなしログインできるか....も
  • 140729
    作った記事はたまに読み返して直してますが、珠に「あれぇ?こんなの書いたっけ?」な物がある。
    先日software-raidのMAIL設定の作業が必要になった。software-raidのMAILは1アドレスのみ記載可能で、複数なら
    /etc/aliasesか.forwardの調整が必要。その前に認証smtpでどうやったらpostfixを通せるかと考えたが、
    以前に同じ事をしていたみたい...備忘録なのに、記事の存在を忘れたのでは意味がないな...
  • 140728
    パスワードなしのログインを考える際、/etc/hosts.equivでrshなんて駄目なのだろうか?
    今ならsshであって、ホストベース認証すべきなのかな?折角samba4傘下なのでkerberosでパスワードなしログインを思案中
  • 140726
    CentOS7のyumでsamba4ADDCを作ろうと思ったのだが、どうやらまだできないみたいsamba4/pkg。まあー気長に待ちます。
    SGEがまだ完成していない。
  • 140722
    暑い.....だけどサーバ室には行きたくないなあー
    CentOS7で本サイトを運営しようかと思うのだが、、pukiwikiが、、
  • 140714
    CentOS7を試している。従来の知識では扱えない、、、猛勉強せねば。。
  • 140710
    CentOS7がリリースされたんですね。早速入れてみたいと思う。samba4がコンパイルなしで使えるのなら、その方向で
    書き換える予定です。コンパイルできれば可能性は広がりますが、しなくて十分なご時世です。定時に帰宅できるためにも
    yumとかのパッケージで済ませた方が格段に楽。遠回りしても近道してもできることが同じなら近道を選びませんか。
    まあー道草して遠回りもいいですけど、余計な体力を消耗しても構わない覚悟で。否定はしません。けど、優先順位も大切に
  • 140708
    勤め先でクラスターマシンが導入された。っでSGEが必要になった次第なのだが、まだ未完成。KNIMEとSGEを絡めて
    運用したいものだ。結構変数がある場合、後工程からもKNIMEは導入したいのだが、、、
    wordpress。中身はphpでいろいろ調整できそう。用途限定ならこれで実験ノートでいいのかもと思っている。
  • 140629
    mariadbはpendingへ。mysqlにしてwordpressを実装した。wordpressは結構いい感じ。pluginを入れていろいろテストを
    行ってみる予定。spreadsheet機能もあるようでリストとか簡単に取り込めそう。
    SGEがまだ未完成。wdCalendarの不具合を修正。samba4ADを更新。kerberosでssoでSGEを作りたいのだが、、
  • 140626
    mariadbに手古摺っている。my.cnfをmaria.cnfにどうしたら.....とかディレクトリの所有者をどうすればいいか思案中
  • 140623
    フリーなジョブ管理の導入を思案中。SunGridEngine名称改めOpenGridSchedulerやPlatform LSF由来のossなopenlava
    あとはSLURMかな。relionやphenix、ccp4iとの連携ならSGEが最もなのかな。
    4コアマシンが安価で手に入る時代だけど、大規模に計算したい事案は減る事がない。安価ゆえPCを複数連ね大規模な
    クラスターを作り、当然効率化を考えればジョブ統制は必要になる。
  • 140619
    SSOなwebサイトを思案中。kerberosなkeytabファイルが肝みたい。
    安価で提供できる研究ノートって何があるのか。いや研究ノートとして何が必須なのか?と考える。
    記録の版管理、チャートの読み込み、レイヤー的な描画、承認印、チーム分け、入力欄のテンプレートなどなど
    CMSのWordPressに注目している。notebookとして使っている事例のほか、dhtmlxがwordpressのプラグインとして
    使えるそうで安価に研究ノートの実現ならこれでもいいのかな?と思っている
  • 140618
    PuTTYによるSSOは成功した。っとなれば次はSSOでwebアプリなのだろうか。。
  • 140616
    TeraTermProと同じような機能を持つPuTTYがある。これを使えばパスワードなしでsamba4AD内のLinuxメンバサーバに
    ログインできるかな?って思ってテスト中。windowsにログインしたから、あとのパスワード認証は不要だよねって
    極めて合理的で大好きだ。まあーいわゆるsingle sign onなのだろうが、samba4ADでの利用を検討している。
  • 140611
    某機関でrelionを多コアで試すことになった。intel様のコンパイラーで調理するのだが経験がない。。
    ただrunして終わる世界ではなく、ジョブの大きさとコア数を勘案して最適な条件を見つけるお仕事
    面白いのだが、根気のいる作業です。かつてab initio,MO,MDの経験が蘇る...
