CCP-EM をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[http://www.ccpem.ac.uk/index.php>+http://www.ccp...
***取得 [#z747817e]
Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux...
ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/do...
[root@rockylinux src]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-20221108-linux-x...
[root@rockylinux apps]# cd ccpem-20221108/
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
bin/ conditions.txt ...
CCP-EM_academic_software_licence.pdf include/ ...
change_log.txt install_ccpem.sh* ...
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実...
ここでは ccp4-8.0 を使ってます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# source /apps/ccp4-9/bin...
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_ccpem.sh
:
(ライセンス情報とか使用許諾とか)
:
I agree to the above conditions and have done the action...
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y ...
Setting up paths...
Compiling py-files...
Before running CCPEM programs from command line,
source setup_ccpem.sh
(or setup_ccpem.csh if you use csh).
To install Strudel, please run
install_strudel.sh
To install modeller (for Flex-EM and other programs) plea...
install_modeller.sh
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに...
中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。
&size(10){「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな};
次に Strudel を入れる
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_strudel.sh
Please wait: Downloading Strudel Score library to li...
Searching for local ChimeraX installation
/usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-9/etc:/apps/cc...
ChimeraX installation found : /usr/libexec/UCSF-Chi...
To test Strudel Score plugin for ChimeraX,
please follow the tutorial here:
https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrude...
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_modeller.sh
Modeller Install
This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported appl...
N.B. you will require a seperate license and license key...
Modeller. This is available here:
https://salilab.org/modeller/registration.html
Do you want to install Modeller? y/n [n] y
Please enter Modeller license key: <-- ここに...
:
:
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
これで完了
***EnvironmentModules [#e0c7c2b9]
「/apps/modulefiles/ccpem」に下記を写す
#code(nonumber){{
#%Module1.0
module load ccp4/9.0
set ccpem /apps/ccpem-20221108
setenv CCPEM $ccpem
prepend-path PATH $ccpem/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/...
}}
***実行 [#v47b33e0]
EnvironmentModulesが定義されていれば
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles
[illya@rockylinux ~]$ module load ccpem
[illya@rockylinux ~]$ ccpem
}}
でccp-emが起動します.
&size(10){「module use --append /apps/modulefiles」は$HOM...
&ref(2019y12m01d_150316708.png,nolink);
modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示...
&ref(2019y05m06d_014724176.png,nolink);
これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。
***注意 [#e044ccfd]
ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionの...
relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを...
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即...
&color(red){*};&size(10){cudaを利用するにはnvidiaのLinux...
使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れ...
***ccp4が入っていないと [#pec9b361]
ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のよう...
&ref(2020y01m06d_211801494.png,nolink);
***modeller [#o07cd124]
本家様[[https://salilab.org/modeller/>+https://salilab.or...
ライセンス関係[[https://salilab.org/modeller/nonacademic....
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい
***RHEL8系/CentOS8で走らない [#a06b45fc]
[[https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php>+htt...
結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避で...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib
[root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so...
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so...
-rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29 2020 libfreetype.so...
[root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3 lib...
}}
終了行:
本家様 [[http://www.ccpem.ac.uk/index.php>+http://www.ccp...
***取得 [#z747817e]
Linux向けとmacOS向けが用意されているようで、ここではLinux...
ファイルを取得して、展開した場所が置き場所となるみたい。
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl -O https://www.ccpem.ac.uk/do...
[root@rockylinux src]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/ccpem-20221108-linux-x...
[root@rockylinux apps]# cd ccpem-20221108/
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
bin/ conditions.txt ...
CCP-EM_academic_software_licence.pdf include/ ...
change_log.txt install_ccpem.sh* ...
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
展開したフォルダに入って、CCP4のセットアップファイルを実...
ここでは ccp4-8.0 を使ってます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# source /apps/ccp4-9/bin...
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_ccpem.sh
:
(ライセンス情報とか使用許諾とか)
:
I agree to the above conditions and have done the action...
