MiRPv2 をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様[[https://github.com/moores-lab/MiRPv2>+https://git...
以前はCentOS7で作ってましたが、RockyLinux8.6で構築してみ...
まずは取得してみます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.6 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]# mkdir /apps
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/moor...
[root@rockylinux apps]# cd MiRPv2/
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -CF
data/ install.py license.txt manual.pdf mirp/
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -l mirp/
total 68
-rw-r--r--. 1 root root 2576 Jan 13 23:14 generate_seam_...
-rw-r--r--. 1 root root 4443 Jan 13 23:14 generate_segme...
-rw-r--r--. 1 root root 2318 Jan 13 23:14 helper_fns.py
-rw-r--r--. 1 root root 27818 Jan 13 23:14 microtubules.py
-rw-r--r--. 1 root root 1481 Jan 13 23:14 mirp_initial_s...
-rw-r--r--. 1 root root 1345 Jan 13 23:14 mirp_pf_sorting
-rw-r--r--. 1 root root 1295 Jan 13 23:14 mirp_seam_check
-rw-r--r--. 1 root root 2283 Jan 13 23:14 plot_eulerxy.py
-rw-r--r--. 1 root root 7723 Jan 13 23:14 starfileIO.py
[root@rockylinux MiRPv2]#
}}
っで有効にするには「MiRPv2/install.py」を拝見するに
-「MiRPv2/mirp」の「helper_fns.py」「microtubules.py」「s...
-PATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える
-PYTHONPATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える
って感じみたい.
実行権を付けておきます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux MiRPv2]# chmod +x mirp/*
}}
&size(10){面倒なので mirp フォルダの中身全てに実行権を付...
あとマニュアル「MiRPv2/manual.pdf」を拝見すると基本はpyth...
そしていくつかは EMAN2(2.13で作成) のpythonライブラリを読...
「generate_seam_references.py」と「generate_segment_avera...
ちょいとそれぞれのプログラムを見てみる
-generate_seam_references.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(&color(crimson){python2};)
generate_seam_references.pyのメモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and...
references for 3D seam classification from a single 3D re...
}}
-generate_segment_averages.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(&color(crimson){python2};)
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and...
particles averaged over a 7-particle window
}}
-helper_fns.py、microtubules.py、mirp_initial_seam、mirp_...
&color(magenta){python3};
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is ...
}}
-starfileIO.py
&color(magenta){python3};
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is ...
starfileIO.py provides functions for reading, editing, an...
and is therefore compatible with any version of RELION.
}}
***構築 [#p3afbbd5]
python3 で動くアプリもあれば、EMAN2のライブラリが必要なア...
Rockylinuxはpython 3.6.8が既定です. なのでパッケージで追...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux ~]# dnf install --enablerepo=epel python...
}}
そしてEMAN2のライブラリが必要なアプリは python2 が必要で...
&color(red){*};&size(10){eman2/2.91 は python3 アプリなの...
eman2.31のインストールは [[EMAN2]] 参照
***EnvironmentModules [#j757c63f]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/MiRPv2
#%Module1.0
module unload relion
module load eman2/2.31
set MiRPv2 /apps/MiRPv2
prepend-path PATH $MiRPv2/mirp
prepend-path PYTHONPATH $MiRPv2/mirp
[root@rockylinux ~]#
}}
&size(10){relionとeman2はどっちも使えるようにすると微妙に...
終了行:
本家様[[https://github.com/moores-lab/MiRPv2>+https://git...
以前はCentOS7で作ってましたが、RockyLinux8.6で構築してみ...
まずは取得してみます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.6 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]# mkdir /apps
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]# git clone https://github.com/moor...
[root@rockylinux apps]# cd MiRPv2/
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -CF
data/ install.py license.txt manual.pdf mirp/
[root@rockylinux MiRPv2]# ls -l mirp/
total 68
-rw-r--r--. 1 root root 2576 Jan 13 23:14 generate_seam_...
-rw-r--r--. 1 root root 4443 Jan 13 23:14 generate_segme...
-rw-r--r--. 1 root root 2318 Jan 13 23:14 helper_fns.py
-rw-r--r--. 1 root root 27818 Jan 13 23:14 microtubules.py
-rw-r--r--. 1 root root 1481 Jan 13 23:14 mirp_initial_s...
-rw-r--r--. 1 root root 1345 Jan 13 23:14 mirp_pf_sorting
-rw-r--r--. 1 root root 1295 Jan 13 23:14 mirp_seam_check
-rw-r--r--. 1 root root 2283 Jan 13 23:14 plot_eulerxy.py
-rw-r--r--. 1 root root 7723 Jan 13 23:14 starfileIO.py
[root@rockylinux MiRPv2]#
}}
っで有効にするには「MiRPv2/install.py」を拝見するに
-「MiRPv2/mirp」の「helper_fns.py」「microtubules.py」「s...
-PATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える
-PYTHONPATH環境変数に「MiRPv2/mirp」を加える
って感じみたい.
実行権を付けておきます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux MiRPv2]# chmod +x mirp/*
}}
&size(10){面倒なので mirp フォルダの中身全てに実行権を付...
あとマニュアル「MiRPv2/manual.pdf」を拝見すると基本はpyth...
そしていくつかは EMAN2(2.13で作成) のpythonライブラリを読...
「generate_seam_references.py」と「generate_segment_avera...
ちょいとそれぞれのプログラムを見てみる
-generate_seam_references.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(&color(crimson){python2};)
generate_seam_references.pyのメモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and...
references for 3D seam classification from a single 3D re...
}}
-generate_segment_averages.py
EMAN2のpythonモジュールが必要(&color(crimson){python2};)
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
This script is dependent on EMAN2 (tested with v2.13) and...
particles averaged over a 7-particle window
}}
-helper_fns.py、microtubules.py、mirp_initial_seam、mirp_...
&color(magenta){python3};
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is ...
}}
-starfileIO.py
&color(magenta){python3};
メモ書き
#code(nonumber){{
MiRP - a microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM im...
MiRP v2 is designed to function with RELION v3.1, and is ...
starfileIO.py provides functions for reading, editing, an...
and is therefore compatible with any version of RELION.
}}
***構築 [#p3afbbd5]
python3 で動くアプリもあれば、EMAN2のライブラリが必要なア...
Rockylinuxはpython 3.6.8が既定です. なのでパッケージで追...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# dnf install epel-release
[root@rockylinux ~]# dnf install --enablerepo=epel python...
}}
そしてEMAN2のライブラリが必要なアプリは python2 が必要で...
&color(red){*};&size(10){eman2/2.91 は python3 アプリなの...
eman2.31のインストールは [[EMAN2]] 参照
***EnvironmentModules [#j757c63f]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# vi /apps/modulefiles/MiRPv2
#%Module1.0
module unload relion
module load eman2/2.31
set MiRPv2 /apps/MiRPv2
prepend-path PATH $MiRPv2/mirp
prepend-path PYTHONPATH $MiRPv2/mirp
[root@rockylinux ~]#
}}
&size(10){relionとeman2はどっちも使えるようにすると微妙に...
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