TranSPHIRE をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=downloads:t...
GitHub[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire>+https...
「Cryo-EM on the fly processing pipeline.」とある。
電顕で撮影しながら裏で処理を回して、撮影が終わったころに...
[[Relion/relion_it.py]]と同様かな。
[[Leginon]] [[Gwatch]] [[Focus]] &size(10){[[silo]]};も同...
***下準備 [#bb4b4792]
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/Install...
-IMOD 4.9:
http://bio3d.colorado.edu/imod
-MotionCor2 1.0.0/1.0.5/1.1.0:
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
-SumMovie 1.0.2:
http://grigoriefflab.janelia.org/unblur
-CTER 1.0:
http://sphire.mpg.de
-CTFFIND 4.1.8/4.1.10:
http://grigoriefflab.janelia.org/ctf
-Gctf 1.06,1.18:
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang
-crYOLO 1.0.4/1.0.5/1.1.0:
http://sphire.mpg.de
らが必要のようである。
またpython3.6実行環境が必要なようで、ここでは[[crYOLO]]を...
***インストール [#pc6dc111]
pyenv環境を利用できるようにして、
#code(nonumber){{
[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5....
}}
「TranSPHIRE」環境を作ります
#code(nonumber){{
[root@c ~]# conda create -n transphire python=3.6 pyqt=5
(crYOLOの時は下記を使ってました)
[root@c ~]# conda create -n cryolo -c anaconda python=3.6...
[root@c ~]# conda env list
# conda environments:
#
/Appl/eman2.3
base * /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
cryolo /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
transphire /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
[root@c ~]#
[root@c ~]# source activate transphire
(transphire) [root@c ~]# pip install transphire
Collecting transphire
Downloading ....
:
:
Building wheels for collected packages: telepot, idna-ssl
Building wheel for telepot (setup.py) ... done
Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/65/17/50/9...
Building wheel for idna-ssl (setup.py) ... done
Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/d3/00/b3/3...
Successfully built telepot idna-ssl
Installing collected packages: pillow, numpy, imageio, ur...
Successfully installed aiohttp-3.5.4 async-timeout-3.0.1 ...
(transphire) [root@c ~]#
}}
***使ってみる [#y82e34f5]
一般ユーザで起動するには
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[saber@c ~]$ eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5...
[saber@c ~]$ source activate transphire
(transphire) [saber@c ~]$
}}
と環境に移行してからプログラムを実行します
#code(nonumber){{
(transphire) [saber@c ~]$ transphire --edit_settings
あるいは
(transphire) [saber@c ~]$ transphire
}}
として、まず
-連携アプリの設定
&ref(2019y06m25d_003932145.png,nolink);
-TranSPHIREの設定
&ref(2019y06m25d_003948407.png,nolink);
を行います。その設定が終わると
&ref(2019y06m25d_010647393.png,nolink);
な画面が表示される。
使い方はこちらを参照かな
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/run-tra...
終了行:
本家様[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=downloads:t...
GitHub[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire>+https...
「Cryo-EM on the fly processing pipeline.」とある。
電顕で撮影しながら裏で処理を回して、撮影が終わったころに...
[[Relion/relion_it.py]]と同様かな。
[[Leginon]] [[Gwatch]] [[Focus]] &size(10){[[silo]]};も同...
***下準備 [#bb4b4792]
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/Install...
-IMOD 4.9:
http://bio3d.colorado.edu/imod
-MotionCor2 1.0.0/1.0.5/1.1.0:
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
-SumMovie 1.0.2:
http://grigoriefflab.janelia.org/unblur
-CTER 1.0:
http://sphire.mpg.de
-CTFFIND 4.1.8/4.1.10:
http://grigoriefflab.janelia.org/ctf
-Gctf 1.06,1.18:
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang
-crYOLO 1.0.4/1.0.5/1.1.0:
http://sphire.mpg.de
らが必要のようである。
またpython3.6実行環境が必要なようで、ここでは[[crYOLO]]を...
***インストール [#pc6dc111]
pyenv環境を利用できるようにして、
#code(nonumber){{
[root@c ~]# export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@c ~]# eval "$(pyenv init -)"
[root@c ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5....
}}
「TranSPHIRE」環境を作ります
#code(nonumber){{
[root@c ~]# conda create -n transphire python=3.6 pyqt=5
(crYOLOの時は下記を使ってました)
[root@c ~]# conda create -n cryolo -c anaconda python=3.6...
[root@c ~]# conda env list
# conda environments:
#
/Appl/eman2.3
base * /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
cryolo /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
transphire /Appl/pyenv/versions/anaconda3-5...
[root@c ~]#
[root@c ~]# source activate transphire
(transphire) [root@c ~]# pip install transphire
Collecting transphire
Downloading ....
:
:
Building wheels for collected packages: telepot, idna-ssl
Building wheel for telepot (setup.py) ... done
Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/65/17/50/9...
Building wheel for idna-ssl (setup.py) ... done
Stored in directory: /root/.cache/pip/wheels/d3/00/b3/3...
Successfully built telepot idna-ssl
Installing collected packages: pillow, numpy, imageio, ur...
Successfully installed aiohttp-3.5.4 async-timeout-3.0.1 ...
(transphire) [root@c ~]#
}}
***使ってみる [#y82e34f5]
一般ユーザで起動するには
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ export PYENV_ROOT=/Appl/pyenv
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[saber@c ~]$ eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
[saber@c ~]$ export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5...
[saber@c ~]$ source activate transphire
(transphire) [saber@c ~]$
}}
と環境に移行してからプログラムを実行します
#code(nonumber){{
(transphire) [saber@c ~]$ transphire --edit_settings
あるいは
(transphire) [saber@c ~]$ transphire
}}
として、まず
-連携アプリの設定
&ref(2019y06m25d_003932145.png,nolink);
-TranSPHIREの設定
&ref(2019y06m25d_003948407.png,nolink);
を行います。その設定が終わると
&ref(2019y06m25d_010647393.png,nolink);
な画面が表示される。
使い方はこちらを参照かな
[[https://github.com/MPI-Dortmund/transphire/wiki/run-tra...
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![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
