Doppio をテンプレートにして作成
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&color(red){更新中};
本家様 [[https://www.ccpem.ac.uk/docs/doppio/user_guide.h...
&size(10){入手先 [[https://www.ccpem.ac.uk/download.php>+...
[[CCP-EM]]の次のバージョン
パイプラインというかcrym-em関係プログラムを取りまとめてい...
scipionと同じかな. &size(10){Pipeline PilotとかKNIMEとか};
***対象マシン [#y64f52c2]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.5 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# uname -r
5.14.0-503.14.1.el9_5.x86_64
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 570.153.0...
GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0...
[root@rockylinux9 ~]#
}}
***構築 [#m871fd00]
[[https://www.ccpem.ac.uk/software/downloads/>+https://ww...
relionは[[Relion]]、CCP4は[[ccp4]]、package-ccpem2は下記...
っで「package-ccpem2」のインストールです.
組み込みにはcondaを使うようでまずその準備を行います. 本家...
ここでは pyenvの上にcondaを敷いて使ってます.
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.1.1-2
}}
っで「package-ccpem2」を取得してcondaに組み込みます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/minifor...
[root@rockylinux9 ~]# conda update -n base -c conda-forge...
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://gitlab.com/ccpe...
[root@rockylinux9 src]# cd package-ccpem2/setup_ext_env/
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
そのまま入れたらエラーが出たので調べて「install_doppioext...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_...
index eb4b7b4..a9e0b13 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_gpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_gpu.yml
@@ -4,13 +4,11 @@ channels:
- defaults
- nvidia
dependencies:
- - python=3.8
+ - python=3.11
- numpy
- gfortran
- - cudatoolkit=11.3.1
- - cudnn=8.2.1
- - mpi4py=3.1
- - openmpi=4.1.2
+ - mpi4py
+ - openmpi
- pip
- pip:
- git+https://gitlab.tudelft.nl/aj-lab/locscale.git
diff --git a/setup_ext_env/install_doppioext.sh b/setup_e...
index c0705da..137d7cf 100755
--- a/setup_ext_env/install_doppioext.sh
+++ b/setup_ext_env/install_doppioext.sh
@@ -125,7 +125,7 @@ while read -r name eyml ename efiles;...
if { $conda_type env list | grep $ename; } >...
if [ $process_type == "create" ] || [ $p...
echo "## Removing and Re-creating" $...
- yes | $conda_type remove -p "$ENV_DI...
+ yes | $conda_type env remove -p "$EN...
yes | $conda_create create -f "env_y...
elif [ $process_type == "update" ] || [ ...
echo "## Updating " $ename
@@ -143,10 +143,10 @@ done < $BASH_DIR/$list_yml
if [ $process_type != "wrap" ]; then
if { $conda_type env list | grep ext_base; } >/dev/n...
echo "## Removing ext_base"
- yes | $conda_create remove -p "$ENV_DIR/doppio-$...
+ yes | $conda_create remove -p "$ENV_DIR/doppio-$...
+ fi
echo "## Creating ext_base"
yes | $conda_create create -f env_ymls/ext_base.yml ...
- fi
fi
# MODELANGELO SETUP
}}
これを適用して、インストール先を環境変数で定義します
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_ENV=/a...
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_EXE=/a...
}}
っで、インストール
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh ...
## env dir for install: /apps/doppio
## executables will be wrapped in : /apps/doppio
/usr/bin/which: no micromamba in (/apps/pyenv/versions/mi...
## conda type: conda
Arguments passed: gpu
Environment yml list file: list_env_gpu
Process type: create_wrap
Set up environments for: topaz checkmysequence emda mode...
## Creating run_topaz
## Creating checkmysequence_env
## Creating emda_env
## Creating modelcraft_env
## Creating tempy_env
## Creating gpu_locscale
## Creating emdbva_env
## Creating metalcoord_env
## Creating ext_base
## Wrapping executables: run_topaz
## Wrapping executables: checkmysequence_env
## Wrapping executables: emda_env
## Wrapping executables: modelcraft_env
## Wrapping executables: tempy_env
## Wrapping executables: gpu_locscale
## Wrapping executables: emdbva_env
## Wrapping executables: metalcoord_env
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
この段階で topaz checkmysequence emda modelcraft tempy l...
