OpenSerialEM をテンプレートにして作成
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開始行:
Automated EM Data Acquisition with SerialEM
本家様 [[http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/>+http://bio...
どうやらこのseralEMがMIT licenseで公開されているみたい.
入手はMercurialで可能で、
#code(nonumber){{
[foo@c pc]$ hg clone http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/O...
[foo@c pc]$ cd OpenSerialEM
[foo@c OpenSerialEM]$
[foo@c OpenSerialEM]$ ls
AlignFocusWindow.cpp EMimageBuffer.h MacroCont...
AlignFocusWindow.h EMimageExtra.cpp MacroEdit...
AmtCamera.tlb* EMimageExtra.h MacroEdit...
AutoTuning.cpp EMmontageController.cpp MacroProc...
AutoTuning.h EMmontageController.h MacroProc...
AutocenSetupDlg.cpp* EMscope.cpp MacroTool...
AutocenSetupDlg.h* EMscope.h MacroTool...
:
:
SerialEM.sln SerialEM.vcxproj
:
:
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
「ReadMe.txt」にwindows2000,xpに対応のためVS2010でVS2008...
#code(nonumber){{
[foo@c OpenSerialEM]$ head -n2 SerialEM.sln
Microsoft Visual Studio Solution File, Format Version 11.00
# Visual Studio 2010
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
と確かにVS2010のプロジェクト.
こちらで調べた限りどうもMicrosoftのMFCライブラリを使って...
MFCライブラリが備わっていないので無理。&size(10){Professi...
だが、2014年末にリリースされたVisualStudioCommunity2013か...
使えるようになった。ここではこの無償版のVisualStudioCommu...
***準備 [#v77806ed]
VisualStudioCommunity2013のインストールらは[[windows/IDE#...
このVisualStudioCommunity2013のインストール後に、「Visual...
***VisualStudio2013に読み込み [#c8a23e8c]
VS2013を起動させ、入手したOpenSerialEMにある「&color(mage...
「FILE」->「Open」->「Project/Solution...」
&ref(2017y08m13d_002923493.png,nolink);
&ref(2017y08m13d_003027478.png,nolink);
下図のようなセキュリティメッセージが表示されるが、「OK」...
&ref(2017y08m13d_003440275.png,nolink);
「&color(magenta){SerialEM.sln};」の読み込みが完了すると...
下記のようなメッセージが表示される。「OK」ボタンを押下し...
&ref(2017y08m13d_003548014.png,nolink);
読み込みが完了して、「Solution Explorer」には下図のように...
&ref(2017y08m13d_003817699.png,nolink);
だが、この時点で変更された、新規に追加されたファイルは下...
#code(nonumber){{
[foo@c OpenSerialEM]$ find . -cmin -5 |less
.
./SerialEM.vcxproj
./SerialEM.opensdf
./SerialEM.sdf
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
&color(red){*};&size(10){こちらでは、sambaでmacOS/Linux/W...
***コンパイル前に [#f74366c6]
OpenSerialEMに付随している「ReadMe.txt」に
#code(nonumber){{
It can be compiled in VS 2013 by reading in the current s...
allowing it to upgrade the project, and changing preproce...
_WIN32_WINNT=0x0500 to 0x0501 and adding NO_WARN_MBCS_MFC...
64-bit version will compile without problems; the 32-bit ...
not link with the FFTW included in the package and that s...
described above.
}}
とある。
コンパイル前にこの処置を施します。施す先は「&color(orange...
vs2013からこれらの変更を施してみます。
まず、「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択し...
&ref(2017y08m13d_005744826.png,nolink);
表示された「SerialEM Property Pages」画面にて、左ツリーから
「Configuration Properties」->「C/C++」->「Preprocessor」...
「Preprocessor」での設定項目とその定義値のリストが表示さ...
