cryoSPARC/memo をテンプレートにして作成
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開始行:
***laneを複数作りたい [#h36b281d]
計算ノードを追加していくと「default」laneに追加されていき...
この場合、計算を投入すると「default」から計算機が選ばれる...
&ref(2025y06m05d_215726034.png,nolink,70%);
なので「Queue to Lane」の中で計算機を選びたいなら「defaul...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "add_scheduler_lane('r9','node','rocky9','...
レーン名, node or cluster ...
}}
これでレーンが作られます. 次にすでに登録している計算機を...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "set_scheduler_target_node_lane('rockylinu...
登録済み...
}}
これで下記のようになります.
&ref(2025y06m05d_220904667.png,nolink,70%);
計算機登録の際に指定のレーンに参加させるには下記のように...
#code(nonumber){{
./bin/cryosparcw connect --worker rockylinux9 --master cr...
}}
新規のレーンに加えたいなら「--newlane」を追記する必要があ...
***apacheのReverse Proxyで参照URLはそのままでcryoSPARC ma...
内側にあるwebコンテンツを外にも繋げる方法として使っていた.
設定としては
#code(nonumber){{
dnf install httpd
}}
「/etc/httpd/conf.d/cs.conf」
#code(nonumber){{
Listen 39000
<VirtualHost *:39000>
ProxyRequests Off
RewriteEngine on
ProxyPass / http://cryosparc:39000/
ProxyPassReverse / http://cryosparc:39000/
RewriteCond %{HTTP:UPGRADE} ^WebSocket$ [NC]
RewriteCond %{HTTP:CONNECTION} ^Upgrade$ [NC]
RewriteRule .* ws://cryosparc:39000%{REQUEST_URI}...
</VirtualHost>
}}
あとfirewallに穴をあける.
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-port=39000/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd --reload
}}
selinuxは外しておく
***masterを別のマシンしたけど、参照URLは同じままにしたい....
絵的にはこんな感じかな
#code(nonumber){{
[win/mac PC] ----> [旧 master] ----> [新 master] 旧mast...
[回線図としては]
+----[情報コンセント]
|
+-------------[HUB]--------------+
| | |
[win/mac PC] [旧 master] [新 master]
}}
同じネットワークに所属している場合です.
[旧 master]でport forwardさせる. 具体的にはfirewall-cmdを...
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-forward-port=port=39000:proto=tcp:topo...
firewall-cmd --zone=public --add-masquerade --permanent
firewall-cmd --reload
}}
ルータ越しならそのルータ内で port forward 設定を施せばい...
#code(nonumber){{
[win/mac PC] ---@@@雲@@@---[ルータ]-------[旧 master]
+----------[新 master]
}}
ルータの設定変更が許可されないなら...前段のfirewall-cmdで...
あとnginxやapacheのリバースプロキシを使って受けたリクエス...
***masterを別のマシンで動かしたい [#x422f61c]
nfsでcryosparc master/worker/database が共有されているなら
基本 cryosparc_master/config.sh の「CRYOSPARC_MASTER_HOST...
これで移転先ノードがmasterになれます
元のノードで自動起動を仕掛けているならdisableにしてくださ...
standaloneで構築されている場合はworkerを一旦外して再登録...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "get_scheduler_targets()" <--現在登録され...
cryosparcm cli "remove_scheduler_target_node('rockylinux8...
(workerノードにて)
./cryosparc_worker/bin/cryosparcw connect --worker rockyl...
}}
***port番号を変更したい [#q7128e39]
39000を39010にしたいとか.
#code(nonumber){{
cryosparcm changeport 39010
}}
で変更可能. config.sh の値も自動で変更されるみたい.
***「WARNING: io_uring support disabled (not supported by...
下記参照 RHEL9系でのお話。RHEL8系は関係ないみたい
[[https://discuss.cryosparc.com/t/io-uring-enabling/15564...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# sysctl kernel.io_uring_disabled ...
kernel.io_uring_disabled = 2
[root@rockylinux9 ~]# sysctl -w kernel.io_uring_disabled=...
[root@rockylinux9 ~]# sysctl kernel.io_uring_disabled
kernel.io_uring_disabled = 0
(恒久的処置)
[root@rockylinux9 ~]# echo "kernel.io_uring_disabled=0" >...
