OpenPBS/ubuntu をテンプレートにして作成
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開始行:
OpenPBSをubuntuで利用するために.
コンパイル環境と実行環境はこちらに記載されている
[[https://github.com/openpbs/openpbs/blob/master/INSTALL>...
本筋なら deb パッケージを作って計算ノードが増えた時の対処...
rules、control、changelog、copyright
を用意する必要がある. rpmのspecファイルがあればそれを参照...
&size(10){alienなるrpmパッケージをdebパッケージに変換する...
面倒なのでdebは作らず単純にコンパイルしてみることにした。
パッケージをインストールします
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt-get install gcc make libtool libhwloc-...
libxt-dev libedit-dev libical-dev ncurses-dev perl \
postgresql-server-dev-all postgresql-contrib python...
libexpat-dev libssl-dev libxext-dev libxft-dev auto...
automake g++
root@ubuntu:~#
}}
次にgitでOpenPBSを取得します &size(10){git操作はしない....
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# git clone https://github.com/openpbs/openpbs
root@ubuntu:~# cd openpbs
root@ubuntu:~/openpbs#
}}
relion向けに一部ソースを変更します
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c b/src/lib/Libc...
index 068f4ad2..05a0d113 100644
--- a/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c
+++ b/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c
@@ -59,7 +59,7 @@ isalnumspch(int c)
if (isalnum(c) != 0)
return c;
- if (c == '-' || c == '_' || c == '+' || c == '.')
+ if (c == '-' || c == '_' || c == '+' || c == '.' ...
return c;
return 0;
}}
そしてコンパイルを開始します
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~/openpbs# ./autogen.sh
root@ubuntu:~/openpbs# ./configure --with-pbs-server-home...
root@ubuntu:~/openpbs# make -j 20 && make install
}}
これでプログラム関係は /opt/pbs に格納されます.
加えて実行環境整備向けの設定ファイルが「/etc/profile.d/pb...
ただ、この段階では「/var/lib/pbs」は作られていない. 加え...
っで次の作業を行う
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
*** PBS Installation Summary
***
*** Postinstall script called as follows:
*** /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall ''
***
*** No configuration file found.
*** Creating new configuration file: /etc/pbs.conf
*** Replacing /etc/pbs.conf with /etc/pbs.conf.20.0.0
*** /etc/pbs.conf has been created.
***
*** Registering PBS as a service.
update-rc.d: error: no runlevel symlinks to modify, abort...
Synchronizing state of pbs.service with SysV service scri...
Executing: /lib/systemd/systemd-sysv-install enable pbs
Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wan...
***
*** PBS_HOME is /var/lib/pbs
*** Creating new file /var/lib/pbs/pbs_environment
*** WARNING: TZ not set in /var/lib/pbs/pbs_environment
***
*** The PBS server has been installed in /opt/pbs/sbin.
*** The PBS scheduler has been installed in /opt/pbs/sbin.
***
*** The PBS communication agent has been installed in /op...
***
*** The PBS MOM has been installed in /opt/pbs/sbin.
***
*** The PBS commands have been installed in /opt/pbs/bin.
***
*** End of /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
root@ubuntu:~#
}}
ここで「&color(red){update-rc.d: error: no runlevel symli...
まずは設定ファイルらを削除して
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# rm -rf /etc/pbs.conf
root@ubuntu:~# rm -rf /var/lib/pbs
}}
再度作る
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
}}
これで「&color(red){update-rc.d: error: no runlevel symli...
次に「/etc/hosts」を調整します. &size(10){/etc/hostsが完...
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# vi /etc/hosts
127.0.0.1 localhost
127.0.1.1 ubuntu
192.168.0.68 ubuntu
root@ubuntu:~#
}}
起動はsystemctlで
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# systemctl start pbs
}}
でok
「qmgr」と実行して「&color(red){qmgr: command not found};...
#code(nonumber){{
. /etc/profile.d/pbs.sh
}}
とかして環境を呼び込む
***メモ [#kf4006c6]
「/var/lib/pbs/server_logs」にて
「Could not find any usable IP address for host ubuntu」
とあるなら「/etc/hosts」に自分のIPアドレスとホスト名を記...
パーミッション
#code(nonumber){{
chmod 4755 /opt/pbs/sbin/pbs_iff /opt/pbs/sbin/pbs_rcp
}}
自動起動にするなら
#code(nonumber){{
update-rc.d pbs enable
/lib/systemd/systemd-sysv-install enable pbs
}}
終了行:
OpenPBSをubuntuで利用するために.
