DISCO をテンプレートにして作成
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開始行:
github [[https://github.com/DISCO-design/DISCO>+https://g...
Code for the DISCO model: General Multimodal Protein Desi...
***uv [#ca3018e5]
uvコマンドを使って構築するのですが、このuvは初めて、いつ...
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh |...
-> version が 0.11.20 と判明
[root@r9 ~]# mkdir /apps/uv/0.11.20/bin -p
[root@r9 ~]# curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh \
| env UV_INSTALL_DIR="/apps/uv/0.11.20/bin" \
UV_NO_MODIFY_PATH=1 \
sh
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv/0.11.20/bin/
total 59276
-rwxr-xr-x 1 root root 60342584 Jun 10 17:22 uv
-rwxr-xr-x 1 root root 349456 Jun 10 17:22 uvx
[root@r9 ~]#
}}
いつもの environment-modules
「/apps/modulefiles/uv/0.11.20」として
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path PATH /apps/uv/0.11.20/bin
}}
またpythonもOS由来ではない別のバージョンを使いたいので
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@r9 ~]# module load uv/0.11.20
[root@r9 ~]# mkdir -p /apps/uv-python
[root@r9 ~]# export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apps/uv-python
[root@r9 ~]# uv python install 3.11
[root@r9 ~]# uv python install 3.12
[root@r9 ~]# uv python install 3.13
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv-python/
:
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 07:42 cpython-3.11.15-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.11-linux...
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 05:43 cpython-3.12.13-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.12-linux...
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 05:43 cpython-3.13.14-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.13-linux...
:
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv-python/cpython-3.11-linux-x86...
total 21188
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jun 13 07:42 2to3 -> 2to3...
-rwxr-xr-x 1 root root 158 Jun 13 07:42 2to3-3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 8 Jun 13 07:42 idle3 -> idl...
-rwxr-xr-x 1 root root 156 Jun 13 07:42 idle3.11
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip3
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jun 13 07:42 pydoc3 -> py...
-rwxr-xr-x 1 root root 141 Jun 13 07:42 pydoc3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 10 Jun 13 07:42 python -> py...
lrwxrwxrwx 1 root root 10 Jun 13 07:42 python3 -> p...
-rwxr-xr-x 1 root root 21666872 Jun 13 07:42 python3.11
-rwxr-xr-x 1 root root 3122 Jun 13 07:42 python3.11-c...
lrwxrwxrwx 1 root root 17 Jun 13 07:42 python3-conf...
[root@r9 ~]#
}}
と複数のpython versionを入れて置く
***インストール [#bb4aac2d]
っでDISCOのインストール
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@r9 ~]# module load uv/0.11.20
[root@r9 ~]# export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apps/uv-python
[root@r9 ~]# cd /apps/
[root@r9 apps]# git clone https://github.com/DISCO-design...
[root@r9 apps]# cd DISCO/
}}
ちょいと確認
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# less pyproject.toml
:
requires-python = ">=3.11,<3.13"
:
"torch>=2.5",
:
[root@r9 DISCO]#
}}
とあるので、DISCOは pyton 3.11 か 3.12 。そしてtorchが2.5...
pythonは 3.11 を使うとして、torchはcuda-libraryにも影響す...
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# uv venv --python 3.11
(確認)
[root@r9 DISCO]# ls -l .venv/bin/
:
lrwxrwxrwx 1 root root 60 Jun 13 07:44 python -> /apps/...
lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jun 13 07:44 python3 -> python
lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jun 13 07:44 python3.11 -> py...
:
[root@r9 DISCO]#
[root@r9 DISCO]# uv sync --python .venv/bin/python
[root@r9 DISCO]# ls -ld .venv/
drwxr-xr-x 7 root root 157 Jun 12 01:13 .venv/
[root@r9 DISCO]# du -hs .venv/
5.8G .venv/
[root@r9 DISCO]# ls -l .venv/bin/python
lrwxrwxrwx 1 root root 60 Jun 13 07:44 .venv/bin/python -...
