crYOLO をテンプレートにして作成
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開始行:
粒子pickツール
本家様[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/index.htm...
crYOLOのバージョン履歴
[[https://pypi.org/project/cryolo/#history>+https://pypi....
convolutional neural networksを利用した粒子pickツール
提供されているモデルファイルを使って、あるいは自分自身で...
そして結果を可視化するツールもそろっています
ここでは pyenv-anaconda 経由で crYOLO 実行環境を作って En...
&color(red){*};&size(10){自分のホームディレクトリに anaco...
まずは下準備 pyenv-anaconda 環境の整備
Singularityで作ってみた [[Singularity/crYOLO]]
***pyenv-anaconda [#w789c07e]
各自のホームディレクトリに各種pythonアプリの実行環境を用...
pyenvでOS提供のpython,anaconda環境から離れ、そのpyenv上に...
ここでは「/apps/pyenv」を起点としています.
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minic...
pyenv install anaconda3-2025.06-1
pyenv global anaconda3-2025.06-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2025.06-1/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2025.06-1/etc/profi...
}}
これで「pyenv-anaconda」の環境敷設は完了です。
次にcrYOLO実行環境を作ります
***crYOLO向けの仮想実行環境を作る [#qf2f4402]
crYOLOはnvidia製GPUカードを使ってより高速な処理が可能です...
crYOLOのpython実行環境の名称ですが、単純に「cryolo」でも...
現行のcrYOLOのバージョンは一応ここで確認できます. 「[[htt...
ここでは最新版は常に「crYOLO」で更新があったらその環境を...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# conda create -n cryolo -c conda-fo...
[root@rockylinux10 ~]# conda activate cryolo
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]#
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install nvidia-pyindex
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install 'cryolo[c11]'
}}
以上で「crYOLO」自体のインストールは完了です.
引き続き1.9.0から提供された「napari-boxmanager」向けの構...
#code(nonumber){{
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# cryolo_dir=$(realpath $(d...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# napari_link_file=${cryolo...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda install libtiff=4.4...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux10 ~]#
[root@rockylinux10 ~]# conda create -y -n napari-cryolo -...
[root@rockylinux10 ~]# conda activate napari-cryolo
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install napari...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# echo -e "#\!/usr/b...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# chmod +x ${napari_...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux10 ~]#
}}
これで完成. お疲れさまでした.
***modelファイルの準備 [#p3377eb2]
modelファイルは本家様から頂いて、ここでは単純に「/apps/cr...
取得先はこちら[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/i...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# ls -lh /apps/crYOLO/
total 194M
-rw-r--r--. 1 root 2001 194M Apr 15 2021 gmodel_phosnet_...
[root@rockylinux10 ~]#
}}
***EnvironmentModules [#ae646b5b]
ここでは[[EnvironmentModules]]を使って実行環境を整備して...
作ったmoduleファイルは下記URLを参照して
[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=pipeline:window:c...
「/apps/modulefiles/crYOLO」と用意して、中身は下記にします
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-20...
setenv CRYOLOPATH $root
prepend-path PATH $root/bin
}}
***計算してみる [#rbcf5ca6]
まずはcrYOLOのmoduleファイルをロードしてcrYOLO実行環境を...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux10 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux10 ~]$ mkdir -p test/crYOLO
[saber@rockylinux10 ~]$ cd test/crYOLO
[saber@rockylinux10 crYOLO]$
[saber@rockylinux10 crYOLO]$ module load crYOLO
}}
これでcrYOLOのアプリが使えます。
&color(red){*};&size(10){「/apps/pyenv/versions/anaconda3...
本家様で提供されているmodelファイルは下記ですが、ここでは...
General PhosaurusNet models
-For cryo images (low-pass filtered)
-For cryo images (neural network denoised with JANNI)
-For negative stain images
手始めにコマンドラインでテスト的に.
初めに「configファイル」を準備します
チュートリアルにも記載されてますが、下記を実行してconfig...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cryolo_gui.py config config_c...
