RFantibody をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://github.com/RosettaCommons/RFantibody>+ht...
No description, website, or topics provided. Structure-...
(chatGPTから)
「RFantibody は、人工的な抗体（Antibody）をAIで設計するた...
特に、抗原（ターゲット分子）に結合する抗体の構造を設計す...
***構築 [#acc5a4f0]
ドキュメントにはDockerfileでdockerイメージを作って、docke...
（Dockerfileを読むと python3.10で poetry をpipで入れてい...
まずはdokerの準備. [[docker]]. ユーザがdockerを動かす際に...
このRFantibody では前者、グループdockerに使用者アカウント...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Ros...
[root@rockylinux9 apps]# cd RFantibody/
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
Weightsファイルをダウンロードします
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 RFantibody]# bash include/download_weig...
[root@rockylinux9 RFantibody]# ls -lh weights/
total 749M
-rw-r--r--. 1 root root 6.4M Oct 21 2024 ProteinMPNN_v48...
-rw-r--r--. 1 root root 282M Nov 27 2024 RF2_ab.pt
-rw-r--r--. 1 root root 462M Dec 8 19:11 RFdiffusion_Ab.pt
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
「/apps/RFantibody/weights」に保存されます
dokcerイメージを作ります
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 RFantibody]# ls -l
total 176
drwxr-xr-x. 2 root root 143 May 31 17:11 bin
-rw-r--r--. 1 root root 609 May 31 17:11 Dockerfile
drwxr-xr-x. 4 root root 86 May 31 17:11 include
-rw-r--r--. 1 root root 1092 May 31 17:11 LICENSE
-rw-r--r--. 1 root root 144095 May 31 17:11 poetry.lock
-rw-r--r--. 1 root root 952 May 31 17:11 pyproject.toml
-rw-r--r--. 1 root root 20211 May 31 17:11 README.md
drwxr-xr-x. 5 root root 171 May 31 17:11 scripts
drwxr-xr-x. 3 root root 24 May 31 17:11 src
drwxr-xr-x. 3 root root 56 May 31 17:11 tests
drwxr-xr-x. 2 root root 84 May 31 17:13 weights
[root@rockylinux9 RFantibody]#
[root@rockylinux9 RFantibody]# docker build -t rfantibody .
[root@rockylinux9 RFantibody]# docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID ...
rfantibody latest f907d8dcc2d3 ...
nvidia/cuda 11.8.0-runtime-ubuntu22.04 d8fb74ecc8b2 ...
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
***つかう [#i4f594f6]
ユーザをグループ docker に参加させて、dockerを起動させます.
その後に「bash /home/include/setup.sh」でsetupを行います.
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ id
uid=1001(saber) gid=1001(saber) groups=1001(saber),979(do...
[saber@rockylinux9 ~]$ docker run --name rfantibody --gpu...
root@ecec10049780:/home#
root@ecec10049780:/home# bash /home/include/setup.sh
}}
途中で降りたら NAME を使って docker を再開させ、attachで...
#code(nonumber){{
root@ecec10049780:/home# exit
exit
[saber@rockylinux9 ~]$
[saber@rockylinux9 ~]$ docker ps
CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PO...
[saber@rockylinux9 ~]$ docker ps -a
CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREA...
ecec10049780 rfantibody "/bin/sh -c /bin/bash" 14 m...
[saber@rockylinux9 ~]$
[saber@rockylinux9 ~]$ docker start rfantibody
rfantibody
[saber@rockylinux9 ~]$ docker attach rfantibody
root@ecec10049780:/home#
}}
終了行:
本家様 [[https://github.com/RosettaCommons/RFantibody>+ht...
No description, website, or topics provided. Structure-...
(chatGPTから)
「RFantibody は、人工的な抗体（Antibody）をAIで設計するた...
特に、抗原（ターゲット分子）に結合する抗体の構造を設計す...
***構築 [#acc5a4f0]
ドキュメントにはDockerfileでdockerイメージを作って、docke...
（Dockerfileを読むと python3.10で poetry をpipで入れてい...
まずはdokerの準備. [[docker]]. ユーザがdockerを動かす際に...
このRFantibody では前者、グループdockerに使用者アカウント...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cd /apps/
[root@rockylinux9 apps]# git clone https://github.com/Ros...
[root@rockylinux9 apps]# cd RFantibody/
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
Weightsファイルをダウンロードします
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 RFantibody]# bash include/download_weig...
[root@rockylinux9 RFantibody]# ls -lh weights/
total 749M
-rw-r--r--. 1 root root 6.4M Oct 21 2024 ProteinMPNN_v48...
-rw-r--r--. 1 root root 282M Nov 27 2024 RF2_ab.pt
-rw-r--r--. 1 root root 462M Dec 8 19:11 RFdiffusion_Ab.pt
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
「/apps/RFantibody/weights」に保存されます
dokcerイメージを作ります
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 RFantibody]# ls -l
total 176
drwxr-xr-x. 2 root root 143 May 31 17:11 bin
-rw-r--r--. 1 root root 609 May 31 17:11 Dockerfile
drwxr-xr-x. 4 root root 86 May 31 17:11 include
-rw-r--r--. 1 root root 1092 May 31 17:11 LICENSE
-rw-r--r--. 1 root root 144095 May 31 17:11 poetry.lock
-rw-r--r--. 1 root root 952 May 31 17:11 pyproject.toml
-rw-r--r--. 1 root root 20211 May 31 17:11 README.md
drwxr-xr-x. 5 root root 171 May 31 17:11 scripts
drwxr-xr-x. 3 root root 24 May 31 17:11 src
drwxr-xr-x. 3 root root 56 May 31 17:11 tests
drwxr-xr-x. 2 root root 84 May 31 17:13 weights
[root@rockylinux9 RFantibody]#
[root@rockylinux9 RFantibody]# docker build -t rfantibody .
[root@rockylinux9 RFantibody]# docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID ...
rfantibody latest f907d8dcc2d3 ...
nvidia/cuda 11.8.0-runtime-ubuntu22.04 d8fb74ecc8b2 ...
[root@rockylinux9 RFantibody]#
}}
***つかう [#i4f594f6]
ユーザをグループ docker に参加させて、dockerを起動させます.
その後に「bash /home/include/setup.sh」でsetupを行います.
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ id
uid=1001(saber) gid=1001(saber) groups=1001(saber),979(do...
[saber@rockylinux9 ~]$ docker run --name rfantibody --gpu...
root@ecec10049780:/home#
root@ecec10049780:/home# bash /home/include/setup.sh
}}
途中で降りたら NAME を使って docker を再開させ、attachで...
#code(nonumber){{
root@ecec10049780:/home# exit
exit
[saber@rockylinux9 ~]$
[saber@rockylinux9 ~]$ docker ps
CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PO...
[saber@rockylinux9 ~]$ docker ps -a
CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREA...
ecec10049780 rfantibody "/bin/sh -c /bin/bash" 14 m...
[saber@rockylinux9 ~]$
[saber@rockylinux9 ~]$ docker start rfantibody
rfantibody
[saber@rockylinux9 ~]$ docker attach rfantibody
root@ecec10049780:/home#
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