本家様 https://github.com/bHimes/emClarity
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30349041

MATLABなアプリ。ソースコードが公開されてMATLABを持っていればコンパイル可能な代物
だが、コンパイル済みのバイナリーも提供されている。なので無償のMATLAB Compiler Runtime (MCR)が用意できれば利用可能です。

この「MATLAB Compiler Runtime (MCR)」はhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlから入手可能です。

っで、いろいろな種類のRuntimeがあるが、emClarityの「LTS 1.5.1.0」バージョンは「MCR_2019a」のみでしか動かないみたい

MATLAB Runtimeのインストール

先のhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlからRelease R2019a (9.6)のLinux-bit をクリックします。
ダウンロードされるファイルは「MATLAB_Runtime_R2019a_Update_8_glnxa64.zip」で 2.0 GB あります
2020y05m20d_234548054.png

インストール方法は MATLAB 参照

emClarity(MATLAB コンパイル済み版)を入手

emClarityのwikiページに移ってhttps://github.com/bHimes/emClarity/wiki 「LTS 1.5.1.0」のリンクをクリックします。
2020y10m24d_095309439.png

リンクをクリックすると google drive に移ります。そこでダウンロードリンクをクリックします。
2020y10m24d_095450476.png

これでファイル「emClarity_1.5.1.0.zip」(265MB)が取得できます。

これを配置します。

[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# unzip /apps/src/emClarity_1.5.1.0.zip

展開される中身は

[root@c apps]# cd emClarity_1.5.1.0
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -CF
bin/  docs/  lib/
 
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/
total 51880
drwxr-xr-x 5 root root      190 Jun 11 05:32 deps/
-rwxr--r-- 1 root root 53115000 Jun 11 20:01 emClarity_1_5_1_0*
-rwxr-xr-x 1 root root     4350 Jun 11 20:01 emClarity_1_5_1_0_v19a*
 
[root@c emClarity_1.5.1.0]#

「emClarity_1_5_1_0」に実行権が入ってないので「chmod +x emClarity_1_5_1_0」とします

[root@c emClarity_1.5.1.0]# chmod +x emClarity_1_5_1_0

その他に配布ディレクトリを見てみると

[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root     4096 Apr 19  2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root       21 Apr 18  2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root       31 Apr 18  2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root     4096 Apr 18  2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18  2020 emC_ctffind*
lrwxrwxrwx 1 root root       48 Oct 24 10:12 emC_reconstruct3d -> /groups/grigorieff/home/himesb/tmp/reconstruct3d
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18  2020 emC_reconstruct3d~*
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18  2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root      182 Apr 18  2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root        8 Apr 18  2020 VERSION
 
[root@c emClarity_1.5.1.0]#

「emC_reconstruct3d」がリンクファイルなのだが、参照先が??。おそらく「emC_reconstruct3d~」と差し替えが必要なのでは?と思う

[root@c emClarity_1.5.1.0]# rm bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# mv bin/deps/emC_reconstruct3d~ bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root     4096 Apr 19  2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root       21 Apr 18  2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root       31 Apr 18  2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root     4096 Apr 18  2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18  2020 emC_ctffind*
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18  2020 emC_reconstruct3d*
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18  2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root      182 Apr 18  2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root        8 Apr 18  2020 VERSION
 
[root@c emClarity_1.5.1.0]#

あと「bin/deps/autodoc/」にリンク参照先がないファイルが多数あるが....そのままに.

設定

一部修正する必要がある.
まずは、MATLAB Runtimeのインストール時に提示される runtime の LD_LIBRARY_PATH を定義するファイルを用意する
既に 「/etc/ld.conf.d/」 とかで定義されているかもしれないけど....

そのためのファイル「/apps/MATLAB/mcr_bash.sh」を用意します

[root@c ~]# cat /apps/MATLAB/mcr_bash.sh
_LD_LIBRARY_PATH=/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/runtime/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/bin/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/sys/os/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/extern/bin/glnxa64
 
export LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}
 
[root@c ~]#

そして「/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a」を修正します

--- /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a.orig     2020-06-11 20:01:17.000000000 +0900
+++ /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a  2020-10-24 11:00:42.881094027 +0900
@@ -7,12 +7,12 @@
 #Please modify this line to point to the text file in your MCR root
 #where you pasted the lines suggested to add to LD_LIBRARY_PATH during install.
 #MCR_BASH="/work/thirdParty/MATLAB/mcr_bash.sh"
-MCR_BASH=/groups/grigorieff/home/himesb/thirdParty/MTL_MCR_17b/BH_mcr_internal19a.bashrc
+MCR_BASH=/apps/MATLAB/mcr_bash.sh
 
 
 #Please modify this line to point to the install for emClarity binary
 #emClarity_ROOT=/work/emClarity
-export emClarity_ROOT=/groups/grigorieff/home/himesb/work/emClarity
+export emClarity_ROOT=/apps/emClarity_1.5.1.0
 export LD_LIBRARY_PATH=${emClarity_ROOT}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
 
 # This is added in the middle of the emClarity run script. It does the following.

この修正後、emClarityが正しく動くかチェックします

[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a check
Found tmpfs /dev/shm with max mem 3958548 bytes
using this for MCR_CACHE_ROOT
 
##############
 
        Created a tmp MCR_CACHE locally at /dev/shm/emC_tmp_2262012327
        Available mem is 3.77517 GB
        Started emC_memClean to make sure it removed in the event of a crash.
        Default kill time is a max of 10080 minutes
 
##############
 
 
emC_cisTEMDepPath =
 
    '/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/deps'
 
 
                ***************************************
 
emClarity version 8307477
run starting on 24-Oct-2020 11:31:35
cmd check
 
                ***************************************
 
/bin/bash: /apps/emClarity_1.5.1.0/testScripts/BH_checkInstall.sh: No such file or directory
 
                ***************************************
 
run ending on 24-Oct-2020 11:31:36
 
 
                ***************************************
 
 
[root@c ~]#

と問題ないみたい. 「BH_checkInstall.sh」は見当たらない...

EnvironmentModules

使用するにはIMOD-4.10.18以上が必要なようで、module load の際にはimodも概要以上がloadされるようにするのがいいみたい
なので

[root@c ~]# cat /etc/modulefiles/emClarity
#%Module1.0
#
module unload IMOD
module load   IMOD/4.10
module load   chimera
set-alias emClarity  /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a
 
[root@c ~]#

とかに.

IMOD/4.10のmodulefileとしては

#%Module1.0
#
set imod     /apps/imod_4.10.48
#
prepend-path PATH            $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH         $imod/man
 
setenv IMOD_DIR              $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR         $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR       $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR          /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/
setenv IMOD_JAVADIR          /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR        $imod/autodoc
 
set-alias subm "submfg \!* &"

とかで.


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Last-modified: 2020-10-24 (土) 11:44:55 (5d)