#####################################################
Important debugging information.
In case of any problems, please provide this information.
#####################################################
/apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/envs/cryolo/bin/...
--filter LOWPASS
--low_pass_cutoff 0.1
#####################################################
Wrote config to config_cryolo_.json
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ ls -l
total 4
-rw-r--r--. 1 saber saber 344 Mar 20 19:26 config_cryolo_...
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
「config_cryolo_.json」の中身はこんな感じ
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cat config_cryolo_.json
{
"model": {
"architecture": "PhosaurusNet",
"input_size": 1024,
"anchors": [
220,
220
],
"max_box_per_image": 700,
"norm": "STANDARD",
"filter": [
0.1,
"filtered_tmp/"
]
},
"other": {
"log_path": "logs/"
}
}
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
configファイルのたたき台を作るくらいでしょうか。別に手動...
各項目の説明は下記URL参照
[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/other/other.htm...
pick対象は[[Gautomatch]]に付属のribosomeのmrcファイルです.
っで実際にpickさせてみます。
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cryolo_predict.py -c config_c...
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
そのpickした座標データは形式に合わせてCBOX、EMAN、STAあと...
EMANのbox形式を見てみると
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ less EMAN/test7.box
2018.828857421875 3801.8345489501953 220 220
2233.00439453125 3829.3297119140625 220 220
2733.330078125 3819.460433959961 220 220
:
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
CRYOSPARC向けのは
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ less CRYOSPARC/cryosparc.star
data_
loop_
_rlnMicrographName #1
_rlnCoordinateX #2
_rlnCoordinateY #3
_rlnAutopickFigureOfMerit #4
test7.mrc 2128.828857421875 3911.8345489501953 0.80785459...
test7.mrc 2343.00439453125 3939.3297119140625 0.785487771...
test7.mrc 2843.330078125 3929.460433959961 0.728760838508...
:
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
な感じで書かれています。
***cryolo_gui.pyを使ってみる [#i0a5483e]
#code(nonumber){{
[saber@c crYOLO]$ cryolo_gui.py
}}
実行するとcrYOLOの画面が表示されます。その左側には「Actio...
&ref(2020y02m13d_022916652.png,nolink);
「config」を選ぶとその右側には複数のタブが並びます。
&ref(2020y02m13d_023250324.png,nolink);
先ほどコマンドラインで作成した「config_cryolo_.json」をGU...
こちらで欄を埋めてconfigファイルを用意された方がいいのか...
ただ「predict」の実行なら「General arguments」タグの「con...
「Denoising option」を埋めて、「Start」ボタンを押下すれば...
っで、次にpredictを選択
&ref(2020y02m13d_025846210.png,nolink);
「Required arguments」タグでconf欄は前段で作ったconfigフ...
weightsがmodelファイルを指定して、outputはそのばでいいな...
&ref(2020y02m13d_030217762.png,nolink);
「Optional auguments」タグは説明を読み定義すれば宜しいか...
「Filament」タグはパス
「Deprecated/Experimental/Special」タグもパス
そして「Start」ボタンを押下すればpickしてくれます。
***pick結果を見たい [#he1c8cb9]
crYOLO-1.9.xになってから「cryolo_boxmanager」は従来版の「...
***メモ [#e874e8b4]
下記メッセージが表示されるときがある。リモートアクセスの...
「Qt: Session management error: None of the authenticatio...
っで回避方法はそのcrYOLOを使うターミナルで
#code(nonumber){{
unset SESSION_MANAGER
}}
を行うと回避される
***めも２ [#ta3ff521]
(削除)
***めも３ [#u4588876]
2023.03時点で rockylinux 8.7 は対応しているが、rockylinux...
「Number of processes must be at least 1」とメッセージが...
2023.04. anacondaを2023.03に変更したらrockylinux9.1 でも...