  • 140610
    samba4ADDCは動きます。ですが、お金に余裕があるのならwindows serverとCALを揃えた方が宜しいかと。
    予算的措置で選択肢としてあり得ますが、余計な人件費、残業代、時間を天秤に掛けてご選択してください。
  • 140609
    samba4ADDCの複数設置を思案中。samba-4.1.8のリリースに合わせBIND9_FLATFILEではなく、BIND9_DLZで作り直した。
    まあーBIND9_FLATFILEだからなのか不明だが、複数設置の構築段階で問題が生じたのでBIND9_DLZに移ったのが本音。
    まだ未完成でだけど、あと少しかな。これを済ませてssoらを完成させたい。
  • 140602
    ようやくwindows フェイルオーバー クラスターが出来た。もちろんsamba4AD込みで。
    初めはsamba4ADの問題で、、次はwindows2008のマネージャの問題が、、っで最後にiSCSIの問題が、、、
    結局samba4ADには追加のサービスプリンシパルの追加、windows2012R2で、共有ドライブはQNAPで乗り越えた。
    そもそもはSQL serverのテストをしたいが故の事だったのだが、長かった。。。
    次は基本な個所でsamba4ADの複数配置とかかな。SysVolの複製問題があるけど。
  • 140529
    windowsのCALって資料を読むとほぼ必須な感じ。anonymousでインターネットに公開するなら初めてCAL不要で
    AD/win謹製ユーザ管理は元より、データベースに収めたユーザ/パスワードを利用した認証であってもCAL必須みたい。
    http://www.microsoft.com/ja-jp/licensing/about-licensing/product-licensing-faq.aspx#tab=4
    まあー優れた製品ですから当然なのでしょう。
  • 140527
    体調が芳しくない。参った。。。
  • 140526
    どうもサイトが不安定。本体はまったくもって問題ないのだが、、、ルーターを再起動したら外部からの
    接続が可能になったみたい。まいった。
    FreeNASのコンテンツを更新してみた。まだ未完成だけど。。wsfcのiSCSIテスト向けに。
  • 140522
    勤め先で来客対応したら鯖缶を頂いた。ありがたい。話の中でAmazon Web Servicesが出てきた。
    こちらは生粋の自宅鯖なのだが、自宅LANのケーブルが傷んだのか通信できてないよとgoogle様から
    御叱りを受けている。まあーケーブルを交換すれば事足りるのだが、ならAWSで、、、と要らぬ心を
    持ってしまいそうだ。
    samba4ADDC下でのmsfcはspnを調整すれば検証は進んだ。っが、最終的には作れなかった。なので2012R2で
    試しているが、、今度はSCSI-3 Persistent Reservationで止まっている。nas4freeではなく、qnapでiSCSIをするべきかな。。。
  • 140511
    samba4ADDC下でwindowsサーバ2台のmsfcを試した。っがやっぱりうまくいかない。過去何度もチャレンジしているのだが
    同じ場所で躓いてしまう。まあmsfcを求める状況ならADDCもwindowsサーバで揃えるのは当然なのだろうが、、
    勤め先でubuntuを触った。すごい。面白い。Linuxクライアントとしていいかも。
  • 140508
    postgresでpgpool-IIを使うとより短時間にクエリーの結果が返ってくるそうな。mysqlではShard-Queryが該当するそうな。
    なかなか面白い方式に驚いている。
  • 140430
    RDKitの更新完了。ただ新機能の紹介はしていない。ただ単に更新のみ。ChEMBLの化合物データを使って検索検証を行ってみた。
    次はOpenBabelのCartridgeを更新しようかと思ったがOpenBabelは、、なんか1年以上version upがされていないみたい。。
    MySQLではなくMariaDBでのCartridgeを作ろうかと画策。
  • 140428
    FAERSのMERGEは成功。パラレルクエリー対応なoss-RDBMSを探している。クライアントからリクエストに1core、
    別のリクエストには別のcoreをと用意できるcore数だけ滞りなく対処できるようだが、1つのリクエストを
    多数のcoreで分散処理はまだないみたい。商用なら当然あるようだ。
  • 140423
    FAERSの取り込みを行っている。前回よりは綺麗(?)になった感じがする。けど、DRUGNAME、LOT_NUMの長さはどこまで伸びるんだ?
