Deepfinder をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder>+htt...
#code(nonumber){{
Deep Finder is an original deep learning approach to loca...
The method is based on image segmentation using a 3D conv...
}}
***環境構築 [#hdf40304]
pyenv/anacondaで実行環境を作ります. [[crYOLO]]や[[topaz]]...
一度[[crYOLO]]や[[topaz]]の実行環境を用意しているのなら、...
#code(nonumber){{
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
}}
その上で deepfinder 実行環境を作ります.
本家様のドキュメントを拝読すると python3 環境でKeras を使...
っで開発元では下記のパッケージで構成されているそうな.
#code(nonumber){{
tensorflow-gpu (1.14.0)
keras (2.3.1)
numpy (1.16.4)
h5py (2.9.0)
lxml (4.3.4)
scikit-learn (0.21.2)
scikit-image (0.15.0)
matplotlib (3.1.0)
mrcfile (1.1.2)
PyQt5 (5.13.2)
pyqtgraph (0.10.0)
}}
っでpython実行環境「deepfinder」を作る. そしてその環境に...
#code(nonumber){{
[root@s ~]# conda create -n deepfinder python=3.6 -y
[root@s ~]# source activate deepfinder
(deepfinder) [root@s ~]#
}}
&color(red){*};&size(10){python3.7では無理だった};
deepfinderのソースコードをgitで取得します
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s ~]# cd /apps
(deepfinder) [root@s apps]# git clone https://gitlab.inri...
(deepfinder) [root@s apps]# cd deep-finder
(git 操作せずmaster branchで進めます)
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
このdeep-finderフォルダにpython実行環境「deepfinder」で必...
-requirements_gpu.txt
-requirements.txt
&size(10){GPU対応版とcpu対応版かな？};
ここでは「requirements_gpu.txt」を入れてみる
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s deep-finder]# pip install -r require...
:
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
一応入ったか調べてみた
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s deep-finder]# conda list |grep -e te...
h5py 2.9.0 pypi_0...
keras 2.3.1 pypi_0...
keras-applications 1.0.8 pypi_0...
keras-preprocessing 1.1.2 pypi_0...
lxml 4.3.4 pypi_0...
matplotlib 3.1.0 pypi_0...
mrcfile 1.1.2 pypi_0...
numpy 1.16.4 pypi_0...
pyqt5 5.13.2 pypi_0...
pyqt5-sip 12.9.0 pypi_0...
pyqtgraph 0.10.0 pypi_0...
scikit-image 0.15.0 pypi_0...
scikit-learn 0.22.2.post1 pypi_0...
tensorflow-estimator 1.14.0 pypi_0...
tensorflow-gpu 1.14.0 pypi_0...
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
***Environment Modules [#p82fc2a7]
#code(nonumber){{
[root@s ~]# cat /etc/modulefiles/deep-finder
#%Module -*- tcl -*-
set deepfinder /apps/deep-finder
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-5....
prepend-path PATH $root/bin:$deepfinder/bin
}}
***起動 [#v50827ab]
「module load deep-finder」として「generate_target」と実...
&ref(2021y07m01d_225311250.png,nolink);
***tensorflow-gpu==1.14.0 [#p9377be6]
[[https://pypi.org/project/tensorflow-gpu/>+https://pypi....
必要とされている 「tensorflow-gpu==1.14.0」は「Released: ...
さらに調べると[[https://www.tensorflow.org/install/source...
-python 2.7、3.3〜3.7
-GCC 4.8
-CUDA 10.0
が必要要件みたい
終了行:
本家様 [[https://gitlab.inria.fr/serpico/deep-finder>+htt...
#code(nonumber){{
Deep Finder is an original deep learning approach to loca...
The method is based on image segmentation using a 3D conv...
}}
***環境構築 [#hdf40304]
pyenv/anacondaで実行環境を作ります. [[crYOLO]]や[[topaz]]...
一度[[crYOLO]]や[[topaz]]の実行環境を用意しているのなら、...
#code(nonumber){{
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
}}
その上で deepfinder 実行環境を作ります.
本家様のドキュメントを拝読すると python3 環境でKeras を使...
っで開発元では下記のパッケージで構成されているそうな.
#code(nonumber){{
tensorflow-gpu (1.14.0)
keras (2.3.1)
numpy (1.16.4)
h5py (2.9.0)
lxml (4.3.4)
scikit-learn (0.21.2)
scikit-image (0.15.0)
matplotlib (3.1.0)
mrcfile (1.1.2)
PyQt5 (5.13.2)
pyqtgraph (0.10.0)
}}
っでpython実行環境「deepfinder」を作る. そしてその環境に...
#code(nonumber){{
[root@s ~]# conda create -n deepfinder python=3.6 -y
[root@s ~]# source activate deepfinder
(deepfinder) [root@s ~]#
}}
&color(red){*};&size(10){python3.7では無理だった};
deepfinderのソースコードをgitで取得します
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s ~]# cd /apps
(deepfinder) [root@s apps]# git clone https://gitlab.inri...
(deepfinder) [root@s apps]# cd deep-finder
(git 操作せずmaster branchで進めます)
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
このdeep-finderフォルダにpython実行環境「deepfinder」で必...
-requirements_gpu.txt
-requirements.txt
&size(10){GPU対応版とcpu対応版かな？};
ここでは「requirements_gpu.txt」を入れてみる
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s deep-finder]# pip install -r require...
:
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
一応入ったか調べてみた
#code(nonumber){{
(deepfinder) [root@s deep-finder]# conda list |grep -e te...
h5py 2.9.0 pypi_0...
keras 2.3.1 pypi_0...
keras-applications 1.0.8 pypi_0...
keras-preprocessing 1.1.2 pypi_0...
lxml 4.3.4 pypi_0...
matplotlib 3.1.0 pypi_0...
mrcfile 1.1.2 pypi_0...
numpy 1.16.4 pypi_0...
pyqt5 5.13.2 pypi_0...
pyqt5-sip 12.9.0 pypi_0...
pyqtgraph 0.10.0 pypi_0...
scikit-image 0.15.0 pypi_0...
scikit-learn 0.22.2.post1 pypi_0...
tensorflow-estimator 1.14.0 pypi_0...
tensorflow-gpu 1.14.0 pypi_0...
(deepfinder) [root@s deep-finder]#
}}
***Environment Modules [#p82fc2a7]
#code(nonumber){{
[root@s ~]# cat /etc/modulefiles/deep-finder
#%Module -*- tcl -*-
set deepfinder /apps/deep-finder
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-5....
prepend-path PATH $root/bin:$deepfinder/bin
}}
***起動 [#v50827ab]
「module load deep-finder」として「generate_target」と実...
&ref(2021y07m01d_225311250.png,nolink);
***tensorflow-gpu==1.14.0 [#p9377be6]
[[https://pypi.org/project/tensorflow-gpu/>+https://pypi....
必要とされている 「tensorflow-gpu==1.14.0」は「Released: ...
さらに調べると[[https://www.tensorflow.org/install/source...
-python 2.7、3.3〜3.7
-GCC 4.8
-CUDA 10.0
が必要要件みたい
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