chaperone

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当サイトは個人の備忘録として存在しております。

そのため、内容は極めて個人的な域をでず、故、内容には一切の責任を持てない事を重々ご了承のほど願います。

然るに、其の採用・参考は自己責任にてお願い申し上げます。内容が古い、間違っている、読みにくい、

誤字脱字、不明瞭、意味不明、駄文とのご感想の際には謹んで深くお詫び申し上げます。

国語の学が弱い若輩故、文書きに長けておりませぬ故、深く恐縮申し上げます。

気が向くままに描いた記事たち。小さく隅に置かれる記事でございますが、いつかは完成させたく存じます。

問い合わせ先：info_at_sysosa.jp *_at_を＠にして下さい

R8(2026).4.14
relion-5.1.0 リリースおめでとうございます.
R8(2026).4.10
知らんかった. slurmでpartition(queue)に優先順位を付けてジョブが流せるとは. 「#SBATCH --partition=rtx3090,rtx4090,a6000」と列挙できるそうな.
R8(2026).4.8
共同利用なcryoSAPRCにてログインユーザに応じてslurmで同時ジョブ制限ができた. メールアドレス形式のログインユーザをslurmdbdによるAccountに紐づけて
あとはcryoSPARC稼働ユーザ(cryosparc)にも紐づける. これで上手く行った.
R8(2026).4.7
cephのsmbモジュールdomain対応版ができた. 深すぎる..
R8(2026).4.4
slurmでcryoSPARCを利用する際、ログインユーザ毎に「3ジョブまで」「5ジョブまで」とかを目指している.
R8(2026).4.3
chatGPTをよく使うようになった. 手元にあるpro2000(16GB,Blackwell)でローカルLLMを試そうかな.
R8(2026).4.1
slurmを構築中. 計算ノードによってはブート中 /dev/nvidia0 が見えなくて slurmd が上がらずsinfoで「down*」のままがある.
この場合は nvidia-persistenced.service を用意して slurmd.service に After, Requires に組み込んで /dev/nvidia0 を作らせる.
R8(2026).3.30
よくよく調べるとPascal(10x0)は580系nvidiaドライバまでで、最新の590,595系はだめ。そしてcudaも12.x(前半)まで.
Volta,Turing(20x0)は590,595系はok、voltaは12.x(前半まで)、13は無理, Turingは12は行ける. でも13は厳しい.
blackwell(50x0)は590,595系は当然okだが、cuda12.x(後半)からok. cuda13はAmpere(30x0),Ada(40x0),blackwellかなぁ
R8(2026).3.29
年度末まで忙しい..来月は休みたいなぁ.
R8(2026).3.28
ceph Tentacleで構築してみたがnative ceph mountが駄目っぽい. rockylinux9 の ceph kernel module が Tentacle に未対応なのかとにかく繋がらない.
NFS-Ganeshaならうまく動く.
R8(2026).3.19
3.16にcyroSPARC 5.0.3 がリリースしてた.
R8(2026).3.18
クローズド環境のcephにosdを追加することに. cephadmのpodmanで作っていたので、基本同じversionの
コンテナimagesを加えるosdに入ってればいいみたい. 「podman pull quay.io/ceph/ceph:v19.2.1」
R8(2026).3.11
cephを年度末３年連続で作っている. Tentacle(20.2.0)が出たのでこれで作っている.
R8(2026).3.5
FreeIPAサーバで大事故. webが機能しなくなって３時間以上復旧に取り掛かったがダメ。複数nic構成で作ると超危険。別途mini-pcで作るべきかも.
結局再構築へ. １時間でできる. nisの方が楽は楽。でもRHEL系ではサポート対象外なのでFreeIPAへ進むのは必須な世界。
R8(2026).3.4
incusコンテナでcryoSPARCを作ってみた. /home提供のnfsサーバをコンテナにmountさせ、databaseはincusサーバのローカルに置いた布陣.
肥大化するdbをローカルに配置しつつ、複数のcsを立ち上げれた感じ.
R8(2026).2.20
cryoSPARCのデータベースはnfs先に置いてはダメ. ファイルが壊れてrepairが必要になった...
サイズが小さいと問題ないっぽいが、大きくなるとやばげ. cryoSPARC master専用ノードが宜しいのかも.
R8(2026).2.14
cryoSPARC v5.0.2 がリリースです. updateが迅速ですね.
R8(2026).2.13
RHEL9向けのchimeraX-1.11.1ですが、ダウンロードファイルが怪しい。web掲載のmd5sum/sha256sumと一致しないのだが..
R8(2026).2.5
RTX PRO2000を載せる検証マシンを註文した. 届くまでblackwell検証は難しい状況.
目下topazはblackwellでも大丈夫だけどcrYOLOは厳しいかなcpuなら動く. DeepEMhancerも厳しい「-g -1」でcpu計算なら動くけど.
R8(2026).2.3
chimeraX 1.11.1が1/22にリリースされて、RHEL9系でも使えるようになりました.
R8(2026).1.31
「Failed to search for file: GDBus.Error:org.freedesktop.DBus.Error.NameHasNoOwner: Could not activate remote peer.」とか出てくる.
「dnf remove PackageKit-command-not-found」で消していいかなと思う
R8(2026).1.28
cryoSPARC v5 リリースおめでとうございます.
RHEL8系、ubuntu20.04以降が必要で、nvidiaドライバーは570.26以降が必要. Maxwell(GTXTitanXとか)以降が対応.
R8(2026).1.24
結局検証マシンへのRTX PRO2000だが、搭載したらVGAが効かなく既にあるA2000との共存もダメだった. 古い検証マシン故の話みたい.
RTX PRO2000向けに構築したアプリがA2000で動くのかを検証したかったのに..その逆もだけど.
R8(2026).1.22
nvidia-cuda-mps-serverを使って効率よくGPUを使うのは構わないけど、使い終わったら掃除しましょう.
残っていると他の方がGPUを使えなくなるので.