    windowsServerをADDCにして、samba4をDCとして加えるには2012R2だと無理なのかな。どうも成功しない。2008R2なら行ける。
    勤め先で電顕のデータを取扱いし始めた。relionのtutorialがあるそうで、今後試してみたい。あーMAD/MRが先かな
  • 140415
    FAERSの2013Q1がリリースされていた。前回のupdateで大幅な仕様変更が行われ、その統合にはちょいと工夫が必要であった
    全世界から集められるお薬の有害事象報告。いろいろ中身を読むだけでも面白い物である。
  • 140414
    windowsServer謹製のADにLinuxをメンバーサーバとして加える方法をまとめた。ただ、書いたのは「できる」って事だけで
    現場で「使える」かは分からない。「できる」と「使える」には大きな差がある。まあーここでは「使える」まで
    知りうる限り論述連ねるが、各自に応じる「使える」水準があるだろうから難しさはある
    既存windowsADにsamba4ADを加えることを書き上げたら、次は差し替えを取り上げようかな
  • 140406
    samba4ADのホームディレクトリは完成。vssも記述した。結局kerberosを使うNFSマウントは見送り。名前解決に
    問題があるのか?なのだが、chaperone.jpとcerius.localが同居していると解決に時間がかかりそうだったので。
    これで一連のsamba4見直しは終了。次はwindowsServerとLinux。windowsServerADとsamba4ADの連携とかを予定
  • 140404
    samba4ADのホームディレクトリだが、kerberosでセキュアなNFSと思ったがドメインに参加していない
    メンバーサーバを考慮するとしないほうがいいのかな?ドメイン外のホストをプリンシパルに入れられたっけ?
    っと知識のなさが残念。。。 NFS。できればGFSとかも試したい。
  • 140401
    virt-installにq35を指定したらtablet云々で仮想マシンは作れなかった。 --machine=pcで事は足りているのだが、、なんか残念
    samba4ADはホームディレクトリ関係。できればNFSにkerberosを使いた。vssがhomesで正しく動作しない....
  • 140331
    samba4AD関係を再編集中 ほぼ想定様式になった気がする。あとはストレージにsnapshotかな
    所詮クライアントの中心はwindows。windowsにログインしたら、あとはシングルサインオンで全て繋がる様式にさせてみたい
    VMwarePlayerが商業目的は無理なそうな。っで代わりなVirtualBox。現在様子見状態。
  • 140328
    勤め先からここへアクセスできなくなった、、、対策ソフトで撥ねられた模様
    私の備忘録としての存在意味が、、、
  • 140326
    どうもsamba4をLDAPと見做してkerberos経由nslcdでのローカルログインがうまくいかない。
    kerberos経由sssdがリモートサイトからの接続で成功した経験があるのでこの手法で試そうかと画策中。
    win2k12r2STDの値段に改めて驚いた。高いなぁ〜。まあーそれだけの機能があるんだろうけど、用途次第では、、、、
  • 140325
    kernel-3.13.7がリリースされた。早速組み込んだのだが、貧弱なマシンなので再構築に150minも要した....
    今使っているモジュールだけを構築する.config生成スクリプトはないのかな。まあー最新機なら10minも掛からない
    再構築時間なのでしょうけど、、、、samba4/btrfs/dedup/vss/ldap/kerberosを当面の重点かな。
  • 140323
    あれ?日記っぽい?
    samba4.1.6 with bind 9.9.5で再構築。samba4ADサーバ自身へのlinuxログインでkerberosを使った方式がうまくいかない。
    このうまくいかない原因がsamba4ADを使ったwindows208r2 msfcの未達と繋がるのかな?とも思うのだが、、さて。
    S-SADだけどインシュリンの配列が間違っている。。75残基ってなんだよw。。っがなぜか電子密度マップまで出してくれた。
    ソフトウエアは入力が間違っても答えを出す。ユーザ側がログを正しく読めなければ元も子もない。。。
  • 140320
    samba4.1.6がリリースされている。今までのinternalDNSではなく以前行っていたBindとの連携で再構築の予定。
    っで、この際Bindを9.9.xシリーズに揚げるかも。
    X線解析だけどS-SADが荒削りで完成。次にMAD、MRも行いたい。
    RDKitの最新版で100万件ほどでall against allな部分構造検索と類似検索を行いプロファイルを作成。っで同じ事をOpenBabelでもやってみたいもの。これでエンジンの癖とか見つかるかな?あとどっちが早いかも。

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Last-modified: 2017-07-12 (水) 19:13:48 (36d)