SIDESPLITTER をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
本家様 [[https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine...
まず入手
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# git clone https://github.com/StructuralBio...
Cloning into 'SIDESPLITTER'...
remote: Enumerating objects: 26, done.
remote: Counting objects: 100% (26/26), done.
remote: Compressing objects: 100% (25/25), done.
remote: Total 26 (delta 8), reused 0 (delta 0), pack-reus...
Unpacking objects: 100% (26/26), done.
[root@c apps]#
}}
コンパイルとインストール
#code(nonumber){{
[root@c apps]# yum -y install fftw-devel
[root@c apps]# cd SIDESPLITTER/
[root@c SIDESPLITTER]# bash ./compile.sh
[root@c SIDESPLITTER]# chmod +x sidesplitter_wrapper.sh ...
[root@c SIDESPLITTER]# ls -l
:
-rwxr-xr-x 1 root root 55352 Mar 15 16:16 sidesplitter
-rwxr-xr-x 1 root root 8451 Mar 15 16:14 sidesplitter_wr...
:
[root@c SIDESPLITTER]#
}}
***実行 [#x4229e78]
#code(nonumber){{
/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
}}
で使い方が表示されます。
久々に巨大なAAに何？っておもった
***Ubuntu18.04 [#j0b69867]
どうやら同封されている「compile.sh」を実行したらエラーに...
っで、
#code(nonumber){{
gcc -O3 -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c9...
↓
gcc -O3 *.c -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c9...
}}
とすればコンパイルできた
***注意 [#da11586a]
relionからコールさせるには環境変数「RELION_EXTERNAL_RECON...
ここでは「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」が...
っで、
#code(nonumber){{
export RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE=/apps/SIDES...
export SIDESPLITTER=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
}}
が必要になる。
加えて「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」に実...
#code(nonumber){{
chmod +x /apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
}}
終了行:
本家様 [[https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicine...
まず入手
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# git clone https://github.com/StructuralBio...
Cloning into 'SIDESPLITTER'...
remote: Enumerating objects: 26, done.
remote: Counting objects: 100% (26/26), done.
remote: Compressing objects: 100% (25/25), done.
remote: Total 26 (delta 8), reused 0 (delta 0), pack-reus...
Unpacking objects: 100% (26/26), done.
[root@c apps]#
}}
コンパイルとインストール
#code(nonumber){{
[root@c apps]# yum -y install fftw-devel
[root@c apps]# cd SIDESPLITTER/
[root@c SIDESPLITTER]# bash ./compile.sh
[root@c SIDESPLITTER]# chmod +x sidesplitter_wrapper.sh ...
[root@c SIDESPLITTER]# ls -l
:
-rwxr-xr-x 1 root root 55352 Mar 15 16:16 sidesplitter
-rwxr-xr-x 1 root root 8451 Mar 15 16:14 sidesplitter_wr...
:
[root@c SIDESPLITTER]#
}}
***実行 [#x4229e78]
#code(nonumber){{
/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
}}
で使い方が表示されます。
久々に巨大なAAに何？っておもった
***Ubuntu18.04 [#j0b69867]
どうやら同封されている「compile.sh」を実行したらエラーに...
っで、
#code(nonumber){{
gcc -O3 -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c9...
↓
gcc -O3 *.c -lm -lpthread -lfftw3 -lfftw3_threads -std=c9...
}}
とすればコンパイルできた
***注意 [#da11586a]
relionからコールさせるには環境変数「RELION_EXTERNAL_RECON...
ここでは「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」が...
っで、
#code(nonumber){{
export RELION_EXTERNAL_RECONSTRUCT_EXECUTABLE=/apps/SIDES...
export SIDESPLITTER=/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter
}}
が必要になる。
加えて「/apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh」に実...
#code(nonumber){{
chmod +x /apps/SIDESPLITTER/sidesplitter_wrapper.sh
}}
ページ名:
1
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