R8(2026).1.21
悲報.. 検証用マシンがPRO2000を認識しない..
R8(2026).1.16
RTX PRO2000が届いた. 16GBなのである程度は使えそう. AI推論とか試す予定.
R8(2026).1.8
chimeraX 1.11 はRHEL9向けにrpmを提供してますが、OpenSSL3.3の使用が前提なので実質使えません. RHEL9系はOpenSSL3.0が基本
ならOpenSSL3.3を淹れたとなりますが、OpenSSLなので他への影響があり得るので避けた方がいい. chimeraX 1.10は問題ないのだけどねぇ.
flatpak版を解体して入れて、module loadの中でOpenSSL3.3を流し込むってのもありだけど..
R8(2026).1.7
alphafold3をblackwellで動かす際はそのままでは無理みたい. githubのissuesに書かれている内容を加味して作らないと動かない様子.
R8(2026).1.6
クラスターノードだからとて計算ノードから直接外部への接続して計算することがある. その際ルーターとなるファイルサーバには
firewalldによるtrusted/externalゾーンを作るのが楽なのだが、「nmcli conn modify eth1 connection.zone trusted」でエラーになった..
一応別法として「firewall-cmd --zone=trusted --add-interface=eth0 --permanent」で逃げれたがなんで..
R8(2026).1.5
samba-active directoryを久々に試した. 調べてたらRHEL8系ではsamba-dcパッケージが展開されていてソースからのコンパイルなしで
使えてた模様. だが、RHEL9系ではFreeIPAにディレクトリ管理を移したようでsamba-dcの提供を辞めたそうな.
FreeIPAでsec=krb5によるnfsで遅延なくログイン出来ればそれでいいのだが、、なんか上手く行かない。っでsamba-adを試している.
R8(2026).1.1
謹賀新年
R7(2025).12.31
以前dnsmasq経由のFreeIPAサーバでsec=krb5ベースのnfsを作ったが、ログイン・ログアウトが遅い症状が出ていた.
っでdnsmasqではなくFreeIPA内部のDNSに切り替えて作ってみたが、同じく遅い症状が出た..
R7(2025).12.27
今年の仕事はまだまだ続く.
nicが繋がらないマシンが出てきた. portがお亡くなり？って思ったが、どうやらケーブルの問題だった. あと稀にHUBのportがお亡くなりの場合もある.
10Gbps portなら修理させたいが、1Gbpsなら usb-nic で手軽に代替してしまうのも手かな.
R7(2025).12.24
ipmiがあったら現地に行かなくてもいいのに..っと今後の保険のために本対応とともにipmiの設定も行う事になりそう.
blackwellなGPUを買う予定でPCの新調を考えたが無期限延期. 買えない. でもblackwellのみは買おうかな. 既存A2000と交換.
R7(2025).12.23
vpn接続で、これまでスマフォのテザリングでしか繋がらないって思っていたが、どうやらルーターの設定次第で行けるみたい
RTX830で難しかったが、TCP1723とGREを許可するだけだった...
R7(2025).12.17
relionにはblackwell向けのconda環境yamlがあるが、これを使うとどうもトモグラフィ関連が上手く動かないみたい.
environment_blackwell.ymlの末尾に".[vis]"を加えたら動き始めたっぽい.
R7(2025).12.15
結局 fw の更新で問題は解消.
rockylinux10でEvinceは提供されず、代わりはMuPDFかOkular. MuPDFは軽量. OkularはEvinceなサムネイル表示が可能だけど重い.
R7(2025).12.12
手動で操作すると有効で、再起動すると無効になる. 有効状態で「dracut -f」でinitramfsの更新かな.
あるいは「/etc/modprobe.d/mlnx.conf」に「options mlx5_en」の追記かな
R7(2025).12.10
あのシステムはvmwareで構成されていると思っていたが、今はKVM（Kernel-based Virtual Machine）とKubernetesで構成されているみたい.
データプッシュ機能を付けてほしいなぁ. QNAP OS内でautofsは無理っぽい. なのでQNAP内にlxdを立ててそこでautofsかなぁ..
R7(2025).12.7
phenix が 2.0-5885(2025/11/18) になっていた. python3ベースに移ったみたい.
R7(2025).11.27
FreeIPAでslurmをテスト中. 子ノードへのssh接続が鍵関係なしで行ける. さすがkerberos様.
R7(2025).11.26
なんか多忙..
RHEL9系でpython2.7を使う事に. python2.7系はOpenSSL 1.0/1.1までしかサポートしていないので、デフォでOpenSSH 3のREHL9系ではmakeが途中で終わる.
なので「make -k」でSSLテストを回避してmakeすればいいみたい.
R7(2025).11.18
blackwellですがcrYOLOが上手く動かない. こちらtensorflow v1系を使うのですが、そのblackwell版がまだリリースされていない模様.
独自にソースからtensorflowをコンパイルすれば行けるでしょうが、茨だよなぁ...
R7(2025).11.9
初のblackwell. cryoSPARC向けのtopaz-0.2.5が上手く作れいない. pytorchを後から 2.8.0=cuda129_mkl にして "setuptools<80" .
ワーニングは出ますが、計算は出来ている.
R7(2025).11.5
whisperを構築して音声データを文字お越しさせてみた.
R7(2025).11.3
windowsPCをproxyサーバにした場合を記事にしてみた. あと同時にntpの件も.
vscodeにて多段ssh接続も書く予定. vscodeにX11サーバ機能があればいいのに..
R7(2025).10.30
ChatGPTをよく利用するようになった. コンパイルでエラーがでたら聞いて解決とか. エラーログが出たら聞いて対処とか有難く使っている.
局所的な解決には素晴らしいアイテム. でも使い方が周知されれば当方は廃業かなぁ..
R7(2025).10.28
nvidiaを新しくしたらchimeraのリモート表示が出来なくなった. だが、WSL 経由なら正常に表示されるみたい. mobaXtermではなくWSLのみでいいのかなぁ..