終了行:
粒子pickツール
本家様[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/index.htm...
crYOLOのバージョン履歴
[[https://pypi.org/project/cryolo/#history>+https://pypi....
convolutional neural networksを利用した粒子pickツール
提供されているモデルファイルを使って、あるいは自分自身で...
そして結果を可視化するツールもそろっています
ここでは pyenv-anaconda 経由で crYOLO 実行環境を作って En...
&color(red){*};&size(10){自分のホームディレクトリに anaco...
まずは下準備 pyenv-anaconda 環境の整備
Singularityで作ってみた [[Singularity/crYOLO]]
***pyenv-anaconda [#w789c07e]
各自のホームディレクトリに各種pythonアプリの実行環境を用...
pyenvでOS提供のpython,anaconda環境から離れ、そのpyenv上に...
ここでは「/apps/pyenv」を起点としています.
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install --list <--これでanaconda,minic...
pyenv install anaconda3-2025.06-1
pyenv global anaconda3-2025.06-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2025.06-1/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2025.06-1/etc/profi...
}}
これで「pyenv-anaconda」の環境敷設は完了です。
次にcrYOLO実行環境を作ります
***crYOLO向けの仮想実行環境を作る [#qf2f4402]
crYOLOはnvidia製GPUカードを使ってより高速な処理が可能です...
crYOLOのpython実行環境の名称ですが、単純に「cryolo」でも...
現行のcrYOLOのバージョンは一応ここで確認できます. 「[[htt...
ここでは最新版は常に「crYOLO」で更新があったらその環境を...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# conda create -n cryolo -c conda-fo...
[root@rockylinux10 ~]# conda activate cryolo
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]#
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install nvidia-pyindex
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install 'cryolo[c11]'
}}
以上で「crYOLO」自体のインストールは完了です.
引き続き1.9.0から提供された「napari-boxmanager」向けの構...
#code(nonumber){{
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# cryolo_dir=$(realpath $(d...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# napari_link_file=${cryolo...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda install libtiff=4.4...
(cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux10 ~]#
[root@rockylinux10 ~]# conda create -y -n napari-cryolo -...
[root@rockylinux10 ~]# conda activate napari-cryolo
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# pip install napari...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# echo -e "#\!/usr/b...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# chmod +x ${napari_...
(napari-cryolo) [root@rockylinux10 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux10 ~]#
}}
これで完成. お疲れさまでした.
***modelファイルの準備 [#p3377eb2]
modelファイルは本家様から頂いて、ここでは単純に「/apps/cr...
取得先はこちら[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/i...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux10 ~]# ls -lh /apps/crYOLO/
total 194M
-rw-r--r--. 1 root 2001 194M Apr 15 2021 gmodel_phosnet_...
[root@rockylinux10 ~]#
}}
***EnvironmentModules [#ae646b5b]
ここでは[[EnvironmentModules]]を使って実行環境を整備して...
作ったmoduleファイルは下記URLを参照して
[[http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php?id=pipeline:window:c...
「/apps/modulefiles/crYOLO」と用意して、中身は下記にします
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-20...
setenv CRYOLOPATH $root
prepend-path PATH $root/bin
}}
***計算してみる [#rbcf5ca6]
まずはcrYOLOのmoduleファイルをロードしてcrYOLO実行環境を...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux10 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux10 ~]$ mkdir -p test/crYOLO
[saber@rockylinux10 ~]$ cd test/crYOLO
[saber@rockylinux10 crYOLO]$
[saber@rockylinux10 crYOLO]$ module load crYOLO
}}
これでcrYOLOのアプリが使えます。
&color(red){*};&size(10){「/apps/pyenv/versions/anaconda3...
本家様で提供されているmodelファイルは下記ですが、ここでは...
General PhosaurusNet models
-For cryo images (low-pass filtered)
-For cryo images (neural network denoised with JANNI)
-For negative stain images
手始めにコマンドラインでテスト的に.
初めに「configファイル」を準備します
チュートリアルにも記載されてますが、下記を実行してconfig...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cryolo_gui.py config config_c...
