EM をテンプレートにして作成
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雑記帳[[EM/storage]]
電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecula...
[[https://cryoem101.org/>+https://cryoem101.org/]]
電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697
■ライセンス(区分けは相当間違っているかもしれないけど、、、)
|BGCOLOR(YELLOW): |>|BGCOLOR(YELLOW):プログラム名|BGCOLOR...
|~|BGCOLOR(YELLOW):(外部Callプログラム)|BGCOLOR(YELLOW):...
|総合系|>|Relion|GNU General Public License v2.0|https://...
|~|+--|UCSF MotionCor2|非営利目的なら無償で取得可能&br;商...
|~|+--|ctffind|GNU General Public License|http://grigorie...
|~|+--|Gctf|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|+--|ResMap|This package is released under the Creative...
|~|+--|SIDESPLITTER|GPLv3|https://github.com/StructuralBi...
|~|>|EMAN2|GPL2, BSD 3-Clause|https://github.com/cryoem/e...
|~|>|SPHIRE|(EMAN2と同じ??)||
|~|>|[[CCP-EM]] &br; &size(10){[[Doppio]]}; |非営利目的で...
|~|>|cryoSPARC|商用、非営利関係なく要ライセンス申請|https...
|~|>|cisTEM|The Janelia Research Campus Software License ...
|~|>|SPRING|the modified BSD lisence&br;商用目的なら要問...
|~|>|Bsoft|パブリックドメイン?|https://lsbr.niams.nih.gov...
|~|>|Scipion|free software|https://github.com/I2PC/scipio...
|トモグラフィ|>|IMOD|General Public License (GPL) version...
|~|>|[[PyTom]]||https://github.com/SBC-Utrecht/PyTom|
|~|>|[[Dynamo]]|||
|~|>|emClarity|||
|~|>|AreTom|AreTomo is free for academic use only. For co...
|~|>|[[cryoCARE]]|||
|~|>|[[tomotwin-cryoet]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|~|>|[[membrain-seg]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|粒子pick|>|crYOLO|非営利の学術および研究目的でのみ使用許...
|~|>|Gautomatch|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|>|topaz|GPLv3|https://github.com/tbepler/topaz/blob/ma...
|~|>|warp|GNU General Public License v3.0&br;&color(magen...
|像表示|>|Chimera|非営利目的なら無償で使用許諾される&br;...
|~|>|coot|GNU GPL|https://strucbio.biologie.uni-konstanz....
|~|>|Open-Source PyMOL|無償|https://github.com/schrodinge...
|~|>|Fiji|GPL|https://imagej.net/Licensing|
|画像変換&br;&size(10){ccp4/phenix};|>|em2em|Freeware|htt...
|画像Tool|>|Cinderella|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku...
|~|>|[[CryoSieve]]|GPLv3|https://github.com/mxhulab/cryos...
|~|>|JANNI|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni|
|撮影|>|SerialEM|MIT license|http://bio3d.colorado.edu/Se...
|OnTheFly|>|relion_it.py|relion同封スクリプト||
|~|>|Gwatch|||
|~|>|warp(再掲)|GNU General Public License v3.0&br;&color...
|~|>|Transphire|GNU General Public License v3.0|https://g...
|~|>|Focus|||
|~|>|Leginon|||
|~|>|cryoSPARC(再掲)|||
|xray|>|(xray)Phenix|非営利目的なら無償&br;営利目的ならラ...
|~|>|(xray)ccp4|商業活動に使用しない学術機関および非営利...
|~|>|(xray)XDS|非営利目的なら無償。営利目的なら要ライセン...
|MD|>|AmberTools|free of charge|http://ambermd.org/AmberT...
|~|>|Amber|有償|http://ambermd.org/GetAmber.php#amber|
|~|>|GROMACS|GNU Lesser General Public License|http://www...
|~|>|CNS|アカデミック(非営利)なら無料|http://cns-online.o...
|Dock|>|Dock6|学術機関では無料で利用できますが、産業組織...
|サンプル管理|>|gP2S|||
***mrcファイルをjpegにするには [#w0111928]
eman2の「e2proc2d.py」を使う
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do echo $i; e2proc2d.py $i ${i%.*}...
}}
上記は一枚一枚で処理してますが、ワイルドカードを使っても...
#code(nonumber){{
e2proc2d.py *.mrc @.jpeg
}}
「＠」は入力ファイル名のベース部分をもぎ取って代用してい...
加えて下記のような芸当もできる
#code(nonumber){{
e2proc2d.py sq01_100001.mrc sq01_100002.mrc sq01_100003.m...
}}
これで「sq01_100001.jpeg sq01_100002.jpeg sq01_100003.jpe...
***連番ファイルを作る [#c7b0121a]
#code(nonumber){{
Sep07_18.50.06.tif
Sep07_18.51.18.tif
Sep07_18.52.17.tif
:
}}
なファイルがある。このファイルはそのままに、&color(crimso...