}}
***「Transparent hugepages are enabled, You may encounter...
v4.6.2で抑えられた問題では？っと思うのだが、普通に出るみ...
害はなさそうですが、抑えるには「/etc/default/grub」の「GR...
#code(nonumber){{
vi /etc/default/grub
:
GRUB_CMDLINE_LINUX="resume=UUID=fa5375e3-7125-4e3e-b402-7...
:
}}
そしてこの設定を反映させます。
#code(nonumber){{
「/sys/firmware/efi」があればUEFIでbootなので
grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/rocky/grub.cfg
「/sys/firmware/efi」がなければBIOSでbootなので
grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
}}
とします
っが、rockylinux9では上手く動かないみたい.
なので [[https://www.mongodb.com/ja-jp/docs/v5.0/tutorial...
新たなサービス「/etc/systemd/system/disable-transparent-h...
#code(nonumber){{
[Unit]
Description=Disable Transparent Hugepages (THP)
DefaultDependencies=no
After=sysinit.target local-fs.target
Before=mongod.service
[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/bin/sh -c 'echo never | tee /sys/kernel/mm/tra...
[Install]
WantedBy=basic.target
}}
その後、このサービスを有効にする. 「systemctl enable disa...
***cluster運用でメモリーが足りなくてコケる [#dfc74e27]
スタンドアローン,master/woker運用なら関係ないのですが、cl...
ジョブに割り当てられるメインメモリー量が制限されます. &si...
っで、「cluster_script.sh」に変数を設けれて、ジョブを発行...
[[https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-man...
***cryoSPARCでtopaz [#de2bf8fe]
GPUオンでtopazの並列度[Number of parallel processes]を１...
規定値のtopaz並列度８なら処理が重くて落ちるそうな (K様ご...
***ここに書かせたい. ここを読んでほしい [#h1d5d37d]
自分以外のアカウント(例: cryosparc)でcryoSPARCサービスを...
#code(nonumber){{
chmod 755 $HOME
mkdir $HOME/cryosparc
chmod 777 $HOME/cryosparc
}}
と設定を緩くしてしまう... これだと他人が $HOME/cryosparc ...
じゃぁーどうるかとなりますが、[[ACL]]を使います
今時の$HOMEは 750 とかセキュア的に強固です. っでまずはユ...
#code(nonumber){{
cd /home
setfacl -m user:cryosparc:rx $HOME
}}
これでユーザcryosparcは、$HOMEの中に入れて$HOME直下のフォ...
他の方は$HOMEに入れないので、ある意味これで十分かも.
あとはcryoSPARC向けのフォルダを作って書き込み権限を付与さ...
#code(nonumber){{
mkdir $HOME/cryo
chmod 777 $HOME/cryo
}}
とかでもいいのかなと.
もっとエレガントにしたいのなら
#code(nonumber){{
mkdir $HOME/cryo
setfacl -m user:cryosparc:rwx $HOME/cryo
setfacl -dm user:cryosparc:rwx $HOME/cryo
(ユーザ cryosparc が作成したフォルダを弄るために)
setfacl -dm user:$USER:rwx $HOME/cryo
}}
とします. 「m」は既存からの修正. 「d」は設定が既定値との...
「777」よりはだいぶいいかと.
***/homeがNFS先で ACL が使えない。。。 [#k270c14f]
NFS_ACLは難解なので、グループパーミッションを駆使します。
cryoSPARCを動かすユーザが、cryosparcで、グループ名もcryos...
usermodを使います
#code(nonumber){{
usermod -aG cryosparc saber
(ユーザsaberをcryosparcグループに参加させる)
また逆に
usermod -aG saber cryosparc
(ユーザcryosparcをsaberグループに参加させる)
}}
そして大事な点ですが、作れるファイル、フォルダは全てグル...
これは「/etc/login.defs」を修正します
#code(nonumber){{
UMASK 022
↓
UMASK 002
}}
これでcryosparcで用意されたファイルに読み書き修正ができて...
***update_cluster_job_status ERROR [#id8aa075]
cryoSPARCでジョブ管理システムを使っているとたまに発生しま...
「このジョブは終わったかい？」とジョブ管理システムに問い...
