TORQUE/job script をテンプレートにして作成
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開始行:
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem <-- 使用するqueue名
#PBS -l nodes=3:ppn=2 <-- そのqueueのリソースの中...
#PBS -j oe <-- 結果を標準出力、標準エラ...
#PBS -N sample jobs <-- qstat 時に「Name」欄に表...
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
SECONDS=0
$PBS_O_WORKDIR <-- 計算を実施する場所に移って
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... <-- 実際の計算内容
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
echo $SECONDS Seconds <-- このスクリプトの処理に掛...
printf "%02d:%02d:%02d\n" $(($SECONDS/3600)) $((($SECONDS...
}}
***array job [#cf6a90d2]
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... $PBS_ARRAYID
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
}}
「qsub -t 0,1,2,3 script.sh」
発行されるジョブは一つであるが、スクリプト中の$PBS_ARRAYI...
「1」の入った計算、「2」の入った計算「3」の値が入った計算...
単純にスクリプトの中に for loopを用いればいいのかも知れま...
qalter(ジョブの変更)、qdel(ジョブのkill)、qhold(ジョブの...
「qdel 1999[1].c」とか
***変数 [#obc14866]
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... ${IN} ${OUT}
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
}}
「qsub script.sh -t IN=input.dat,OUT=out.txt」
「-t」を用いることでスクリプト内の変数に値を入られてます。
終了行:
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem <-- 使用するqueue名
#PBS -l nodes=3:ppn=2 <-- そのqueueのリソースの中...
#PBS -j oe <-- 結果を標準出力、標準エラ...
#PBS -N sample jobs <-- qstat 時に「Name」欄に表...
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
SECONDS=0
$PBS_O_WORKDIR <-- 計算を実施する場所に移って
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... <-- 実際の計算内容
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
echo $SECONDS Seconds <-- このスクリプトの処理に掛...
printf "%02d:%02d:%02d\n" $(($SECONDS/3600)) $((($SECONDS...
}}
***array job [#cf6a90d2]
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... $PBS_ARRAYID
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
}}
「qsub -t 0,1,2,3 script.sh」
発行されるジョブは一つであるが、スクリプト中の$PBS_ARRAYI...
「1」の入った計算、「2」の入った計算「3」の値が入った計算...
単純にスクリプトの中に for loopを用いればいいのかも知れま...
qalter(ジョブの変更)、qdel(ジョブのkill)、qhold(ジョブの...
「qdel 1999[1].c」とか
***変数 [#obc14866]
#code(nonumber){{
#!/bin/sh
#PBS -q chem
#PBS -l nodes=3:ppn=2
#PBS -j oe
# start time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
$PBS_O_WORKDIR
export LD_LIBRARY_PATH=/Appl/relion/lib:/Appl/local/openm...
mpirun -np 4 ..... ${IN} ${OUT}
# end time
/usr/bin/date '+%y%m%d %H%M%S'
}}
「qsub script.sh -t IN=input.dat,OUT=out.txt」
「-t」を用いることでスクリプト内の変数に値を入られてます。
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