Gautomatch/bash をテンプレートにして作成
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開始行:
Gautomatchは１つのGPUしか使ってくれない。
parallelコマンドを併用して下記のようにすれば並列で計算し...
&color(red){*};4 GPUマシンなら
#code(nonumber){{
cd project_directory
ls MotionCorr/job002/Micrographs/sq03_*.mrc | parallel -j...
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 ...
}}
「--gid」でgpuIDを指定するのですが、これを「-j」コア数と...
top画面からは
#code(nonumber){{
:
:
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM...
13885 saber 20 0 37.4g 393228 139260 R 39.1 0.3...
13893 saber 20 0 37.6g 394812 139160 R 25.5 0.3...
13897 saber 20 0 37.7g 275820 130272 R 12.3 0.2...
13901 saber 20 0 37.1g 128248 117092 D 5.3 0.1...
10850 root 0 -20 0 0 0 S 3.6 0.0...
:
}}
となる。
***途中から始めたい [#ybeb75b2]
なんかの拍子で上記ジョブがとまってしまった場合、再度はじ...
可能ならば途中で終わったところから再開したいものである。
その場合、要点として「_automatch.box」がない「*.mrc」ファ...
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc`;do
if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];then
echo $i
fi
done
}}
がベース。っでこれを１行にしてパイプで前述のparallelに繋...
なので
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc`;do if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];...
/apps/Gautomatch/v0.56/Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' \
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 --...
}}
とすればいい
qsubに投入したければ
#code(nonumber){{
#!/bin/bash
cd project_directory/MotionCorr/job002/Micrographs
for i in `ls *.mrc`;do if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];...
/apps/Gautomatch/v0.56/Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' \
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 --...
}}
なGautomatch.shを作って
#code(nonumber){{
qsub Gautomatch.sh
}}
でいいのでは
終了行:
Gautomatchは１つのGPUしか使ってくれない。
parallelコマンドを併用して下記のようにすれば並列で計算し...
&color(red){*};4 GPUマシンなら
#code(nonumber){{
cd project_directory
ls MotionCorr/job002/Micrographs/sq03_*.mrc | parallel -j...
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 ...
}}
「--gid」でgpuIDを指定するのですが、これを「-j」コア数と...
top画面からは
#code(nonumber){{
:
:
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM...
13885 saber 20 0 37.4g 393228 139260 R 39.1 0.3...
13893 saber 20 0 37.6g 394812 139160 R 25.5 0.3...
13897 saber 20 0 37.7g 275820 130272 R 12.3 0.2...
13901 saber 20 0 37.1g 128248 117092 D 5.3 0.1...
10850 root 0 -20 0 0 0 S 3.6 0.0...
:
}}
となる。
***途中から始めたい [#ybeb75b2]
なんかの拍子で上記ジョブがとまってしまった場合、再度はじ...
可能ならば途中で終わったところから再開したいものである。
その場合、要点として「_automatch.box」がない「*.mrc」ファ...
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc`;do
if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];then
echo $i
fi
done
}}
がベース。っでこれを１行にしてパイプで前述のparallelに繋...
なので
#code(nonumber){{
for i in `ls *.mrc`;do if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];...
/apps/Gautomatch/v0.56/Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' \
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 --...
}}
とすればいい
qsubに投入したければ
#code(nonumber){{
#!/bin/bash
cd project_directory/MotionCorr/job002/Micrographs
for i in `ls *.mrc`;do if [ ! -f ${i%.*}_automatch.box ];...
/apps/Gautomatch/v0.56/Gautomatch --gid '$(({%} - 1))' \
--speed 1 --apixM 1.47 --diameter 150 --cc_cutoff 0.5 --...
}}
なGautomatch.shを作って
#code(nonumber){{
qsub Gautomatch.sh
}}
でいいのでは
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