まぁwindows版chimeraを入れて、smb共有フォルダを使えば済む話ではあるが.
R7(2025).10.16
cryoSPARCの記事が古くなっているから、近く更新予定.
R7(2025).10.3
ぁっ、relion-5.0のメンテナンスリリースがありまして、5.0.1 になってました. cuda-13.x対応とblackwell対応かな.
nfs領域にはsetfacl/getfaclが使えない. 専用のNFSv4 ACLで定義する. ネットワーク先のストレージに setfacl/getfaclで設定できるのは
ceph,glusterfsがある. cephは大規模. １台で用意可能となればglusterfsになる. 試そうか思案中.
R7(2025).9.30
chaytGPTにて「FreeIPAドメインにドメイン外のwindows/macPCからsmb共有はできる？」って聞いたらできると返ってきた。
出来ないはずなのにできるようになったの？って多少ウキウキで再検証したらやっぱりダメでした...
ここで記載したようにパスワード二重管理(FreeIPAとsamba)な状態なら行けるのだが、パスワード一元管理が欲しいのよねぇ..
R7(2025).9.28
RStudio Desktopをソースから作ろうとやってみたが、、RStudio向けのGWT「Google Web Toolkit」がどうしても作れず敗退しました. 無理.
R7(2025).9.23
Incusを試してみた。動作は軽量。けっこういいかも。IncusのコンテナにcryoSPARCを載せてみたいとおもう
R7(2025).9.20
Incus の「システムコンテナ」ならネットワークはVM と同等に完全分離できるそうな。しかもcgroups + namespacesなので仮想VMよりオーバーヘッドが小さいみたい.
１台に複数のcryoSPARCを立てる際、表の39000なbase portは互いに異なるようにしても、それ以外の裏方で同じportが使われるときが発生してしまう.
この回避に仮想VMを提案しているのだが、リソース効率が悪く１台に多くのcryoSPARCが載せられない.. なのでこの「Incus」で試そうと思う.
まぁー１つのcryoSPARCで運用すれば？ってなりますが、、データの取り扱いに注意を向くと難しいわなぁ..
R7(2025).9.13
RL9で pyqt4 の構築は無理っぽい..っというか単に当方の力不足. まだまだ修行が足らん.
ChatGPTに課金した. その解答には概ね満足. っが結局は自分で試して確認しないと厳しいのかなぁ.
R7(2025).9.10
Rockylinux9に入れたphenixからpymolを呼び出したいのですが、pythonのバージョンが違うとして怒られる.
ならばとでpython27向けのpymolを作っているが、連携にpyqt4が必要. っでこれがなかなかのhard.
R7(2025).9.1
chatGPTをよく使うようになった. 合っている時もあるけどそうでないときもある. ただ結構楽. 真面目に課金しようかしら.
R7(2025).8.21
Teamviewer/AnyDesk経由でアクセスする際、計算機にモニターが接続していないと厳しい時がある. っで「ダミープラグ」なる製品があって
これを計算機に取り付けるとあたかもモニターが接続されていると認識して正しくTeamviewer/AnyDeskが使えるそうな. ちょいと購入してみた.
R7(2025).8.20
coot v1.1.x版をソースから作ってみた. flathubで容易に導入可能な時代だけど.
napari. プラグインが多々あるから自分の場所に入れた方がよさげ.
R7(2025).8.16
AMDのVGAカードを調べた. RDNA2/RDNA3世代の製品においてROCm(≒CUDA)でtorchが使えるみたい. でも完全でないともある.
tensorflowはまだの様子. まだまだnvidia様ですなぁ. RTX PRO 2000(16GB)がでるようで購入かなぁ.
R7(2025).8.15
rockylinux8で使えるUSB-LANアダプター「LUA5-U3-AGTE-WH/BK」. 追加ドライバーなしで使えた. driver: cdc_ncm で対応してくれた.
オリジナルの
R7(2025).8.13
cryoSPARC v4.7.1 にパッチが出たみたい.
R7(2025).8.12
調べていたら、、結局「Bootable Container Image」ってqemuで動くので仮想マシンなんだけど、重要なのは仮想マシンになるOSイメージが docker で提供される点かな.
libvrtでの仮想OSは中に入ってdnfでOSをメンテするけど、「Bootable Container Image」側はdocker pullで更新可能
cryoSPARCなDockerfileがあれば、１台のマシンに最終的にはqemuで動くけど仮想マシンが作れる。ただベースがqemuなのでリソース的な利点はあまりない.
あるのはDockerfileの修正だけで仮想マシンが作れるよって感じかな. 手間としてDockerfileが有利だけど、作った仮想OSをテンプレートにすれば使いまわしが可能だから従来の仮想マシンでもいいかなぁ..
そのDockerfileだけど、kickstartで代替できるから...まぁDockerHUBが使えるのは利点かなぁ..
R7(2025).8.11
「Bootable Container Image」を使えば仮想マシンのようにlocalhost通信が他の仮想マシンに影響しないそうな。
そうなると普通のdockerでは無理でしたcryoSPARCの複数containerも可能かも. 今は１台の仮想化サーバに複数のcryoSAPRC仮想マシンを立てている
これをcontainer化できれば、より多くのcryoSAPRCインスタンスを１台のマシンで扱えるかも.
R7(2025).8.9
ぁ、３連休なのね. 忘れてた.
R7(2025).8.7
flathubにcoot 1.1.18が乗っていた. flatpakで構築できるとは..知らんかった.
R7(2025).8.3
software-raidのmdadmの並列度を増す方法「echo 16 > /sys/block/md0/md/group_thread_cnt」 RAID5/6で使えそう.
nvme software-raidでGPUを使っての高速があるみたい. https://www.graidtech.com/. ebayでは 13万で売っている.
R7(2025).7.27
cephでHDD消費に偏りが発生. どうも「.mgr」プールがまずかったみたい. dataとmetaのプールをHDDとSSDに分けたcrush ruleを適用させたが、
「.mgr」は既定だとHDDとSSDを区別なく使うcrush ruleが適用される. それでruleのoverlappingが生じてscalingが正しく機能せず偏った次第.
