MotionCor2 をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://emcore.ucsf.edu/ucsf-software>+https://e...
***MotionCor3 [#z92fdd23]
ここで公開
[[https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3>+https...
READMEに
#code(nonumber){{
MotionCor3, an improved implementation of MotionCor2 with...
is a multi-GPU accelerated software package that enables ...
sample motion for cryo-electron microscopy and cryo-elect...
(DeepL様翻訳)
MotionCor3は、MotionCor2にCTF (Contrast Transfer Function...
低温電子トモグラフィー画像において、ビームによる試料の動...
マルチGPUアクセラレーションソフトウェアパッケージです。
}}
とある
っでライセンスは「BSD-3-Clause license」で企業利用も大丈...
作り方
#code(nonumber){{
cd /apps
git clone https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3
cd MotionCor3
make exe -f makefile11 CUDAHOME=/usr/local/cuda-11.8
ls -l /apps/MotionCor3/MotionCor3
}}
Environment Modulesは「/apps/modulefiles/MotionCor3」で
#code(nonumber){{
#%Module
set-alias MotionCor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3
set-alias motioncor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3
}}
とかで.
ubuntu22.04でコンパイルすると
「&color(red){/usr/bin/ld: /apps/MotionCor3/Lib/libmrcfil...
回避策としてはmakefile11を下記のようにする.
#code(diff,nonumber){{
--- a/makefile11
+++ b/makefile11
@@ -162,7 +162,7 @@ exe: $(OBJS)
-L$(CUDALIB) \
-L$(CONDA)/lib \
-L/usr/lib64 \
- -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -...
+ -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -...
-o MotionCor3
@echo MotionCor3 has been generated.
}}
***MotionCor2 [#z2a56beb]
ライセンスにご注意ください
本家様から
#code(nonumber){{
NOTE: This software may only be downloaded and used for f...
}}
取得申請フォームに記載して最新版のMotionCor2をダウンロー...
これを展開します
#code(nonumber){{
mkdir /apps/MotionCor2
cd /apps/MotionCor2
unzip /apps/src/MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
rm -rf /apps/src/MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
}}
「/usr/local」に展開しているcudaライブラリに応じて複数の...
ここで ldd で必要な共有ライブラリを見てみると
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 MotionCor2]# ldd ./MotionCor2_1.6.4_Cud...
linux-vdso.so.1 (0x00007ffd7b74f000)
libcufft.so.11 => /usr/local/cuda/targets/x86_64-...
libcudart.so.12 => /usr/local/cuda/targets/x86_64...
libcuda.so.1 => /lib64/libcuda.so.1 (0x00007f87df...
libnvToolsExt.so.1 => /usr/local/cuda/targets/x86...
libtiff.so.5 => /lib64/libtiff.so.5 (0x00007f87f5...
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000...
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f87f56520...
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f87f564d0...
libstdc++.so.6 => /lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f...
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f87e4325000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f87dee00000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f87...
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f87f56f7000)
libwebp.so.7 => /lib64/libwebp.so.7 (0x00007f87e4...
libzstd.so.1 => /lib64/libzstd.so.1 (0x00007f87e3...
libjbig.so.2.1 => /lib64/libjbig.so.2.1 (0x00007f...
libjpeg.so.62 => /lib64/libjpeg.so.62 (0x00007f87...
libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007f87f5608000)
[root@rockylinux9 MotionCor2]#
}}
&size(10){cuda-12-8が入ってます};
これから「libtiff.so.5」が必要なのですが、ubuntu24.04では...
なのでubuntu24.04でこのMotionCor2を使うには別途 libtiff.s...
作ってみる.
#code(nonumber){{
root@ubuntu24:~# cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 24.04.1 LTS"
:
root@ubuntu24:~#
root@ubuntu24:~# cd /usr/local/src/
root@ubuntu24:/usr/local/src# wget https://download.osgeo...
root@ubuntu24:/usr/local/src# unzip -q tiff-4.3.0.zip
root@ubuntu24:/usr/local/src# cd tiff-4.3.0/
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF
aclocal.m4 ChangeLog config/ configure.ac H...
autogen.sh* cmake/ config.h.in contrib/ h...
build/ CMakeLists.txt configure* COPYRIGHT l...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# apt install buil...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ./configure
:
Libtiff is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Installation directory: /usr/local
Documentation directory: ${prefix}/share/doc...
C compiler: gcc -g -O2 -Wall -W
C++ compiler: g++ -g -O2
Enable runtime linker paths: no
Enable linker symbol versioning: no
Support Microsoft Document Imaging: yes
Use Win32 IO: no
Support for internal codecs:
CCITT Group 3 & 4 algorithms: yes
Macintosh PackBits algorithm: yes
LZW algorithm: yes
ThunderScan 4-bit RLE algorithm: yes
NeXT 2-bit RLE algorithm: yes
LogLuv high dynamic range encoding: yes
Support for external codecs:
ZLIB support: no <-- libzip-dev
libdeflate support: no <-- libdeflat...
