本家様http://www.pbspro.org/
ジョブスケジューラ
TORQUEもいいのだがmauiとの連携でGPUが残念な状態である。そうなるとslurmが選択肢になるのだが、
ここにきて商用品であるPBS Professionalがオープンソースとして提供されている。

ここではこのPBS Professionalについて取り上げる. CentOS8でインストール可能なパッケージを用意したいと思う

特徴と言うかそのように作られたのでしょうけど、postgreSQLを利用しています
macOSではコンパイルできませんでした
pbspro/PBS_TMPDIR
pbspro/table

pbspro/windows ジョブ作成pbspro/job
pbspro/environment
pbspro/GPU

rpmbuild下準備

っで、まずは下準備

[root@c ~]# mkdir -p ~/rpmbuild/{SOURCES,SPECS}

pbsproソースファイルの作成

https://github.com/PBSPro/pbsproから最新コードが入手可能で、
ここでは version 19.1.3 を調理します
まずはgitで取得します

[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]#
[root@c src]# git clone https://github.com/PBSPro/pbspro
 
[root@c src]# cd pbspro/
[root@c pbspro]# git tag
OpenHPC_20160515
v14.1.0
v14.1.2
v18.1.1
v18.1.2
v18.1.3
v18.1.4
v18.1.beta
v19.1.1
v19.1.1beta1
v19.1.2
v19.1.3
[root@c pbspro]#
[root@c pbspro]# git branch
* master
[root@c pbspro]# 
[root@c pbspro]# git checkout -b v19.1.3-c refs/tags/v19.1.3
Switched to a new branch 'v19.1.3-c'
[root@c pbspro]#
[root@c pbspro]# git branch
  master
* v19.1.3-c
[root@c pbspro]#

次にソースコードの一部を修正します
CentOS8は後述するようにpythonのバージョンが複数使える
っでpbsproには「#!/usr/bin/env python」から始まるスクリプトがあって、これをrpmbuildが通ると
Change it to python3 (or python2) explicitly.
と言われエラーとなる
っで手動でpbspro/test/fw/bin/配下の
pbs_as
pbs_config
pbs_loganalyzer
pbs_snapshot
pbs_swigify
pbs_benchpress
pbs_cov
pbs_py_spawn
pbs_stat
の一行目にある「python」を「python2」にします。

#!/usr/bin/env python
  ↓
#!/usr/bin/env python2

rpmbuildでパッケージを作る

[root@c pbspro]# cd ..
[root@c src]# tar cvfz ~/rpmbuild/SOURCES/pbspro-19.1.3.tar.gz pbspro --transform 's/pbspro/pbspro-19.1.3/'

これで「~/rpmbuild/SOURCES」にpbsproのソースtarballが用意される(~/rpmbuild/SOURCES/pbspro-19.1.3.tar.gz)

あとはpbsproのspecファイルを「~/rpmbuild/SPECS/」内に配置する
幸い pbspro の git にはpbspro.specファイルが用意されているのでこれをそのまま採用します

[root@c src]# cp pbspro/pbspro.spec ~/rpmbuild/SPECS/

そのままでもいいのだが、一部specファイルを修正します。

python

その前にpythonパスを調整
specファイルの「BuildRequires」部分を見ると

 :
BuildRequires: python-devel >= 2.6
BuildRequires: python-devel < 3.0
 :

とあり、pbspro自身がまだpython3系には未対応なのかなと思える。
CentOS8で「python」はpython2もしくはpython36のいずれかを選べるようで、ここではpython2をインストールします。
*python36を同時にインストールして共存させても構わない

っでインストール後「python」と実行すると「-bash: /usr/bin/python: No such file or directory」と言われる
この解消は「alternatives --config python」で使用するpythonのバージョンを指定する必要がある

[root@c ~]# alternatives --config python
 
There are 3 programs which provide 'python'.
 
  Selection    Command
-----------------------------------------------
*+ 1           /usr/libexec/no-python
   2           /usr/bin/python3
   3           /usr/bin/python2
 
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 3
[root@c ~]# python -V
Python 2.7.15
[root@c ~]#

これで既定でpythonと実行するとpython2が呼び出される。

PBSPro specファイルの修正

pbsproの既定の場所を変更してます
「/var/spool/pbs」->「/var/lib/pbs」
あと、BuildRequiresをCentOS8向けに修正
CentOS7ならこの部分は修正不要です
留意
ここで作ったrpmファイルはCentOS8向けです。CentOS7では使えません。CentOS7でrpmbuildしてそれを配布する必要がある。

[root@c ~]# cp -ap ~/rpmbuild/SPECS/pbspro.spec ~/rpmbuild/SPECS/pbspro.spec.orig
[root@c ~]# vi ~/rpmbuild/SPECS/pbspro.spec

っで修正を加える。

--- rpmbuild/SPECS/pbspro.spec.orig     2020-02-16 17:03:30.650372577 +0900
+++ rpmbuild/SPECS/pbspro.spec  2020-02-16 18:04:19.716460053 +0900
@@ -53,7 +53,7 @@
 %endif
 
