Relion/napari をテンプレートにして作成
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開始行:
チュートリアルで「DynaMight flexibility」から「Visualisin...
&ref(2025y08m15d_033002934.png,nolink,70%);
リモートアクセスにて画面真ん中の像を回転させると...重い.
この描画速度を向上させたい.
利用シーンとして
-計算機に繋がったモニター越しで使う
描画は早いでしょう. もっと高速に描画させたいならGPUにモニ...
nvidiaドライバのインストール時に nvidia ドライバー由来のo...
nvidiaドライバインストール時に「--disable-nouveau --no-op...
-リモートアクセスで使う
VirtualGL を有効にする
-ジョブ管理ノード使用下でログインノード[GPU搭載無し]で使...
計算ノードに VirtualGL を載せて使用する.
以上経路としては上記３つ. １つめのコンソール使用は説明を...
***VirtualGLのインストール [#n0d717cf]
状況確認 計算機は multi-user モードなので「nvidia-smi」...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# systemctl get-default
multi-user.target
[root@rockylinux9 ~]# nvidia-smi
:
+--------------------------------------------------------...
| Processes: ...
| GPU GI CI PID Type Process name ...
| ID ID ...
|========================================================...
| No running processes found ...
+--------------------------------------------------------...
[root@rockylinux9 ~]# glxinfo|grep -i opengl
OpenGL vendor string: NVIDIA Corporation
OpenGL renderer string: NVIDIA RTX A2000/PCIe/SSE2
OpenGL core profile version string: 4.6.0 NVIDIA 570.181
OpenGL core profile shading language version string: 4.60...
:
[root@rockylinux9 ~]#
}}
まずは VirtualGL と turbovnc をインストールします.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# dnf install https://github.com/Turb...
[root@rockylinux9 ~]# dnf install https://github.com/Virt...
[root@rockylinux9 ~]# lsmod |grep nvidia
nvidia_uvm 4026368 0
nvidia_drm 143360 0
nvidia_modeset 1728512 1 nvidia_drm
nvidia 11685888 2 nvidia_uvm,nvidia_modeset
video 77824 1 nvidia_modeset
drm_ttm_helper 16384 4 bochs,drm_vram_helper,nvi...
drm_kms_helper 266240 4 bochs,drm_vram_helper,drm...
drm 811008 8 drm_kms_helper,bochs,drm_...
[root@rockylinux9 ~]# rmmod nvidia_drm nvidia_uvm nvidia_...
[root@rockylinux9 ~]# nvidia-xconfig --enable-all-gpus --...
[root@rockylinux9 ~]# /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config...
USAGE: /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config [flags]
Flags (for unattended mode):
+glx/-config Configure server for use with VirtualGL (...
-glx/-unconfig Unconfigure server for use with VirtualGL...
+egl Configure server for use with VirtualGL (...
-egl Unconfigure server for use with VirtualGL...
-s Restrict 3D X server access to vglusers g...
+s Open 3D X server access to all users of t...
-f Restrict framebuffer device access to vgl...
+f Open framebuffer device access to all use...
-t Disable XTEST extension [default]
+t Enable XTEST extension
Flags (for both interactive and unattended modes):
-gid <g> If vglusers group must be created, then set its...
[root@rockylinux9 ~]# /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config...
[root@rockylinux9 ~]# systemctl set-default graphical.tar...
[root@rockylinux9 ~]# reboot
}}
VirtualGLを使いたいユーザでログインして
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncpasswd ...
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncserver -vgl -...
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncserver -list
:
X DISPLAY # PROCESS ID NOVNC PROCESS ID
:1 2704
[saber@rockylinux9 ~]$
}}
windowsPC/macOSにインストールした 「TurboVNC viewer」を立...
「vncpasswd」で定義したパスワードを入力します
これでリモートアクセスでもアクセスした計算機のGPUを使って...
***メモ [#b418d3d1]
napariが動いたときの「nvidia-smi」は下記のようになります
#code(nonumber){{
+--------------------------------------------------------...
| Processes: ...
| GPU GI CI PID Type Process name ...
| ID ID ...
|========================================================...
| 0 N/A N/A 1015 G /usr/libexec/X...
| 0 N/A N/A 1371 G /usr/bin/gnome...
| 0 N/A N/A 1871 G /usr/bin/gnome...
| 0 N/A N/A 3638 C+G ...-1/envs/rel...
+--------------------------------------------------------...
}}
像を動かすと当然GPUは働きますが、同時にCPUも働きます(thre...
仕組み的にネットワーク回線が太くないと無理. 1Gbps使えるな...
***ログインノードにGPUをもってなく、GPUを利用するには計算...
[[VirtualGL/memo]]に示したように
-1. GPU を確保した インターラクティヴジョブ を発行します
インターラクティヴジョブで割り当てられた計算ノードのホス...
-2. windowsPC/macOSから ログインノードから ホスト名 まで...
-3. 「TurboVNC viewer」を起動して 接続先を localhost に回す
注意点:
計算ノードに VirtualGL と turbovnc を事前にインストール...