「.mgr」にSSDを使うruleを適用したら自動的にrebalanceが機能し始めた.
CBI学会年会に参加したいが高いなぁ...たまに勉強する機会を設けないと干乾びるからなぁ
R7(2025).7.25
topazだけど、python3.6とpytorch2の組み合わせは無理みたい. condaで弾かれる.
ならpython3.6とtorch 1.xなら行けるが、torch 1.xは最新のnvidiaドライバでは無理みたい.
以前はokだったのに最新nvidiaドライバだと無理かぁ.. BlackwellでcryoSPARCならnvidiaドライバの最新は必須なんだよなぁ.
R7(2025).7.22
作業が遅く課題が積み上がる...Blackwell(50x0)カードを調達したいが最低でも16GB以上欲しい. 予算の工面とそもそも動かせる計算機がない..
R7(2025).7.18
RTX50向けな tensorflow の whlファイルが作れるみたい. ぁ、単にnvidiaドライバーを更新したら動いた(IsoNet, crYOLO, cryoCARE, deepEMhancer)
前言撤回
R7(2025).7.17
Blackwell(50x0) だが、IsoNet, crYOLO, cryoCARE, deepEMhancer とか tensorflow を使うアプリではまだ動かないみたい.
未対応のtensorflowが使われているのが原因っぽい. 今後更新されると思うが、それらを使うなら現状 Blackwell(50x0) は早々かも.
R7(2025).7.11
アテロームが再発して....腰に発生. 正直なれているけどしんどい..
R7(2025).7.9
今日からインターフェックスなのだが...参加したかった..
R7(2025).7.4
BlackwellでcryoSPARC. master/worker共に v471-cuda12 にする必要あり. 加えてworkerは nvidia driver 570.26 が必要っぽい.
570.26はMaxwell(GTX TITAN X, Quadro M6000とか), Pascal(GTX 1080Ti, TITAN Xpとか)にも対応なのでギリ大丈夫かも. OSはRL8/9, ubuntu22.04/24.04, c7は切れたみたい.
R7(2025).7.2
昨日から妙に腰が痛む...
R7(2025).6.25
RL10でchimera, relionらを試さねば.. Xwaylandでこれらが描画okなのかとか. あとvirtualGLの絡みとかも.
nfs4-acl-toolsが使いにくい..
R7(2025).6.22
chimera-1.16 軽量なのでよく利用するのですが、nvidia 535　ならリモート越しで使えるが、最新の 570.x ではダメ見たい. ローカル接続は問題ない.
ただ nvidia のインストールの際「NVIDIA-Linux-x86_64-570.169.run --disable-nouveau --no-opengl-files --no-libglx-indirect」ならリモートでも使える.
R7(2025).6.20
cyroSPARC 4.7.1リリース. 4.7.1の枝番version"v4.7.1-cuda12"で Blackwell 対応みたい. nvidiaドライバ 570.26+なので cuda12.8をworkerに持たせているのかも.
OS側でGLIBC 2.28以上なので rockylinux8(glibc 2.28) ubuntu20.04(2.31) ubuntu18.04(2.27)だから rockylinux8、ubuntu20.04以上なのね.
枝番じゃない 4.7.1 へのupdateは今までの継承(要nvidia 520以上)かな？ OSはc7が4.7.0が最後だったかと. なのでRL8以降ですな
R7(2025).6.19
ipmi越しにOSの再インストール. 「Virtual Media」にisoを定義して進めるのだが、新しめのsupermicro様のMBは追加ライセンスが必要.
その場合はnetbootの要領で進める. 参照
今回も不参加. 積み上がった課題を只管こなしている.
R7(2025).6.14
6.11にrockylinux10(RL10)がリリースされたみたい. kernalが6.12.0でXwayland. ifcfgが消えてifup/ifdownも消えてteamingが消えてbondingへ.
Pythonは3.12ベースへとかとか https://docs.rockylinux.org/release_notes/10_0/
R7(2025).6.10
体調不良. 事務所でお仕事. OS更新に伴うdockerの移行を考えている. /var/lib/dockerの移行では無理っぽい.
docker saveでtarを作ってそれを新OSに持って行って docker load が正しいそうな.
R7(2025).6.8
macOSにanaconda/minicondaを敷いてconda create/installをするのだが、やっぱり未対応なのが存在する. docker入れれば回避可能かな？
R7(2025).5.22
napari-cryoloの構築でエラーが出た. 関連パッケージのversionが合っていない模様. 'distributed<2024'と'zarr<2.18'の制限を入れたら上手く行った.
R7(2025).5.21
freeipaでsmbを要するにはdomain参加が必要だが、パスワード管理体制が２重に存在してもいいなら参加は不要.
これまで通りsmbpasswdで定義したパスワードでsmbアクセスはできる. NTLM廃止に向けて勉強中.
R7(2025).5.14
freeipaをやっている. ntlm無効の局面に備えて勉強中. ログインが遅いログアウトが遅い症状が出たら autofs を再起動すれば回避できるが
暫くすると再発する. mountオプションをsec=krb5からsec=sysにするとかで回避かな.
R7(2025).5.3
centos7に570.xxx(12.8)、565.xxx、560.xxx(12.6)、555.xxx(12.5)はダメ. 550.xxx(12.4)はokみたい
R7(2025).5.1
私用で不在です.
R7(2025).4.26
VMware ESXiが再度無償版となって使えるそうな. Proxmoxに移ってしまったが、仮想スイッチとかは便利だったから悩む
無償版がv8.0から. v7.0とは画面構成が若干違うみたい.
R7(2025).4.23
cephadmでsambaコンテナを使えるべくテストを続けているが、どうもできない. 基本はkubernetesへのsamba参加と同じなのですが..
どこかのノードでcephをmountして、そこでsmbを出せば事足りますが、cephadmではCTDBでsambaクラスターが運用できるそうな. そこが魅力なのですが..
