Gwatch をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
本家様 [[https://github.com/FumiakiMakino/Gwatch/blob/mas...
「Gwatch: a pipeline program for quick evaluation of samp...
「このソフトは、単粒子像解析のためのデータ収集を行うクラ...
とのこと。コンセプトが素晴らしい。
インストール手順は上記URLに記載されているけどCentOS7でイ...
***下準備 [#aff1ffae]
「MotionCor2」、「Gautomatch」、「Gctf」の名称で実行パス...
&color(red){*};&size(10){「motioncor2」など全て小文字とか...
簡単に確認します
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ which MotionCor2
/Appl/local/bin/MotionCor2
[saber@c ~]$ which Gautomatch
/Appl/Gautomatch/cr/Gautomatch
[saber@c ~]$ which Gctf
/Appl/Gctf/bin/Gctf
}}
とパス的には大丈夫みたい。
***python3 [#d1c29b4c]
「pythonプログラムです。」
なのでpythonが必要。CentOS7の規定は python-2.7。これでは...
別途コンパイルしてインストールでは既存環境への影響が大き...
python3を提供するリポジトリは複数ある。
まず、[[CentOS/devtoolset]]にあるように &color(magenta){c...
インストールして使う方法がある。この場合 python3 を使う前...
組み込む必要がある。
他には リポジトリepel が提供している python36 と開発元が...
どちらも「/usr/bin/python3.6」のファイルを作る。恐らく 前...
思える。そしてどっちでも問題ないと思うが、開発側が提示し...
後者のリポジトリ &color(orangered){ius}; にて python36 を...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install https://centos7.iuscommunity.org...
}}
これでリポジトリ &color(orangered){ius}; が登録(/etc/yum....
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum list |grep ius
}}
にてリポジトリ &color(orangered){ius}; が提供しているパッ...
ここでは python36u をインストール
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install python36u python36u-libs python36...
(リンク作成)
[root@c ~]# ln -s /usr/bin/python3.6 /usr/bin/python3
[root@c ~]# ls -l /usr/bin/python3
lrwxrwxrwx 1 root root 18 8月 23 20:44 /usr/bin/python3 ...
[root@c ~]#
}}
その後、追加で Gwatch に必要なpython3.6の関連モジュールを...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# python3.6 -m pip install pyqt5
[root@c ~]# python3.6 -m pip install watchdog
[root@c ~]# python3.6 -m pip install numpy
}}
確認
#code(nonumber){{
[root@c ~]# pip3.6 list
:
argh (0.26.2)
numpy (1.15.1)
pathtools (0.1.2)
pip (9.0.1)
PyQt5 (5.11.2)
PyQt5-sip (4.19.12)
PyYAML (3.13)
setuptools (39.0.1)
watchdog (0.8.3)
:
[root@c ~]#
}}
途中「pipのバージョンが古いぞ、新しくしたら？」と言われる...
これら追加パッケージは「/usr/lib64/python3.6/site-package...
***インストール [#xb86bdb0]
gitから取得して、その展開場所がインストール先となる。
&size(10){amberToolとかに似ているかな};
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# git clone git://github.com/FumiakiMakino/G...
}}
***起動 [#m5f68eeb]
各自のPATH環境変数に「/Appl/Gwatch/Gwatch_project_v323」...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ export PATH=/Appl/Gwatch/Gwatch_project_v323...
[saber@c ~]$ mkdir Gwatch && cd $_
[saber@c Gwatch]$ Gwatch_v32.py
}}
GUIアプリで下記の画面が表示される
&ref(2018y08m23d_210314771.png,nolink);
***memo [#v9041ea3]
「Gwatch.py」を起動したマシンにGPUがあればOK.
もしクラスターとかでログインノードにGPUがなく、計算ノード...
GPUノードにログインする必要がある。
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ qsub -q bio -I -X
}}
この際、「-X」をつけてXが飛ぶようにする必要がある。
[[Ansible]]で全ての計算機に「python36u」をインストールし...
下記を「python36.yml」として
&color(red){*};&size(10){pukiwiki表記の制限から「}}」を「...
#code(nonumber){{
- hosts: em
tasks:
- name: install ius repository
yum: name=https://centos7.iuscommunity.org/ius-releas...
- name: install python-3.6
yum: name={{ item } } state=latest
with_items:
- python36u
- python36u-libs
- python36u-devel
- python36u-pip
- name: install python-3.6 module
shell: python3.6 -m pip install {{ item } }
with_items:
- pyqt5
- watchdog
- numpy
- name: symbolic link python3.6 to python3
file: src=/usr/bin/python3.6 dest=/usr/bin/python3 st...
}}
下記コマンドを実行する。&size(10){（「/etc/ansible/hosts...
#code(nonumber){{
[saber@c ansible]$ ansible-playbook python36.yml --user r...
