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本家様 https://github.com/bHimes/emClarity
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30349041
MATLABなアプリ。ソースコードが公開されてMATLABを持っていればコンパイル可能な代物
だが、コンパイル済みのバイナリーも提供されている。なので無償のMATLAB Compiler Runtime (MCR)が用意できれば利用可能です。
この「MATLAB Compiler Runtime (MCR)」はhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlから入手可能です。
っで、いろいろな種類のRuntimeがあるが、emClarityの「LTS 1.5.1.0」バージョンは「MCR_2019a」のみでしか動かないみたい
先のhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-runtime.htmlからRelease R2019a (9.6)のLinux-bit をクリックします。
ダウンロードされるファイルは「MATLAB_Runtime_R2019a_Update_8_glnxa64.zip」で 2.0 GB あります
インストール方法は MATLAB 参照
emClarityのwikiページに移ってhttps://github.com/bHimes/emClarity/wiki 「LTS 1.5.1.0」のリンクをクリックします。
リンクをクリックすると google drive に移ります。そこでダウンロードリンクをクリックします。
これでファイル「emClarity_1.5.1.0.zip」(265MB)が取得できます。
これを配置します。
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# unzip /apps/src/emClarity_1.5.1.0.zip展開される中身は
[root@c apps]# cd emClarity_1.5.1.0
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -CF
bin/ docs/ lib/
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/
total 51880
drwxr-xr-x 5 root root 190 Jun 11 05:32 deps/
-rwxr--r-- 1 root root 53115000 Jun 11 20:01 emClarity_1_5_1_0*
-rwxr-xr-x 1 root root 4350 Jun 11 20:01 emClarity_1_5_1_0_v19a*
[root@c emClarity_1.5.1.0]#「emClarity_1_5_1_0」に実行権が入ってないので「chmod +x emClarity_1_5_1_0」とします
[root@c emClarity_1.5.1.0]# chmod +x emClarity_1_5_1_0その他に配布ディレクトリを見てみると
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Oct 24 10:12 emC_reconstruct3d -> /groups/grigorieff/home/himesb/tmp/reconstruct3d
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstruct3d~*
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#「emC_reconstruct3d」がリンクファイルなのだが、参照先が？？。おそらく「emC_reconstruct3d~」と差し替えが必要なのでは？と思う
[root@c emClarity_1.5.1.0]# rm bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# mv bin/deps/emC_reconstruct3d~ bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstruct3d*
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#あと「bin/deps/autodoc/」にリンク参照先がないファイルが多数あるが....そのままに.
一部修正する必要がある.
まずは、MATLAB Runtimeのインストール時に提示される runtime の LD_LIBRARY_PATH を定義するファイルを用意する
既に 「/etc/ld.conf.d/」 とかで定義されているかもしれないけど....
そのためのファイル「/apps/MATLAB/mcr_bash.sh」を用意します
[root@c ~]# cat /apps/MATLAB/mcr_bash.sh
_LD_LIBRARY_PATH=/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/runtime/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/bin/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/sys/os/glnxa64
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/extern/bin/glnxa64
export LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}
[root@c ~]#そして「/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a」を修正します
|
この修正後、emClarityが正しく動くかチェックします
[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a check
Found tmpfs /dev/shm with max mem 3958548 bytes
using this for MCR_CACHE_ROOT
##############
Created a tmp MCR_CACHE locally at /dev/shm/emC_tmp_2262012327
Available mem is 3.77517 GB
Started emC_memClean to make sure it removed in the event of a crash.
Default kill time is a max of 10080 minutes
##############
emC_cisTEMDepPath =
'/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/deps'
***************************************
emClarity version 8307477
run starting on 24-Oct-2020 11:31:35
cmd check
***************************************
/bin/bash: /apps/emClarity_1.5.1.0/testScripts/BH_checkInstall.sh: No such file or directory
***************************************
run ending on 24-Oct-2020 11:31:36
***************************************
[root@c ~]#と問題ないみたい. 「BH_checkInstall.sh」は見当たらない...
使用するにはIMOD-4.10.18以上が必要なようで、module load の際にはimodも概要以上がloadされるようにするのがいいみたい
なので
[root@c ~]# cat /etc/modulefiles/emClarity
#%Module1.0
#
module unload IMOD
module load IMOD/4.10
module load chimera
set-alias emClarity /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a
[root@c ~]#とかに.
IMOD/4.10のmodulefileとしては
#%Module1.0
#
set imod /apps/imod_4.10.48
#
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
set-alias subm "submfg \!* &"とかで.