#code(nonumber){{
#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
cmd="ln -s $f sq6_1$(printf %05d $i)_movie.tif"
$cmd
i=$(expr $i + 1)
done
}}
を作って、その場で実行する
***メモ [#faa0ee6e]
IHRSR++
[[http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrs...
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須
***mrcsファイルをjpegに分割 [#x09a7608]
#code(nonumber){{
[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.j...
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$
}}
***star_replace_UVA [#oe68c5da]
下記サイトの一部
[[https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scrip...
#code(nonumber){{
chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com particles.star Micrographs/*_...
}}
と使用するが、
「particles.star」 と 「Micrographs/*_local.star」 を繋...
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。
もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Microg...
あわせる必要が生じる。
例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら
#code(nonumber){{
sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles...
}}
で合わせましょう。
***TIFFファイル [#i4d80af8]
tiffフォーマットには LZW圧縮、ZIP圧縮らがある。非可逆圧縮...
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -c zip -q...
}}
zipで圧縮、圧縮を最大にしている(-q 9)
mrcファイル(1,6GB)がある。
#code(nonumber){{
e2iminfo.py abc.mrc
abc.mrc 1 images in MRC format 4096 x 4096 x 49
representing 0 particles
}}
これを「AMD Ryzen 7 2700X」なマシンでIMODのmrc2tifで変換...
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 9 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m25.851s
user 1m56.562s
sys 0m5.139s
}}
できたファイルのサイズは929MB
スピードを重視したら(-q 1)、
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 1 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m15.678s
user 0m53.626s
sys 0m2.572s
}}
サイズは、949MB。zipで速度重視でもいい圧縮は結構いいみた...
lzwなら
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c lzw a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m15.058s
user 0m44.115s
sys 0m2.562s
}}
サイズは、1.1GBとなる。
速さは最速だけど、1秒以内の差で、ほぼ同じとみていいのでは？
っとなると、圧縮が高くて、それでいてスピードの速い「zip」...
ssdデバイスにmrcファイルを配置して実施したら9秒ほどで完了...
終了行:
雑記帳[[EM/storage]]
電顕で利用されるアプリケーション
https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecula...
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電顕での自動データ採取
https://academic.oup.com/jmicro/article/65/1/43/2579697
■ライセンス(区分けは相当間違っているかもしれないけど、、、)
|BGCOLOR(YELLOW): |>|BGCOLOR(YELLOW):プログラム名|BGCOLOR...
|~|BGCOLOR(YELLOW):(外部Callプログラム)|BGCOLOR(YELLOW):...
|総合系|>|Relion|GNU General Public License v2.0|https://...
|~|+--|UCSF MotionCor2|非営利目的なら無償で取得可能&br;商...
|~|+--|ctffind|GNU General Public License|http://grigorie...
|~|+--|Gctf|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|+--|ResMap|This package is released under the Creative...
|~|+--|SIDESPLITTER|GPLv3|https://github.com/StructuralBi...
|~|>|EMAN2|GPL2, BSD 3-Clause|https://github.com/cryoem/e...
|~|>|SPHIRE|(EMAN2と同じ??)||
|~|>|[[CCP-EM]] &br; &size(10){[[Doppio]]}; |非営利目的で...
|~|>|cryoSPARC|商用、非営利関係なく要ライセンス申請|https...
|~|>|cisTEM|The Janelia Research Campus Software License ...
|~|>|SPRING|the modified BSD lisence&br;商用目的なら要問...
|~|>|Bsoft|パブリックドメイン?|https://lsbr.niams.nih.gov...
|~|>|Scipion|free software|https://github.com/I2PC/scipio...
|トモグラフィ|>|IMOD|General Public License (GPL) version...
|~|>|[[PyTom]]||https://github.com/SBC-Utrecht/PyTom|
|~|>|[[Dynamo]]|||
|~|>|emClarity|||
|~|>|AreTom|AreTomo is free for academic use only. For co...
|~|>|[[cryoCARE]]|||
|~|>|[[tomotwin-cryoet]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|~|>|[[membrain-seg]]|||
|~|>|[[IsoNet]]|||
|粒子pick|>|crYOLO|非営利の学術および研究目的でのみ使用許...
|~|>|Gautomatch|??|https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/|
|~|>|topaz|GPLv3|https://github.com/tbepler/topaz/blob/ma...
|~|>|warp|GNU General Public License v3.0&br;&color(magen...
|像表示|>|Chimera|非営利目的なら無償で使用許諾される&br;...
|~|>|coot|GNU GPL|https://strucbio.biologie.uni-konstanz....
|~|>|Open-Source PyMOL|無償|https://github.com/schrodinge...
|~|>|Fiji|GPL|https://imagej.net/Licensing|
|画像変換&br;&size(10){ccp4/phenix};|>|em2em|Freeware|htt...
|画像Tool|>|Cinderella|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku...
|~|>|[[CryoSieve]]|GPLv3|https://github.com/mxhulab/cryos...
|~|>|JANNI|MIT|http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni|
|撮影|>|SerialEM|MIT license|http://bio3d.colorado.edu/Se...
