3DFSC をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様[[https://3dfsc.salk.edu/>+https://3dfsc.salk.edu/]]
GitHub[[https://github.com/LyumkisLab/3DFSC>+https://gith...
「This is an application for remotely processing the 3D F...
***構築 [#v0074dae]
condaで実行環境ができるの下地が必要なようで、ここではpyen...
既にpyenv/anaconda環境があるのなら
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@rockylinux ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@rockylinux ~]# eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[root@rockylinux ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/ana...
}}
とconda環境を準備する.
もしconda環境がないのなら[[crYOLO]]を参照にpyenv/anaconda...
っで本題
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]#
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/Lyum...
[root@rockylinux apps]# cd 3DFSC
[root@rockylinux 3DFSC]# ls -CF
environment.yml* Example/ __init__.py* init.sh* LICEN...
[root@rockylinux3DFSC]#
}}
「init.sh」がインストーラーの役目.
中身を読むと7行目「conda env create -f environment.yml」...
ただ、「environment.yml」は「conda export」で得られたファ...
恐らくエラー続出かなぁ...なので「init.sh」の実行ではなく...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# less environment.yml
name: 3DFSC
channels:
- lukepfister
- defaults
dependencies:
- appdirs=1.4.3=py36_0
:
[root@rockylinux 3DFSC]#
}}
どうやら作られる環境名は「3DFSC」みたい. 「conda env list...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env list
# conda environments:
#
base * /apps/pyenv/versions/anaconda3-5...
[root@rockylinux 3DFSC]#
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env create -f environment....
}}
っで期待した通りのエラー..
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env create -f environment....
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed
ResolvePackageNotFound:
- cudatoolkit==8.0=3
:
}}
なのでconda環境は「environment.yml」を参考に独自で作って、
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda create -n 3DFSC python=3.6...
[root@rockylinux 3DFSC]# source activate 3DFSC
(3DFSC) [root@rockylinux 3DFSC]#
}}
使用する「requirements.txt」も修正を加えます
#code(diff,nonumber){{
--- requirements.txt.orig 2022-05-09 23:56:54.87827...
+++ requirements.txt 2022-05-10 00:26:16.321457290 +0900
@@ -1,11 +1,11 @@
cycler==0.10.0
decorator==4.1.2
h5py==2.7.0
-llvmlite==0.19.0
+llvmlite==0.26.0
matplotlib==2.0.2
mrcfile==1.0.0
networkx==1.11
-numba==0.34.0
+numba==0.38.1
numpy==1.13.1
olefile==0.44
Pillow==4.2.1
}}
これを「3DFSC」環境に組み込みます
#code(nonumber){{
(3DFSC) [root@rockylinux 3DFSC]# pip install -r requireme...
}}
これで一応環境作成は完了みたい.
次にコマンドの用意となる. init.shを実行すると使用するコマ...
ここでは[[EnvironmentModules]]と融合させたいので
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/3DFSC
#%Module 1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-5....
prepend-path PATH $root/bin
set-alias run3DFSC "python /apps/3DFSC/ThreeDFSC/Thr...
[root@rockylinux ~]#
}}
としてみた
***Example [#i54e4a76]
gitにテストrunの方法が記載されているのでやってみた
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ module load 3DFSC
[saber@rockylinux ~]$ run3DFSC -h
Usage: ThreeDFSC_Start.py [options]
Options:
--version show program's version number and...
-h, --help show this help message and exit
--halfmap1=HALFMAP1.MRC
First half map of 3D reconstructi...
be masked or unmasked. Required
--halfmap2=HALFMAP2.MRC
:
:
[saber@rockylinux ~]$
}}
とプログラム「run3DFSC」は動いている模様
っでテストを実行してみる
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ cp -r /apps/3DFSC/Example .
[saber@rockylinux ~]$ cd Example/
[saber@rockylinux Example]$ mv Results_T40-3DFSC Results_...
[saber@rockylinux Example]$ run3DFSC --halfmap1=T40_map1_...
--fullmap=130K-T40.mrc --apix=...