R7(2025).4.18
cryoSPARC の最新版がでて1week. パッチ提供らはない模様で大丈夫なのかなと. 掲示板を見ると目下50x0でcryoSPARCは動かないそうな.
AMD GPU の Radeon でrelionは動くそうな. ちょいと試してみたいかな.
R7(2025).4.10
cryoSPARC 4.7.0がリリースされました. 心よりお祝い申し上げます.
っがリリース直後ってパッチ提供がすぐあるのが最近の傾向. 1weekほど待った方がいいのかな. でも最近機能も使いたいしなぁ.
R7(2025).4.7
r9.4にてssh接続が遅い.
「GSSAPIAuthentication no」で回避. あとdns resolvの問題. 存在しないsearch domainや機能しないnameserverは消す.
R7(2025).4.3
もうちょい休む.
R7(2025).3.31
年度末. 疲れました. 休みます.
R7(2025).3.25
37.2微熱
R7(2025).3.22
cifsでautofs.
auto.masterはいつも通り.
auto.homeは「/OffloadData -fstype=cifs,credentials=/etc/cifscredentials,uid=root,gid=root,file_mode=0644,dir_mode=0755 ://<IP>/OffloadData」とする.
R7(2025).3.20
ubuntu24.04を扱っている. 画面にgnome-terminalが立ち上がらない事態に. sshで裏から入って「systemctl --user start gnome-terminal-server」で回避可能.
MotionCor2がlibtiff.so.5を求める. ubuntu24.04はlibtiff.so.6を持つのでソースからコンパイル.「./configure; make; make install」と往年の呪文を唱えて
「/usr/local/」に入れとけばいいみたい.
R7(2025).3.17
win10マシンを更新するかぁ...まだまだ十分に使えるのだが..
R7(2025).3.15
software-RAIDで6本のHDDでRAID5を構築したら「cat /proc/mdstat」で「UUUUU_」と言われて焦った.
っが、暫くして「UUUUUU」となる. RAID6ならはなっから「UUUUUU」なのに...
32core, 64coreとかあるならsoftwareRAIDでも良くね？って思う. HDDね. nvmeならこれなのかな https://xinnor.io/ 有償だけど
R7(2025).3.8
アテロームは切開手術せず、市販薬で抑えられるか試したら、今のところ炎症が収まり痛みも和らいできた.
手術は超ブルーで落ち込み、10日ほど毎日通院. ３月はさすがに無理.
Rocky9で「transparent_hugepage=never」をgrubに仕込んでも駄目みたい. なのでsystemctlのserviceとして登録. 回避成功.
R7(2025).3.4
beegfsのmeta向けSSDのi-nodeが溢れて機能停止. 62Mのi-nodeが埋まるくらいmetaは小さいファイルを用意するみたい.
別途SSDを「-i 2048」でmkfs.ext4して、490Mのi-nodeに増やしてオリジナルからコピー. xattrの情報を使うので「cp -a」で実施.
「rsync -a」ではxattrが移らない. 「rsync -aX」で移せるが妙に遅い. 「cp -a」の方が早い.
R7(2025).2.28
アテローム再発. 歩くと痛い. 忙しい時に再発である..
R7(2025).2.15
rockylinux8ではcryoSPARCにて「io_uring」のWARNINGが表示される. io_uringの機能はrockylinux8のカーネルでは提供されていない.
なので対応のしようがない. rockylinux9に上げるか、ELRepoのkernelに差し替えるとかでしょうか. 後者が楽かな.
R7(2025).2.13
cephにwindowsクライアントアプリがあるのね. https://cloudbase.it/ceph-for-windows/
これでsmbを立てなくても行けるか.
R7(2025).2.12
OpenIDを作りたくなってきた.
R7(2025).2.8
cryoSPARCでデータベースが正しく起動しない件.
そのデータベースがnfs先にあるなら file lock 機構が効いてない可能性あり. vers4でmountをお勧め.
R7(2025).2.3
先週、食あたりを受けた. 今も微妙..
R7(2025).1.8
topaz v0.3.5が出てたので改定. 「3D particle-picking」ができるbranchがあったのでそれも作ってみた.
いずれはmasterに統合なのでしょうけど、触ってみたい方に.
R7(2025).1.1
謹賀新年
21世紀も四分の１かぁ. 昭和100年. 大正114年. 明治158年. 平成37年.
R6(2024).12.26
また風邪になったみたい..
R6(2024).12.24
腰痛が復活？
R6(2024).12.22
すごいなぁ. Boltz-1 https://jclinic.mit.edu/boltz-1/ githubhttps://github.com/jwohlwend/boltz
AF3の精度を有する3D予測アプリ. 学術、商用問わず利用可能のようです.
R6(2024).12.17
ジョブ管理にGrid Engineを使っているサイトでcryoSPARC. ジョブ発行時のjobIDが正しく取得できないようでソース修正.
updateのたびに修正かぁ...
R6(2024).12.15
VirtualGLでvncを動かしたら画面が真っ黒. まれにあるみたい. っでその際はディスプレイマネージャーをgdmからlightdmに変えればいいみたい.
lightdmはディスプレイサーバ Wayland に現状未対応. ディスクトップ環境はgnomeのままでもいい. Xfceは軽量だけど
R6(2024).12.13
ChimeraX 1.9リリース
R6(2024).12.5
relion-5.0.0リリースおめでとうございます.
とある理由でEMPIARのデータが必要になった. 本家ではAsperaでの利用を推奨しているが、どうも上手く行かない..v4.2より下を使っても..
なのでPDBj様でEMPIARのデータを取得. rsyncで取れるのが嬉しい.
R6(2024).12.4
とある場所でcryoSPARCのデータベースが復旧不可能になった. っでそのデータベースを破棄して新設して
既存のプロジェクトディレクトリをattach操作したら一応は復活した. まぁ最終手段でしょうけど、たまたま上手く行った事案なのかも.