&ref(2017y08m13d_010534778.png,nolink);
ここで「Preprocessor Definitions」項目の値を変更します。
「Preprocessor Definitions」項目の値欄を選択すると「下向...
&ref(2017y08m13d_010916707.png,nolink);
するとさらに画面「Preprocessor Definitions」が現れる
&ref(2017y08m13d_011051697.png,nolink);
ここに先ほどの「ReadMe.txt」に書かれた内容を反映させます。
「_WIN32_WINNT=0x0500」を「_WIN32_WINNT=0x050&color(red){...
&color(red){*};&size(10){ちなみに「0x501」はWindows XP、...
&ref(2017y08m13d_011301911.png,nolink);
「OK」ボタンを押下後、「SerialEM Property Pages」画面に戻...
&color(white,blue){留意}; ただし、これは現在選ばれている...
&ref(2017y08m13d_012037302.png,nolink);
&color(red){*};&size(10){方法があるのかも知れませんが、、};
***コンパイル [#e6208f95]
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、右...
&ref(2017y08m13d_012210792.png,nolink);
「Output」にコンパイルの進捗が表示され、コンパイルが正常...
&ref(2017y08m13d_012424036.png,nolink);
***32bit/release版 [#pfc92521]
32bit/debug版は上記の通りで作成できるが、リリース版は作れ...
&size(10){vs2013の「Solution Explorer」では「SerialEM/CSo...
#code(nonumber,diff){{
[foo@c OpenSerialEM]$ diff -u /tmp/XCorr.cpp Utilities/XC...
--- /tmp/XCorr.cpp 2017-08-13 01:51:35.103369409 +0900
+++ Utilities/XCorr.cpp 2017-08-13 01:51:49.802421492 +0900
@@ -28,14 +28,14 @@
#define FLOAT SLICE_MODE_FLOAT
#define DTOR 0.01745329252
-
+/*
#ifndef _WIN64
#define USE_FFTW
#endif
#ifdef USE_FFTW
#include "rfftw.h"
#endif
-
+*/
/*static void FFTtodfft(float *array, int nx, int ny, in...
static void FFTtodfft(float *array, int nx, int ny, int ...
{
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
次に、「FFT.cpp」をコンパイル対象に変更します。
「Solution Explorer」で「SerialEM/CSource Files」に「FFT....
&ref(2017y08m13d_015647102.png,nolink);
「FFT.cpp」を選択して、「Solution Explorer」のメニューか...
&ref(2017y08m13d_015940381.png,nolink);
表示された「FFT.cpp Property Pages」画面にて、General欄の...
&ref(2017y08m13d_020310336.png,nolink);
「ＯＫ」ボタンを押下して、ファイルのマークが消えたら完了...
そうして、コンパイルを実施します
***64bit/release版 [#l8c2aa93]
「FFT.cpp」をコンパイル対象から外します。「XCorr.cpp」を...
vs2013の上部メニュー欄を「Release」「x64」に変更して
&ref(2017y08m13d_153415230.png,nolink);
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、メ...
「SerialEM Property Pages」を開く
&ref(2017y08m13d_153707064.png,nolink);
そこから再び「Preprocessor」から「Preprocessor Definition...
&ref(2017y08m13d_154046368.png,nolink);
そうしてコンパイルを実行します。
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して右ク...
「Output」に進捗が掲示され、コンパイルが正常に終われば、...
&ref(2017y08m13d_154232965.png,nolink);
***windowsXP向け [#r8d9e904]
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、メ...
すると「SerialEM Property Pages」が開く。
左ツリーの「Configuration Properties」から「General」を選...
「Platform Toolset」を確認する。
ここの値を「Visual Studio 2013 - Windows XP (v120_xp)」と...
&ref(2017y08m19d_161147869.png,nolink);
これで出来たバイナリをwindowsXPマシンに運び、実行数には別...
***テスト実行 [#r77621de]
[[OpenSerialEM/launch]]
終了行:
Automated EM Data Acquisition with SerialEM
本家様 [[http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/>+http://bio...
