coot をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/...
github [[https://github.com/pemsley/coot>+https://github....
ソースコードから作る [[coot/source]]
本家様のダウンロードサイトから左上の「Download Binaries」...
ここでは rockylinux8 で動かしたいので「coot-0.9.8.92-bina...
これを「/apps/src/coot-0.9.8.92-binary-Linux-x86_64-scien...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.10 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# dnf install libpng15 compat-openssl10
[root@rockylinux ~]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/coot-0.9.8.92-binary-L...
}}
と展開します。
起動用のEnvironmentModulesは下記のようにします
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
set-alias coot /apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7...
}}
このmodulefilesをloadして「coot」と打てば使えます.
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux ~]$ module load coot
[saber@rockylinux ~]$ coot
}}
&ref(2024y09m01d_000312998.png,nolink,80%); &ref(2024y09m...
***flathubでcootをインストール [#i92aff42]
&color(red){作業中};
***RHEL9系のrockylinux9で使いたい [#b5cb25f7]
提供されている「coot-0.9.8.92-binary-Linux-x86_64-scienti...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ /apps/coot-Linux-x86_64-scientific...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
. ------ Coot crashed - trying to diagnose -----
ldd -r on guile gives:
linux-vdso.so.1 (0x00007ffc4d775000)
libguile.so.17 => /apps/coot-Linux-x86_64-scienti...
libgmp.so.10 => /apps/coot-Linux-x86_64-scientifi...
libcrypt.so.1 => /lib64/libcrypt.so.1 (0x00007fc8...
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007fc8c6d36000)
libltdl.so.3 => /apps/coot-Linux-x86_64-scientifi...
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fc8c6d2f0...
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000...
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fc8c5e00000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fc8c6e58000)
Guile 1.8.8
Copyright (c) 1995, 1996, 1997, 2000, 2001, 2002, 2003, 2...
Guile may be distributed under the terms of the GNU Gener...
certain other uses are permitted as well. For details, s...
`COPYING', which is included in the Guile distribution.
There is no warranty, to the extent permitted by law.
catching the crash log:
coot-exe: "/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-g...
/usr/bin/ls
-rwxr-xr-x. 1 illya illya 273336584 Sep 6 2023 /apps/co...
coot-version:
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
platform:
/usr/bin/uname
Linux rockylinux9 5.14.0-427.18.1.el9_4.x86_64 #1 SMP PRE...
core: #f
No core file found. No debugging
[illya@rockylinux9 ~]$
}}
っと無理みたい. これを無理やりでも動かす方法はある.
っで不足のライブラリを入れても
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# dnf install libpng15 mesa-libGLU op...
}}
最後に「libssl.so.10」が要求される。この「libssl.so.10」...
っで「libssl.so.10」はrockylinux8では「compat-openssl10-1...
なのでソースから作る. 使うソースは openssl-1.0.2系
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# wget https://openssl.org/source/old...
[root@rockylinux9 ~]# tar xf openssl-1.0.2u.tar.gz
[root@rockylinux9 ~]# cd openssl-1.0.2u/
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# ./Configure shared --p...
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# vi Makefile
}}
Makefileを修正します
#code(nonumber){{
--- Makefile.orig 2024-09-01 01:40:26.908680823 +0900
+++ Makefile 2024-09-01 01:41:35.741390251 +0900
@@ -9,9 +9,8 @@
MINOR=0.2
SHLIB_VERSION_NUMBER=1.0.0
SHLIB_VERSION_HISTORY=
-SHLIB_MAJOR=1
-SHLIB_MINOR=0.0
-SHLIB_EXT=.so.$(SHLIB_MAJOR).$(SHLIB_MINOR)
+SHLIB_MAJOR=10
+SHLIB_EXT=.so.$(SHLIB_MAJOR)
PLATFORM=linux-x86_64
OPTIONS=enable-shared --prefix=/apps/openssl-1.0.2 no-ec...
CONFIGURE_ARGS=shared --prefix=/apps/openssl-1.0.2 linux...
@@ -345,7 +344,7 @@
link-shared:
@ set -e; for i in $(SHLIBDIRS); do \
$(MAKE) -f $(HERE)/Makefile.shared -e $(B...
- LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
+ LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
LIBCOMPATVERSIONS=";$(SHLIB_VERSI...
symlink.$(SHLIB_TARGET); \
libs="$$libs -l$$i"; \
@@ -359,7 +358,7 @@
libs="$(LIBKRB5) $$libs"; \
fi; \
$(CLEARENV) && $(MAKE) -f Makefile.shared...
- LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
+ LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
LIBCOMPATVERSIONS=";$(SHLIB_VERSI...
LIBDEPS="$$libs $(EX_LIBS)" \
link_a.$(SHLIB_TARGET); \
}}
修正したらmakeします
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# make
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# make install
}}
っでEnvironmentModulesは下記のようにします
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.0.2/lib/
set-alias coot /apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7...
}}
そうすると一応起動する.