#####################################################
Important debugging information.
In case of any problems, please provide this information.
#####################################################
/apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/envs/cryolo/bin/...
--filter LOWPASS
--low_pass_cutoff 0.1
#####################################################
Wrote config to config_cryolo_.json
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ ls -l
total 4
-rw-r--r--. 1 saber saber 344 Mar 20 19:26 config_cryolo_...
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
「config_cryolo_.json」の中身はこんな感じ
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cat config_cryolo_.json
{
"model": {
"architecture": "PhosaurusNet",
"input_size": 1024,
"anchors": [
220,
220
],
"max_box_per_image": 700,
"norm": "STANDARD",
"filter": [
0.1,
"filtered_tmp/"
]
},
"other": {
"log_path": "logs/"
}
}
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
configファイルのたたき台を作るくらいでしょうか。別に手動...
各項目の説明は下記URL参照
[[https://cryolo.readthedocs.io/en/stable/other/other.htm...
pick対象は[[Gautomatch]]に付属のribosomeのmrcファイルです.
っで実際にpickさせてみます。
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ cryolo_predict.py -c config_c...
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
そのpickした座標データは形式に合わせてCBOX、EMAN、STAあと...
EMANのbox形式を見てみると
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ less EMAN/test7.box
2018.828857421875 3801.8345489501953 220 220
2233.00439453125 3829.3297119140625 220 220
2733.330078125 3819.460433959961 220 220
:
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
CRYOSPARC向けのは
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 crYOLO]$ less CRYOSPARC/cryosparc.star
data_
loop_
_rlnMicrographName #1
_rlnCoordinateX #2
_rlnCoordinateY #3
_rlnAutopickFigureOfMerit #4
test7.mrc 2128.828857421875 3911.8345489501953 0.80785459...
test7.mrc 2343.00439453125 3939.3297119140625 0.785487771...
test7.mrc 2843.330078125 3929.460433959961 0.728760838508...
:
[saber@rockylinux9 crYOLO]$
}}
な感じで書かれています。
***cryolo_gui.pyを使ってみる [#i0a5483e]
#code(nonumber){{
[saber@c crYOLO]$ cryolo_gui.py
}}
実行するとcrYOLOの画面が表示されます。その左側には「Actio...
&ref(2020y02m13d_022916652.png,nolink);
「config」を選ぶとその右側には複数のタブが並びます。
&ref(2020y02m13d_023250324.png,nolink);
先ほどコマンドラインで作成した「config_cryolo_.json」をGU...
こちらで欄を埋めてconfigファイルを用意された方がいいのか...
ただ「predict」の実行なら「General arguments」タグの「con...
「Denoising option」を埋めて、「Start」ボタンを押下すれば...
っで、次にpredictを選択
&ref(2020y02m13d_025846210.png,nolink);
「Required arguments」タグでconf欄は前段で作ったconfigフ...
weightsがmodelファイルを指定して、outputはそのばでいいな...
&ref(2020y02m13d_030217762.png,nolink);
「Optional auguments」タグは説明を読み定義すれば宜しいか...
「Filament」タグはパス
「Deprecated/Experimental/Special」タグもパス
そして「Start」ボタンを押下すればpickしてくれます。
***pick結果を見たい [#he1c8cb9]
crYOLO-1.9.xになってから「cryolo_boxmanager」は従来版の「...
***メモ [#e874e8b4]
下記メッセージが表示されるときがある。リモートアクセスの...
「Qt: Session management error: None of the authenticatio...
っで回避方法はそのcrYOLOを使うターミナルで
#code(nonumber){{
unset SESSION_MANAGER
}}
を行うと回避される
***めも２ [#ta3ff521]
(削除)
***めも３ [#u4588876]
2023.03時点で rockylinux 8.7 は対応しているが、rockylinux...
「Number of processes must be at least 1」とメッセージが...
2023.04. anacondaを2023.03に変更したらrockylinux9.1 でも...
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