ChimeraX をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様[[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/>+https://www....
[[Chimera]]の次世代版.
chimeraのサイトで
#code(nonumber){{
Please note that UCSF Chimera is legacy software that is ...
(DeepL先生訳)UCSF Chimeraは、現在開発・サポートが終了して...
}}
とある.
***インストール [#w8f9b62b]
ダウンロードはこちら
[[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html>+https...
パッケージをダウンロードしてdnf/aptコマンドでインストール...
rockyLinux9ではmesa-libOSMesaパッケージの追加が必要でdeve...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel localinstall...
[root@rockylinux9 ~]# rpm -qali ucsf-chimerax
Name : ucsf-chimerax
Version : 1.10.1
Release : 1.el9
Architecture: x86_64
Install Date: Sun 21 Sep 2025 10:28:42 AM JST
Group : Applications/Science
Size : 1723541941
License : free for non-commercial use
Signature : (none)
Source RPM : ucsf-chimerax-1.10.1-1.el9.src.rpm
Build Date : Fri 25 Jul 2025 07:07:36 AM JST
Build Host : b3bd5588055c
Relocations : /usr
Packager : Chimera Staff <chimera-staff@cgl.ucsf.edu>
Vendor : Resource for Biocomputing, Visualization, a...
URL : https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
Summary : Molecular Visualization
Description :
UCSF ChimeraX (or simply ChimeraX) is the next-generation
molecular visualization program from the Resource for Bi...
Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Ch...
ChimeraX can be downloaded free of charge for academic, ...
nonprofit, and personal use. Commercial users, please se...
/usr/bin/chimerax
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX
:
[root@rockylinux9 ~]#
}}
っとあり、「/usr/bin」にPATHが通っていれば使えるご様子.
なので使い方は単に「chimerax」と実行すればいいみたい
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ chimerax
}}
&ref(2025y09m21d_103647967.png,nolink);
***add-on [#bea00ac2]
add-onアプリが利用可能のようで、メニューの[Tools]から[Mor...
&ref(2023y05m08d_030752151.png,nolink);
表示された[ChimeraX Toolshed]から利用したいアプリを追加す...
&ref(2023y05m08d_030941214.png,nolink);
「ISOLDE」を利用したい場合は、その利用したいユーザでchime...
&size(10){add-onアプリ関係は各ユーザ毎にインストールされ...
「ISOLDE」をクリックします
&ref(2023y05m08d_031527557.png,nolink);
そうすると概要画面が表示さ、その右側に「Install」がありま...
これをクリックします
&ref(2023y05m08d_031629357.png,nolink);
パッケージがダウンロードされて、そのインストールの可否を...
&ref(2023y05m08d_031934165.png,nolink);
暫くするとインストールが完了してChimeraXの再起動が促され...
&ref(2023y05m08d_032019773.png,nolink);
再度コマンドラインでChimeraXを起動させます.
メニュー欄に「ISOLDE」が追加されました
&ref(2023y05m08d_032331524.png,nolink);
***メモ [#t100cfce]
add-onアプリをインストールするには外部とのやり取りが必要...
事前にproxy環境変数を定義してからchimeraxを起動してください
#code(nonumber){{
export https_proxy=http://<host>:port
export http_proxy=http://<host>:port
}}
***メモ２ [#r1b19337]
chimeraXを起動するとたまに下記のようなメッセージが画面右...
&size(10){nvidiaカード経由なのにGLが低いと認識される. in...
#code(nonumber){{
ERROR: ChimeraX requires OpenGL graphics version 3.3.
Your computer graphics driver provided version 1.4
Try updating your graphics driver.
}}
これは下記のように環境変数を事前に設定してChimeraXを起動...
#code(nonumber){{
export MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3
export MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=330
}}
***ArtiaX [#y2f11ae4]
github [[https://github.com/FrangakisLab/ArtiaX>+https://...
各自で起動した chimeraX の下段にあるCommand欄にて
&ref(2025y09m21d_103924351.png,nolink); <- 「toolshed re...
&ref(2025y09m21d_104031159.png,nolink); <- 「toolshed in...
一端 chimeraX を終了して、再起動すれば有効になります
&ref(2025y09m21d_104431582.png,nolink);
終了行:
本家様[[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/>+https://www....