Pixar log-format algorithm: no <-- libzip-dev
JPEG support: no <-- libjpeg-dev
Old JPEG support: no <-- libjpeg-dev
JPEG 8/12 bit dual mode: no <-- 「--enabl...
ISO JBIG support: no <-- libjbig-dev
LERC support: no <-- liblerc-dev
LZMA2 support: no <-- liblzma-dev
ZSTD support: no <-- libzstd-dev
WEBP support: no <-- libwebp-dev
C++ support: yes
OpenGL support: no
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# apt install libz...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ./configure --en...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# make -j 20
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# make install
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF /usr/loca...
fax2ps* pal2rgb* raw2tiff* tiff2pdf* tiff2rgba* t...
fax2tiff* ppm2tiff* tiff2bw* tiff2ps* tiffcmp* t...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF /usr/loca...
libtiff.a libtiff.so@ libtiff.so.5.7.0* libtiffxx....
libtiff.la* libtiff.so.5@ libtiffxx.a libtiffxx....
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0#
}}
一応「/etc/ld.so.conf.d/libc.conf」に「/usr/local/lib」が...
&size(10){「/usr/local/lib/libtiff.so」は削除した方がいい...
***Rockylinux10でMotionCor2を動かしたい. [#d256584d]
RHEL10系はMotionCor2の実行に必要な libtiff.so.5 が用意さ...
故 MotionCor2 を動かしたい場合は tiff-4.4.0 をインストー...
っで作ってみます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux10 src]# wget https://download.osgeo.org/...
[root@rockylinux10 src]# tar xf tiff-4.4.0.tar.xz
[root@rockylinux10 src]# cd tiff-4.4.0/
[root@rockylinux10 tiff-4.4.0]# ./configure --prefix=/app...
[root@rockylinux10 tiff-4.4.0]# make && make install
}}
これで必要な「libtiff.so.5」を得ました。
当然 MotionCor2 の modulefile には LD_LIBRARY_PATH を加え...
#code(nonumber){{
#%Module
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/local/lib
set-alias MotionCor2 /apps/MotionCor2/MotionCor2_1.6.4_Cu...
set-alias motioncor2 /apps/MotionCor2/MotionCor2_1.6.4_Cu...
}}
終了行:
本家様 [[https://emcore.ucsf.edu/ucsf-software>+https://e...
***MotionCor3 [#z92fdd23]
ここで公開
[[https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3>+https...
READMEに
#code(nonumber){{
MotionCor3, an improved implementation of MotionCor2 with...
is a multi-GPU accelerated software package that enables ...
sample motion for cryo-electron microscopy and cryo-elect...
(DeepL様翻訳)
MotionCor3は、MotionCor2にCTF (Contrast Transfer Function...
低温電子トモグラフィー画像において、ビームによる試料の動...
マルチGPUアクセラレーションソフトウェアパッケージです。
}}
とある
っでライセンスは「BSD-3-Clause license」で企業利用も大丈...
作り方
#code(nonumber){{
cd /apps
git clone https://github.com/czimaginginstitute/MotionCor3
cd MotionCor3
make exe -f makefile11 CUDAHOME=/usr/local/cuda-11.8
ls -l /apps/MotionCor3/MotionCor3
}}
Environment Modulesは「/apps/modulefiles/MotionCor3」で
#code(nonumber){{
#%Module
set-alias MotionCor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3
set-alias motioncor3 /apps/MotionCor3/MotionCor3
}}
とかで.
ubuntu22.04でコンパイルすると
「&color(red){/usr/bin/ld: /apps/MotionCor3/Lib/libmrcfil...
回避策としてはmakefile11を下記のようにする.
#code(diff,nonumber){{
--- a/makefile11
+++ b/makefile11
@@ -162,7 +162,7 @@ exe: $(OBJS)
-L$(CUDALIB) \
-L$(CONDA)/lib \
-L/usr/lib64 \
- -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -...
+ -lcufft -lcudart -lcuda -lnvToolsExt -ltiff -lc -...
-o MotionCor3
@echo MotionCor3 has been generated.
}}
***MotionCor2 [#z2a56beb]
ライセンスにご注意ください
本家様から
#code(nonumber){{
NOTE: This software may only be downloaded and used for f...
}}
取得申請フォームに記載して最新版のMotionCor2をダウンロー...
これを展開します
#code(nonumber){{
mkdir /apps/MotionCor2
cd /apps/MotionCor2
unzip /apps/src/MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
rm -rf /apps/src/MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
}}
「/usr/local」に展開しているcudaライブラリに応じて複数の...
