cryoSPARC/cryosparc-tools をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://tools.cryosparc.com/intro.html>+https://...
cryosparc-toolsを利用するとcryoSPARCのGUI(ブラウザ)操作で...
出来ること.
#code(nonumber){{
Programmatically read and write exposure, particle and vo...
(露光、パーティクル、体積データのプログラムによる読み...
Access project, workspace and job data
(プロジェクト、ワークスペース、ジョブデータへのアクセス)
Build and run jobs to orchestrate custom cryo-EM workflows
(カスタムクライオ電子顕微鏡ワークフローをオーケストレ...
Extend CryoSPARC functionality with third-party software ...
(サードパーティのソフトウェアパッケージでCryoSPARCの機...
}}
具体的にはサイトに書かれている「Examples」で想像できるかと.
1. Re-center Particles
2. Pick particles with crYOLO
3. 3D Flex: Custom Latent Trajectory
4. 3D Flex: Custom Mesh Rigidity
5. Generate High-Res 2D Classes
6. Import from EPU XML File
7. Custom Workflow
8. Delete Rejected Exposures
9. Revert downsampled, symmetry expanded particles
10. Connect a volume series to Class3D
とある.
***構築 [#lacaafe9]
cryoSPARCサービスを提供している計算機、あるいはネットワー...
ここではリモートの計算機を想定します.
まずはpython環境の構築です。いつものようにpyenv/anaconda...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# git clone https://github.com/yyuu/p...
[root@rockylinux9 ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@rockylinux9 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@rockylinux9 ~]# pyenv install anaconda3-2024.06-1
[root@rockylinux9 ~]# pyenv global anaconda3-2024.06-1
}}
その後に一般ユーザとかで.
環境名はなんでもいいですが、「cryosparc-tools-example」と...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda create -n cryosparc-tools-ex...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ pip inst...
}}
これで準備完了。もし「Examples」にあるようなcrYOLOとの連...
確認
#code(nonumber){{
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ jupyter ...
Selected Jupyter core packages...
IPython : 8.18.1
ipykernel : 6.29.5
ipywidgets : not installed
jupyter_client : 8.6.2
jupyter_core : 5.7.2
jupyter_server : 2.14.2
jupyterlab : 4.2.4
nbclient : 0.10.0
nbconvert : 7.16.4
nbformat : 5.10.4
notebook : 7.2.1
qtconsole : not installed
traitlets : 5.14.3
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ conda de...
[illya@rockylinux9 ~]$ exit
}}
JupyterLab/notbookは使えそうです.
っでcryoSPARCに繋げてみます。cryoSPARCはこの「rockylinux9...
っでアクセスしてみます
***使ってみる [#n63fe1be]
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base /apps/pyenv/versions/anaconda3-2...
cryosparc-tools-example /home/illya/.conda/envs/cryos...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$
}}
&size(10){environment-modulesで定義して「module load ......
リモートにあるcryoSPARCサービスに接続してみます
#code(nonumber){{
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ python
Python 3.9.19 | packaged by conda-forge | (main, Mar 20 2...
[GCC 12.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>>
>>> from cryosparc.tools import CryoSPARC
>>>
>>> cs = CryoSPARC(
license="xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx",
host="cryosparc.sybyl.local",
base_port=39000,
email="saber@fgo.jp",
password="saber"
)
>>>
>>> cs.test_connection()
Connection succeeded to CryoSPARC command_core at http://...
Connection succeeded to CryoSPARC command_vis at http://c...
Connection succeeded to CryoSPARC command_rtp at http://c...
True
>>>
}}
接続は成功しているみたい.
あとは、、[[https://tools.cryosparc.com/intro.html>+https...
jupyter labで操作したいなら cryosparc-tools-example実行環...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ jupyter ...
:
http://rockylinux9:8080/lab?token=37d63580473e62b...
http://127.0.0.1:8080/lab?token=37d63580473e62b74...
:
}}
とアクセス先が表示されます。このURLをコピーして開いたブラ...
&ref(2024y08m14d_233321685.png,nolink,80%);
ここで、「Notebook」の「Python3(ipykernel)」をクリックし...
すると「Untitled.ipynb」のタブが開き入力欄が表示されます...
まずはcryoSPARCとの接続を確立させたいので、前段同様に「fr...
&ref(2024y08m14d_233650715.png,nolink,80%);
その後に接続文字列を入れて行きます。単純ですがこんな感じ...
&ref(2024y08m14d_233911516.png,nolink,80%);
使い終わったら「jupyter lab」を発行したターミナルで「Ctrl...
#code(nonumber){{
:
Shut down this Jupyter server (y/[n])? y
}}
と聞かれますが「y」と入力すれば「jupyter lab」は停止しま...
***メモ [#ud5a46ae]
pythonプログラミングができて、データセットの取り回しがで...
ただ、、ハードルが高いかなぁ.
終了行:
本家様 [[https://tools.cryosparc.com/intro.html>+https://...
cryosparc-toolsを利用するとcryoSPARCのGUI(ブラウザ)操作で...