コンパイル環境と実行環境はこちらに記載されている
[[https://github.com/openpbs/openpbs/blob/master/INSTALL>...
本筋なら deb パッケージを作って計算ノードが増えた時の対処...
rules、control、changelog、copyright
を用意する必要がある. rpmのspecファイルがあればそれを参照...
&size(10){alienなるrpmパッケージをdebパッケージに変換する...
面倒なのでdebは作らず単純にコンパイルしてみることにした。
パッケージをインストールします
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt-get install gcc make libtool libhwloc-...
libxt-dev libedit-dev libical-dev ncurses-dev perl \
postgresql-server-dev-all postgresql-contrib python...
libexpat-dev libssl-dev libxext-dev libxft-dev auto...
automake g++
root@ubuntu:~#
}}
次にgitでOpenPBSを取得します &size(10){git操作はしない....
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# git clone https://github.com/openpbs/openpbs
root@ubuntu:~# cd openpbs
root@ubuntu:~/openpbs#
}}
relion向けに一部ソースを変更します
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c b/src/lib/Libc...
index 068f4ad2..05a0d113 100644
--- a/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c
+++ b/src/lib/Libcmds/ck_job_name.c
@@ -59,7 +59,7 @@ isalnumspch(int c)
if (isalnum(c) != 0)
return c;
- if (c == '-' || c == '_' || c == '+' || c == '.')
+ if (c == '-' || c == '_' || c == '+' || c == '.' ...
return c;
return 0;
}}
そしてコンパイルを開始します
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~/openpbs# ./autogen.sh
root@ubuntu:~/openpbs# ./configure --with-pbs-server-home...
root@ubuntu:~/openpbs# make -j 20 && make install
}}
これでプログラム関係は /opt/pbs に格納されます.
加えて実行環境整備向けの設定ファイルが「/etc/profile.d/pb...
ただ、この段階では「/var/lib/pbs」は作られていない. 加え...
っで次の作業を行う
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
*** PBS Installation Summary
***
*** Postinstall script called as follows:
*** /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall ''
***
*** No configuration file found.
*** Creating new configuration file: /etc/pbs.conf
*** Replacing /etc/pbs.conf with /etc/pbs.conf.20.0.0
*** /etc/pbs.conf has been created.
***
*** Registering PBS as a service.
update-rc.d: error: no runlevel symlinks to modify, abort...
Synchronizing state of pbs.service with SysV service scri...
Executing: /lib/systemd/systemd-sysv-install enable pbs
Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wan...
***
*** PBS_HOME is /var/lib/pbs
*** Creating new file /var/lib/pbs/pbs_environment
*** WARNING: TZ not set in /var/lib/pbs/pbs_environment
***
*** The PBS server has been installed in /opt/pbs/sbin.
*** The PBS scheduler has been installed in /opt/pbs/sbin.
***
*** The PBS communication agent has been installed in /op...
***
*** The PBS MOM has been installed in /opt/pbs/sbin.
***
*** The PBS commands have been installed in /opt/pbs/bin.
***
*** End of /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
root@ubuntu:~#
}}
ここで「&color(red){update-rc.d: error: no runlevel symli...
まずは設定ファイルらを削除して
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# rm -rf /etc/pbs.conf
root@ubuntu:~# rm -rf /var/lib/pbs
}}
再度作る
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
}}
これで「&color(red){update-rc.d: error: no runlevel symli...
次に「/etc/hosts」を調整します. &size(10){/etc/hostsが完...
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# vi /etc/hosts
127.0.0.1 localhost
127.0.1.1 ubuntu
192.168.0.68 ubuntu
root@ubuntu:~#
}}
起動はsystemctlで
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# systemctl start pbs
}}
でok
「qmgr」と実行して「&color(red){qmgr: command not found};...
#code(nonumber){{
. /etc/profile.d/pbs.sh
}}
とかして環境を呼び込む
***メモ [#kf4006c6]
「/var/lib/pbs/server_logs」にて
「Could not find any usable IP address for host ubuntu」
とあるなら「/etc/hosts」に自分のIPアドレスとホスト名を記...
パーミッション
#code(nonumber){{
chmod 4755 /opt/pbs/sbin/pbs_iff /opt/pbs/sbin/pbs_rcp
}}
自動起動にするなら
#code(nonumber){{
update-rc.d pbs enable
/lib/systemd/systemd-sysv-install enable pbs
}}
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