Gctf をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/>+http://www...
***Gctf [#f62873a9]
本家様からファイルをダウンロードします。
取得したファイルは &color(magenta){Gctf_v1.06_and_example...
これを/Appl/Gctfとかに展開
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/Gctf_v1.06_and_examples.tar.g...
}}
新たに「/Appl/Gctf_v1.06」が作成される。
実行バイナリは、
#code(nonumber){{
[root@c Appl]# chown -R root:root /Appl/Gctf_v1.06/
[root@c Appl]# ls -lh /Appl/Gctf_v1.06/bin/
合計 14M
-rwxrwxr-x 1 root root 1.5M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17 2016 Gctf-v1.06_sm_3...
[root@c Appl]#
}}
とcudaのバージョンとsm毎に用意されている
&size(10){「sm」って何の略？単にgpu architectureのを示す...
nvidiaのカードとそのCompute Capabilityは[[https://develop...
ここでは「Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64」を使用する。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# ln -sv Gctf_v1.06 Gctf
`Gctf' -> `Gctf_v1.06'
[root@c Appl]#
[root@c Appl]# cd Gctf/bin/
[root@c bin]#
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 gctf
`gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 Gctf
`Gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
[root@c bin]#
[root@c bin]# ls -l
合計 13552
lrwxrwxrwx 1 root root 29 4月 26 12:24 Gctf -> Gctf...
-rwxrwxr-x 1 root root 1560741 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2006534 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2021499 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2081289 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2091780 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2009474 10月 17 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2091394 10月 17 2016 Gctf-v1.06_s...
lrwxrwxrwx 1 root root 29 4月 26 12:24 gctf -> Gctf...
[root@c bin]#
}}
***GCtfFind [#j4127367]
本家様 [[https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind>+...
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind
cd GCtfFind
make exe -f makefile CUDAHOME=/usr/local/cuda-12.2
}}
ubuntu22.04にて「&color(red){/usr/bin/ld: /apps/GCtfFind/...
その際はmakefileを下記のように修正する
#code(diff,nonumber){{
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -76,7 +76,7 @@ exe: $(OBJS)
$(PRJLIB)/libcuutil.a \
$(PRJLIB)/libcuutilfft.a \
-L$(CUDALIB) -L/usr/lib64 \
- -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread \
+ -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread -no-pie \
-o GCtfFind
@echo GCtfFind has been generated.
}}
ubuntu24.04の場合だけど
#code(nonumber){{
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -60,9 +60,9 @@ SRCS = ./CInput.cpp \
OBJS = $(patsubst %.cpp, %.o, $(SRCS))
#-------------------------------------
CC = g++
-CFLAG = -c -g -pthread -m64
+CFLAG = -c -g -pthread -m64 -fno-PIE
NVCC = $(CUDAHOME)/bin/nvcc -std=c++11
-CUFLAG = -Xptxas -dlcm=ca -O2 \
+CUFLAG = -Xptxas -dlcm=ca -O2 -Xptxas -dlcm=ca -O2 \
-gencode arch=compute_52,code=sm_52 \
-gencode arch=compute_53,code=sm_53 \
-gencode arch=compute_60,code=sm_60 \
@@ -77,7 +77,7 @@ cuda: $(CUCPPS)
compile: $(OBJS)
exe: $(OBJS)
- @g++ -g -pthread -m64 $(OBJS) \
+ @g++ -g -pthread -m64 -no-pie $(OBJS) \
$(PRJLIB)/libmrcfile.a \
$(PRJLIB)/libutil.a \
$(PRJLIB)/libcuutil.a \
}}
として、「make exe -f makefile CUDAHOME=/usr/local/cuda-1...
終了行:
本家様 [[http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/>+http://www...
***Gctf [#f62873a9]
本家様からファイルをダウンロードします。
取得したファイルは &color(magenta){Gctf_v1.06_and_example...
