JANNI をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni>+http...
まずはpyenv環境を構築する[[crYOLO#w789c07e]]
次に、
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@centos7 ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anacon...
}}
とおまじないをして、
JANNI向けの環境を作る. &color(red){*};&size(10){(2022.04)...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# conda create -n janni-cpu -c conda-forg...
}}
完成したら、作ったJANNI環境へ移ってアプリを追加します
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# source activate janni-cpu
(janni-cpu) [root@centos7 ~]#
(janni-cpu) [root@centos7 ~]# pip install janni[cpu]==0.2...
}}
&size(10){12枚のmrcファイルを処理したら 16minくらい};
■GPU版なら janni-0.3.0b5 では上手く行った
#code(nonumber){{
conda create -n janni-gpu -c conda-forge python=3.6 cudn...
source activate janni-gpu
pip install janni[gpu]==0.3.0b5
}}
&size(10){12枚のmrcファイルを処理したら 5min くらい};
&size(10){同じように janni-0.3.0b5のcpu版を作ってみたが、...
***EnvironmentModules [#a77b2f7e]
[[EnvironmentModules]]で実行環境を整備するならmodiilefile...
&color(red){*};&size(10){普通は「/etc/modulefiles/janni」...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# vi /home/Common/modules/janni
#%Module
set root /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/en...
prepend-path PATH $root/bin
[root@c ~]#
}}
***テスト実行 [#k48d7d20]
コマンドラインで実際にテスト.
「/apps/janni」にjanniのモデルファイルを設置して、
使用する画像はGCTF_Gautomatch_Cu10.1に付属のmrc画像として...
#code(nonumber){{
[illya@centos7 ~]$ mkdir janni && cd janni
[illya@centos7 janni]$ module load janni-cpu
[illya@centos7 janni]$ mkdir input
[illya@centos7 janni]$ cd input/
[illya@centos7 input]$ ln -s /apps/GCTF_Gautomatch_Cu10.1...
[illya@centos7 input]$ cd ..
[illya@centos7 janni]$ janni_denoise.py denoise ./input ....
}}
終了行:
本家様[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=janni>+http...
まずはpyenv環境を構築する[[crYOLO#w789c07e]]
次に、
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@centos7 ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@centos7 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anacon...
}}
とおまじないをして、
JANNI向けの環境を作る. &color(red){*};&size(10){(2022.04)...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# conda create -n janni-cpu -c conda-forg...
}}
完成したら、作ったJANNI環境へ移ってアプリを追加します
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# source activate janni-cpu
(janni-cpu) [root@centos7 ~]#
(janni-cpu) [root@centos7 ~]# pip install janni[cpu]==0.2...
}}
&size(10){12枚のmrcファイルを処理したら 16minくらい};
■GPU版なら janni-0.3.0b5 では上手く行った
#code(nonumber){{
conda create -n janni-gpu -c conda-forge python=3.6 cudn...
source activate janni-gpu
pip install janni[gpu]==0.3.0b5
}}
&size(10){12枚のmrcファイルを処理したら 5min くらい};
&size(10){同じように janni-0.3.0b5のcpu版を作ってみたが、...
***EnvironmentModules [#a77b2f7e]
[[EnvironmentModules]]で実行環境を整備するならmodiilefile...
&color(red){*};&size(10){普通は「/etc/modulefiles/janni」...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# vi /home/Common/modules/janni
#%Module
set root /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/en...
prepend-path PATH $root/bin
[root@c ~]#
}}
***テスト実行 [#k48d7d20]
コマンドラインで実際にテスト.
「/apps/janni」にjanniのモデルファイルを設置して、
使用する画像はGCTF_Gautomatch_Cu10.1に付属のmrc画像として...
#code(nonumber){{
[illya@centos7 ~]$ mkdir janni && cd janni
[illya@centos7 janni]$ module load janni-cpu
[illya@centos7 janni]$ mkdir input
[illya@centos7 janni]$ cd input/
[illya@centos7 input]$ ln -s /apps/GCTF_Gautomatch_Cu10.1...
[illya@centos7 input]$ cd ..
[illya@centos7 janni]$ janni_denoise.py denoise ./input ....
}}
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