この問い合わせは結構頻繁に行うので、エラーでログが埋まり...
支障あるって訳ではないですが、お掃除は必要かなと。
「&color(red){COMMAND.SCHEDULER update_cluster_job_sta...
上記の場合は P10のJ50を「killed」にしたとcryoSPARC側に登...
っで方法
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "set_job_status('P10','J50','killed')"
}}
***RockyLinux8.6で cryoSPARC v4.1.0 の 3D Flex を入れよう...
削除(解決済み)
***SSDにたまったファイルを自動削除 [#t7906f16]
「config.sh」に
#code(nonumber){{
export CRYOSPARC_SSD_CACHE_LIFETIME_DAYS=7
}}
と追記すれば７日で消えるそうな
***うまく動かない [#o1264197]
clustersのlaneにはジョブが流れるが、Master-Workerで登録し...
「symbol lookup error: /lib64/libk5crypto.so.3: undefined...
とエラーが発生する. &size(10){worker/worker共にRockyLinux...
調べるとOS由来の openssl と cryoSPARCのcondaでインストー...
っで面倒なのでアプリを再インストールしてみる
databaseと演算場所は残して、cryosparc_worker cryosparc_ma...
&color(red){*};注意: 同じcryoSPARCのバージョンで再インス...
#code(nonumber){{
cd ~/cryoSPARC
rm -rf cryosparc_worker cryosparc_master cryosparc2_worker
tar xf src/cryosparc_master.tar.gz
tar xf src/cryosparc_worker.tar.gz
./cryosparc_master/install.sh --license xxxxxx --hostname...
./cryosparc_worker/install.sh --license xxxxxx --cudapath...
cryosparcm start
}}
clusters形式とかMaster-Worker形式の情報はデータベースに残...
***起動しない [#b294b219]
「cryosparcm start」で下記文言が表示されて止まるなら、す...
#code(nonumber){{
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: ERROR (spawn error)
}}
あるいはcryoSPARCのデータベースが破損している可能性があり...
その際は
#code(nonumber){{
eval $(cryosparcm env)
cd cryosparc2_database
mongod --dbpath ./ --repair
}}
で直す 参照先[[https://discuss.cryosparc.com/t/please-ad...
あるいは、既にdatabaseが動いているがり、その際は「ps -ef ...
***workerたち [#k02325fc]
cryoSPARCのworkerたちは下記コマンドで得られる &size(10){...
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "get_scheduler_lanes()"
[{'desc': '', 'name': 'pbscluster', 'title': 'Lane pbsclu...
{'desc': '', 'name': 'run-on-s', 'title': 'Lane run-on-s...
{'desc': '', 'name': 'default', 'title': 'Lane default (...
[illya@c ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){表示は一行なのですが、改行コード...
不要となったschedulerは、「&color(magenta){cryosparcm cli...
"default"を指定して消すとMaster-Worker形式で登録したノー...
っでMaster-Worker形式は "get_scheduler_lanes()" では一括...
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "get_worker_nodes()"
[{'cache_path': '/scratch/cs_illya', 'cache_quota_mb': No...
'hostname': 'gpu01', 'lane': 'default', 'monitor_port': N...
'name': 'gpu01', 'resource_fixed': {略}, 'resource_slots'...
'ssh_str': 'illya@gpu01', 'title': 'Worker node gpu01', '...
{'cache_path': '/scratch/cs_illya', 'cache_quota_mb': No...
'hostname': 'gpu02', 'lane': 'default', 'monitor_port': N...
'name': 'gpu02', 'resource_fixed': {略}, 'resource_slots'...
'ssh_str': 'illya@gpu02', 'title': 'Worker node gpu02', '...
]
[illya@c ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){表示は一行なのですが、改行コード...
値を変更したいなら "set_scheduler_target_property(hostnam...
簡単には
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "set_scheduler_target_propert...
}}
とかで使います.
***起動が途中で止まる [#y33a1d77]
例えば
#code(nonumber){{
[saber@cryosparc ~]$ cryosparcm start
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: started
command_core: started
}}
で止まってしまう場合がある. これはそのcryoSPARCサーバの名...
前者は「/etc/hosts」にipと名前を記載する
後者は「export no_proxy="127.0.0.1,localhost,<ホスト名>"...