[root@r9 DISCO]#
}}
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# uv pip list
Package Version Editable project loca...
----------------------- ----------- ---------------------...
:
disco 1.0.0 /apps/DISCO
:
ipython 9.14.1
:
ligandmpnn 0.1.0 /apps/DISCO/packages/...
:
ninja 1.13.0
nodeenv 1.10.0
numpy 1.26.4
nvidia-cublas 13.1.1.3
nvidia-cuda-cupti 13.0.85
nvidia-cuda-nvrtc 13.0.88
nvidia-cuda-runtime 13.0.96
nvidia-cudnn-cu13 9.20.0.48
nvidia-cufft 12.0.0.61
nvidia-cufile 1.15.1.6
nvidia-curand 10.4.0.35
nvidia-cusolver 12.0.4.66
nvidia-cusparse 12.6.3.3
nvidia-cusparselt-cu13 0.8.1
nvidia-nccl-cu13 2.29.7
nvidia-nvjitlink 13.0.88
nvidia-nvshmem-cu13 3.4.5
nvidia-nvtx 13.0.85
omegaconf 2.3.1
openfold 0.1.0 /apps/DISCO/packages/...
packaging 26.2
pandas 3.0.3
:
pyrootutils 1.0.4
python-dateutil 2.9.0.post0
python-discovery 1.4.2
python-dotenv 1.2.2
pytorch-lightning 2.6.5
:
runner 0.1.0 /apps/DISCO/runner
:
torch 2.12.0
torchdata 0.11.0
torchinfo 1.8.0
torchmetrics 1.9.0
:
[root@r9 DISCO]#
}}
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# git clone https://github.com/NVIDIA/cutlass....
}}
pyproject.tomlがある場所で「uv sync」を行うと.venvができる
「/apps/modulefiles/DISCO」
#code(nonumber){{
#%Module
module load cuda/13.2
set root /apps/DISCO
prepend-path PATH $root/.venv/bin
setenv VIRTUAL_ENV $root/.venv
setenv CUTLASS_PATH /apps/cutlass
}}
***てすと [#q21ddfc1]
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ cd test/
[saber@r9 test]$ cp -r /apps/DISCO/input_jsons .
[saber@r9 test]$ module load DISCO
[saber@r9 test]$ which python
/apps/DISCO/.venv/bin/python
[saber@r9 test]$ python /apps/DISCO/runner/inference.py ...
}}
***メモ [#f0c48693]
cu13のライブラリが入ってしまいますが、もしGPU的に cuda-12...
#code(nonumber){{
uv pip uninstall torch
uv pip install torch --torch-backend=cu124
}}
とする.
この場合、/usr/localに cuda-12.4 のcuda-toolkitを入れてmo...
***本来、ユーザ側がホームディレクトリにインストールするみ...
ユーザ側でインストールして使うみたい. ここではrootで/apps...
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh...
[saber@r9 ~]$ git clone https://github.com/DISCO-design/D...
[saber@r9 ~]$ cd DISCO
[saber@r9 ~]$ uv sync
}}
これでインストールは完了します. cudaライブラリも入ります...
nvidiaドライバーによっては 対応外の torch が入る可能性が...
その際は
#code(nonumber){{
uv pip uninstall torch
uv pip install torch --torch-backend=cu124
}}
として対応cudaライブラリ向けのtorchを入れる.
使用する際は
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ cd DISCO
[saber@r9 DISCO]$ source .venv/bin/activate
}}
としてから使用します。
終わったら
#code(nonumber){{
(DISCO) [saber@r9 DISCO]$ deactivate
[saber@r9 DISCO]$
}}
で環境を下ります。
終了行:
github [[https://github.com/DISCO-design/DISCO>+https://g...
Code for the DISCO model: General Multimodal Protein Desi...
***uv [#ca3018e5]
uvコマンドを使って構築するのですが、このuvは初めて、いつ...