|OnTheFly|>|relion_it.py|relion同封スクリプト||
|~|>|Gwatch|||
|~|>|warp(再掲)|GNU General Public License v3.0&br;&color...
|~|>|Transphire|GNU General Public License v3.0|https://g...
|~|>|Focus|||
|~|>|Leginon|||
|~|>|cryoSPARC(再掲)|||
|xray|>|(xray)Phenix|非営利目的なら無償&br;営利目的ならラ...
|~|>|(xray)ccp4|商業活動に使用しない学術機関および非営利...
|~|>|(xray)XDS|非営利目的なら無償。営利目的なら要ライセン...
|MD|>|AmberTools|free of charge|http://ambermd.org/AmberT...
|~|>|Amber|有償|http://ambermd.org/GetAmber.php#amber|
|~|>|GROMACS|GNU Lesser General Public License|http://www...
|~|>|CNS|アカデミック(非営利)なら無料|http://cns-online.o...
|Dock|>|Dock6|学術機関では無料で利用できますが、産業組織...
|サンプル管理|>|gP2S|||
***mrcファイルをjpegにするには [#w0111928]
eman2の「e2proc2d.py」を使う
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do echo $i; e2proc2d.py $i ${i%.*}...
}}
上記は一枚一枚で処理してますが、ワイルドカードを使っても...
#code(nonumber){{
e2proc2d.py *.mrc @.jpeg
}}
「＠」は入力ファイル名のベース部分をもぎ取って代用してい...
加えて下記のような芸当もできる
#code(nonumber){{
e2proc2d.py sq01_100001.mrc sq01_100002.mrc sq01_100003.m...
}}
これで「sq01_100001.jpeg sq01_100002.jpeg sq01_100003.jpe...
***連番ファイルを作る [#c7b0121a]
#code(nonumber){{
Sep07_18.50.06.tif
Sep07_18.51.18.tif
Sep07_18.52.17.tif
:
}}
なファイルがある。このファイルはそのままに、&color(crimso...
#code(nonumber){{
#!/bin/bash
tif=$(ls ../movie_frames/sq6/*.tif)
i=1
for f in $tif ; do
cmd="ln -s $f sq6_1$(printf %05d $i)_movie.tif"
$cmd
i=$(expr $i + 1)
done
}}
を作って、その場で実行する
***メモ [#faa0ee6e]
IHRSR++
[[http://cryoem.ucsd.edu/wikis/software/start.php?id=ihrs...
CentOS7にて「compat-libgfortran-41」パッケージが必須
***mrcsファイルをjpegに分割 [#x09a7608]
#code(nonumber){{
[saber@c jpeg]$ e2proc2d.py ../run_it025_classes.mrcs a.j...
6 images, processing 0-5 stepping by 1
[saber@c jpeg]$
}}
***star_replace_UVA [#oe68c5da]
下記サイトの一部
[[https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/useful_tools/scrip...
#code(nonumber){{
chmod +x star_replace_UVA.com
./star_replace_UVA.com particles.star Micrographs/*_...
}}
と使用するが、
「particles.star」 と 「Micrographs/*_local.star」 を繋...
「_rlnMicrographNam」と
「_rlnImageName」の「@」前の数字
の一致が必要となる。
もし「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が「Microg...
あわせる必要が生じる。
例えば、「particles.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「MotionCorr/job002/Micrographs/sq05_100001.mrc」
で「Micrographs/*_local.star」側の「_rlnMicrographNam」が
「Micrographs/sq05_100001.mrc」
なら
#code(nonumber){{
sed 's/MotionCorr\/job002\///' particles.star > particles...
}}
で合わせましょう。
***TIFFファイル [#i4d80af8]
tiffフォーマットには LZW圧縮、ZIP圧縮らがある。非可逆圧縮...
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc` ; do /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -c zip -q...
}}
zipで圧縮、圧縮を最大にしている(-q 9)
mrcファイル(1,6GB)がある。
#code(nonumber){{
e2iminfo.py abc.mrc
abc.mrc 1 images in MRC format 4096 x 4096 x 49
representing 0 particles
}}
これを「AMD Ryzen 7 2700X」なマシンでIMODのmrc2tifで変換...
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 9 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m25.851s
user 1m56.562s
sys 0m5.139s
}}
できたファイルのサイズは929MB
スピードを重視したら(-q 1)、
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c zip -q 1 a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m15.678s
user 0m53.626s
sys 0m2.572s
}}
サイズは、949MB。zipで速度重視でもいい圧縮は結構いいみた...
lzwなら
#code(nonumber){{
time /Appl/IMOD/bin/mrc2tif -s -c lzw a.mrc a.tif
Writing TIFF images. .......................................
real 0m15.058s
user 0m44.115s
sys 0m2.562s
}}
サイズは、1.1GBとなる。
速さは最速だけど、1秒以内の差で、ほぼ同じとみていいのでは？
っとなると、圧縮が高くて、それでいてスピードの速い「zip」...
ssdデバイスにmrcファイルを配置して実施したら9秒ほどで完了...
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