次にslicendice環境を作りますが、ymlを一部修正します.
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.ym...
index 273a329..da15b15 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.yml
@@ -3,13 +3,15 @@ channels:
- conda-forge
- omnia
dependencies:
- - python==3.9
+ - python=3.9
- gfortran
- cxx-compiler
- numpy
- pandas==1.2.5
- pip
- cython
+ - libxcrypt
- pip:
- biotempy
- struvolpy==1.0.8
+ - 'setuptools<74'
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.ym...
index ef83d44..a11bba9 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.yml
@@ -41,6 +41,7 @@ dependencies:
- wheel=0.42.0=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.6=h166bdaf_0
- zstd=1.5.5=hfc55251_0
+ - libxcrypt
- pip:
- cython==3.0.6
- scipy==1.10.1
}}
その上で
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh ...
## env dir for install: /apps/doppio
## executables will be wrapped in : /apps/doppio
/usr/bin/which: no micromamba in (/apps/pyenv/versions/mi...
## conda type: conda
Arguments passed: slicendice gpu
Environment yml list file: list_env_slicendice_gpu
Process type: create_wrap
Set up environments for: slicendice slicendice
## Creating slicendice_env
## Creating gpu_slicendice_env
## Removing ext_base
## Creating ext_base
Writing SlicenDice set up script
##################################
WARNING: Running pip as the 'root' user can result in bro...
## Wrapping executables: slicendice_env
## Wrapping executables: gpu_slicendice_env
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
次にmodelangelo なのですが、今(2025.3)時点でソースコード...
[[https://gitlab.com/ccpem/package-ccpem2/-/commit/95bb1c...
理由は分からない.
なのでこれで「package-ccpem2」の準備は完了なのかなと.
***本体のインストール. [#o6de0766]
っで本体のインストールです.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/doppio
[root@rockylinux9 doppio]# ls -l
total 0
drwxr-xr-x. 11 root root 191 Mar 16 10:42 conda_wrappers
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Mar 16 03:46 doppio-conda
[root@rockylinux9 doppio]#
[root@rockylinux9 doppio]# wget https://www.ccpem.ac.uk/d...
[root@rockylinux9 doppio]# unzip doppio-linux-1.2.0.zip
[root@rockylinux9 doppio]# ls -lF
total 200864
drwxr-xr-x. 11 root root 191 Mar 16 10:42 conda_wra...
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Mar 16 03:46 doppio-co...
drwxr-xr-x. 4 root root 59 Mar 16 10:45 doppio-co...
-rwxr-xr-x. 1 root root 205675672 Jan 29 21:07 doppio-de...
drwxr-xr-x. 54 root root 4096 Jan 29 21:07 doppio-web/
[root@rockylinux9 doppio]#
}}
これで本体のインストールは完了.
っでEnvironmentModulesは
「/apps/modulefiles/doppio」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
module load phenix
module load ccp4
module load ccpem
set root /apps/doppio/conda_wrappers
prepend-path PATH $root/emdbva_env:$root/gpu_locscale:$ro...
set-alias doppio /apps/doppio/doppio-desktop.AppImage
}}
とします
使い方ですが、
#code(nonumber){{
module use /apps/modulefiles
module load doppio
}}
として
ここで「doppio」と実行すればアプリが使える。
doppio向けのフォルダが自動的に作成されます($HOME/ccpem-pr...
&ref(2025y03m16d_105228127.png,nolink,80%);
けど、展開した直後では使えるアプリがあんまりなく、追加で...
doppioの「NEW JOB」欄を開くと(Show unavailable jobsを有効...
&ref(2024y08m21d_232331189.png,nolink,80%);
と登録されていないアプリならグレーアウトしている。
上記は「module load ccpem」を外した場合です。これを有効に...
phenix, ccp4, ccpem をロードしてもグレーアウトなアイコン...
