perl/BioPerl

BioPerlをインストール †

使い方例(Blast出力)

事前に必須なプログラムをyumでインストールします。

yum install expat-devel perl-Module-Build

その後、インストール可能なBioPerlを検索して、
  cpan[1]> d /bioperl/
  Distribution BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/BioPerl-DB-1.006900.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/BioPerl-Network-1.006902.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/BioPerl-Run-1.006900.tar.gz
  Distribution CJFIELDS/Dist-Zilla-PluginBundle-BioPerl-0.02.tar.gz
  Distribution CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
  Distribution RBUELS/Dist-Zilla-PluginBundle-Bioperl-0.01.tar.gz
  9 items found
最新版の1.6.9のありかを確認。っで
  cpan[2]> install CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz
とすると足りない必須モジュール類とかオプションで必要なモジュール類とかが表示される。
yumで対応できるのもならyum。それ以外はCPANでこられを補う。

yum install perl-IO-String perl-XML-SAX perl-YAML perl-XML-Simple perl-GD perl-SOAP-Lite \
perl-List-MoreUtils perl-XML-Twig perl-XML-SAX-Writer perl-XML-Writer perl-Clone perl-XML-DOM-XPath graphviz-perl

CPANでは

# cpan
cpan[1]>install Algorithm::Munkres Array::Compare Convert::Binary::C Data::Stag Graph GraphViz Math::Random
cpan[2]>install PostScript::TextBlock Set::Scalar Sort::Naturally Spreadsheet::ParseExcel
cpan[3]>install SVG SVG::Graph XML::Parser::PerlSAX

を入れることにします。しかし、その後installを行っても無理らしく、forceを付けないとインストールされないみたい。
  cpan[2]> force install CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz *forceは、強制インストール
    Install [a]ll BioPerl scripts, [n]one, or choose groups [i]nteractively? [a] *そのままallを選択
     - will install all scripts
    Do you want to run tests that require connection to servers across the internet
    (likely to cause some failures)? y/n [n] *そのままnを選択
としてインストールします。
どうもforceを付けないと、t/SeqIO/SeqIO.tで45個のテスト中一つエラーが発生するためらしい。

あるいは、このCPANを使わずにBioPerlソースに含まれるBuild.PLで構築する方法もある。
wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.901.tar.gz
gtar xzf BioPerl-1.6.901.tar.gz
cd BioPerl-1.6.901
perl Build.PL
./Build test
./Build install

/usr/local/share/perl5/Bio/にインストールされます