どうやらこのseralEMがMIT licenseで公開されているみたい.
入手はMercurialで可能で、
#code(nonumber){{
[foo@c pc]$ hg clone http://bio3d.colorado.edu/SerialEM/O...
[foo@c pc]$ cd OpenSerialEM
[foo@c OpenSerialEM]$
[foo@c OpenSerialEM]$ ls
AlignFocusWindow.cpp EMimageBuffer.h MacroCont...
AlignFocusWindow.h EMimageExtra.cpp MacroEdit...
AmtCamera.tlb* EMimageExtra.h MacroEdit...
AutoTuning.cpp EMmontageController.cpp MacroProc...
AutoTuning.h EMmontageController.h MacroProc...
AutocenSetupDlg.cpp* EMscope.cpp MacroTool...
AutocenSetupDlg.h* EMscope.h MacroTool...
:
:
SerialEM.sln SerialEM.vcxproj
:
:
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
「ReadMe.txt」にwindows2000,xpに対応のためVS2010でVS2008...
#code(nonumber){{
[foo@c OpenSerialEM]$ head -n2 SerialEM.sln
Microsoft Visual Studio Solution File, Format Version 11.00
# Visual Studio 2010
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
と確かにVS2010のプロジェクト.
こちらで調べた限りどうもMicrosoftのMFCライブラリを使って...
MFCライブラリが備わっていないので無理。&size(10){Professi...
だが、2014年末にリリースされたVisualStudioCommunity2013か...
使えるようになった。ここではこの無償版のVisualStudioCommu...
***準備 [#v77806ed]
VisualStudioCommunity2013のインストールらは[[windows/IDE#...
このVisualStudioCommunity2013のインストール後に、「Visual...
***VisualStudio2013に読み込み [#c8a23e8c]
VS2013を起動させ、入手したOpenSerialEMにある「&color(mage...
「FILE」->「Open」->「Project/Solution...」
&ref(2017y08m13d_002923493.png,nolink);
&ref(2017y08m13d_003027478.png,nolink);
下図のようなセキュリティメッセージが表示されるが、「OK」...
&ref(2017y08m13d_003440275.png,nolink);
「&color(magenta){SerialEM.sln};」の読み込みが完了すると...
下記のようなメッセージが表示される。「OK」ボタンを押下し...
&ref(2017y08m13d_003548014.png,nolink);
読み込みが完了して、「Solution Explorer」には下図のように...
&ref(2017y08m13d_003817699.png,nolink);
だが、この時点で変更された、新規に追加されたファイルは下...
#code(nonumber){{
[foo@c OpenSerialEM]$ find . -cmin -5 |less
.
./SerialEM.vcxproj
./SerialEM.opensdf
./SerialEM.sdf
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
&color(red){*};&size(10){こちらでは、sambaでmacOS/Linux/W...
***コンパイル前に [#f74366c6]
OpenSerialEMに付随している「ReadMe.txt」に
#code(nonumber){{
It can be compiled in VS 2013 by reading in the current s...
allowing it to upgrade the project, and changing preproce...
_WIN32_WINNT=0x0500 to 0x0501 and adding NO_WARN_MBCS_MFC...
64-bit version will compile without problems; the 32-bit ...
not link with the FFTW included in the package and that s...
described above.
}}
とある。
コンパイル前にこの処置を施します。施す先は「&color(orange...
vs2013からこれらの変更を施してみます。
まず、「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択し...
&ref(2017y08m13d_005744826.png,nolink);
表示された「SerialEM Property Pages」画面にて、左ツリーから
「Configuration Properties」->「C/C++」->「Preprocessor」...
「Preprocessor」での設定項目とその定義値のリストが表示さ...
&ref(2017y08m13d_010534778.png,nolink);
ここで「Preprocessor Definitions」項目の値を変更します。
「Preprocessor Definitions」項目の値欄を選択すると「下向...