}}
終了行:
本家様 [[https://github.com/FumiakiMakino/Gwatch/blob/mas...
「Gwatch: a pipeline program for quick evaluation of samp...
「このソフトは、単粒子像解析のためのデータ収集を行うクラ...
とのこと。コンセプトが素晴らしい。
インストール手順は上記URLに記載されているけどCentOS7でイ...
***下準備 [#aff1ffae]
「MotionCor2」、「Gautomatch」、「Gctf」の名称で実行パス...
&color(red){*};&size(10){「motioncor2」など全て小文字とか...
簡単に確認します
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ which MotionCor2
/Appl/local/bin/MotionCor2
[saber@c ~]$ which Gautomatch
/Appl/Gautomatch/cr/Gautomatch
[saber@c ~]$ which Gctf
/Appl/Gctf/bin/Gctf
}}
とパス的には大丈夫みたい。
***python3 [#d1c29b4c]
「pythonプログラムです。」
なのでpythonが必要。CentOS7の規定は python-2.7。これでは...
別途コンパイルしてインストールでは既存環境への影響が大き...
python3を提供するリポジトリは複数ある。
まず、[[CentOS/devtoolset]]にあるように &color(magenta){c...
インストールして使う方法がある。この場合 python3 を使う前...
組み込む必要がある。
他には リポジトリepel が提供している python36 と開発元が...
どちらも「/usr/bin/python3.6」のファイルを作る。恐らく 前...
思える。そしてどっちでも問題ないと思うが、開発側が提示し...
後者のリポジトリ &color(orangered){ius}; にて python36 を...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install https://centos7.iuscommunity.org...
}}
これでリポジトリ &color(orangered){ius}; が登録(/etc/yum....
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum list |grep ius
}}
にてリポジトリ &color(orangered){ius}; が提供しているパッ...
ここでは python36u をインストール
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install python36u python36u-libs python36...
(リンク作成)
[root@c ~]# ln -s /usr/bin/python3.6 /usr/bin/python3
[root@c ~]# ls -l /usr/bin/python3
lrwxrwxrwx 1 root root 18 8月 23 20:44 /usr/bin/python3 ...
[root@c ~]#
}}
その後、追加で Gwatch に必要なpython3.6の関連モジュールを...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# python3.6 -m pip install pyqt5
[root@c ~]# python3.6 -m pip install watchdog
[root@c ~]# python3.6 -m pip install numpy
}}
確認
#code(nonumber){{
[root@c ~]# pip3.6 list
:
argh (0.26.2)
numpy (1.15.1)
pathtools (0.1.2)
pip (9.0.1)
PyQt5 (5.11.2)
PyQt5-sip (4.19.12)
PyYAML (3.13)
setuptools (39.0.1)
watchdog (0.8.3)
:
[root@c ~]#
}}
途中「pipのバージョンが古いぞ、新しくしたら？」と言われる...
これら追加パッケージは「/usr/lib64/python3.6/site-package...
***インストール [#xb86bdb0]
gitから取得して、その展開場所がインストール先となる。
&size(10){amberToolとかに似ているかな};
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /Appl/
[root@c Appl]# git clone git://github.com/FumiakiMakino/G...
}}
***起動 [#m5f68eeb]
各自のPATH環境変数に「/Appl/Gwatch/Gwatch_project_v323」...
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ export PATH=/Appl/Gwatch/Gwatch_project_v323...
[saber@c ~]$ mkdir Gwatch && cd $_
[saber@c Gwatch]$ Gwatch_v32.py
}}
GUIアプリで下記の画面が表示される
&ref(2018y08m23d_210314771.png,nolink);
***memo [#v9041ea3]
「Gwatch.py」を起動したマシンにGPUがあればOK.
もしクラスターとかでログインノードにGPUがなく、計算ノード...
GPUノードにログインする必要がある。
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ qsub -q bio -I -X
}}
この際、「-X」をつけてXが飛ぶようにする必要がある。
[[Ansible]]で全ての計算機に「python36u」をインストールし...
下記を「python36.yml」として
&color(red){*};&size(10){pukiwiki表記の制限から「}}」を「...
#code(nonumber){{
- hosts: em
tasks:
- name: install ius repository
yum: name=https://centos7.iuscommunity.org/ius-releas...
- name: install python-3.6
yum: name={{ item } } state=latest
with_items:
- python36u
- python36u-libs
- python36u-devel
- python36u-pip
- name: install python-3.6 module
shell: python3.6 -m pip install {{ item } }
with_items:
- pyqt5
- watchdog
- numpy
- name: symbolic link python3.6 to python3
file: src=/usr/bin/python3.6 dest=/usr/bin/python3 st...
}}
下記コマンドを実行する。&size(10){（「/etc/ansible/hosts...
#code(nonumber){{
[saber@c ansible]$ ansible-playbook python36.yml --user r...
}}
ページ名:
1
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
