本家様 https://github.com/bHimes/emClarity
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30349041

MATLABなアプリ。ソースコードが公開されてMATLABを持っていればコンパイル可能な代物
だが、コンパイル済みのバイナリーも提供されている。なので無償のMATLAB Compiler Runtime (MCR)が用意できれば利用可能です。

この「MATLAB Compiler Runtime (MCR)」はhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlから入手可能です。

っで、いろいろな種類のRuntimeがあるが、emClarityの「LTS 1.5.0.4」バージョンは「MCR_2019a」のみでしか動かないみたい

MATLAB Runtimeのインストール

先のhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlからRelease R2019a (9.6)のLinux-bit をクリックします。
ダウンロードされるファイルは「MATLAB_Runtime_R2019a_Update_8_glnxa64.zip」で 2.0 GB あります
2020y05m20d_234548054.png

インストール方法は MATLAB 参照

emClarity(MATLAB コンパイル済み版)を入手

emClarityのwikiページに移ってhttps://github.com/bHimes/emClarity/wiki 「LTS 1.5.0.4」のリンクをクリックします。
2020y05m20d_234729445.png

リンクをクリックすると google drive に移ります。そこでダウンロードリンクをクリックします。
2020y05m20d_234910971.png

これでファイル「emClarity_1.5.0.4.zip」が取得できます。

これを配置します。

[root@c ~]# mkdir /apps/emClarity
[root@c ~]# cd /apps/emClarity
[root@c emClarity]# unzip /apps/src/emClarity_1.5.0.4.zip

展開される中身は

[root@c emClarity]# ls -lF
total 0
drwxr-xr-x. 3 root root 73 Apr 10 05:51 bin/
 
[root@c emClarity]#
[root@c emClarity]# ls -lF bin/
total 73000
drwxr-xr-x. 5 root root      217 Apr  9 00:15 docs/
-rwxr--r--. 1 root root 74746126 Apr 10 05:51 emClarity_1_5_0_4*
-rwxrwxrwx. 1 root root     3900 Apr 10 05:51 emClarity_1_5_0_4_v19a*
 
[root@c emClarity]#
[root@c emClarity]# ls -lF bin/docs/
total 392
drwxr-xr-x. 2 root root    121 Apr  8 04:05 additionalScriptsForIdeas/
drwxr-xr-x. 3 root root   4096 Apr  4 01:28 anticipatedTiltAlignment/
-rw-r--r--. 1 root root 375679 Apr  9 00:15 emClarity_tutorial_v-1.5.0.0.pdf
drwxr-xr-x. 2 root root   4096 Apr  4 01:28 exampleParametersAndRunScript/
-rwxr-xr-x. 1 root root   5794 Apr  4 01:28 recScript2.sh*
-rwxr-xr-x. 1 root root   1394 Apr  4 01:28 runMatFile_ultron.sh*
-rwxr-xr-x. 1 root root    310 Apr  4 01:28 runUnblur.sh*
 
[root@c emClarity]#

プログラム本体に実行権がないので修正します

[root@c emClarity]# chmod +x bin/emClarity_1_5_0_4

設定

一部修正する必要がある.
まずは、MATLAB Runtimeのインストール時に提示される runtime の LD_LIBRARY_PATH を定義するファイルを用意する
既に 「/etc/ld.conf.d/」 とかで定義されているかもしれないけど....

そのためのファイル「/apps/MATLAB/mcr_bash.sh」を用意します

[root@c ~]# cat /apps/MATLAB/mcr_bash.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/runtime/glnxa64:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/bin/glnxa64:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/sys/os/glnxa64
 
[root@c ~]#

そして「/apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a」を修正します

--- /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a.orig     2020-04-10 05:51:22.000000000 +0900
+++ /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a  2020-05-21 00:08:27.277870785 +0900
@@ -7,12 +7,12 @@
 #Please modify this line to point to the text file in your MCR root
 #where you pasted the lines suggested to add to LD_LIBRARY_PATH during install.
 #MCR_BASH="/work/thirdParty/MATLAB/mcr_bash.sh"
-MCR_BASH=/groups/grigorieff/home/himesb/thirdParty/MTL_MCR_17b/BH_mcr_internal19a.bashrc
+MCR_BASH="/apps/MATLAB/mcr_bash.sh"
 
 
 #Please modify this line to point to the install for emClarity binary
 #emClarity_ROOT=/work/emClarity
-emClarity_ROOT=/groups/grigorieff/home/himesb/thirdParty/emClarity
+emClarity_ROOT=/apps/emClarity/bin
 
 
 # This is added in the middle of the emClarity run script. It does the following.

この修正後、emClarityが正しく動くかチェックします

[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a check
Found tmpfs /dev/shm with max mem 1940364 bytes
using this for MCR_CACHE_ROOT
 
##############
 
        Created a tmp MCR_CACHE locally at /dev/shm/emC_tmp_20757
        Available mem is 1.85048 GB
        Started emC_memClean to make sure it removed in the event of a crash.
        Default kill time is a max of 10080 minutes
 
##############
 
ali check
bead check
 
                ***************************************
 
emClarity version cb3c63d
run starting on 21-May-2020 00:08:59
cmd check
 
                ***************************************
 
 
                ***************************************
 
run ending on 21-May-2020 00:08:59
 
 
                ***************************************
 
[root@c ~]#

と問題ないみたい.
っで実際に使うには

[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a autoAlign param0.m tilt1.st tilt1.rawtlt estimatedTiltAxis

となるのだが、フルパスで面倒...
aliasでも設ければいいみたい.

[root@c ~]# alias emClarity=/apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a

modulefilesとしては下記でいいのかと

[root@c ~]# cat /etc/modulefiles/emClarity
#%Module1.0
#
set-alias emClarity  /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a
 
[root@c ~]#

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Last-modified: 2020-05-21 (木) 00:24:32 (8d)