 %if !%{defined pbs_home}
-%define pbs_home /var/spool/pbs
+%define pbs_home /var/lib/pbs
 %endif
 
 %if !%{defined pbs_dbuser}
@@ -106,8 +106,7 @@
 BuildRequires: perl
 BuildRequires: postgresql-devel
 BuildRequires: postgresql-contrib
-BuildRequires: python-devel >= 2.6
-BuildRequires: python-devel < 3.0
+BuildRequires: python2-devel >= 2.6
 BuildRequires: tcl-devel
 BuildRequires: tk-devel
 BuildRequires: swig
@@ -152,8 +151,7 @@
 Requires: expat
 Requires: postgresql-server
 Requires: postgresql-contrib
-Requires: python >= 2.6
-Requires: python < 3.0
+Requires: python2 >= 2.6
 Requires: tcl
 Requires: tk
 %if %{defined suse_version}
@@ -187,8 +185,7 @@
 Conflicts: pbs-cmds
 Requires: bash
 Requires: expat
-Requires: python >= 2.6
-Requires: python < 3.0
+Requires: python2 >= 2.6
 %if 0%{?suse_version} >= 1500
 Requires: hostname
 %endif
@@ -216,8 +213,7 @@
 Conflicts: pbs-mom
 Conflicts: pbs-cmds
 Requires: bash
-Requires: python >= 2.6
-Requires: python < 3.0
+Requires: python2 >= 2.6
 Autoreq: 1
 
 %description %{pbs_client}
@@ -268,6 +264,7 @@
 %setup
 
 %build
+./autogen.sh
 [ -d build ] && rm -rf build
 mkdir build
 cd build

rpmbuildの実行

っがpbsproのパッケージ要求があって、下記をyumでインストール。

[root@c ~]# yum --enablerepo=PowerTools install libedit-devel postgresql-contrib postgresql-devel \
                                                swig tcl-devel tk-devel libical-devel hwloc-devel python2-devel

そうしてrpmbuildを実行します

[root@c ~]# rpmbuild -ba rpmbuild/SPECS/pbspro.spec

完成品がこれ

[root@c ~]# ls -lh rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-*
-rw-r--r--. 1 root root 2396348 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-client-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 3197824 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-client-debuginfo-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root  158620 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-debuginfo-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 1919948 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-debugsource-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 2824044 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-execution-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 4045740 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-execution-debuginfo-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 3915552 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-server-19.1.3-0.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 6798000 Feb 16 17:56 rpmbuild/RPMS/x86_64/pbspro-server-debuginfo-19.1.3-0.x86_64.rpm
[root@c ~]#

品目が分かりやすくていい

導入

ジョブ管理ノードには (作業:pbspro/server)

  • pbspro-server-19.1.3-0.x86_64.rpm

計算ノードには (作業:pbspro/execution)

  • pbspro-execution-19.1.3-0.x86_64.rpm

ジョブ発行ノードには (作業:pbspro/client)

  • pbspro-client-19.1.3-0.x86_64.rpm

をそれぞれインストールする
留意 同一マシンに「pbspro-execution」と「pbspro-client」は載せられない。
その場合、「pbspro-execution」は「pbspro-client」の機能を持つので「pbspro-execution」をインストールする

hosts.equiv

計算ノードでの計算が終わった後に、標準出力、標準エラーとかのファイルは、
「/opt/pbs/sbin/pbs_rcp」もしくは「/bin/scp」を使って「ジョブを発行したノード」へコピーされます。

sshで計算ノードからジョブ発行ノードにパスワード無しとかでアクセスできればいいのですが、
そうで無い場合、rcpに対応すべく下記「/etc/hosts.equiv」を用意する

[root@pbspro ~]# cat /etc/hosts.equiv
+ +
 
[root@pbspro ~]# systemctl enable rexec.socket rsh.socket
[root@pbspro ~]# systemctl start rexec.socket rsh.socket

また、NFSで繋げていれば、計算ノードの「/var/lib/pbs/mom_priv/config」ファイルに

$usecp *:/home /home
$usecp *:/data /data

と記載していれば、rcp/scpなどネットワークを経由せずにcpコマンドでコピーされる

queueの作成

pbsproには2種類のqueueが用意されている。「routing」と「execution」
「routing」はジョブを他のqueueへ移す「queue」(宛先は再度「routing」でも構わなく、当然「execution」でもOK)
「execution」はジョブを待機中とか計算中とかにさせる「queue」 (「計算のqueue」とかと呼ばれるもの)
pbsproでは既定で queue「workq」が用意されている。

[root@pbspro ~]# qstat -Q
Queue              Max   Tot Ena Str   Que   Run   Hld   Wat   Trn   Ext Type
---------------- ----- ----- --- --- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----
workq                0     0 yes yes     0     0     0     0     0     0 Exec
[root@pbspro ~]#