R6(2024).11.30
風邪の症状が治まった. 咳はほとんど出てない. ようやく終わったのかなと思うが用心に越したことはなくほぼ事務所.
っで寝込んでいた時に気の迷いでボタンを押したteslaのカードが届いた. だが同じく注文したfanが届いていないので開けてもいない.
R6(2024).11.20
引き続き絶賛(ry. 寝込んでいてebayを見ていたら10x0時代のtesla p40(24GB)が5万ほどで買えるみたい. 悩む..
R6(2024).11.19
絶賛風邪の中. cryoSPARC v4.6.2がリリース.
R6(2024).11.18
とあるところでcryoSPARCのClass2DがGPUが落ちた.「export CRYOSPARC_NO_PAGELOCK=true」をworkerのconfig.shに入れたら改善した件
ネタはここ. でも単純に v4.6.1 で回避できたのでは？とも思う.
R6(2024).11.16
風邪ひいた..
R6(2024).11.15
cryoSPARCを動かすホストの名称は全て小文字で構成された方がいいかも. 一応大文字を含んでも /etc/hosts に
大文字を含むホスト名とipがあれば無事起動できたのだが、v4.6.1でそれがなんか効かない感じ.
R6(2024).11.14
cryoSPARC v4.6.1がリリース. 例の2DClassで落ちる現象も対処されたみたい. これ.
R6(2024).11.12
AlphaFold3がリリースされたのね. 開発元は A100(80GB), H100(80GB)をHW要件にしているけど..素で無理.
4090/3090の24GBカードでもRAMを借用すれば動かすことが可能っぽいが....取り合えず検証環境がない.
ユニファイドメモリーならmacOSも手なのだろうか？
R6(2024).11.11
ひたすらcentos7->rockylinux8,9に揚げている. PXEbootでOSを入れて細かい点はansibleが筋なのだろうが、
結局ひとつひとつOS更新を行っている. 20,30台ならPXEbootなのだろが、3,4台なら...
R6(2024).11.6
slurm-webを作ってみた. squeue で足りそうな気がする.
vmware esxiの代替先としてProxmoxを使っている. 高度な使い方はせず、単にGPUデバイスやvSwitchとか使えたのでこれでいいかな.
R6(2024).10.28
cgroups v2対応なOSは Ubuntu21.10以降(22.04LTSとか), RHEL9系以降. openPBSでhookを使うには cgroups v1 に切り替える必要あり.
openPBSのgitを眺めていると ubuntu24 に対応とかあるけど、これって python3.12 対応向けで v2 対応じゃないみたい(未確認だけど).
slurmはv1 v2とも対応済みの様子.
R6(2024).10.19
ローカルにpostfixを立ててSMTPリレーをさせてみた. office365をリレー先として考えていたが
結構ハードルが高かったので断念. 代わりに回線プロバイダのSMTPを適用した.
mobaXtermでcootが機能しない時がある. その際はmobaXtermのX serverの設定で「OpenGL acceleration」を「Hardware」にすれば回避できるかも.
R6(2024).10.16
adaptecの8シリーズでmaxviewのメール設定を検討中. 中身はJavamail 1.4.7だがTLS1.2に未対応なので
office365のSMTPは利用できない. TLS(SSL)なしの送信が許可されるサイト(SMTP)じゃないと無理っぽい.
ローカルにpostfixを立てて、そこを踏み台にoffice365へ転送とか思案中.
R6(2024).10.11
cryoSPARCのcluster運用にて. masterはジョブを発行するときだけ動けばいいよね. ジョブを流したら
masterは停止、workerはそのまま働かせる. これなら行けるっと思ったが、試験したら
「Job is unresponsive - no heartbeat received in 180 seconds. 」と言われてworkerジョブが落ちた..
workerを動かしている最中、masterも動いてないとダメらしい... どうしよう...
R6(2024).10.8
cryoSPARC v4.6.0で2Dclassの際に落ちる. これで回避できたけど、
kernelパラメータの調整が必要ってoracleかよ.
R6(2024).9.27
アテローム発生...
R6(2024).9.26
samba-ad関連の記事をupdate予定.
R6(2024).9.25
samba-adとの接続でrockylinux8ならnslcd経由で行けたのに rockylinux9ではnslcdが使えないみたい.
仕方ないので sssd経由にしたのだが、こちらユーザデータにposixAccountなobjectclassが必要なそうな..
samba-adで作ったアカウントにposixAccountは入ってなく別途組み込む必要がある. ldifエディタの出番.
R6(2024).9.21
ルータ内にWireGuardを仕込めるかテストをしているのだが....どうもうまく動かない.
firewall-cmdのexternal/trustedな仕掛けのまま使いたいのが無理なのか...iptablesは避けたいなぁ...
R6(2024).9.14
またヘルニアを痛めた模様。一応歩けるけど、前屈みすると痛む. あと若干また右脚が痺れている...
長時間椅子に座ったから？これじゃ仕事できないよぉ.. 連休は自宅静養に努めます.
esxiの後釜としてProxmoxを使いだした. esxiで作った仮想マシンをそのまま引き付けるのが嬉しい.
加えてGPUも使えて. なぜかesxiだと535までだったのがそれ以上使えてる.
R6(2024).9.11
cryoSPARC v4.6.0リリース. リリースノートを読むとこれがcentos7対応の最後みたい.
R6(2024).9.5
VirtualGLを試している. 以前よりももっと簡単に動かせれれるみたい. GPUの指定ってできないのかな..
srunでリソースを確保してdockerにVirtualGLを仕立てれば、、、そんな気がする..
R6(2024).9.1
coot公式配布を無理やりRHEL9で動かしてみた. openssl-1.0.2が追加で必要みたい. これを入れれば一応動いた.
R6(2024).8.30
気が付けば葉月も終わり. 夏は暑い外と寒い鯖室の出入りで調子が悪くるなる事が多い. まぁお仕事だから仕方なし.
cootの公式配布バイナリがRHEL8系までなのでRHEL9系向けを作ってみた. ver0.9系は出来たかも. ver1.1系はまだ.