出来ること.
#code(nonumber){{
Programmatically read and write exposure, particle and vo...
(露光、パーティクル、体積データのプログラムによる読み...
Access project, workspace and job data
(プロジェクト、ワークスペース、ジョブデータへのアクセス)
Build and run jobs to orchestrate custom cryo-EM workflows
(カスタムクライオ電子顕微鏡ワークフローをオーケストレ...
Extend CryoSPARC functionality with third-party software ...
(サードパーティのソフトウェアパッケージでCryoSPARCの機...
}}
具体的にはサイトに書かれている「Examples」で想像できるかと.
1. Re-center Particles
2. Pick particles with crYOLO
3. 3D Flex: Custom Latent Trajectory
4. 3D Flex: Custom Mesh Rigidity
5. Generate High-Res 2D Classes
6. Import from EPU XML File
7. Custom Workflow
8. Delete Rejected Exposures
9. Revert downsampled, symmetry expanded particles
10. Connect a volume series to Class3D
とある.
***構築 [#lacaafe9]
cryoSPARCサービスを提供している計算機、あるいはネットワー...
ここではリモートの計算機を想定します.
まずはpython環境の構築です。いつものようにpyenv/anaconda...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# git clone https://github.com/yyuu/p...
[root@rockylinux9 ~]# export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
[root@rockylinux9 ~]# export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
[root@rockylinux9 ~]# pyenv install anaconda3-2024.06-1
[root@rockylinux9 ~]# pyenv global anaconda3-2024.06-1
}}
その後に一般ユーザとかで.
環境名はなんでもいいですが、「cryosparc-tools-example」と...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda create -n cryosparc-tools-ex...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ pip inst...
}}
これで準備完了。もし「Examples」にあるようなcrYOLOとの連...
確認
#code(nonumber){{
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ jupyter ...
Selected Jupyter core packages...
IPython : 8.18.1
ipykernel : 6.29.5
ipywidgets : not installed
jupyter_client : 8.6.2
jupyter_core : 5.7.2
jupyter_server : 2.14.2
jupyterlab : 4.2.4
nbclient : 0.10.0
nbconvert : 7.16.4
nbformat : 5.10.4
notebook : 7.2.1
qtconsole : not installed
traitlets : 5.14.3
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ conda de...
[illya@rockylinux9 ~]$ exit
}}
JupyterLab/notbookは使えそうです.
っでcryoSPARCに繋げてみます。cryoSPARCはこの「rockylinux9...
っでアクセスしてみます
***使ってみる [#n63fe1be]
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base /apps/pyenv/versions/anaconda3-2...
cryosparc-tools-example /home/illya/.conda/envs/cryos...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$
}}
&size(10){environment-modulesで定義して「module load ......
リモートにあるcryoSPARCサービスに接続してみます
#code(nonumber){{
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ python
Python 3.9.19 | packaged by conda-forge | (main, Mar 20 2...
[GCC 12.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>>
>>> from cryosparc.tools import CryoSPARC
>>>
>>> cs = CryoSPARC(
license="xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx",
host="cryosparc.sybyl.local",
base_port=39000,
email="saber@fgo.jp",
password="saber"
)
>>>
>>> cs.test_connection()
Connection succeeded to CryoSPARC command_core at http://...
Connection succeeded to CryoSPARC command_vis at http://c...
Connection succeeded to CryoSPARC command_rtp at http://c...
True
>>>
}}
接続は成功しているみたい.
あとは、、[[https://tools.cryosparc.com/intro.html>+https...
jupyter labで操作したいなら cryosparc-tools-example実行環...
#code(nonumber){{
[illya@rockylinux9 ~]$ source /apps/pyenv/versions/anacon...
[illya@rockylinux9 ~]$ conda activate cryosparc-tools-exa...
(cryosparc-tools-example) [illya@rockylinux9 ~]$ jupyter ...
:
http://rockylinux9:8080/lab?token=37d63580473e62b...
http://127.0.0.1:8080/lab?token=37d63580473e62b74...
:
}}
とアクセス先が表示されます。このURLをコピーして開いたブラ...
&ref(2024y08m14d_233321685.png,nolink,80%);
ここで、「Notebook」の「Python3(ipykernel)」をクリックし...
すると「Untitled.ipynb」のタブが開き入力欄が表示されます...
まずはcryoSPARCとの接続を確立させたいので、前段同様に「fr...
&ref(2024y08m14d_233650715.png,nolink,80%);
その後に接続文字列を入れて行きます。単純ですがこんな感じ...
&ref(2024y08m14d_233911516.png,nolink,80%);
使い終わったら「jupyter lab」を発行したターミナルで「Ctrl...
#code(nonumber){{
:
Shut down this Jupyter server (y/[n])? y
}}
と聞かれますが「y」と入力すれば「jupyter lab」は停止しま...
***メモ [#ud5a46ae]
pythonプログラミングができて、データセットの取り回しがで...
ただ、、ハードルが高いかなぁ.
ページ名:
1
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
