SPRING をテンプレートにして作成
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開始行:
&size(10){過去記事 version0.86 [[SPRING-v0-86-1661]]};
本家様 [[https://spring.fz-juelich.de/index.html>+https:/...
versionが0.87になりました.
これまでのインストール方法からがらりと変わってeman2.91のc...
そしてSPRINGのプログラムは eman2.91 のbinに入る感じですね.
インストール手順書が[[https://spring.fz-juelich.de/instal...
確かにこのスクリプトを取得して自分のアカウントで走らせれ...
だが、ここはrootがプログラムを設置して各ユーザがプログラ...
っで手順書を参考にしてすでにeman2.91があって、それと統合...
***eman2.91 [#l44fa158]
すでに[[EMAN2]]にてeman2.91がインストール済みとします
***eman2.91に追加のpythonパッケージをインストールする [#j...
追加のpythonパッケージは
-mpi4py
-tabulate
-sqlalchemy
-vispy
の４つ. 手順書には取得先が明記されているようで、そのまま...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# PKGEXT=package-extend.txt
[root@centos7 apps]# echo https://conda.anaconda.org/cond...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
}}
として「package-extend.txt」を得る。中身は
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# cat package-extend.txt
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3....
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8...
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1...
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-...
[root@centos7 apps]#
}}
っで、これをeman2.91のconda環境に組み込む. ここでは/apps/...
なので
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# module load eman2/2.91
[root@centos7 apps]# echo $PATH
/apps/eman2.91/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sb...
[root@centos7 apps]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 apps]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 apps]#
}}
と環境をロードして一応確認。その後に
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# conda install --file package-extend....
:
:
The following NEW packages will be INSTALLED:
mpi4py conda-forge/linux-64::mpi4py-3.0.1-p...
sqlalchemy pkgs/main/linux-64::sqlalchemy-1.3.2...
tabulate pkgs/main/linux-64::tabulate-0.8.9-p...
vispy pkgs/main/linux-64::vispy-0.5.3-py37...
Proceed ([y]/n)? y
:
[root@centos7 apps]#
[root@centos7 apps]# rm package-extend.txt
}}
***eman2.91のbinにctffindをインストールする [#k4ac19fa]
手順書に従います
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget https://spring.fz-juelich.de/_d...
[root@centos7 apps]# cd /apps/eman2.91/bin/..
[root@centos7 eman2.91]# tar xfv ../ctffind-binaries-linu...
bin/ctffind
bin/ctftilt_mp.exe
[root@centos7 eman2.91]# rm ../ctffind-binaries-linux.tar...
}}
このインストールしたctffindなのだが
#code(nonumber){{
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctffind
** Welcome to Ctffind **
Version : 4.1.9
Compiled : Dec 2 2017
Mode : Interactive
Input image file name [input.mrc] : ^C
[root@centos7 eman2.91]#
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctftilt_mp.exe
CTF TILT DETERMINATION, V1.7 (9-Jun-2014)
Copyright 2013 Howard Hughes Medical Institute.
All rights reserved.
Use is subject to Janelia Farm Research Campus Software...
license terms ( http://license.janelia.org/license/jfrc...
Parallel processing: NCPUS = 8
Input image file name
^C
[root@centos7 eman2.91]#
}}
と現行の4.1.14より古いみたい.
***eman2.91のpythonを使ってemspringをインストールします [...
手順書に従って
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget --inet4-only https://files.pyth...
[root@centos7 apps]# tar xf emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd emspring-0.87.1724/
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# python setup.py install
:
Installed /apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/emsp...
Processing dependencies for emspring==0.87.1724
Finished processing dependencies for emspring==0.87.1724
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# cd ..
[root@centos7 apps]# rm -rf emspring-0.87.1724 emspring-0...
}}
これで終了.
***起動 [#t971b623]
eman2.91の中に組み込んでいるので eman2.91 の実行環境をロ...
#code(nonumber){{
[illya@centos7 ~]$ module load eman2/2.91
[illya@centos7 ~]$ spring
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
('color', np.float32, 4)])
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
('linewidth', np.float32, 1)
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
warnings.warn("VisPy is not yet compatible with matplot...
}}
&ref(2022y01m13d_223154097.png,nolink);
waringが発生しますが、FutureWarningなので気にしない. 「将...
「VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+」の方...
VisPyは「https://pypi.org/project/vispy/」を見るに最新 0....
指示書で VisPyは 0.5.3 を採用されているのでいかんともしが...
***メモ [#wd3ebcce]
FutureWarningとかのメッセージですが、vispyを「0.6.0」にす...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@centos7 ~]# module load eman2/2.91
[root@centos7 ~]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 ~]# conda install vispy==0.6 -c conda-forge
}}
これでエラーなく起動できました。
終了行:
&size(10){過去記事 version0.86 [[SPRING-v0-86-1661]]};
本家様 [[https://spring.fz-juelich.de/index.html>+https:/...
versionが0.87になりました.
これまでのインストール方法からがらりと変わってeman2.91のc...
そしてSPRINGのプログラムは eman2.91 のbinに入る感じですね.