まぁmac/winでcootが多いの需要は少ないのですが.
R6(2024).7.26
階段を下りると痺れがでる. 普段の歩行は問題ないかな.
debパッケージの作り方を勉強中.
R6(2024).7.15
Multi-Instance GPU(MIG)に興味を持ったが、TeslaのA30かA100以上のようで買えない...ebayでも60万以上..
GPUをインスタンス毎に分けて使える. virtualGLとかにも分けられるなら面白いかなと.
無理なのでp100かv100でも買おうかな.
R6(2024).7.4
右脚の痺れは残っているけど、腰痛が厳しくなってきた. 右脚をかばった動きのせいかな.
esxiでnvidia-550とか555が機能しない. 535なら大丈夫.
R6(2024).6.25
ほぼ二か月が経過. 歩行に支障はない. 痺れはあるけど無視できる. ただ俯せの姿勢になると痺れが走る.
anacondaを使われている所でminiforge/miniconda系への移行が必要となった.
R6(2024).6.12
仕事に出かけたのだが、帰りはタクシーで帰宅. 右脚の痺れは大分収まって歩けるのだが、長時間は無理っぽい.
また腰の部分に痛みが出てきた. 変な姿勢で歩いているのが原因？
GAMESSを取り扱い始めた. mopac以来かな.
R6(2024).6.5
あら cryoSPARC v4.5.3 がリリースです.
R6(2024).6.4
一か月が過ぎた. ようやく歩ける(当社比1/2). ゆっくりなら行ける. けど北海道はキャンセルです. リハビリがメインです.
cryoSPARC v4.5.2がリリース
R6(2024).5.27
3週間過ぎた. 当初痺れて10mも歩けなかったのが、リハビリとお薬でだいぶ歩けるようになった.
動きは酔歩に近いが動ける. 酔歩といえばMC...いやなんでもない.
R6(2024).5.21
理学療法士様によるリハビリを受けた. 静養しつつリハビリ運動もすることになりました.
お薬で痺れ痛みが緩和され、辛かった病院通いが随分と楽になったなぁ.
R6(2024).5.20
relion5の連携condaアプリですが、relion5の更新に合わせて連携condaアプリも更新必須だった...見落としだった..
relion5のsubtomogramでEMPIAR-10164のmrcはブラウザからとれるのだが、mdocファイルの場所が分からんかった.
ここなのね ftp.ebi.ac.uk/empiar/world_availability/10164/data/mdoc-files/
R6(2024).5.17
患って今日で２週間がたった. 今月中の外出は難しいかなぁ..
R6(2024).5.15
整形外科に行ってレントゲン撮った. 坐骨神経痛が確定っぽい. お薬飲んで安静にしてます. 外出は当面無理.
RHEL9系でcootをコンパイルできないか調査中.
手始めにRHEL7系のCentOS7でcootをコンパイルしてみているが上手く作れない..
R6(2024).5.9
外出を試みるもほんの十数メートルで断念. 1week安静したけど2,3week安静とか長期戦になりそう.
ほんと歩けない....
R6(2024).5.9
あら cryoSPARC v4.5.1 がリリースです. バグフィックスですね.
絶賛坐骨神経痛は継続中. ほんと歩けない.. 毎日安静してます.
R6(2024).5.8
cryoSPARC v4.5がリリース. https://cryosparc.com/updates 進歩早いね.
引き続き坐骨神経痛で歩けないです...
R6(2024).5.5
やばい..坐骨神経痛っぽい...歩けない..
R6(2024).4.30
風邪ひいて38度まで上がった. ようやく平熱に戻ったけど喉が痛い..
R6(2024).4.25
CentOS7で800x600しか出なかった. っでelrepoのkernelに差し替えたら正常になった.
最新cpuの内蔵videoってcentos7は未対応？
R6(2024).4.17
通院の毎日. ようやく多少座れるようになった.
R6(2024).4.10
椅子には座れるけど、長時間は無理. 通院してガーゼ交換ですが、正直切開よりも痛い. 横になっているしかない..
R6(2024).4.8
また切開手術...肩とは別の箇所.
R6(2024).4.5
cryoSPARCのキャッシュについて. クラスターで運用すると時にGPU01、時にGPU02ノードで計算と
計算ノードは固定しない. なのでキャッシュもどんどん分散されてしまう。
っで終わっても消してくれないので運用上の悩みとなる。BeeOND はその悩みを低減させてくれるかな？
R6(2024).4.4
Bioconductor 3.19はR-4.4向け. Bioconductor 3.19は5/1にリリース予定で、R-4.4は4/24リリース予定.
R6(2024).4.3
ubuntu22.04のrelionにて relion_python_* から「libcuda.so」がないと言われた. 「ldconfig -v」で存在を確認
「/etc/ld.so.conf.d/」に/usr/local/cudaも入っているのだが..OS提供品が優先された形？
仕方ないので modulefiles/relion で/usr/local/cudaを優先にLD_LIBRARY_PATHを入れて解決.
毎日通院. 切開箇所のガーゼ交換なのですが、めちゃくちゃ痛い...
R6(2024).4.1
肩の方を切開手術.
R6(2024).3.30
GPUマシンで計算が途中で止まるなら..
1.GPUのwattをdown 2.BIOSでPCIe GENを1にdown 3.kernelをup. 4.nvidia driverをup 5.BIOS fwをup. 5. 販売元へ...
kernel upで成功したらwattをup, genをupして速度を上げてみる. gen1で上手く行くと思うけど.
R6(2024).3.28
病院行って切開は様子見.
R6(2024).3.26
肩に傷ができて痛む..あと吹き出物も再発..今週中に病院かなぁ..しんどい
R6(2024).3.23
usbを刺してデータ転送をするとwaitが上がる. usbがダーティ？
linuxに刺す前にwinに刺して整合性を取ってみるのは意味がある？ robocopyが上手く動かない...