とりあえず、この「workq」を使った簡単なテストジョブを発行してみる

[illya@pbspro ~]$ cat a.sh
#!/bin/sh
sleep 30
hostname
pwd
 
[illya@pbspro ~]$ qsub -q workq -N test -l select=1:ncpus=1:mem=1gb a.sh
14.pbspro
[illya@pbspro ~]$ qstat
Job id            Name             User              Time Use S Queue
----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
14.pbspro         test             illya             00:00:00 R workq
[illya@pbspro ~]$

となる。
queueの名称で特定の計算ノードにジョブが渡るようにするには下記のように「set node <node> queue = <queue>」とする
ここでは、queue「bio」が指定されると、計算ノード「n1」と「n2」が担当するようにした
もちろんジョブの指定方法では「n1」「n2」の2つを使えます

[root@pbspro ~]# qmgr
Max open servers: 49
Qmgr: create queue bio queue_type = execution
Qmgr: set queue bio started = true
Qmgr: set queue bio enabled = true
Qmgr: set node n1 queue = bio
Qmgr: set node n2 queue = bio
 
[root@pbspro ~]#

どの計算ノードがどのqueueに割り当てられているかは「pbsnodes」コマンドで確認可能

[root@pbspro ~]# pbsnodes -aS
vnode           state           OS       hardware host            queue        mem     ncpus   nmics   ngpus  comment
--------------- --------------- -------- -------- --------------- ---------- -------- ------- ------- ------- ---------
n1              free            --       --       n1              bio             2gb       1       0       0 --
n2              free            --       --       n2              bio             2gb       2       0       0 --
n3              free            --       --       n3              --              2gb       3       0       0 --
[root@pbspro ~]#

ノード指定を解除するには

[root@pbspro ~]# qmgr -c "unset node n2 queue"

とかで
1つの計算ノードを複数のqueueで共有する場合はvnode様式を使う
詳しくはPBSProのAdministrator's Guide「4.8.2.2.i Procedure to Associate Vnodes with Multiple Queues」を参照

queue「bio」を特定のユーザしか使わせないなら下記のように設定を施す

Qmgr: set queue bio acl_users="illya@client.sybyl.local,saber@*.sybyl.loca"
Qmgr: set queue bio acl_user_enable = true

もし定義以外のユーザが実行しようとすると下記のようになる

[archer@c ~/pbs]$ qsub d.sh
qsub: Unauthorized Request
 
[archer@c ~/pbs]$

終わったジョブの情報がみたい

set server job_history_enable = True
set server job_history_duration = 00:10:00

として「qstat -x」とすれば10分前まで過去の終了したジョブ情報が見える。詳しく見たければ「qstat -x -f <ジョブID>」を行う

メモ

  • set server query_other_jobs = True
    他ユーザのジョブの状態を見たいのなら
    「set server query_other_jobs = True」
    をqmgrで実行する
    Torqueならこれで /var/lib/torque/spool に蓄えられる一時ファイルのパーミッションが 644 とかになるのだが
    PBSProではならないみたい.
    もしPBSProでも 644 にしたいのなら ジョブファイルに「#PBS -W umask=0022」を追記する必要がある.
  • set server node_fail_requeue = 0
    計算ノードの停止とかで通信が途切れて、計算ノードが復帰したらの取り扱い。
    0なら途切れればqeueuの条件にあう計算ノードに「requeue」しない。
    0以上ならその間はその指定時間(秒)は待機するが、それ以降は「requeue」される。既定で310秒
  • set server default_qsub_arguments= "-r n"
    そもそも「rerun」をさせない様にするには「#PBS -r n」をジョブスクリプトに記載すればいいのだが、
    既定でそのような使用にするには「set server default_qsub_arguments= "-r n"」とする
  • queueスクリプトに変数を渡す
    qusbの引数「-v」を使います。複数入れたい場合は「-v IN=a.mrc,OUT=a.tiff」と「,」で繋げます。
    #!/bin/bash
    #PBS -q batch
    cd $PBS_O_WORKDIR
    e2proc2d.py ${IN} ${OUT}
    として「qsub -v IN=a.mrc,OUT=a.tiff」ができるかと
  • afterok
    特定のジョブが完了後に動かしたい場合は「afterok:<jobid>」を指定する。
    qsub -W depend=afterok:244.c    JOB_B
    「<jobid>」は、ジョブ管理ノードの拡張子を付けた方がいいみたい「244.c」とか
  • walltimeをジョブ投入後に変更する
    管理者権限が必要です。
    qalter -l walltime=48:00:00 <job ID>
  • 「Q」状態のジョブを他のqueueに回す。
    一般ユーザでもできます。ただし状態が「Q」(ジョブ実行前)に限ります
    qmove chem <job ID>
  • set server flatuid = True
    管理ノード以外の誰でもジョブを投げれるようにするなら
  • メールを送るのを停止する
    qdelで殺された、自殺か、他殺かでメールとか、計算が終わったとかでもメールを送信することができる。
    っが、全てのメールを停止するには「qsub -m n sample.sh」でqueueを発行するか、
    set server default_qsub_arguments= "-m n"とする

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Last-modified: 2020-02-16 (日) 19:51:47 (51d)