インストール手順書が[[https://spring.fz-juelich.de/instal...
確かにこのスクリプトを取得して自分のアカウントで走らせれ...
だが、ここはrootがプログラムを設置して各ユーザがプログラ...
っで手順書を参考にしてすでにeman2.91があって、それと統合...
***eman2.91 [#l44fa158]
すでに[[EMAN2]]にてeman2.91がインストール済みとします
***eman2.91に追加のpythonパッケージをインストールする [#j...
追加のpythonパッケージは
-mpi4py
-tabulate
-sqlalchemy
-vispy
の４つ. 手順書には取得先が明記されているようで、そのまま...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps/
[root@centos7 apps]# PKGEXT=package-extend.txt
[root@centos7 apps]# echo https://conda.anaconda.org/cond...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
[root@centos7 apps]# echo https://repo.anaconda.com/pkgs/...
}}
として「package-extend.txt」を得る。中身は
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# cat package-extend.txt
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/mpi4py-3....
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/tabulate-0.8...
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/sqlalchemy-1...
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/vispy-0.5.3-...
[root@centos7 apps]#
}}
っで、これをeman2.91のconda環境に組み込む. ここでは/apps/...
なので
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# module load eman2/2.91
[root@centos7 apps]# echo $PATH
/apps/eman2.91/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sb...
[root@centos7 apps]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 apps]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 apps]#
}}
と環境をロードして一応確認。その後に
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# conda install --file package-extend....
:
:
The following NEW packages will be INSTALLED:
mpi4py conda-forge/linux-64::mpi4py-3.0.1-p...
sqlalchemy pkgs/main/linux-64::sqlalchemy-1.3.2...
tabulate pkgs/main/linux-64::tabulate-0.8.9-p...
vispy pkgs/main/linux-64::vispy-0.5.3-py37...
Proceed ([y]/n)? y
:
[root@centos7 apps]#
[root@centos7 apps]# rm package-extend.txt
}}
***eman2.91のbinにctffindをインストールする [#k4ac19fa]
手順書に従います
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget https://spring.fz-juelich.de/_d...
[root@centos7 apps]# cd /apps/eman2.91/bin/..
[root@centos7 eman2.91]# tar xfv ../ctffind-binaries-linu...
bin/ctffind
bin/ctftilt_mp.exe
[root@centos7 eman2.91]# rm ../ctffind-binaries-linux.tar...
}}
このインストールしたctffindなのだが
#code(nonumber){{
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctffind
** Welcome to Ctffind **
Version : 4.1.9
Compiled : Dec 2 2017
Mode : Interactive
Input image file name [input.mrc] : ^C
[root@centos7 eman2.91]#
[root@centos7 eman2.91]# bin/ctftilt_mp.exe
CTF TILT DETERMINATION, V1.7 (9-Jun-2014)
Copyright 2013 Howard Hughes Medical Institute.
All rights reserved.
Use is subject to Janelia Farm Research Campus Software...
license terms ( http://license.janelia.org/license/jfrc...
Parallel processing: NCPUS = 8
Input image file name
^C
[root@centos7 eman2.91]#
}}
と現行の4.1.14より古いみたい.
***eman2.91のpythonを使ってemspringをインストールします [...
手順書に従って
#code(nonumber){{
[root@centos7 apps]# wget --inet4-only https://files.pyth...
[root@centos7 apps]# tar xf emspring-0.87.1724.tar.gz
[root@centos7 apps]# cd emspring-0.87.1724/
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# which python
/apps/eman2.91/bin/python
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# python setup.py install
:
Installed /apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/emsp...
Processing dependencies for emspring==0.87.1724
Finished processing dependencies for emspring==0.87.1724
[root@centos7 emspring-0.87.1724]#
[root@centos7 emspring-0.87.1724]# cd ..
[root@centos7 apps]# rm -rf emspring-0.87.1724 emspring-0...
}}
これで終了.
***起動 [#t971b623]
eman2.91の中に組み込んでいるので eman2.91 の実行環境をロ...
#code(nonumber){{
[illya@centos7 ~]$ module load eman2/2.91
[illya@centos7 ~]$ spring
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
('color', np.float32, 4)])
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
('linewidth', np.float32, 1)
/apps/eman2.91/lib/python3.7/site-packages/vispy/visuals/...
warnings.warn("VisPy is not yet compatible with matplot...
}}
&ref(2022y01m13d_223154097.png,nolink);
waringが発生しますが、FutureWarningなので気にしない. 「将...
「VisPy is not yet compatible with matplotlib 2.2+」の方...
VisPyは「https://pypi.org/project/vispy/」を見るに最新 0....
指示書で VisPyは 0.5.3 を採用されているのでいかんともしが...
***メモ [#wd3ebcce]
FutureWarningとかのメッセージですが、vispyを「0.6.0」にす...
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# module use /apps/modulefiles
[root@centos7 ~]# module load eman2/2.91
[root@centos7 ~]# which conda
/apps/eman2.91/bin/conda
[root@centos7 ~]# conda install vispy==0.6 -c conda-forge
}}
これでエラーなく起動できました。
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