ただ、前者の対応で起動できてもジョブを投げるとライセンス...
その場合は「cryosparc_master/config.sh」にproxyサーバとか...
#code(nonumber){{
[illya@s ~]$ cat cryoSPARC/cryosparc_master/config.sh
export CRYOSPARC_LICENSE_ID="xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...
export CRYOSPARC_MASTER_HOSTNAME="s.sybyl.local"
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/illya/cryoSPARC/cryosparc...
export CRYOSPARC_BASE_PORT=39000
export CRYOSPARC_DEVELOP=false
export CRYOSPARC_INSECURE=false
export CRYOSPARC_CLICK_WRAP=true
export no_proxy="127.0.0.1,localhost,s.sybyl.local,s"
export http_proxy="http://<proxyサーバのIP>:<proxy port>"
export https_proxy="http://<proxyサーバのIP>:<proxy port>"
[illya@s ~]$
}}
***起動が途中で止まる(2nd) [#o3d26328]
「cryosparcm start」で
#code(nonumber){{
Starting CryoSPARC System master process...
CryoSPARC is not already running.
configuring database...
configuration complete
database: started
Warning: Could not get database status (attempt 1/3)
Warning: Could not get database status (attempt 2/3)
Warning: Could not get database status (attempt 3/3)
:
}}
となるのはホスト名に&color(magenta){大文字};を含むため. ...
回避策としては /etc/hosts に大文字でエントリーを加える
#code(nonumber){{
10.10.10.100 CRYO-WS1
}}
とかで. &size(10){小文字なら/etc/hostsに記載しなくても...
***ライセンスコードの確認 [#hceba600]
下記を実行して正規のコードなら「{"success": true}」と表記...
#code(nonumber){{
curl https://get.cryosparc.com/checklicenseexists/"ライセ...
}}
もしproxyを利用されているなら「-x」でproxyサーバを指定する
#code(nonumber){{
curl https://get.cryosparc.com/checklicenseexists/"ライセ...
}}
***「cryosparcm stop」が効かない [#x7328e0e]
挙動が微妙なのでcryosparcを再起動させようにも「cryosparcm...
「cryosparcm start」の際に「/tmp」に sock ファイルを残し...
行うのですが、OSの「systemd-tmpfiles」で/tmpにあるファイ...
そのために「cryosparcm stop」が効かない事態が発生します。
応急措置的には 「ps -ef |grep cryosparc」で親プロセスが「...
その後に「cryosparcm start」とかして下さい。
恒久的な対応としては、「systemd-tmpfiles」の仕組みを弄る.
「systemd-tmpfiles」の設定ファイルは「/etc/tmpfiles.d/*.c...
「/etc/tmpfiles.d/」に新規ファイルを用意するのもあるけど...
なので
#code(nonumber){{
[root@s ~]# vi /usr/lib/tmpfiles.d/tmp.conf
:
:
# cryoSPARC
x /tmp/cryosparc-supervisor-*
x /tmp/mongodb-*
[root@s ~]#
}}
とします。
***最新のcudaライブラリに変更したので cryoSPARC も更新し...
&color(red){v4.4以上ではこの作業は不要です. cryoSPARC内に...
cryoSPARCの計算にGPUで計算する項目がある. っでそのGPU計算...
別に必須なわけではないが、cudaライブラリ を更新するなら同...
&color(red){*};&size(10){別に問題がなければそのままでも構...
cudaライブラリの更新に伴い cryoSPARC も更新なら対象は wor...
単純に
#code(nonumber){{
[cryosparc@s cryosparc_worker]$ ./bin/cryosparcw newcuda ...
}}
***外部らのアクセスを制限したい [#z2e5c7e1]
ほとんどfirewallな話なのですが、cryoSPARCはwebサービスな...
webサービスのポートは既定で39000を使用してます。
cryoSPARCのドキュメントでは連続10個のportを使用するような...
１つの計算機で複数のインスタンスを立ち上げるなら、次のユ...
っで
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-port=39000-39010/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39020-39030/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39040-39050/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39060-39070/tcp --zone=public --...
(あと接続元を制限したいなら下記も追加. 注:他のサービス[ss...
firewall-cmd --add-source=192.168.0.0/24 --zone=public ...
