ccp4/cloud をテンプレートにして作成
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開始行:
ccp4 cloud
webベースで解析が行えるそうな. 結果表示もいいみたい. それ...
オンプレミスの作り方 [[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/h...
ドキュメント[[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/html-tutor...
使い方とか [[https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=...
チュートリアル [[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/html-tu...
構築対象の計算機
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.8 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]#
}}
***下準備 [#tbbb6881]
SELinuxは無効にするか「httpd_can_network_connect」を有効...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# getsebool httpd_can_network_connect
httpd_can_network_connect --> on
[root@rockylinux ~]# setsebool -P httpd_can_network_conne...
}}
そしてfirewallとしては80/tcpを通しておきます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# firewall-cmd --add-service=http --zo...
[root@rockylinux ~]# firewall-cmd --reload
}}
***ccp4の準備 [#daae1061]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]# tar xf /Public/em/ccp4-8.0.015-li...
[root@rockylinux apps]# ./ccp4-8.0/BINARY.setup
:
Do you accept the terms of the license? y/n [n] y
:
[root@rockylinux apps]# source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.se...
[root@rockylinux apps]# ./ccp4-8.0/bin/ccp4um -m 99
}}
***CCP4 Cloudの展開 [#j613049e]
機能的にはFE(フロントエンド),NC(NumberCrunchers)の２つの...
NCは複数用意できるようですが、ここでは１つで行います.
必要なソースコードを取得して展開します.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# useradd ccp4-cloud
[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl http://ccp4serv6.rc-harwell.a...
[root@rockylinux src]# ls -l
total 12
-rw-r--r--. 1 root root 9941 Nov 27 00:59 ccp4cloud-setup...
[root@rockylinux src]# tar xf ccp4cloud-setup.tar.gz
[root@rockylinux src]# cd ccp4cloud-setup
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]#
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# ls -l
total 8
drwxr-xr-x. 4 503 games 4096 Nov 27 01:07 FE
drwxr-xr-x. 5 503 games 4096 May 15 2022 NC
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]#
}}
アプリの配置は
#code(nonumber){{
/apps/ccp4-8.0
/ccp4-cloud/FC(ccp4-cloud,rw)
/NC(ccp4-cloud,rw)
/disk1/{users,projects}
/images
/pdb
/data
/tutorial
/job-state <-- ユーザ ccp4-cloud がrw
}}
な感じで.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir /apps/ccp4-cloud
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# cp -r FE /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# cp -r NC /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# chown -R ccp4-cloud. /...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir /apps/ccp4-cloud...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir -p /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# chown -R ccp4-cloud. /...
}}
設定ファイルを調整します 参照[[ccp4/cloud/config]]
***apache設定 [#gbdece58]
機構的には apache で受け取ってProxyPassを使ってユーザ(ccp...
っでシステムにhttpdを入れます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# dnf install httpd mod_proxy_html
[root@rockylinux ~]# cp /apps/src/ccp4cloud-setup/FE/etc/...
[root@rockylinux ~]# vi /etc/httpd/conf.d/ccp4cloud.conf
<Proxy http://127.0.0.1:8081/*>
Allow from all
</Proxy>
ProxyRequests Off
ProxyPass /ccp4cloud http://localhost:8081
SetOutputFilter INFLATE;proxy-html;DEFLATE
ProxyHTMLURLMap http://localhost:8081 /ccp4cloud
LogLevel Info
ProxyPassReverse /ccp4cloud http://localhost:8081
[root@rockylinux ~]#
}}
っで起動
***起動 [#p4850215]
FEとNCはユーザ(ccp4-cloud)権限で稼働させます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# su - ccp4-cloud
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ /apps/ccp4-cloud/NC/start-nc.sh
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ /apps/ccp4-cloud/FE/start-fe.sh
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ exit
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# systemctl start httpd
}}
***確認 [#g692ffa4]
NCのログを確認
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# ls -l /apps/ccp4-cloud/NC/logs/
total 4
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 0 Dec 17 02:26 node...
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 540 Dec 17 02:26 node...
[root@rockylinux ~]#
}}
次にFEの確認
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# ls -l /apps/ccp4-cloud/FE/logs/
total 4
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 0 Dec 17 02:26 node...
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 316 Dec 17 02:26 node...
[root@rockylinux ~]#
}}
FEとNCはnodeで動いているのでそれも確認します
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# lsof -i -P
:
node 42383 ccp4-cloud 19u IPv4 96928 0t0 T...
node 42862 ccp4-cloud 19u IPv4 100300 0t0 T...
