Gautomatch をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/>+http://www...
&size(10){[[Gctf]]と同じサイトです};
[[Gautomatch/bash]]
現時点(170928)では最新版が Gautomatch_v0.56 で、ダウンロ...
各種sm毎にバイナリーが用意されている。
利用するnvidiaのカードがMaxwellベースの「GM20{0|4|6}」チ...
ここでは
#code(nonumber){{
[root@c ~]# mkdir /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@c ~]# cd /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@c v0.56]# curl -R -O http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/k...
[root@c v0.56]# chmod +x ./Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0
[root@c v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 gautoma...
[root@c v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 Gautoma...
[root@c ~]# rm /Appl/Gautomatch/cr ; ln -s /Appl/Gautomat...
}}
サンプルファイルがあるので、それに実行方法らが記載されて...
***メモ [#x47d1044]
下記はサンプルファイルの一部で「ribosome_automatch_test8....
&ref(2018y04m25d_020031470.png,nolink);
こんな感じで粒子をpickできるよとの資料みたい。実行方法は...
ここではこの画像を再現してみた。
対象となる画像ファイルが「test8.mrc」で
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ gautomatch --apixM 1.34 --diameter 240 --mi...
}}
より「test8_automatch.box」「test8_automatch.star」「test...
#code(nonumber){{
1121 27 238 238 0.642691 0 0...
2019 71 238 238 0.599376 0 0...
2835 21 238 238 0.430485 0 0...
357 143 238 238 0.508037 0 0...
921 129 238 238 0.636458 0 0...
2343 89 238 238 0.366626 0 0...
2645 127 238 238 0.646135 0 0...
:
}}
***実行 [#s5fc8098]
gautomatchはそのまま実行したら１プロセス、1GPUでしか走ら...
方法はいろいろあるのだが、ここでは parallel コマンドを併...
下記はmrcファイルの在処に移って、parallelコマンドで4同時...
「-j4」は４同時を意味して、「--gid」はGautomatchでの使用...
ここで「'$(({%} - 1))'」として「{%}」はparallelの「-j」と...
っで１番目のプロセスなら「--gid $(1-1)」で「--gid 0」と指...
「yum --enablerepo=epel install parallel 」&color(red){*}...
#code(nonumber){{
cd MotionCorr/job002/Micrographs/
ls *.mrc | parallel -j4 Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' -...
}}
***どこをpickしたか確認したい [#tf5686e8]
「test8_automatch.box」の中身からその並びは x, y, height,...
この値を使って、画像上に四角を載せてみる。
まず、mrcファイルでの扱いは難しいので、jpegに変換。EMAN2...
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ e2proc2d.py test8.mrc test8.jpeg
}}
&size(10){Shrinkはしてません};
その後、下記のようなphpスクリプトで描かせてみた
#code(nonumber){{
<?php
$f = "test8.jpeg";
$box="test8_automatch.box";
$img = ImageCreateFromJPEG( $f );
imagesetthickness($img, 5);
$color = imagecolorallocate($img, 255, 0, 255);
$fp=fopen($box,"r");
if($fp){
while(($b=fgets($fp,4096)) !== false){
if ( preg_match("/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\...
imagerectangle ($img, $m[1] , $m[2], ($m[1] + $m...
}
}
fclose($fp);
}
imagejpeg($img, "test8_particle.jpeg");
imagedestroy($img);
?>
}}
っが、
&ref(2018y04m25d_021732940.png,nolink);
と合わない。どうやら画像側の上下の反転が必要なようで、Ima...
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ convert -flip test8.jpeg test8_flip.jpeg
}}
この「test8_flip.jpeg」を先ほどのphpスクリプトに流すと、
&size(10){あとphpスクリプトと微調整して};
&ref(2018y04m25d_022114045.png,nolink);
となる。一応近いかな
なぜ「flip」が必要かは原点の取り方なのか良く分からない...
phpスクリプトで、「imagerectangle」部分を
#code(nonumber){{
- imagerectangle ($img, $m[1] , $m[2], ($m[1] + $m...
+ imagerectangle ($img, $m[1] , (4096 - ($m[2] + $...
}}
とすると上下の反転せずとも粒子のpick場所を正しく表示でき...
&ref(2018y04m25d_071550695.png,nolink);
そもそも「ribosome_automatch_test8.png」でなぜ反転させた...
ほか、relion-tutorialで出されているFalconの画像でも行って...
計算パラメータは下記として
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ gautomatch --apixM 3.54 --diameter 200 --mi...
}}
Gautomatchで推定された粒子が下記と成る
&ref(2018y04m25d_111636714.png,nolink);
一方で、この「Falcon_2012_06_12-14_33_35_0.mrc」をrelion...
&ref(2018y04m26d_001638598.png,nolink);
***試作アプリ [#w7326c10]
Gautomatchを使ってこんなアプリを作ってみた。
&ref(2018y05m31d_032137375.png,nolink);
満足がいくまでパラメータを変更していただき、その値を使っ...
終了行:
本家様 [[http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/>+http://www...
