EMAN をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN1>+http://bla...
すでにEMAN2へ移行されているが、昔のEMANを使用するツールも...
&color(white,blue){留意}; python-2.6以前(2.5, 2.4とか)が...
***取得 [#z8fd614d]
http://ncmi.bcm.edu/ncmi/software/eman/software_93 から使...
パッケージを入手する。ここでは eman-linux-x86_64-1.9.tar....
***展開 [#k9ad054a]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman-linux-x86_64-1.9.tar.gz ...
[root@c Appl]# chown -R root:root EMAN
[root@c Appl]# ls -ld EMAN*
drwxrwxr-x 8 root root 114 2月 19 2009 EMAN
drwxr-xr-x 19 root root 4096 12月 25 15:18 EMAN2
[root@c Appl]# cd EMAN
[root@c EMAN]# ./eman-installer
*「/Appl/EMAN/lib」でリンク名「libpyEM.so」の作成と「...
}}
利用するにはこの「eman.bashrc」もしくは「eman.cshrc」を読...
「eman.bashrc」の中身は下記である。
#code(nonumber){{
export EMANDIR=/Appl/EMAN
export PATH=${EMANDIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${EMANDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PYTHONPATH=${EMANDIR}/lib
}}
これをユーザの.bashrcらに
「source /Appl/EMAN/eman.bashrc」
を加える。
csh/tcshの場合は
「source /Appl/EMAN/eman.cshrc」
とする
***RockyLinux8でeman1.9を動かすには？ [#g1fc23a3]
[[Singularity/eman]]
***macOS [#de166da2]
macOSの場合
Mac OS X 10.5 Leopard
と
Mac OS X 10.6 Snow Leopard
の２通りのインストーラーがある。
ここでは「Snow Leopard」を取得+インストールした。
インストール先は「macOS High Sierra」で
&ref(2018y02m02d_024557733.png,nolink);
取得したファイルをダブルクリックする
&ref(2018y02m02d_025330735.png,nolink);
フォルダが展開され、中身に「EMAN」のフォルダとインストー...
&ref(2018y02m02d_025705260.png,nolink);
そのインストールマニュアルに従い、「EMAN」のフォルダを/Ap...
&ref(2018y02m02d_030245945.png,nolink);
次に、環境変数の定義を行います。
ここではインストールマニュアルに記載された「.profile」を...
「.profile」を使う場合、Terminalを起動して自分のホームデ...
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ echo "test -r /Applications/ENAN/init....
}}
再度Terminalを開けばこれが有効になって「helixboxer」らへ...
「.bashrc」を使う場合であるが、こちらは「.bashrc」を下記...
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ vi .bashrc
if [ -f /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh ]; then
. /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh
fi
lion:~ supervisor$
}}
「.bashrc」を使う場合、「.bash_profile」が必須で、その「....
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ vi .bash_profile
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi
lion:~ supervisor$
}}
これで再度Terminalを開けばEMANのアプリが使えるようになり...
例えば「helixboxer」とか入力すると下記アプリが実行されま...
&ref(2018y02m02d_030957007.png,nolink);
終了行:
本家様 [[http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN1>+http://bla...
すでにEMAN2へ移行されているが、昔のEMANを使用するツールも...
&color(white,blue){留意}; python-2.6以前(2.5, 2.4とか)が...
***取得 [#z8fd614d]
http://ncmi.bcm.edu/ncmi/software/eman/software_93 から使...
パッケージを入手する。ここでは eman-linux-x86_64-1.9.tar....
***展開 [#k9ad054a]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/eman-linux-x86_64-1.9.tar.gz ...
[root@c Appl]# chown -R root:root EMAN
[root@c Appl]# ls -ld EMAN*
drwxrwxr-x 8 root root 114 2月 19 2009 EMAN
drwxr-xr-x 19 root root 4096 12月 25 15:18 EMAN2
[root@c Appl]# cd EMAN
[root@c EMAN]# ./eman-installer
*「/Appl/EMAN/lib」でリンク名「libpyEM.so」の作成と「...
}}
利用するにはこの「eman.bashrc」もしくは「eman.cshrc」を読...
「eman.bashrc」の中身は下記である。
#code(nonumber){{
export EMANDIR=/Appl/EMAN
export PATH=${EMANDIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${EMANDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PYTHONPATH=${EMANDIR}/lib
}}
これをユーザの.bashrcらに
「source /Appl/EMAN/eman.bashrc」
を加える。
csh/tcshの場合は
「source /Appl/EMAN/eman.cshrc」
とする
***RockyLinux8でeman1.9を動かすには？ [#g1fc23a3]
[[Singularity/eman]]
***macOS [#de166da2]
macOSの場合
Mac OS X 10.5 Leopard
と
Mac OS X 10.6 Snow Leopard
の２通りのインストーラーがある。
ここでは「Snow Leopard」を取得+インストールした。
インストール先は「macOS High Sierra」で
&ref(2018y02m02d_024557733.png,nolink);
取得したファイルをダブルクリックする
&ref(2018y02m02d_025330735.png,nolink);
フォルダが展開され、中身に「EMAN」のフォルダとインストー...
&ref(2018y02m02d_025705260.png,nolink);
そのインストールマニュアルに従い、「EMAN」のフォルダを/Ap...
&ref(2018y02m02d_030245945.png,nolink);
次に、環境変数の定義を行います。
ここではインストールマニュアルに記載された「.profile」を...
「.profile」を使う場合、Terminalを起動して自分のホームデ...
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ echo "test -r /Applications/ENAN/init....
}}
再度Terminalを開けばこれが有効になって「helixboxer」らへ...
「.bashrc」を使う場合であるが、こちらは「.bashrc」を下記...
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ vi .bashrc
if [ -f /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh ]; then
. /Applications/ENAN/init.EMAN.1.9.sh
fi
lion:~ supervisor$
}}
「.bashrc」を使う場合、「.bash_profile」が必須で、その「....
#code(nonumber){{
lion:~ supervisor$ vi .bash_profile
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi
lion:~ supervisor$
}}
これで再度Terminalを開けばEMANのアプリが使えるようになり...
例えば「helixboxer」とか入力すると下記アプリが実行されま...
&ref(2018y02m02d_030957007.png,nolink);
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