cryoDRGN をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/>+http://cb....
githubで公開されている [[https://github.com/zhonge/cryodr...
ライセンス的には「GNU General Public License v3.0」[[http...
***下準備 [#ya432e27]
インストール環境はこんな感じ.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 535.179 ...
GCC version: gcc version 11.4.1 20231218 (Red Hat 11.4.1...
[root@rockylinux9 ~]#
}}
まず[[crYOLO]]のようにpyenv/anaconda環境を用意します
&size(10){こちらは/apps/pyenvにpyenvの基点を作り、その配...
&size(10){anaconda/minicondaを直接入れて構築するのもあり...
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2024.02-1
pyenv global anaconda3-2024.02-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profi...
}}
***インストール [#x830ac82]
pipに登録されているのでそれを利用します
[[https://pypi.org/project/cryodrgn/>+https://pypi.org/pr...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# conda create --name cryodrgn python...
[root@rockylinux9 ~]# conda activate cryodrgn
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install cryodrgn
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda list
:
matplotlib 3.6.3 pypi_0...
matplotlib-inline 0.1.7 pypi_0...
:
torch 2.3.0 pypi_0...
:
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# python
>>> import torch
>>> print(torch.cuda.is_available())
True
>>> quit();
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install matplotlib==...
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux9 ~]#
}}
&size(10){matplotlibが3.6.3のままであると「&color(red){(I...
***EnvironmentModules [#waf1f183]
下記を「/apps/modulefiles/cryoDRGN」として保存します
#code(nonumber){{
#%Module -*- tcl -*-
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-...
prepend-path PATH $root/bin
}}
***実行方法 [#s6c5741a]
まずはEnvironmentModulesで cryoDRGN の実行環境をロードし...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN
}}
そしてコマンドを実行します
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn -h
usage: cryodrgn [-h] [--version]
{downsample,preprocess,parse_pose_csparc,...
...
CryoDRGN neural network reconstruction
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version show program's version number and...
Choose a command:
{downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_sta...
[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn --version
cryoDRGN 3.3.2
[saber@rockylinux9 ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){単に「cryodrgn」と実行するとエラ...
使い方についてはgithubに詳しく載っているのでそちらを参照...
***メモ [#d531bd1c]
テスト
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[illya@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN
[illya@rockylinux9 ~]$ git clone https://github.com/ml-st...
[illya@rockylinux9 ~]$ cd cryodrgn
[illya@rockylinux9 cryodrgn]$ git checkout refs/tags/3.3.2
[illya@rockylinux9 cryodrgn]$ cd testing/
[illya@rockylinux9 testing]$
[illya@rockylinux9 testing]$ ./quicktest.sh
:
(INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:02:53) Use cuda True
:
(INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:03:08) Finished in 0:...
[illya@rockylinux9 testing]$
}}
終了行:
本家様 [[http://cb.csail.mit.edu/cb/cryodrgn/>+http://cb....
githubで公開されている [[https://github.com/zhonge/cryodr...
ライセンス的には「GNU General Public License v3.0」[[http...
***下準備 [#ya432e27]
インストール環境はこんな感じ.
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# cat /etc/redhat-release
Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx)
[root@rockylinux9 ~]# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 535.179 ...
GCC version: gcc version 11.4.1 20231218 (Red Hat 11.4.1...
[root@rockylinux9 ~]#
}}
まず[[crYOLO]]のようにpyenv/anaconda環境を用意します
&size(10){こちらは/apps/pyenvにpyenvの基点を作り、その配...
&size(10){anaconda/minicondaを直接入れて構築するのもあり...
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install anaconda3-2024.02-1
pyenv global anaconda3-2024.02-1
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-1/etc/profi...
}}
***インストール [#x830ac82]
pipに登録されているのでそれを利用します
[[https://pypi.org/project/cryodrgn/>+https://pypi.org/pr...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# conda create --name cryodrgn python...
[root@rockylinux9 ~]# conda activate cryodrgn
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install cryodrgn
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda list
:
matplotlib 3.6.3 pypi_0...
matplotlib-inline 0.1.7 pypi_0...
:
torch 2.3.0 pypi_0...
:
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# python
>>> import torch
>>> print(torch.cuda.is_available())
True
>>> quit();
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# pip install matplotlib==...
(cryodrgn) [root@rockylinux9 ~]# conda deactivate
[root@rockylinux9 ~]#
}}
&size(10){matplotlibが3.6.3のままであると「&color(red){(I...
***EnvironmentModules [#waf1f183]
下記を「/apps/modulefiles/cryoDRGN」として保存します
#code(nonumber){{
#%Module -*- tcl -*-
set root /apps/pyenv/versions/anaconda3-2024.02-...
prepend-path PATH $root/bin
}}
***実行方法 [#s6c5741a]
まずはEnvironmentModulesで cryoDRGN の実行環境をロードし...
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[saber@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN
}}
そしてコマンドを実行します
#code(nonumber){{
[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn -h
usage: cryodrgn [-h] [--version]
{downsample,preprocess,parse_pose_csparc,...
...
CryoDRGN neural network reconstruction
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version show program's version number and...
Choose a command:
{downsample,preprocess,parse_pose_csparc,parse_pose_sta...
[saber@rockylinux9 ~]$ cryodrgn --version
cryoDRGN 3.3.2
[saber@rockylinux9 ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){単に「cryodrgn」と実行するとエラ...
使い方についてはgithubに詳しく載っているのでそちらを参照...
***メモ [#d531bd1c]
テスト
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ module use /apps/modulefiles/
[illya@rockylinux9 ~]$ module load cryoDRGN
[illya@rockylinux9 ~]$ git clone https://github.com/ml-st...
[illya@rockylinux9 ~]$ cd cryodrgn
[illya@rockylinux9 cryodrgn]$ git checkout refs/tags/3.3.2
[illya@rockylinux9 cryodrgn]$ cd testing/
[illya@rockylinux9 testing]$
[illya@rockylinux9 testing]$ ./quicktest.sh
:
(INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:02:53) Use cuda True
:
(INFO) (train_vae.py) (01-Jun-24 14:03:08) Finished in 0:...
[illya@rockylinux9 testing]$
}}
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