***ブラウザ経由で使う場合 [#xd82f9b2]
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ cd /apps/doppio/
[saber@rockylinux9 doppio]$ ./doppio-web/doppio-web -p 80...
fc-list: /apps/doppio/doppio-web/libz.so.1: version `ZLIB...
Doppio API token: a4148efe533634048e0775ff7a0aeb4f4e19345...
INFO: Started server process [45630]
INFO: Waiting for application startup.
INFO: Application startup complete.
INFO: Uvicorn running on http://127.0.0.1:8080 (Press...
INFO: Doppio is now running.
Go to this link in your browser to open Doppio:
file:///home/saber/.local/share/doppio/doppio-45630-o...
Or you can access Doppio directly using these details:
Server URL: http://127.0.0.1:8080/
Access token: a4148efe533634048e0775ff7a0aeb4f4e19345cfdf...
Press Ctrl+C to quit this Doppio server
:
}}
と、ここでは8080portを使用したままにして、ローカルのPCにS...
MobaXtermならメニューの「Tunneling」をクリックして下記の...
&ref(2025y03m16d_113432556.png,nolink,80%);
これを機能させて、(▼印を押下)
&ref(2025y03m16d_113710437.png,nolink);
PCのブラウザで「http://localhost:8080」を開いて、トークン...
&ref(2025y03m16d_113853155.png,nolink);
「submit」ボタンを押下すると、ブラウザ内で doppio が使え...
&ref(2025y03m16d_114141115.png,nolink);
&color(red){*};[PC] -- [Doppio] なら 上記でいいが、[PC] -...
***めも [#l4e9e8ff]
アプリよりブラウザ越しで使った方が動作は快適
終了行:
&color(red){更新中};
本家様 [[https://www.ccpem.ac.uk/docs/doppio/user_guide.h...
&size(10){入手先 [[https://www.ccpem.ac.uk/download.php>+...
[[CCP-EM]]の次のバージョン
パイプラインというかcrym-em関係プログラムを取りまとめてい...
scipionと同じかな. &size(10){Pipeline PilotとかKNIMEとか};
***対象マシン [#y64f52c2]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.5 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# uname -r
5.14.0-503.14.1.el9_5.x86_64
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 570.153.0...
GCC version: gcc version 11.5.0 20240719 (Red Hat 11.5.0...
[root@rockylinux9 ~]#
}}
***構築 [#m871fd00]
[[https://www.ccpem.ac.uk/software/downloads/>+https://ww...
relionは[[Relion]]、CCP4は[[ccp4]]、package-ccpem2は下記...
っで「package-ccpem2」のインストールです.
組み込みにはcondaを使うようでまずその準備を行います. 本家...
ここでは pyenvの上にcondaを敷いて使ってます.
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.1.1-2
}}
っで「package-ccpem2」を取得してcondaに組み込みます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# source /apps/pyenv/versions/minifor...
[root@rockylinux9 ~]# conda update -n base -c conda-forge...
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# git clone https://gitlab.com/ccpe...
[root@rockylinux9 src]# cd package-ccpem2/setup_ext_env/
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
そのまま入れたらエラーが出たので調べて「install_doppioext...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_...
index eb4b7b4..a9e0b13 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_gpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/locscale_environment_gpu.yml
@@ -4,13 +4,11 @@ channels:
- defaults
- nvidia
dependencies:
- - python=3.8
+ - python=3.11
- numpy
- gfortran
- - cudatoolkit=11.3.1
- - cudnn=8.2.1
- - mpi4py=3.1
- - openmpi=4.1.2
+ - mpi4py
+ - openmpi
- pip
- pip:
- git+https://gitlab.tudelft.nl/aj-lab/locscale.git
diff --git a/setup_ext_env/install_doppioext.sh b/setup_e...
index c0705da..137d7cf 100755
--- a/setup_ext_env/install_doppioext.sh
+++ b/setup_ext_env/install_doppioext.sh
@@ -125,7 +125,7 @@ while read -r name eyml ename efiles;...
if { $conda_type env list | grep $ename; } >...
if [ $process_type == "create" ] || [ $p...
echo "## Removing and Re-creating" $...