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh |...
-> version が 0.11.20 と判明
[root@r9 ~]# mkdir /apps/uv/0.11.20/bin -p
[root@r9 ~]# curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh \
| env UV_INSTALL_DIR="/apps/uv/0.11.20/bin" \
UV_NO_MODIFY_PATH=1 \
sh
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv/0.11.20/bin/
total 59276
-rwxr-xr-x 1 root root 60342584 Jun 10 17:22 uv
-rwxr-xr-x 1 root root 349456 Jun 10 17:22 uvx
[root@r9 ~]#
}}
いつもの environment-modules
「/apps/modulefiles/uv/0.11.20」として
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path PATH /apps/uv/0.11.20/bin
}}
またpythonもOS由来ではない別のバージョンを使いたいので
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@r9 ~]# module load uv/0.11.20
[root@r9 ~]# mkdir -p /apps/uv-python
[root@r9 ~]# export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apps/uv-python
[root@r9 ~]# uv python install 3.11
[root@r9 ~]# uv python install 3.12
[root@r9 ~]# uv python install 3.13
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv-python/
:
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 07:42 cpython-3.11.15-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.11-linux...
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 05:43 cpython-3.12.13-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.12-linux...
drwxr-xr-x 6 root root 69 Jun 13 05:43 cpython-3.13.14-li...
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Jun 13 07:42 cpython-3.13-linux...
:
[root@r9 ~]# ls -l /apps/uv-python/cpython-3.11-linux-x86...
total 21188
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jun 13 07:42 2to3 -> 2to3...
-rwxr-xr-x 1 root root 158 Jun 13 07:42 2to3-3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 8 Jun 13 07:42 idle3 -> idl...
-rwxr-xr-x 1 root root 156 Jun 13 07:42 idle3.11
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip3
-rwxr-xr-x 1 root root 234 Jun 13 07:42 pip3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jun 13 07:42 pydoc3 -> py...
-rwxr-xr-x 1 root root 141 Jun 13 07:42 pydoc3.11
lrwxrwxrwx 1 root root 10 Jun 13 07:42 python -> py...
lrwxrwxrwx 1 root root 10 Jun 13 07:42 python3 -> p...
-rwxr-xr-x 1 root root 21666872 Jun 13 07:42 python3.11
-rwxr-xr-x 1 root root 3122 Jun 13 07:42 python3.11-c...
lrwxrwxrwx 1 root root 17 Jun 13 07:42 python3-conf...
[root@r9 ~]#
}}
と複数のpython versionを入れて置く
***インストール [#bb4aac2d]
っでDISCOのインストール
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@r9 ~]# module load uv/0.11.20
[root@r9 ~]# export UV_PYTHON_INSTALL_DIR=/apps/uv-python
[root@r9 ~]# cd /apps/
[root@r9 apps]# git clone https://github.com/DISCO-design...
[root@r9 apps]# cd DISCO/
}}
ちょいと確認
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# less pyproject.toml
:
requires-python = ">=3.11,<3.13"
:
"torch>=2.5",
:
[root@r9 DISCO]#
}}
とあるので、DISCOは pyton 3.11 か 3.12 。そしてtorchが2.5...
pythonは 3.11 を使うとして、torchはcuda-libraryにも影響す...
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# uv venv --python 3.11
(確認)
[root@r9 DISCO]# ls -l .venv/bin/
:
lrwxrwxrwx 1 root root 60 Jun 13 07:44 python -> /apps/...
lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jun 13 07:44 python3 -> python
lrwxrwxrwx 1 root root 6 Jun 13 07:44 python3.11 -> py...
:
[root@r9 DISCO]#
[root@r9 DISCO]# uv sync --python .venv/bin/python
[root@r9 DISCO]# ls -ld .venv/
drwxr-xr-x 7 root root 157 Jun 12 01:13 .venv/
[root@r9 DISCO]# du -hs .venv/
5.8G .venv/
[root@r9 DISCO]# ls -l .venv/bin/python
lrwxrwxrwx 1 root root 60 Jun 13 07:44 .venv/bin/python -...