ここで ldd で必要な共有ライブラリを見てみると
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 MotionCor2]# ldd ./MotionCor2_1.6.4_Cud...
linux-vdso.so.1 (0x00007ffd7b74f000)
libcufft.so.11 => /usr/local/cuda/targets/x86_64-...
libcudart.so.12 => /usr/local/cuda/targets/x86_64...
libcuda.so.1 => /lib64/libcuda.so.1 (0x00007f87df...
libnvToolsExt.so.1 => /usr/local/cuda/targets/x86...
libtiff.so.5 => /lib64/libtiff.so.5 (0x00007f87f5...
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000...
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f87f56520...
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f87f564d0...
libstdc++.so.6 => /lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f...
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f87e4325000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f87dee00000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f87...
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f87f56f7000)
libwebp.so.7 => /lib64/libwebp.so.7 (0x00007f87e4...
libzstd.so.1 => /lib64/libzstd.so.1 (0x00007f87e3...
libjbig.so.2.1 => /lib64/libjbig.so.2.1 (0x00007f...
libjpeg.so.62 => /lib64/libjpeg.so.62 (0x00007f87...
libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007f87f5608000)
[root@rockylinux9 MotionCor2]#
}}
&size(10){cuda-12-8が入ってます};
これから「libtiff.so.5」が必要なのですが、ubuntu24.04では...
なのでubuntu24.04でこのMotionCor2を使うには別途 libtiff.s...
作ってみる.
#code(nonumber){{
root@ubuntu24:~# cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 24.04.1 LTS"
:
root@ubuntu24:~#
root@ubuntu24:~# cd /usr/local/src/
root@ubuntu24:/usr/local/src# wget https://download.osgeo...
root@ubuntu24:/usr/local/src# unzip -q tiff-4.3.0.zip
root@ubuntu24:/usr/local/src# cd tiff-4.3.0/
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF
aclocal.m4 ChangeLog config/ configure.ac H...
autogen.sh* cmake/ config.h.in contrib/ h...
build/ CMakeLists.txt configure* COPYRIGHT l...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# apt install buil...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ./configure
:
Libtiff is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Installation directory: /usr/local
Documentation directory: ${prefix}/share/doc...
C compiler: gcc -g -O2 -Wall -W
C++ compiler: g++ -g -O2
Enable runtime linker paths: no
Enable linker symbol versioning: no
Support Microsoft Document Imaging: yes
Use Win32 IO: no
Support for internal codecs:
CCITT Group 3 & 4 algorithms: yes
Macintosh PackBits algorithm: yes
LZW algorithm: yes
ThunderScan 4-bit RLE algorithm: yes
NeXT 2-bit RLE algorithm: yes
LogLuv high dynamic range encoding: yes
Support for external codecs:
ZLIB support: no <-- libzip-dev
libdeflate support: no <-- libdeflat...
Pixar log-format algorithm: no <-- libzip-dev
JPEG support: no <-- libjpeg-dev
Old JPEG support: no <-- libjpeg-dev
JPEG 8/12 bit dual mode: no <-- 「--enabl...
ISO JBIG support: no <-- libjbig-dev
LERC support: no <-- liblerc-dev
LZMA2 support: no <-- liblzma-dev
ZSTD support: no <-- libzstd-dev
WEBP support: no <-- libwebp-dev
C++ support: yes
OpenGL support: no
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# apt install libz...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ./configure --en...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# make -j 20
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# make install
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF /usr/loca...
fax2ps* pal2rgb* raw2tiff* tiff2pdf* tiff2rgba* t...
fax2tiff* ppm2tiff* tiff2bw* tiff2ps* tiffcmp* t...
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0# ls -CF /usr/loca...
libtiff.a libtiff.so@ libtiff.so.5.7.0* libtiffxx....
libtiff.la* libtiff.so.5@ libtiffxx.a libtiffxx....
root@ubuntu24:/usr/local/src/tiff-4.3.0#
}}
一応「/etc/ld.so.conf.d/libc.conf」に「/usr/local/lib」が...
&size(10){「/usr/local/lib/libtiff.so」は削除した方がいい...
***Rockylinux10でMotionCor2を動かしたい. [#d256584d]
RHEL10系はMotionCor2の実行に必要な libtiff.so.5 が用意さ...
故 MotionCor2 を動かしたい場合は tiff-4.4.0 をインストー...
っで作ってみます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux10 src]# wget https://download.osgeo.org/...
[root@rockylinux10 src]# tar xf tiff-4.4.0.tar.xz
[root@rockylinux10 src]# cd tiff-4.4.0/
[root@rockylinux10 tiff-4.4.0]# ./configure --prefix=/app...
[root@rockylinux10 tiff-4.4.0]# make && make install
}}
これで必要な「libtiff.so.5」を得ました。
当然 MotionCor2 の modulefile には LD_LIBRARY_PATH を加え...
#code(nonumber){{
#%Module
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/local/lib
set-alias MotionCor2 /apps/MotionCor2/MotionCor2_1.6.4_Cu...
set-alias motioncor2 /apps/MotionCor2/MotionCor2_1.6.4_Cu...
}}
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