終了行:
チュートリアルで「DynaMight flexibility」から「Visualisin...
&ref(2025y08m15d_033002934.png,nolink,70%);
リモートアクセスにて画面真ん中の像を回転させると...重い.
この描画速度を向上させたい.
利用シーンとして
-計算機に繋がったモニター越しで使う
描画は早いでしょう. もっと高速に描画させたいならGPUにモニ...
nvidiaドライバのインストール時に nvidia ドライバー由来のo...
nvidiaドライバインストール時に「--disable-nouveau --no-op...
-リモートアクセスで使う
VirtualGL を有効にする
-ジョブ管理ノード使用下でログインノード[GPU搭載無し]で使...
計算ノードに VirtualGL を載せて使用する.
以上経路としては上記３つ. １つめのコンソール使用は説明を...
***VirtualGLのインストール [#n0d717cf]
状況確認 計算機は multi-user モードなので「nvidia-smi」...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# systemctl get-default
multi-user.target
[root@rockylinux9 ~]# nvidia-smi
:
+--------------------------------------------------------...
| Processes: ...
| GPU GI CI PID Type Process name ...
| ID ID ...
|========================================================...
| No running processes found ...
+--------------------------------------------------------...
[root@rockylinux9 ~]# glxinfo|grep -i opengl
OpenGL vendor string: NVIDIA Corporation
OpenGL renderer string: NVIDIA RTX A2000/PCIe/SSE2
OpenGL core profile version string: 4.6.0 NVIDIA 570.181
OpenGL core profile shading language version string: 4.60...
:
[root@rockylinux9 ~]#
}}
まずは VirtualGL と turbovnc をインストールします.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# dnf install https://github.com/Turb...
[root@rockylinux9 ~]# dnf install https://github.com/Virt...
[root@rockylinux9 ~]# lsmod |grep nvidia
nvidia_uvm 4026368 0
nvidia_drm 143360 0
nvidia_modeset 1728512 1 nvidia_drm
nvidia 11685888 2 nvidia_uvm,nvidia_modeset
video 77824 1 nvidia_modeset
drm_ttm_helper 16384 4 bochs,drm_vram_helper,nvi...
drm_kms_helper 266240 4 bochs,drm_vram_helper,drm...
drm 811008 8 drm_kms_helper,bochs,drm_...
[root@rockylinux9 ~]# rmmod nvidia_drm nvidia_uvm nvidia_...
[root@rockylinux9 ~]# nvidia-xconfig --enable-all-gpus --...
[root@rockylinux9 ~]# /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config...
USAGE: /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config [flags]
Flags (for unattended mode):
+glx/-config Configure server for use with VirtualGL (...
-glx/-unconfig Unconfigure server for use with VirtualGL...
+egl Configure server for use with VirtualGL (...
-egl Unconfigure server for use with VirtualGL...
-s Restrict 3D X server access to vglusers g...
+s Open 3D X server access to all users of t...
-f Restrict framebuffer device access to vgl...
+f Open framebuffer device access to all use...
-t Disable XTEST extension [default]
+t Enable XTEST extension
Flags (for both interactive and unattended modes):
-gid <g> If vglusers group must be created, then set its...
[root@rockylinux9 ~]# /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config...
[root@rockylinux9 ~]# systemctl set-default graphical.tar...
[root@rockylinux9 ~]# reboot
}}
VirtualGLを使いたいユーザでログインして
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncpasswd ...
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncserver -vgl -...
[saber@rockylinux9 ~]$ /opt/TurboVNC/bin/vncserver -list
:
X DISPLAY # PROCESS ID NOVNC PROCESS ID
:1 2704
[saber@rockylinux9 ~]$
}}
windowsPC/macOSにインストールした 「TurboVNC viewer」を立...
「vncpasswd」で定義したパスワードを入力します
これでリモートアクセスでもアクセスした計算機のGPUを使って...
***メモ [#b418d3d1]
napariが動いたときの「nvidia-smi」は下記のようになります
#code(nonumber){{
+--------------------------------------------------------...
| Processes: ...
| GPU GI CI PID Type Process name ...
| ID ID ...
|========================================================...
| 0 N/A N/A 1015 G /usr/libexec/X...
| 0 N/A N/A 1371 G /usr/bin/gnome...
| 0 N/A N/A 1871 G /usr/bin/gnome...
| 0 N/A N/A 3638 C+G ...-1/envs/rel...
+--------------------------------------------------------...
}}
像を動かすと当然GPUは働きますが、同時にCPUも働きます(thre...
仕組み的にネットワーク回線が太くないと無理. 1Gbps使えるな...
***ログインノードにGPUをもってなく、GPUを利用するには計算...
[[VirtualGL/memo]]に示したように
-1. GPU を確保した インターラクティヴジョブ を発行します
インターラクティヴジョブで割り当てられた計算ノードのホス...
-2. windowsPC/macOSから ログインノードから ホスト名 まで...
-3. 「TurboVNC viewer」を起動して 接続先を localhost に回す
注意点:
計算ノードに VirtualGL と turbovnc を事前にインストール...
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