IMOD をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様: [[http://bio3d.colorado.edu/imod/>+http://bio3d.c...
ダウンロード先
[[http://bio3d.colorado.edu/imod/download.html>+http://bi...
linuxに関してcudaが絡んでいるバージョンが提供されている。
cudaカードを持ってないなら
'''If are not using an NVIDIA card for GPU computing, jus...
とある。
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# wget https://bio3d.colorado.edu/i...
[root@rockylinux9 src]# bash /Public/em/imod_5.1.11_RHEL8...
}}
「-yes」を指定していると、既に存在しているIMODを削除して...
***environment-modules [#ne476e43]
「/apps/modulefiles/IMOD/5.1.11」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set imod /apps/imod_5.1.11
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-ope...
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
#set-alias subm "submfg \!* &"
}}
***メモ [#b562cfff]
一部javaを使うので
#code(nonumber){{
dnf groupinstall "Java Platform"
}}
を実行します.
「qt-x11」「hdf5-devel」パッケージが必要っぽいのだが、、
RHEL8系だと「/usr/bin/python」がないのでそれを調整する必...
#code(nonumber){{
alternatives --config python
}}
でpython3にするといいかも
***CentOS8 [#kc4314e2]
CentOS8にてimodを起動すると
「&color(red){Gtk-Message: 01:12:10.056: Failed to load m...
これは「libcanberra-gtk2」をインストールすれば解消される
***ubuntu22.04 [#t7c5a863]
#code(nonumber){{
sudo -i
apt update
apt install default-jre
}}
***rln2mod [#m75e719b]
github [[https://github.com/Phaips/rln2mod>+https://githu...
OS標準提供の pip を使います。っでstarfile を入れて置きま...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# echo $PATH
/root/.local/bin:/root/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/lo...
[root@rockylinux9 ~]# dnf install python-pip
[root@rockylinux9 ~]# pip --version
pip 21.3.1 from /usr/lib/python3.9/site-packages/pip (pyt...
[root@rockylinux9 ~]# pip install starfile
}}
rln2modを入れて置きます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Pha...
[root@rockylinux9 apps]# ls -l rln2mod/
total 8
-rw-r--r--. 1 root root 823 Sep 21 10:55 README.md
-rw-r--r--. 1 root root 2756 Sep 21 10:55 rln2mod.py
[root@rockylinux9 apps]#
}}
使う
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ module load IMOD
[saber@rockylinux9 ~]$ python /apps/rln2mod/rln2mod.py
usage: rln2mod.py [-h] --x X --y Y --z Z
Convert Relion STAR to .mod models
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--x X tomogram X size (px)
--y Y tomogram Y size (px)
--z Z tomogram Z size (px)
[saber@rockylinux9 ~]$
}}
終了行:
本家様: [[http://bio3d.colorado.edu/imod/>+http://bio3d.c...
ダウンロード先
[[http://bio3d.colorado.edu/imod/download.html>+http://bi...
linuxに関してcudaが絡んでいるバージョンが提供されている。
cudaカードを持ってないなら
'''If are not using an NVIDIA card for GPU computing, jus...
とある。
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux9 src]# wget https://bio3d.colorado.edu/i...
[root@rockylinux9 src]# bash /Public/em/imod_5.1.11_RHEL8...
}}
「-yes」を指定していると、既に存在しているIMODを削除して...
***environment-modules [#ne476e43]
「/apps/modulefiles/IMOD/5.1.11」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set imod /apps/imod_5.1.11
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-ope...
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
#set-alias subm "submfg \!* &"
}}
***メモ [#b562cfff]
一部javaを使うので
#code(nonumber){{
dnf groupinstall "Java Platform"
}}
を実行します.
「qt-x11」「hdf5-devel」パッケージが必要っぽいのだが、、
RHEL8系だと「/usr/bin/python」がないのでそれを調整する必...
#code(nonumber){{
alternatives --config python
}}
でpython3にするといいかも
***CentOS8 [#kc4314e2]
CentOS8にてimodを起動すると
「&color(red){Gtk-Message: 01:12:10.056: Failed to load m...
これは「libcanberra-gtk2」をインストールすれば解消される
***ubuntu22.04 [#t7c5a863]
#code(nonumber){{
sudo -i
apt update
apt install default-jre
}}
***rln2mod [#m75e719b]
github [[https://github.com/Phaips/rln2mod>+https://githu...
OS標準提供の pip を使います。っでstarfile を入れて置きま...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# echo $PATH
/root/.local/bin:/root/bin:/usr/share/Modules/bin:/usr/lo...
[root@rockylinux9 ~]# dnf install python-pip
[root@rockylinux9 ~]# pip --version
pip 21.3.1 from /usr/lib/python3.9/site-packages/pip (pyt...
[root@rockylinux9 ~]# pip install starfile
}}
rln2modを入れて置きます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Pha...
[root@rockylinux9 apps]# ls -l rln2mod/
total 8
-rw-r--r--. 1 root root 823 Sep 21 10:55 README.md
-rw-r--r--. 1 root root 2756 Sep 21 10:55 rln2mod.py
[root@rockylinux9 apps]#
}}
使う
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ module load IMOD
[saber@rockylinux9 ~]$ python /apps/rln2mod/rln2mod.py
usage: rln2mod.py [-h] --x X --y Y --z Z
Convert Relion STAR to .mod models
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--x X tomogram X size (px)
--y Y tomogram Y size (px)
--z Z tomogram Z size (px)
[saber@rockylinux9 ~]$
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