:
[root@rockylinux ~]# curl http://localhost:8081/whoareyou
CCP4 Cloud FE 1.7.016 [27.09.2023] CCP4-8.0.016 active
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# curl http://localhost:8083/whoareyou
CCP4 Cloud NC-0 (nc-1) 1.7.016 [27.09.2023] 0
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# curl http://rockylinux/ccp4cloud/who...
CCP4 Cloud FE 1.7.016 [27.09.2023] CCP4-8.0.016 active
[root@rockylinux ~]#
}}
これで問題ないようなのでブラウザからアクセスしてみます
&ref(2023y12m17d_025516879.jpg,nolink,80%);
っで規定で用意されているアカウントでログインします. ログ...
ccp4へのフィードバックをするかしないかを定めたり、新規の...
***アカウント [#u2535d5b]
ユーザ「devel」以外にも管理者アカウント「admin」も用意す...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# su - ccp4-cloud
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ cp /apps/ccp4-cloud/disk1/user...
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ cp -r /apps/ccp4-cloud/disk1/p...
}}
っで「/apps/ccp4-cloud/disk1/users/admin.user」に変更を加...
#code(diff,nonumber){{
--- /apps/ccp4-cloud/disk1/users/devel.user 2023-12-1...
+++ /apps/ccp4-cloud/disk1/users/admin.user 2023-12-1...
@@ -1,15 +1,15 @@
{
"_type": "UserData",
- "name": "Developer",
- "email": "ccp4@ccp4.ac.uk",
- "login": "devel",
+ "name": "Admin",
+ "email": "saber@chaperone.jp",
+ "login": "admin",
"licence": "academic",
"feedback": "declined",
"pwd": "149afd631693c895f81e508eb5aaef37",
"cloudrun_id": "73u9-tpbh-1b4u-4w49",
"knownSince": 1702748837788,
"lastSeen": 1702774031283,
- "role": "user",
+ "role": "admin",
"dormant": 0,
"volume": "disk1",
"helpTopics": [],
}}
これでアカウント「admin」、パスワードはユーザ「devel」の...
そうするとこんな画面になります
&ref(2023y12m17d_101528573.jpg,nolink,80%);
終了行:
ccp4 cloud
webベースで解析が行えるそうな. 結果表示もいいみたい. それ...
オンプレミスの作り方 [[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/h...
ドキュメント[[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/html-tutor...
使い方とか [[https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=...
チュートリアル [[https://cloud.ccp4.ac.uk/manuals/html-tu...
構築対象の計算機
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.8 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]#
}}
***下準備 [#tbbb6881]
SELinuxは無効にするか「httpd_can_network_connect」を有効...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# getsebool httpd_can_network_connect
httpd_can_network_connect --> on
[root@rockylinux ~]# setsebool -P httpd_can_network_conne...
}}
そしてfirewallとしては80/tcpを通しておきます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# firewall-cmd --add-service=http --zo...
[root@rockylinux ~]# firewall-cmd --reload
}}
***ccp4の準備 [#daae1061]
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cd /apps/
[root@rockylinux apps]# tar xf /Public/em/ccp4-8.0.015-li...
[root@rockylinux apps]# ./ccp4-8.0/BINARY.setup
:
Do you accept the terms of the license? y/n [n] y
:
[root@rockylinux apps]# source /apps/ccp4-8.0/bin/ccp4.se...
[root@rockylinux apps]# ./ccp4-8.0/bin/ccp4um -m 99
}}
***CCP4 Cloudの展開 [#j613049e]
機能的にはFE(フロントエンド),NC(NumberCrunchers)の２つの...
NCは複数用意できるようですが、ここでは１つで行います.
必要なソースコードを取得して展開します.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# useradd ccp4-cloud
[root@rockylinux ~]# cd /apps/src/
[root@rockylinux src]# curl http://ccp4serv6.rc-harwell.a...
[root@rockylinux src]# ls -l
total 12
-rw-r--r--. 1 root root 9941 Nov 27 00:59 ccp4cloud-setup...
