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本家様 https://cryotud.github.io/locscale/
LocScale 2.0 is an automated program for physics-informed local sharpening and/or density modification of cryo-EM maps with the aim to improve their interpretability.
It utilises general properties inherent to electron scattering from biological macromolecules to restrain the sharpening filter.
These can either inferred directly from the experimental density map, or be provided from an existing atomic model.
(deepL様翻訳)
LocScale 2.0は、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）マップの解釈性を向上させることを目的とした、物理学に基づく局所的なシャープニングおよび／または密度修正を自動化するプログラムです。
本プログラムは、生物学的高分子からの電子散乱に固有の一般的な特性を活用してシャープニングフィルターを制約します。
これらの特性は、実験的な密度マップから直接推定することも、既存の原子モデルから提供することも可能です。
各自のホームディレクトリに各種pythonアプリの実行環境を用意するのではなく、rootで一元管理させるために「pyenv-anaconda」を使ってます.
pyenvでOS提供のpython,anaconda環境から離れ、そのpyenv上にanaconda環境を独自に敷いてます
ここでは「/apps/pyenv」を起点としています.
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minicondaのバージョンが一覧されます.
pyenv install miniforge3-25.11.0-1
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.sh
conda update -n base -c conda-forge conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/etc/profile.d/conda.shこれで「pyenv-anaconda」の環境敷設は完了です。
次にlocscale 実行環境を作ります
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://github.com/cryotud/locscale
[root@rockylinux9 src]# cd locscale/
[root@rockylinux9 locscale]# ls -l
total 52
-rw-r--r-- 1 root root 890 Feb 11 17:25 CITATION.cff
-rw-r--r-- 1 root root 80 Feb 11 17:25 config.py
drwxr-xr-x 5 root root 165 Feb 11 17:25 docs
-rw-r--r-- 1 root root 177 Feb 11 17:25 environment.yml
-rwxr-xr-x 1 root root 3574 Feb 11 17:25 __init__.py
-rwxr-xr-x 1 root root 1706 Feb 11 17:25 LICENSE
drwxr-xr-x 8 root root 178 Feb 11 17:25 locscale
-rw-r--r-- 1 root root 112 Feb 11 17:25 MANIFEST.in
-rw-r--r-- 1 root root 2617 Feb 11 17:25 mkdocs.yml
-rw-r--r-- 1 root root 136 Feb 11 17:25 pyproject.toml
-rwxr-xr-x 1 root root 8230 Feb 11 17:25 README.md
drwxr-xr-x 2 root root 23 Feb 11 17:25 recipe
-rw-r--r-- 1 root root 878 Feb 11 17:25 setup.cfg
-rw-r--r-- 1 root root 3924 Feb 11 17:25 setup.py
[root@rockylinux9 locscale]#
[root@rockylinux9 locscale]# conda env create -f environment.ymlこれでcondaに locscale2 実行環境が用意されます
っでどうやらユーザ環境に設置するのを前提とした作りのようでモデルファイルらを
インストール先の「/apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/envs/locscale2」に置くようになっているみたい。
なのでまずrootで「locscale test」を実行するか
「/apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/envs/locscale2/lib/python3.11/site-packages/locscale/」のパーミッションを変更するとかでしょうか
「/apps/modulefiles/locscale」
#%Module
set root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.11.0-1/envs/locscale2
prepend-path PATH $root/bin