R6(2024).3.21
報告書ラッシュ. 寒の戻りなためか体が微妙.. 外出は取りやめで事務所作業へ.
relion-5.0-beta-2がリリースされていた.
R6(2024).3.15
確定申告,青色申告,消費税申告がやっと完成. 本日提出へ.
R6(2024).3.11
cephのquotaを試したのだが...制限設置に10Giと定義できるとあるのに効かない. 結局数字指定.
判明するのに半日かよ..修練が足らない.
R6(2024).3.6
CTFFIND5をコンパイル中. バイナリーは既に提供されてますが、cisTEMの一部として配布. まぁそれでもいいのですが
ctffind5を単体で用意してみたくてコンパイル中.
R6(2024).3.4
締め切りに追われてます.
cryoSPARCのホスト名ですが、大文字でホスト名を持たせるなら/etc/hostsにホスト情報の記載が必須みたい.
小文字なら/etc/hostsはそのままでもok. 小文字ホスト名の方がよさげ.
R6(2024).3.1
2月は結構きつかった. 3月も相当な感じ. cootのrhel9系向けのコンパイルは諦めました. 無理.
R6(2024).2.16
そうか. ハーゲンダッツを買う日か.
cryoSPARCにてupdateを実行しての何も動かない時はLD_LIBRARY_PATHをカラにすれば行けるかも.
R6(2024).2.14
だいぶ楽になりました.
R6(2024).2.13
nfsボリュームに対するACL(nfs4_setfacl/nfs4_getfacl)を試してみた. cephはPOSIX準拠だからsetfac/getfaclでokみたい
今週いっぱい外勤しないつもり. 今時点階段を上るときっつい..
R6(2024).2.10
PyMOL. tagのv2.5.0はRockylinuxでコンパイルできるけど、最新のgitでは無理みたい.
look_atなるコマンドでコンパイルが落ちる. glm-develを上げれば行けると判明.
R6(2024).2.9
吹き出物が再発して手術. 3,4日はあまり動けないかな. 以前も同じ症状で手術して完治まで２週間ほどだった.
椅子に座ってのディスクワークには支障がないけど、外勤は厳しいかなぁ.
R6(2024).2.8
coot使うなら rockylinux8.x だなぁ. ubuntu22.04でもcootは動くけど安牌はubuntu20.04かなぁ.
ソースコードが公開されているから作れなくはないのでしょうけど、cootにRDKitまで入って驚く. 結構ハードル高い.
nfsサーバは64GB メモリーかなぁ.
R6(2024).2.6
REHL(本家)9.3を取得した. いわゆる個人向けで使うなら16台まで使っていいよのプログラムで入手してみた.
あくまでも個人向け. 事業とかそれを使って成果を出すなら本番ライセンスを勝ってねな代物.
パッケージリポジトリが全く違っていたのに驚いて急遽議題に上げてみた.
R6(2024).2.2
ldapはfailover,ppolicy,lamの組み込み、slurmはslurmdbdとXDMoD、cephはok、wireguardは未. io500テストは今週末かな.
rootパスワは破棄かな. 管理者権限アカウントの創設とsudo. cephとsmbのaclは要調査. quotaもちょい調査.
zabbixとceph,mail連携. fail2ban. slurmにprolog/epilogを入れてお掃除対応. あと事務的なことでProxmoxの準備かなぁ.
R6(2024).2.1
nfs client側でaclを付けたいと思った. nfs4-acl-toolsのnfs4_setfacで出来るそうなのだが...使い方が分からん..
cephfsはsetfaclコマンドで定義できるのだがnfs clientでsetfaclは通用しない..
R6(2024).1.30
ldapでアカウント管理. それにautomountも管理させたくてldap+sssdで作ってみた. /etc/fstabでstaticな
運用もいいのだが、台数が増えると集中管理がいいかなと. まぁansibleで一括修正もありえるけどね.
R6(2024).1.28
LdapAdminのLinux版があった. これでldifを作らんでも楽に操作できるかも.
このLdapAdmin(linux版)、Xmingでは微妙、mobaXtermならok. Xmingは更新しようかな(要10ポンド). macOSは未検証.
R6(2024).1.22
でっかいファイルシステムを構築中. いつも間にか手に汗がにじんでる.
system diskって実はext4にしてパーティションを動かせた方がいいのかも. データ領域なdiskはxfsでいいかもだけど.
R6(2024).1.21
supermicroのMBでIPMI経由によるOS再インストールを試した. そうしたらvirtual media機構を使うのに
SFT-DCMS-Singleライセンス(有償)が必要みたい.. 以前は追加費用無しで使えてたのに....
gpartedで領域を小さくしようと思ったらxfsはダメ見たい. ext4ならokだった...
R6(2024).1.19
仕事積みすぎた..土日で片付かせたい..
R6(2024).1.10
次期リリースのphenix-1.21からMOPACが使えるとは...驚いた.
しかもMOPAC自体がオープンソースになっていてこれも驚いた.
R6(2024).1.9
cephのreef. cephfsのみだけど手順確認. backendのcluster networkも機能していることを確認.
次はcephadmの習得かな.
R6(2024).1.8
年始年末をcephの勉強に充てている. 以前Octopus(v15.x)で作って今はReef(v18.x)で再検証.
cephadmの利用を前提としたdashboardが気になりますが、一通りOSの地べたに構築するのは問題ない.
今後はcephadmベースで進むのでしょうが、docker/podmanの上での構築、細かい設定方法がまだよく見えない.
こころはドキュメントをよく読んで進むしかないかなぁ.
R6(2024).1.7
動作検証にvmware esxiを使っている. ebayでTeslaP40(GP102[GTX1080Ti相当],24GB)が2.5万円...ポチっとしそうになる..
nvidiaの仮想GPUが使えそうなのよねぇ
R6(2024).1.1
謹賀新年. 未達な課題が多くてすみません.
なんでまほよ?その前に月の裏側では.....