[root@r9 DISCO]#
}}
#code(nonumber){{
[root@r9 DISCO]# uv pip list
Package Version Editable project loca...
----------------------- ----------- ---------------------...
:
disco 1.0.0 /apps/DISCO
:
ipython 9.14.1
:
ligandmpnn 0.1.0 /apps/DISCO/packages/...
:
ninja 1.13.0
nodeenv 1.10.0
numpy 1.26.4
nvidia-cublas 13.1.1.3
nvidia-cuda-cupti 13.0.85
nvidia-cuda-nvrtc 13.0.88
nvidia-cuda-runtime 13.0.96
nvidia-cudnn-cu13 9.20.0.48
nvidia-cufft 12.0.0.61
nvidia-cufile 1.15.1.6
nvidia-curand 10.4.0.35
nvidia-cusolver 12.0.4.66
nvidia-cusparse 12.6.3.3
nvidia-cusparselt-cu13 0.8.1
nvidia-nccl-cu13 2.29.7
nvidia-nvjitlink 13.0.88
nvidia-nvshmem-cu13 3.4.5
nvidia-nvtx 13.0.85
omegaconf 2.3.1
openfold 0.1.0 /apps/DISCO/packages/...
packaging 26.2
pandas 3.0.3
:
pyrootutils 1.0.4
python-dateutil 2.9.0.post0
python-discovery 1.4.2
python-dotenv 1.2.2
pytorch-lightning 2.6.5
:
runner 0.1.0 /apps/DISCO/runner
:
torch 2.12.0
torchdata 0.11.0
torchinfo 1.8.0
torchmetrics 1.9.0
:
[root@r9 DISCO]#
}}
#code(nonumber){{
[root@r9 ~]# git clone https://github.com/NVIDIA/cutlass....
}}
pyproject.tomlがある場所で「uv sync」を行うと.venvができる
「/apps/modulefiles/DISCO」
#code(nonumber){{
#%Module
module load cuda/13.2
set root /apps/DISCO
prepend-path PATH $root/.venv/bin
setenv VIRTUAL_ENV $root/.venv
setenv CUTLASS_PATH /apps/cutlass
}}
***てすと [#q21ddfc1]
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ cd test/
[saber@r9 test]$ cp -r /apps/DISCO/input_jsons .
[saber@r9 test]$ module load DISCO
[saber@r9 test]$ which python
/apps/DISCO/.venv/bin/python
[saber@r9 test]$ python /apps/DISCO/runner/inference.py ...
}}
***メモ [#f0c48693]
cu13のライブラリが入ってしまいますが、もしGPU的に cuda-12...
#code(nonumber){{
uv pip uninstall torch
uv pip install torch --torch-backend=cu124
}}
とする.
この場合、/usr/localに cuda-12.4 のcuda-toolkitを入れてmo...
***本来、ユーザ側がホームディレクトリにインストールするみ...
ユーザ側でインストールして使うみたい. ここではrootで/apps...
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh...
[saber@r9 ~]$ git clone https://github.com/DISCO-design/D...
[saber@r9 ~]$ cd DISCO
[saber@r9 ~]$ uv sync
}}
これでインストールは完了します. cudaライブラリも入ります...
nvidiaドライバーによっては 対応外の torch が入る可能性が...
その際は
#code(nonumber){{
uv pip uninstall torch
uv pip install torch --torch-backend=cu124
}}
として対応cudaライブラリ向けのtorchを入れる.
使用する際は
#code(nonumber){{
[saber@r9 ~]$ cd DISCO
[saber@r9 DISCO]$ source .venv/bin/activate
}}
としてから使用します。
終わったら
#code(nonumber){{
(DISCO) [saber@r9 DISCO]$ deactivate
[saber@r9 DISCO]$
}}
で環境を下ります。
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