- yes | $conda_type remove -p "$ENV_DI...
+ yes | $conda_type env remove -p "$EN...
yes | $conda_create create -f "env_y...
elif [ $process_type == "update" ] || [ ...
echo "## Updating " $ename
@@ -143,10 +143,10 @@ done < $BASH_DIR/$list_yml
if [ $process_type != "wrap" ]; then
if { $conda_type env list | grep ext_base; } >/dev/n...
echo "## Removing ext_base"
- yes | $conda_create remove -p "$ENV_DIR/doppio-$...
+ yes | $conda_create remove -p "$ENV_DIR/doppio-$...
+ fi
echo "## Creating ext_base"
yes | $conda_create create -f env_ymls/ext_base.yml ...
- fi
fi
# MODELANGELO SETUP
}}
これを適用して、インストール先を環境変数で定義します
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_ENV=/a...
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# export DOPPIOEXT_EXE=/a...
}}
っで、インストール
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh ...
## env dir for install: /apps/doppio
## executables will be wrapped in : /apps/doppio
/usr/bin/which: no micromamba in (/apps/pyenv/versions/mi...
## conda type: conda
Arguments passed: gpu
Environment yml list file: list_env_gpu
Process type: create_wrap
Set up environments for: topaz checkmysequence emda mode...
## Creating run_topaz
## Creating checkmysequence_env
## Creating emda_env
## Creating modelcraft_env
## Creating tempy_env
## Creating gpu_locscale
## Creating emdbva_env
## Creating metalcoord_env
## Creating ext_base
## Wrapping executables: run_topaz
## Wrapping executables: checkmysequence_env
## Wrapping executables: emda_env
## Wrapping executables: modelcraft_env
## Wrapping executables: tempy_env
## Wrapping executables: gpu_locscale
## Wrapping executables: emdbva_env
## Wrapping executables: metalcoord_env
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
この段階で topaz checkmysequence emda modelcraft tempy l...
次にslicendice環境を作りますが、ymlを一部修正します.
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.ym...
index 273a329..da15b15 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_cpu.yml
@@ -3,13 +3,15 @@ channels:
- conda-forge
- omnia
dependencies:
- - python==3.9
+ - python=3.9
- gfortran
- cxx-compiler
- numpy
- pandas==1.2.5
- pip
- cython
+ - libxcrypt
- pip:
- biotempy
- struvolpy==1.0.8
+ - 'setuptools<74'
diff --git a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.ym...
index ef83d44..a11bba9 100644
--- a/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.yml
+++ b/setup_ext_env/env_ymls/slicendice_env_gpu.yml
@@ -41,6 +41,7 @@ dependencies:
- wheel=0.42.0=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.6=h166bdaf_0
- zstd=1.5.5=hfc55251_0
+ - libxcrypt
- pip:
- cython==3.0.6
- scipy==1.10.1
}}
その上で
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 setup_ext_env]# ./install_doppioext.sh ...
## env dir for install: /apps/doppio
## executables will be wrapped in : /apps/doppio
/usr/bin/which: no micromamba in (/apps/pyenv/versions/mi...
## conda type: conda
Arguments passed: slicendice gpu
Environment yml list file: list_env_slicendice_gpu
Process type: create_wrap
Set up environments for: slicendice slicendice
## Creating slicendice_env
## Creating gpu_slicendice_env
## Removing ext_base
## Creating ext_base
Writing SlicenDice set up script
##################################
WARNING: Running pip as the 'root' user can result in bro...
## Wrapping executables: slicendice_env
## Wrapping executables: gpu_slicendice_env
[root@rockylinux9 setup_ext_env]#
}}
次にmodelangelo なのですが、今(2025.3)時点でソースコード...