&size(10){[[Gctf]]と同じサイトです};
[[Gautomatch/bash]]
現時点(170928)では最新版が Gautomatch_v0.56 で、ダウンロ...
各種sm毎にバイナリーが用意されている。
利用するnvidiaのカードがMaxwellベースの「GM20{0|4|6}」チ...
ここでは
#code(nonumber){{
[root@c ~]# mkdir /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@c ~]# cd /Appl/Gautomatch/v0.56
[root@c v0.56]# curl -R -O http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/k...
[root@c v0.56]# chmod +x ./Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0
[root@c v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 gautoma...
[root@c v0.56]# ln -s Gautomatch_v0.56_sm52_cu8.0 Gautoma...
[root@c ~]# rm /Appl/Gautomatch/cr ; ln -s /Appl/Gautomat...
}}
サンプルファイルがあるので、それに実行方法らが記載されて...
***メモ [#x47d1044]
下記はサンプルファイルの一部で「ribosome_automatch_test8....
&ref(2018y04m25d_020031470.png,nolink);
こんな感じで粒子をpickできるよとの資料みたい。実行方法は...
ここではこの画像を再現してみた。
対象となる画像ファイルが「test8.mrc」で
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ gautomatch --apixM 1.34 --diameter 240 --mi...
}}
より「test8_automatch.box」「test8_automatch.star」「test...
#code(nonumber){{
1121 27 238 238 0.642691 0 0...
2019 71 238 238 0.599376 0 0...
2835 21 238 238 0.430485 0 0...
357 143 238 238 0.508037 0 0...
921 129 238 238 0.636458 0 0...
2343 89 238 238 0.366626 0 0...
2645 127 238 238 0.646135 0 0...
:
}}
***実行 [#s5fc8098]
gautomatchはそのまま実行したら１プロセス、1GPUでしか走ら...
方法はいろいろあるのだが、ここでは parallel コマンドを併...
下記はmrcファイルの在処に移って、parallelコマンドで4同時...
「-j4」は４同時を意味して、「--gid」はGautomatchでの使用...
ここで「'$(({%} - 1))'」として「{%}」はparallelの「-j」と...
っで１番目のプロセスなら「--gid $(1-1)」で「--gid 0」と指...
「yum --enablerepo=epel install parallel 」&color(red){*}...
#code(nonumber){{
cd MotionCorr/job002/Micrographs/
ls *.mrc | parallel -j4 Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' -...
}}
***どこをpickしたか確認したい [#tf5686e8]
「test8_automatch.box」の中身からその並びは x, y, height,...
この値を使って、画像上に四角を載せてみる。
まず、mrcファイルでの扱いは難しいので、jpegに変換。EMAN2...
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ e2proc2d.py test8.mrc test8.jpeg
}}
&size(10){Shrinkはしてません};
その後、下記のようなphpスクリプトで描かせてみた
#code(nonumber){{
<?php
$f = "test8.jpeg";
$box="test8_automatch.box";
$img = ImageCreateFromJPEG( $f );
imagesetthickness($img, 5);
$color = imagecolorallocate($img, 255, 0, 255);
$fp=fopen($box,"r");
if($fp){
while(($b=fgets($fp,4096)) !== false){
if ( preg_match("/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\...
imagerectangle ($img, $m[1] , $m[2], ($m[1] + $m...
}
}
fclose($fp);
}
imagejpeg($img, "test8_particle.jpeg");
imagedestroy($img);
?>
}}
っが、
&ref(2018y04m25d_021732940.png,nolink);
と合わない。どうやら画像側の上下の反転が必要なようで、Ima...
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ convert -flip test8.jpeg test8_flip.jpeg
}}
この「test8_flip.jpeg」を先ほどのphpスクリプトに流すと、
&size(10){あとphpスクリプトと微調整して};
&ref(2018y04m25d_022114045.png,nolink);
となる。一応近いかな
なぜ「flip」が必要かは原点の取り方なのか良く分からない...
phpスクリプトで、「imagerectangle」部分を
#code(nonumber){{
- imagerectangle ($img, $m[1] , $m[2], ($m[1] + $m...
+ imagerectangle ($img, $m[1] , (4096 - ($m[2] + $...
}}
とすると上下の反転せずとも粒子のpick場所を正しく表示でき...
&ref(2018y04m25d_071550695.png,nolink);
そもそも「ribosome_automatch_test8.png」でなぜ反転させた...
ほか、relion-tutorialで出されているFalconの画像でも行って...
計算パラメータは下記として
#code(nonumber){{
[saber@e ~]$ gautomatch --apixM 3.54 --diameter 200 --mi...
}}
Gautomatchで推定された粒子が下記と成る
&ref(2018y04m25d_111636714.png,nolink);
一方で、この「Falcon_2012_06_12-14_33_35_0.mrc」をrelion...
&ref(2018y04m26d_001638598.png,nolink);
***試作アプリ [#w7326c10]
Gautomatchを使ってこんなアプリを作ってみた。
&ref(2018y05m31d_032137375.png,nolink);
満足がいくまでパラメータを変更していただき、その値を使っ...
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