&ref(2024y09m01d_015513581.png,nolink);
っが、、起動中に下記文言を言われる
#code(nonumber){{
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
}}
致命的なエラーではないと思えるが、、、
気になるならソースから作るしかないみたい
参照[[coot/source]]
***memo [#leb96fc9]
#code(nonumber){{
export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1
}}
こっちも参照[[CUDA/GL]]
***ubuntuなら、、 [#y6e6a395]
cootのサイトで提供しているubuntu版は「coot-0.9.8-binary-L...
ubuntu22.04とかでは動きません。「libssl.so.1.1」が足りな...
っでじゃぁー同じようにlibssl.so.1.1を自作して回避させてみ...
#code(nonumber){{
root@ubuntu22:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.3 LTS"
root@ubuntu22:~# cd /apps/src/
root@ubuntu22:/apps/src# wget https://openssl.org/source/...
root@ubuntu22:/apps/src# tar xf openssl-1.1.1w.tar.gz
root@ubuntu22:/apps/src# cd openssl-1.1.1w/
root@ubuntu22:/apps/src/openssl-1.1.1w# ./Configure share...
root@ubuntu22:/apps/src/openssl-1.1.1w# make && make inst...
}}
っでEnvironmentModulesは下記のようにします
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.1.1w/lib
prepend-path PATH /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-...
}}
っでloadしてcootを立ち上げると
&ref(2024y09m01d_200629239.png,nolink,80%);
と起動できた. 起動中の文言にエラーっぽいものはなかったです
***なら、さらに ubuntu24.04なら、、 [#odb161d6]
同じように「libssl.so.1.1」が足りないとして止まります。
なのでこちらも同様、openssl-1.1.1w.tar.gzをコンパイルして...
#code(nonumber){{
root@ubuntu24:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 24.04.1 LTS"
root@ubuntu24:~# cd /apps/src/
root@ubuntu24:/apps/src# wget https://openssl.org/source/...
root@ubuntu24:/apps/src# tar xf openssl-1.1.1w.tar.gz
root@ubuntu24:/apps/src# cd openssl-1.1.1w/
root@ubuntu24:/apps/src/openssl-1.1.1w# ./Configure share...
root@ubuntu24:/apps/src/openssl-1.1.1w# make && make inst...
}}
EnvironmentModulesも同様に
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.1.1w/lib
prepend-path PATH /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-...
}}
とします。
起動してみると下記のようになります。起動の際、文言にエラ...
&ref(2024y09m01d_231113113.png,nolink,80%);
終了行:
本家様 [[https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/...
github [[https://github.com/pemsley/coot>+https://github....
ソースコードから作る [[coot/source]]
本家様のダウンロードサイトから左上の「Download Binaries」...
ここでは rockylinux8 で動かしたいので「coot-0.9.8.92-bina...
これを「/apps/src/coot-0.9.8.92-binary-Linux-x86_64-scien...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 8.10 (Green Obsidian)
[root@rockylinux ~]#
[root@rockylinux ~]# dnf install libpng15 compat-openssl10
[root@rockylinux ~]# cd /apps
[root@rockylinux apps]# tar xf src/coot-0.9.8.92-binary-L...
}}
と展開します。
起動用のEnvironmentModulesは下記のようにします
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
set-alias coot /apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7...
}}
このmodulefilesをloadして「coot」と打てば使えます.
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux ~]$ module load coot
[saber@rockylinux ~]$ coot
}}
&ref(2024y09m01d_000312998.png,nolink,80%); &ref(2024y09m...
***flathubでcootをインストール [#i92aff42]
&color(red){作業中};
***RHEL9系のrockylinux9で使いたい [#b5cb25f7]
提供されている「coot-0.9.8.92-binary-Linux-x86_64-scienti...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ /apps/coot-Linux-x86_64-scientific...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
. ------ Coot crashed - trying to diagnose -----
ldd -r on guile gives:
linux-vdso.so.1 (0x00007ffc4d775000)
libguile.so.17 => /apps/coot-Linux-x86_64-scienti...
libgmp.so.10 => /apps/coot-Linux-x86_64-scientifi...
libcrypt.so.1 => /lib64/libcrypt.so.1 (0x00007fc8...
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007fc8c6d36000)
libltdl.so.3 => /apps/coot-Linux-x86_64-scientifi...
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fc8c6d2f0...
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000...
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fc8c5e00000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fc8c6e58000)
Guile 1.8.8
Copyright (c) 1995, 1996, 1997, 2000, 2001, 2002, 2003, 2...
Guile may be distributed under the terms of the GNU Gener...
certain other uses are permitted as well. For details, s...
`COPYING', which is included in the Guile distribution.
There is no warranty, to the extent permitted by law.
catching the crash log:
coot-exe: "/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-g...
/usr/bin/ls
-rwxr-xr-x. 1 illya illya 273336584 Sep 6 2023 /apps/co...
coot-version:
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
platform:
/usr/bin/uname
Linux rockylinux9 5.14.0-427.18.1.el9_4.x86_64 #1 SMP PRE...
core: #f
No core file found. No debugging
[illya@rockylinux9 ~]$
}}
っと無理みたい. これを無理やりでも動かす方法はある.
っで不足のライブラリを入れても
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# dnf install libpng15 mesa-libGLU op...