[saber@rockylinux Example]$
}}
終了行:
本家様[[https://3dfsc.salk.edu/>+https://3dfsc.salk.edu/]]
GitHub[[https://github.com/LyumkisLab/3DFSC>+https://gith...
「This is an application for remotely processing the 3D F...
***構築 [#v0074dae]
condaで実行環境ができるの下地が必要なようで、ここではpyen...
既にpyenv/anaconda環境があるのなら
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@rockylinux ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@rockylinux ~]# eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[root@rockylinux ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/ana...
}}
とconda環境を準備する.
もしconda環境がないのなら[[crYOLO]]を参照にpyenv/anaconda...
っで本題
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]#
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/Lyum...
[root@rockylinux apps]# cd 3DFSC
[root@rockylinux 3DFSC]# ls -CF
environment.yml* Example/ __init__.py* init.sh* LICEN...
[root@rockylinux3DFSC]#
}}
「init.sh」がインストーラーの役目.
中身を読むと7行目「conda env create -f environment.yml」...
ただ、「environment.yml」は「conda export」で得られたファ...
恐らくエラー続出かなぁ...なので「init.sh」の実行ではなく...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# less environment.yml
name: 3DFSC
channels:
- lukepfister
- defaults
dependencies:
- appdirs=1.4.3=py36_0
:
[root@rockylinux 3DFSC]#
}}
どうやら作られる環境名は「3DFSC」みたい. 「conda env list...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env list
# conda environments:
#
base * /apps/pyenv/versions/anaconda3-5...
[root@rockylinux 3DFSC]#
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env create -f environment....
}}
っで期待した通りのエラー..
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda env create -f environment....
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed
ResolvePackageNotFound:
- cudatoolkit==8.0=3
:
}}
なのでconda環境は「environment.yml」を参考に独自で作って、
#code(nonumber){{
[root@rockylinux 3DFSC]# conda create -n 3DFSC python=3.6...
[root@rockylinux 3DFSC]# source activate 3DFSC
(3DFSC) [root@rockylinux 3DFSC]#
}}
使用する「requirements.txt」も修正を加えます
#code(diff,nonumber){{
--- requirements.txt.orig 2022-05-09 23:56:54.87827...
+++ requirements.txt 2022-05-10 00:26:16.321457290 +0900
@@ -1,11 +1,11 @@
cycler==0.10.0
decorator==4.1.2
h5py==2.7.0
-llvmlite==0.19.0
+llvmlite==0.26.0
matplotlib==2.0.2
mrcfile==1.0.0
networkx==1.11
-numba==0.34.0
+numba==0.38.1
numpy==1.13.1
olefile==0.44
Pillow==4.2.1
}}
これを「3DFSC」環境に組み込みます
#code(nonumber){{
(3DFSC) [root@rockylinux 3DFSC]# pip install -r requireme...
}}
これで一応環境作成は完了みたい.
次にコマンドの用意となる. init.shを実行すると使用するコマ...
ここでは[[EnvironmentModules]]と融合させたいので
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/3DFSC
#%Module 1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-5....
prepend-path PATH $root/bin
set-alias run3DFSC "python /apps/3DFSC/ThreeDFSC/Thr...
[root@rockylinux ~]#
}}
としてみた
***Example [#i54e4a76]
gitにテストrunの方法が記載されているのでやってみた
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ module load 3DFSC
[saber@rockylinux ~]$ run3DFSC -h
Usage: ThreeDFSC_Start.py [options]
Options:
--version show program's version number and...
-h, --help show this help message and exit
--halfmap1=HALFMAP1.MRC
First half map of 3D reconstructi...
be masked or unmasked. Required
--halfmap2=HALFMAP2.MRC
:
:
[saber@rockylinux ~]$
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とプログラム「run3DFSC」は動いている模様
っでテストを実行してみる
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ cp -r /apps/3DFSC/Example .
[saber@rockylinux ~]$ cd Example/
[saber@rockylinux Example]$ mv Results_T40-3DFSC Results_...
[saber@rockylinux Example]$ run3DFSC --halfmap1=T40_map1_...
--fullmap=130K-T40.mrc --apix=...
[saber@rockylinux Example]$
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