&ref(2017y08m13d_010916707.png,nolink);
するとさらに画面「Preprocessor Definitions」が現れる
&ref(2017y08m13d_011051697.png,nolink);
ここに先ほどの「ReadMe.txt」に書かれた内容を反映させます。
「_WIN32_WINNT=0x0500」を「_WIN32_WINNT=0x050&color(red){...
&color(red){*};&size(10){ちなみに「0x501」はWindows XP、...
&ref(2017y08m13d_011301911.png,nolink);
「OK」ボタンを押下後、「SerialEM Property Pages」画面に戻...
&color(white,blue){留意}; ただし、これは現在選ばれている...
&ref(2017y08m13d_012037302.png,nolink);
&color(red){*};&size(10){方法があるのかも知れませんが、、};
***コンパイル [#e6208f95]
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、右...
&ref(2017y08m13d_012210792.png,nolink);
「Output」にコンパイルの進捗が表示され、コンパイルが正常...
&ref(2017y08m13d_012424036.png,nolink);
***32bit/release版 [#pfc92521]
32bit/debug版は上記の通りで作成できるが、リリース版は作れ...
&size(10){vs2013の「Solution Explorer」では「SerialEM/CSo...
#code(nonumber,diff){{
[foo@c OpenSerialEM]$ diff -u /tmp/XCorr.cpp Utilities/XC...
--- /tmp/XCorr.cpp 2017-08-13 01:51:35.103369409 +0900
+++ Utilities/XCorr.cpp 2017-08-13 01:51:49.802421492 +0900
@@ -28,14 +28,14 @@
#define FLOAT SLICE_MODE_FLOAT
#define DTOR 0.01745329252
-
+/*
#ifndef _WIN64
#define USE_FFTW
#endif
#ifdef USE_FFTW
#include "rfftw.h"
#endif
-
+*/
/*static void FFTtodfft(float *array, int nx, int ny, in...
static void FFTtodfft(float *array, int nx, int ny, int ...
{
[foo@c OpenSerialEM]$
}}
次に、「FFT.cpp」をコンパイル対象に変更します。
「Solution Explorer」で「SerialEM/CSource Files」に「FFT....
&ref(2017y08m13d_015647102.png,nolink);
「FFT.cpp」を選択して、「Solution Explorer」のメニューか...
&ref(2017y08m13d_015940381.png,nolink);
表示された「FFT.cpp Property Pages」画面にて、General欄の...
&ref(2017y08m13d_020310336.png,nolink);
「ＯＫ」ボタンを押下して、ファイルのマークが消えたら完了...
そうして、コンパイルを実施します
***64bit/release版 [#l8c2aa93]
「FFT.cpp」をコンパイル対象から外します。「XCorr.cpp」を...
vs2013の上部メニュー欄を「Release」「x64」に変更して
&ref(2017y08m13d_153415230.png,nolink);
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、メ...
「SerialEM Property Pages」を開く
&ref(2017y08m13d_153707064.png,nolink);
そこから再び「Preprocessor」から「Preprocessor Definition...
&ref(2017y08m13d_154046368.png,nolink);
そうしてコンパイルを実行します。
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して右ク...
「Output」に進捗が掲示され、コンパイルが正常に終われば、...
&ref(2017y08m13d_154232965.png,nolink);
***windowsXP向け [#r8d9e904]
「Solution Explorer」の「SerialEM」フォルダを選択して、メ...
すると「SerialEM Property Pages」が開く。
左ツリーの「Configuration Properties」から「General」を選...
「Platform Toolset」を確認する。
ここの値を「Visual Studio 2013 - Windows XP (v120_xp)」と...
&ref(2017y08m19d_161147869.png,nolink);
これで出来たバイナリをwindowsXPマシンに運び、実行数には別...
***テスト実行 [#r77621de]
[[OpenSerialEM/launch]]
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