}}
最後に「libssl.so.10」が要求される。この「libssl.so.10」...
っで「libssl.so.10」はrockylinux8では「compat-openssl10-1...
なのでソースから作る. 使うソースは openssl-1.0.2系
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# wget https://openssl.org/source/old...
[root@rockylinux9 ~]# tar xf openssl-1.0.2u.tar.gz
[root@rockylinux9 ~]# cd openssl-1.0.2u/
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# ./Configure shared --p...
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# vi Makefile
}}
Makefileを修正します
#code(nonumber){{
--- Makefile.orig 2024-09-01 01:40:26.908680823 +0900
+++ Makefile 2024-09-01 01:41:35.741390251 +0900
@@ -9,9 +9,8 @@
MINOR=0.2
SHLIB_VERSION_NUMBER=1.0.0
SHLIB_VERSION_HISTORY=
-SHLIB_MAJOR=1
-SHLIB_MINOR=0.0
-SHLIB_EXT=.so.$(SHLIB_MAJOR).$(SHLIB_MINOR)
+SHLIB_MAJOR=10
+SHLIB_EXT=.so.$(SHLIB_MAJOR)
PLATFORM=linux-x86_64
OPTIONS=enable-shared --prefix=/apps/openssl-1.0.2 no-ec...
CONFIGURE_ARGS=shared --prefix=/apps/openssl-1.0.2 linux...
@@ -345,7 +344,7 @@
link-shared:
@ set -e; for i in $(SHLIBDIRS); do \
$(MAKE) -f $(HERE)/Makefile.shared -e $(B...
- LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
+ LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
LIBCOMPATVERSIONS=";$(SHLIB_VERSI...
symlink.$(SHLIB_TARGET); \
libs="$$libs -l$$i"; \
@@ -359,7 +358,7 @@
libs="$(LIBKRB5) $$libs"; \
fi; \
$(CLEARENV) && $(MAKE) -f Makefile.shared...
- LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
+ LIBNAME=$$i LIBVERSION=$(SHLIB_MA...
LIBCOMPATVERSIONS=";$(SHLIB_VERSI...
LIBDEPS="$$libs $(EX_LIBS)" \
link_a.$(SHLIB_TARGET); \
}}
修正したらmakeします
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# make
[root@rockylinux9 openssl-1.0.2u]# make install
}}
っでEnvironmentModulesは下記のようにします
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.0.2/lib/
set-alias coot /apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7...
}}
そうすると一応起動する.
&ref(2024y09m01d_015513581.png,nolink);
っが、、起動中に下記文言を言われる
#code(nonumber){{
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
/apps/coot-Linux-x86_64-scientific-linux-7.6-gtk2-python/...
}}
致命的なエラーではないと思えるが、、、
気になるならソースから作るしかないみたい
参照[[coot/source]]
***memo [#leb96fc9]
#code(nonumber){{
export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1
}}
こっちも参照[[CUDA/GL]]
***ubuntuなら、、 [#y6e6a395]
cootのサイトで提供しているubuntu版は「coot-0.9.8-binary-L...
ubuntu22.04とかでは動きません。「libssl.so.1.1」が足りな...
っでじゃぁー同じようにlibssl.so.1.1を自作して回避させてみ...
#code(nonumber){{
root@ubuntu22:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.3 LTS"
root@ubuntu22:~# cd /apps/src/
root@ubuntu22:/apps/src# wget https://openssl.org/source/...
root@ubuntu22:/apps/src# tar xf openssl-1.1.1w.tar.gz
root@ubuntu22:/apps/src# cd openssl-1.1.1w/
root@ubuntu22:/apps/src/openssl-1.1.1w# ./Configure share...
root@ubuntu22:/apps/src/openssl-1.1.1w# make && make inst...
}}
っでEnvironmentModulesは下記のようにします
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.1.1w/lib
prepend-path PATH /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-...
}}
っでloadしてcootを立ち上げると
&ref(2024y09m01d_200629239.png,nolink,80%);
と起動できた. 起動中の文言にエラーっぽいものはなかったです
***なら、さらに ubuntu24.04なら、、 [#odb161d6]
同じように「libssl.so.1.1」が足りないとして止まります。
なのでこちらも同様、openssl-1.1.1w.tar.gzをコンパイルして...
#code(nonumber){{
root@ubuntu24:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 24.04.1 LTS"
root@ubuntu24:~# cd /apps/src/
root@ubuntu24:/apps/src# wget https://openssl.org/source/...
root@ubuntu24:/apps/src# tar xf openssl-1.1.1w.tar.gz
root@ubuntu24:/apps/src# cd openssl-1.1.1w/
root@ubuntu24:/apps/src/openssl-1.1.1w# ./Configure share...
root@ubuntu24:/apps/src/openssl-1.1.1w# make && make inst...
}}
EnvironmentModulesも同様に
「/apps/modulefiles/coot」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /apps/openssl-1.1.1w/lib
prepend-path PATH /apps/coot-Linux-x86_64-ubuntu-20.04.4-...
}}
とします。
起動してみると下記のようになります。起動の際、文言にエラ...
&ref(2024y09m01d_231113113.png,nolink,80%);
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