[[Chimera]]の次世代版.
chimeraのサイトで
#code(nonumber){{
Please note that UCSF Chimera is legacy software that is ...
(DeepL先生訳)UCSF Chimeraは、現在開発・サポートが終了して...
}}
とある.
***インストール [#w8f9b62b]
ダウンロードはこちら
[[https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html>+https...
パッケージをダウンロードしてdnf/aptコマンドでインストール...
rockyLinux9ではmesa-libOSMesaパッケージの追加が必要でdeve...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.6 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# dnf --enablerepo=devel localinstall...
[root@rockylinux9 ~]# rpm -qali ucsf-chimerax
Name : ucsf-chimerax
Version : 1.10.1
Release : 1.el9
Architecture: x86_64
Install Date: Sun 21 Sep 2025 10:28:42 AM JST
Group : Applications/Science
Size : 1723541941
License : free for non-commercial use
Signature : (none)
Source RPM : ucsf-chimerax-1.10.1-1.el9.src.rpm
Build Date : Fri 25 Jul 2025 07:07:36 AM JST
Build Host : b3bd5588055c
Relocations : /usr
Packager : Chimera Staff <chimera-staff@cgl.ucsf.edu>
Vendor : Resource for Biocomputing, Visualization, a...
URL : https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
Summary : Molecular Visualization
Description :
UCSF ChimeraX (or simply ChimeraX) is the next-generation
molecular visualization program from the Resource for Bi...
Visualization, and Informatics (RBVI), following UCSF Ch...
ChimeraX can be downloaded free of charge for academic, ...
nonprofit, and personal use. Commercial users, please se...
/usr/bin/chimerax
/usr/libexec/UCSF-ChimeraX
:
[root@rockylinux9 ~]#
}}
っとあり、「/usr/bin」にPATHが通っていれば使えるご様子.
なので使い方は単に「chimerax」と実行すればいいみたい
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ chimerax
}}
&ref(2025y09m21d_103647967.png,nolink);
***add-on [#bea00ac2]
add-onアプリが利用可能のようで、メニューの[Tools]から[Mor...
&ref(2023y05m08d_030752151.png,nolink);
表示された[ChimeraX Toolshed]から利用したいアプリを追加す...
&ref(2023y05m08d_030941214.png,nolink);
「ISOLDE」を利用したい場合は、その利用したいユーザでchime...
&size(10){add-onアプリ関係は各ユーザ毎にインストールされ...
「ISOLDE」をクリックします
&ref(2023y05m08d_031527557.png,nolink);
そうすると概要画面が表示さ、その右側に「Install」がありま...
これをクリックします
&ref(2023y05m08d_031629357.png,nolink);
パッケージがダウンロードされて、そのインストールの可否を...
&ref(2023y05m08d_031934165.png,nolink);
暫くするとインストールが完了してChimeraXの再起動が促され...
&ref(2023y05m08d_032019773.png,nolink);
再度コマンドラインでChimeraXを起動させます.
メニュー欄に「ISOLDE」が追加されました
&ref(2023y05m08d_032331524.png,nolink);
***メモ [#t100cfce]
add-onアプリをインストールするには外部とのやり取りが必要...
事前にproxy環境変数を定義してからchimeraxを起動してください
#code(nonumber){{
export https_proxy=http://<host>:port
export http_proxy=http://<host>:port
}}
***メモ２ [#r1b19337]
chimeraXを起動するとたまに下記のようなメッセージが画面右...
&size(10){nvidiaカード経由なのにGLが低いと認識される. in...
#code(nonumber){{
ERROR: ChimeraX requires OpenGL graphics version 3.3.
Your computer graphics driver provided version 1.4
Try updating your graphics driver.
}}
これは下記のように環境変数を事前に設定してChimeraXを起動...
#code(nonumber){{
export MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3
export MESA_GLSL_VERSION_OVERRIDE=330
}}
***ArtiaX [#y2f11ae4]
github [[https://github.com/FrangakisLab/ArtiaX>+https://...
各自で起動した chimeraX の下段にあるCommand欄にて
&ref(2025y09m21d_103924351.png,nolink); <- 「toolshed re...
&ref(2025y09m21d_104031159.png,nolink); <- 「toolshed in...
一端 chimeraX を終了して、再起動すれば有効になります
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