Do you accept the terms of the CCP-EM licence? y/n [n] y ...
Setting up paths...
Compiling py-files...
Before running CCPEM programs from command line,
source setup_ccpem.sh
(or setup_ccpem.csh if you use csh).
To install Strudel, please run
install_strudel.sh
To install modeller (for Flex-EM and other programs) plea...
install_modeller.sh
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
ライセンスに[y]と入力すると、実行者のホームディレクトリに...
中身は「日付とccpem-1.6.0」と書かれているだけ。
&size(10){「~/.agree2ccp4v6」はccp4向けの記録かな};
次に Strudel を入れる
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_strudel.sh
Please wait: Downloading Strudel Score library to li...
Searching for local ChimeraX installation
/usr/bin/which: no ChimeraX in (/apps/ccp4-9/etc:/apps/cc...
ChimeraX installation found : /usr/libexec/UCSF-Chi...
To test Strudel Score plugin for ChimeraX,
please follow the tutorial here:
https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrude...
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
次に modeller のインストール. こちらはライセンスコードが...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccpem-20221108]# ./install_modeller.sh
Modeller Install
This is used for Flex-EM and other CCP-EM supported appl...
N.B. you will require a seperate license and license key...
Modeller. This is available here:
https://salilab.org/modeller/registration.html
Do you want to install Modeller? y/n [n] y
Please enter Modeller license key: <-- ここに...
:
:
[root@rockylinux ccpem-20221108]#
}}
これで完了
***EnvironmentModules [#e0c7c2b9]
「/apps/modulefiles/ccpem」に下記を写す
#code(nonumber){{
#%Module1.0
module load ccp4/9.0
set ccpem /apps/ccpem-20221108
setenv CCPEM $ccpem
prepend-path PATH $ccpem/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $ccpem/lib/modeller/install/...
}}
***実行 [#v47b33e0]
EnvironmentModulesが定義されていれば
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux ~]$ module use --append /apps/modulefiles
[illya@rockylinux ~]$ module load ccpem
[illya@rockylinux ~]$ ccpem
}}
でccp-emが起動します.
&size(10){「module use --append /apps/modulefiles」は$HOM...
&ref(2019y12m01d_150316708.png,nolink);
modellerがインストールされてないと下記のメッセージが表示...
&ref(2019y05m06d_014724176.png,nolink);
これらの機能は使えませんよとのアナウンスです。
***注意 [#e044ccfd]
ccpemの中にはrelion,cootらが同封されている。同封relionの...
relionはcuda計算が可能になっている(cuda-8.0のライブラリを...
なのでrelionのコンパイルが難しければ、これを展開すれば即...
&color(red){*};&size(10){cudaを利用するにはnvidiaのLinux...
使い方はccpemを起動して、そのccpemパネルから起動する流れ...
***ccp4が入っていないと [#pec9b361]
ccp4を入れなくても動くは動く。ただ使える機能が下記のよう...
&ref(2020y01m06d_211801494.png,nolink);
***modeller [#o07cd124]
本家様[[https://salilab.org/modeller/>+https://salilab.or...
ライセンス関係[[https://salilab.org/modeller/nonacademic....
学位授与機関はフリーで使えるようで、それ以外は有償みたい
***RHEL8系/CentOS8で走らない [#a06b45fc]
[[https://www.ccpem.ac.uk/user_help/known_issues.php>+htt...
結局ccpemに含まれている「libfreetype.so」を削除して回避で...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/ccpem-1.6.0/lib
[root@rockylinux lib]# ls -l libfreetype.so*
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so...
lrwxrwxrwx 1 root root 21 Oct 29 2020 libfreetype.so...
-rwxr-xr-x 1 root root 803530 Oct 29 2020 libfreetype.so...
[root@rockylinux lib]# rm -rf libfreetype.so.6.12.3 lib...
}}
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