Aspera をテンプレートにして作成
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開始行:
EMPIAR様からサンプルデータを入手したく
[[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/>+https://www.eb...
っでWARPでサンプルとして出していた EMPIAR-10153 のデータ...
サイズが総数64GB...
ftpやweb経由での取得も可能なのだが、回線が細いため何度も...
***CentOS8で aspera を使う [#ncfa4e83]
IBM様のサイトでアプリが公開されている
[[https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list>+htt...
このサイトの「Featured client software」欄にある「IBM Asp...
&ref(2020y12m07d_025908778.png,nolink);
すると画面はダウンロード可能な画面に移り
&ref(2020y12m07d_030108986.png,nolink);
必要なプラットホームをクリックすれば落とせます。
ただ、IBMiDが必要でした(ユーザ登録が必要)
入手したファイル名は「ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-l...
***インストール [#j8cfa139]
入手したプログラムをダウンロードしたいアカウントユーザで...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ ./ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64...
Installing IBM Aspera CLI
Installation into /home/saber/.aspera/cli successful
Optional installation steps:
To include aspera in your PATH, run this command (or ad...
export PATH=/home/saber/.aspera/cli/bin:$PATH
To install the man page, run the following command:
export MANPATH=/home/saber/.aspera/cli/share/man:$MAN...
[saber@c ~]$
[saber@c ~]$ ls -lh /home/saber/.aspera/cli/bin
total 30M
-rwxr-xr-x 1 saber em 7.3M Jan 22 2020 ascp*
-rwxr-xr-x 1 saber em 6.5M Jan 22 2020 ascp4*
-rwxr-xr-x 1 saber em 16M Jan 22 2020 aspera*
[saber@c ~]$
}}
インストールされたプログラムは３つ
「ascp」「acsp4」「aspera」
***テスト [#s186c9d3]
九州工業大学 生命情報工学科 情報工学部 安永研究室様の[[サ...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/et...
testset ...
Completed: 58368K bytes transferred in 90 seconds
(5267K bits/sec), in 1 file.
[saber@c ~]$
}}
こちらのサイトはADSLなので、まぁー3.2Mb/s でしたね
っで目的のデータを取得したいと思います
[[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLD...
フォーマットは
#code(nonumber){{
ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaw...
emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> \
<save point>
}}
となります。
なので
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ mkdir em/empiar-10153
[saber@c ~]$ ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cl...
emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/10153 \
em/empiar-10153
[saber@c ~]$
}}
と実行します
実行前に「screen」を入れて閉じられるようにしたほうが良い...
終了行:
EMPIAR様からサンプルデータを入手したく
[[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/>+https://www.eb...
っでWARPでサンプルとして出していた EMPIAR-10153 のデータ...
サイズが総数64GB...
ftpやweb経由での取得も可能なのだが、回線が細いため何度も...
***CentOS8で aspera を使う [#ncfa4e83]
IBM様のサイトでアプリが公開されている
[[https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list>+htt...
このサイトの「Featured client software」欄にある「IBM Asp...
&ref(2020y12m07d_025908778.png,nolink);
すると画面はダウンロード可能な画面に移り
&ref(2020y12m07d_030108986.png,nolink);
必要なプラットホームをクリックすれば落とせます。
ただ、IBMiDが必要でした(ユーザ登録が必要)
入手したファイル名は「ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-l...
***インストール [#j8cfa139]
入手したプログラムをダウンロードしたいアカウントユーザで...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ ./ibm-aspera-cli-3.9.6.1467.159c5b1-linux-64...
Installing IBM Aspera CLI
Installation into /home/saber/.aspera/cli successful
Optional installation steps:
To include aspera in your PATH, run this command (or ad...
export PATH=/home/saber/.aspera/cli/bin:$PATH
To install the man page, run the following command:
export MANPATH=/home/saber/.aspera/cli/share/man:$MAN...
[saber@c ~]$
[saber@c ~]$ ls -lh /home/saber/.aspera/cli/bin
total 30M
-rwxr-xr-x 1 saber em 7.3M Jan 22 2020 ascp*
-rwxr-xr-x 1 saber em 6.5M Jan 22 2020 ascp4*
-rwxr-xr-x 1 saber em 16M Jan 22 2020 aspera*
[saber@c ~]$
}}
インストールされたプログラムは３つ
「ascp」「acsp4」「aspera」
***テスト [#s186c9d3]
九州工業大学 生命情報工学科 情報工学部 安永研究室様の[[サ...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/et...
testset ...
Completed: 58368K bytes transferred in 90 seconds
(5267K bits/sec), in 1 file.
[saber@c ~]$
}}
こちらのサイトはADSLなので、まぁー3.2Mb/s でしたね
っで目的のデータを取得したいと思います
[[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLD...
フォーマットは
#code(nonumber){{
ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cli/etc/asperaw...
emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> \
<save point>
}}
となります。
なので
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ mkdir em/empiar-10153
[saber@c ~]$ ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/cl...
emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/10153 \
em/empiar-10153
[saber@c ~]$
}}
と実行します
実行前に「screen」を入れて閉じられるようにしたほうが良い...
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