[[https://gitlab.com/ccpem/package-ccpem2/-/commit/95bb1c...
理由は分からない.
なのでこれで「package-ccpem2」の準備は完了なのかなと.
***本体のインストール. [#o6de0766]
っで本体のインストールです.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/doppio
[root@rockylinux9 doppio]# ls -l
total 0
drwxr-xr-x. 11 root root 191 Mar 16 10:42 conda_wrappers
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Mar 16 03:46 doppio-conda
[root@rockylinux9 doppio]#
[root@rockylinux9 doppio]# wget https://www.ccpem.ac.uk/d...
[root@rockylinux9 doppio]# unzip doppio-linux-1.2.0.zip
[root@rockylinux9 doppio]# ls -lF
total 200864
drwxr-xr-x. 11 root root 191 Mar 16 10:42 conda_wra...
drwxr-xr-x. 3 root root 18 Mar 16 03:46 doppio-co...
drwxr-xr-x. 4 root root 59 Mar 16 10:45 doppio-co...
-rwxr-xr-x. 1 root root 205675672 Jan 29 21:07 doppio-de...
drwxr-xr-x. 54 root root 4096 Jan 29 21:07 doppio-web/
[root@rockylinux9 doppio]#
}}
これで本体のインストールは完了.
っでEnvironmentModulesは
「/apps/modulefiles/doppio」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
module load phenix
module load ccp4
module load ccpem
set root /apps/doppio/conda_wrappers
prepend-path PATH $root/emdbva_env:$root/gpu_locscale:$ro...
set-alias doppio /apps/doppio/doppio-desktop.AppImage
}}
とします
使い方ですが、
#code(nonumber){{
module use /apps/modulefiles
module load doppio
}}
として
ここで「doppio」と実行すればアプリが使える。
doppio向けのフォルダが自動的に作成されます($HOME/ccpem-pr...
&ref(2025y03m16d_105228127.png,nolink,80%);
けど、展開した直後では使えるアプリがあんまりなく、追加で...
doppioの「NEW JOB」欄を開くと(Show unavailable jobsを有効...
&ref(2024y08m21d_232331189.png,nolink,80%);
と登録されていないアプリならグレーアウトしている。
上記は「module load ccpem」を外した場合です。これを有効に...
phenix, ccp4, ccpem をロードしてもグレーアウトなアイコン...
***ブラウザ経由で使う場合 [#xd82f9b2]
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ cd /apps/doppio/
[saber@rockylinux9 doppio]$ ./doppio-web/doppio-web -p 80...
fc-list: /apps/doppio/doppio-web/libz.so.1: version `ZLIB...
Doppio API token: a4148efe533634048e0775ff7a0aeb4f4e19345...
INFO: Started server process [45630]
INFO: Waiting for application startup.
INFO: Application startup complete.
INFO: Uvicorn running on http://127.0.0.1:8080 (Press...
INFO: Doppio is now running.
Go to this link in your browser to open Doppio:
file:///home/saber/.local/share/doppio/doppio-45630-o...
Or you can access Doppio directly using these details:
Server URL: http://127.0.0.1:8080/
Access token: a4148efe533634048e0775ff7a0aeb4f4e19345cfdf...
Press Ctrl+C to quit this Doppio server
:
}}
と、ここでは8080portを使用したままにして、ローカルのPCにS...
MobaXtermならメニューの「Tunneling」をクリックして下記の...
&ref(2025y03m16d_113432556.png,nolink,80%);
これを機能させて、(▼印を押下)
&ref(2025y03m16d_113710437.png,nolink);
PCのブラウザで「http://localhost:8080」を開いて、トークン...
&ref(2025y03m16d_113853155.png,nolink);
「submit」ボタンを押下すると、ブラウザ内で doppio が使え...
&ref(2025y03m16d_114141115.png,nolink);
&color(red){*};[PC] -- [Doppio] なら 上記でいいが、[PC] -...
***めも [#l4e9e8ff]
アプリよりブラウザ越しで使った方が動作は快適
ページ名:
1
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