[root@rockylinux src]# tar xf ccp4cloud-setup.tar.gz
[root@rockylinux src]# cd ccp4cloud-setup
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]#
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# ls -l
total 8
drwxr-xr-x. 4 503 games 4096 Nov 27 01:07 FE
drwxr-xr-x. 5 503 games 4096 May 15 2022 NC
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]#
}}
アプリの配置は
#code(nonumber){{
/apps/ccp4-8.0
/ccp4-cloud/FC(ccp4-cloud,rw)
/NC(ccp4-cloud,rw)
/disk1/{users,projects}
/images
/pdb
/data
/tutorial
/job-state <-- ユーザ ccp4-cloud がrw
}}
な感じで.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir /apps/ccp4-cloud
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# cp -r FE /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# cp -r NC /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# chown -R ccp4-cloud. /...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir /apps/ccp4-cloud...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# mkdir -p /apps/ccp4-cl...
[root@rockylinux ccp4cloud-setup]# chown -R ccp4-cloud. /...
}}
設定ファイルを調整します 参照[[ccp4/cloud/config]]
***apache設定 [#gbdece58]
機構的には apache で受け取ってProxyPassを使ってユーザ(ccp...
っでシステムにhttpdを入れます
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# dnf install httpd mod_proxy_html
[root@rockylinux ~]# cp /apps/src/ccp4cloud-setup/FE/etc/...
[root@rockylinux ~]# vi /etc/httpd/conf.d/ccp4cloud.conf
<Proxy http://127.0.0.1:8081/*>
Allow from all
</Proxy>
ProxyRequests Off
ProxyPass /ccp4cloud http://localhost:8081
SetOutputFilter INFLATE;proxy-html;DEFLATE
ProxyHTMLURLMap http://localhost:8081 /ccp4cloud
LogLevel Info
ProxyPassReverse /ccp4cloud http://localhost:8081
[root@rockylinux ~]#
}}
っで起動
***起動 [#p4850215]
FEとNCはユーザ(ccp4-cloud)権限で稼働させます.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# su - ccp4-cloud
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ /apps/ccp4-cloud/NC/start-nc.sh
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ /apps/ccp4-cloud/FE/start-fe.sh
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ exit
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# systemctl start httpd
}}
***確認 [#g692ffa4]
NCのログを確認
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# ls -l /apps/ccp4-cloud/NC/logs/
total 4
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 0 Dec 17 02:26 node...
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 540 Dec 17 02:26 node...
[root@rockylinux ~]#
}}
次にFEの確認
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# ls -l /apps/ccp4-cloud/FE/logs/
total 4
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 0 Dec 17 02:26 node...
-rw-rw-r--. 1 ccp4-cloud ccp4-cloud 316 Dec 17 02:26 node...
[root@rockylinux ~]#
}}
FEとNCはnodeで動いているのでそれも確認します
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# lsof -i -P
:
node 42383 ccp4-cloud 19u IPv4 96928 0t0 T...
node 42862 ccp4-cloud 19u IPv4 100300 0t0 T...
:
[root@rockylinux ~]# curl http://localhost:8081/whoareyou
CCP4 Cloud FE 1.7.016 [27.09.2023] CCP4-8.0.016 active
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# curl http://localhost:8083/whoareyou
CCP4 Cloud NC-0 (nc-1) 1.7.016 [27.09.2023] 0
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# curl http://rockylinux/ccp4cloud/who...
CCP4 Cloud FE 1.7.016 [27.09.2023] CCP4-8.0.016 active
[root@rockylinux ~]#
}}
これで問題ないようなのでブラウザからアクセスしてみます
&ref(2023y12m17d_025516879.jpg,nolink,80%);
っで規定で用意されているアカウントでログインします. ログ...
ccp4へのフィードバックをするかしないかを定めたり、新規の...
***アカウント [#u2535d5b]
ユーザ「devel」以外にも管理者アカウント「admin」も用意す...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# su - ccp4-cloud
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ cp /apps/ccp4-cloud/disk1/user...
[ccp4-cloud@rockylinux ~]$ cp -r /apps/ccp4-cloud/disk1/p...
}}
っで「/apps/ccp4-cloud/disk1/users/admin.user」に変更を加...
#code(diff,nonumber){{
--- /apps/ccp4-cloud/disk1/users/devel.user 2023-12-1...
+++ /apps/ccp4-cloud/disk1/users/admin.user 2023-12-1...
@@ -1,15 +1,15 @@
{
"_type": "UserData",
- "name": "Developer",
- "email": "ccp4@ccp4.ac.uk",
- "login": "devel",
+ "name": "Admin",
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"feedback": "declined",
"pwd": "149afd631693c895f81e508eb5aaef37",
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"lastSeen": 1702774031283,
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}}
これでアカウント「admin」、パスワードはユーザ「devel」の...
そうするとこんな画面になります
&ref(2023y12m17d_101528573.jpg,nolink,80%);
ページ名:
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