これを/Appl/Gctfとかに展開
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# gzip -cd src/Gctf_v1.06_and_examples.tar.g...
}}
新たに「/Appl/Gctf_v1.06」が作成される。
実行バイナリは、
#code(nonumber){{
[root@c Appl]# chown -R root:root /Appl/Gctf_v1.06/
[root@c Appl]# ls -lh /Appl/Gctf_v1.06/bin/
合計 14M
-rwxrwxr-x 1 root root 1.5M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 9月 29 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17 2016 Gctf-v1.06_sm_2...
-rwxrwxr-x 1 root root 2.0M 10月 17 2016 Gctf-v1.06_sm_3...
[root@c Appl]#
}}
とcudaのバージョンとsm毎に用意されている
&size(10){「sm」って何の略？単にgpu architectureのを示す...
nvidiaのカードとそのCompute Capabilityは[[https://develop...
ここでは「Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64」を使用する。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# ln -sv Gctf_v1.06 Gctf
`Gctf' -> `Gctf_v1.06'
[root@c Appl]#
[root@c Appl]# cd Gctf/bin/
[root@c bin]#
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 gctf
`gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
[root@c bin]# ln -sv Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64 Gctf
`Gctf' -> `Gctf-v1.06_sm_30_cu8.0_x86_64'
[root@c bin]#
[root@c bin]# ls -l
合計 13552
lrwxrwxrwx 1 root root 29 4月 26 12:24 Gctf -> Gctf...
-rwxrwxr-x 1 root root 1560741 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2006534 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2021499 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2081289 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2091780 9月 29 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2009474 10月 17 2016 Gctf-v1.06_s...
-rwxrwxr-x 1 root root 2091394 10月 17 2016 Gctf-v1.06_s...
lrwxrwxrwx 1 root root 29 4月 26 12:24 gctf -> Gctf...
[root@c bin]#
}}
***GCtfFind [#j4127367]
本家様 [[https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind>+...
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/czimaginginstitute/GCtfFind
cd GCtfFind
make exe -f makefile CUDAHOME=/usr/local/cuda-12.2
}}
ubuntu22.04にて「&color(red){/usr/bin/ld: /apps/GCtfFind/...
その際はmakefileを下記のように修正する
#code(diff,nonumber){{
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -76,7 +76,7 @@ exe: $(OBJS)
$(PRJLIB)/libcuutil.a \
$(PRJLIB)/libcuutilfft.a \
-L$(CUDALIB) -L/usr/lib64 \
- -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread \
+ -lcufft -lcudart -lcuda -lc -lm -lpthread -no-pie \
-o GCtfFind
@echo GCtfFind has been generated.
}}
ubuntu24.04の場合だけど
#code(nonumber){{
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -60,9 +60,9 @@ SRCS = ./CInput.cpp \
OBJS = $(patsubst %.cpp, %.o, $(SRCS))
#-------------------------------------
CC = g++
-CFLAG = -c -g -pthread -m64
+CFLAG = -c -g -pthread -m64 -fno-PIE
NVCC = $(CUDAHOME)/bin/nvcc -std=c++11
-CUFLAG = -Xptxas -dlcm=ca -O2 \
+CUFLAG = -Xptxas -dlcm=ca -O2 -Xptxas -dlcm=ca -O2 \
-gencode arch=compute_52,code=sm_52 \
-gencode arch=compute_53,code=sm_53 \
-gencode arch=compute_60,code=sm_60 \
@@ -77,7 +77,7 @@ cuda: $(CUCPPS)
compile: $(OBJS)
exe: $(OBJS)
- @g++ -g -pthread -m64 $(OBJS) \
+ @g++ -g -pthread -m64 -no-pie $(OBJS) \
$(PRJLIB)/libmrcfile.a \
$(PRJLIB)/libutil.a \
$(PRJLIB)/libcuutil.a \
}}
として、「make exe -f makefile CUDAHOME=/usr/local/cuda-1...
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