(最後に)
firewall-cmd --reload
}}
***外部からのアクセスをipアドレスベースで制限したい [#m66...
外部に直接cryoSPARCサーバが晒されている場合で特定のipから...
#code(nonumber){{
firewall-cmd --permanent --zone=external --add-rich-rule=...
(あるいは)
firewall-cmd --zone=external --add-rich-rule="rule family...
firewall-cmd --runtime-to-permanent
firewall-cmd --reload
(確認)
firewall-cmd --list-all --zone=external
}}
とする
***ssdを無効から有効に変更する [#t0c75189]
#code(nonumber){{
bin/cryosparcw connect --worker c.sybyl.local --master c....
}}
現状の設定内容は下記コマンドで確認可能
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "get_config_var(name='targets', colname='s...
}}
***計算機を再起動したら [#g32d921a]
計算機を再起動すると cryosparc も停止します。自動起動はな...
っでそれを起動させるには
-cryosparcユーザになる
一旦rootになって「su - cryosparc」になっても可。直接「su ...
-「&color(magenta){cryosparcm start};」を実行する
これで行けます。もし立ち上がらないのなら
-「&color(magenta){cryosparcm restart};」
あるいは、「/tmp/cryosparc-supervisor-******.sock」があっ...
-「&color(red){/bin/rm -f /tmp/cryosparc-supervisor-****...
としてそのファイルを削除してから「&color(magenta){cryospa...
あとは珠にcryosparcのサービスが勝手に停止している場合があ...
その場合、プロセスの残骸が生きていてうまくサービスの再開...
-「&color(magenta){cryosparcm stop};」
の後に
root権限になって「ps -ef |grep cryosparc」でまだ生き残っ...
簡単な方法としては、計算機の再起動を行ってください。
そうした上で「&color(magenta){cryosparcm start};」として...
***ユーザの追加とか [#jdaeba05]
cryosparcユーザになってから。
-現在の登録済みユーザ一覧
「cryosparcm listusers」
-ユーザ作成
「cryosparcm createuser --email saber_at_chaperone.jp --p...
-パスワード変更
「cryosparcm resetpassword --email saber_at_chaperone.jp ...
-ユーザ情報の変更
「cryosparcm updateuser --email saber_at_chaperone.jp --p...
emailとパスワードをキーとして、「name」と「admin(管理者)...
-ユーザの削除
「cryosparcm cli "delete_user('削除したいユーザのメールア...
で行う。
管理者自分自身を削除するには下記のようにします
「cryosparcm cli "delete_user('saber_at_chaperone.jp', 's...
***再起動時に自動的にサービスをupするには [#xcaa7b78]
以前のバージョンには「cryosparc autostart」でcronを駆使し...
今のバージョンではその機能が消えてしまったみたい。
***High resolution image of 2D classification [#g7ed1496]
[[https://discuss.cryosparc.com/t/high-resolution-image-o...
実行するにはまずpythonをcryoSPARCのpythonに切り替える必要...
それと「CRYOSPARC_ROOT_DIR」の定義も必要みたい。
これらは単純に
#code(nonumber){{
export PATH=/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2...
export CRYOSPARC_ROOT_DIR=/home/cryosparc/software/cryosp...
}}
でいいみたい。
次にpythonを立ち上げる
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ which python
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps...
[saber@c ~]$ python
Python 2.7.15 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 10 2018, 21:...
[GCC 7.3.0] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>>
>>> import os
>>> os.chdir(os.environ['CRYOSPARC_ROOT_DIR'])
>>> from cryosparc2_compute import plotutil
>>> from cryosparc2_compute.blobio import mrc
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>>
>>> mrc_path_abs = '/home/saber/relion30_tutorial_precalc...
>>> plt=plotutil.plot_2D_classes(template_mrc, rows=3, co...
>>> plt.show()
}}
これで下記のような画面が表示される。
&ref(2020y02m19d_232235788.png,nolink);
***他のユーザのcryoSPARCアプリをコピーして使う [#mf1d88f6]
既に動ている他のユーザのcryosparcアプリを自分のディレクト...
#code(nonumber){{
[saber@s ~]$ cp -r /home/cryosparc/cryoSPARC /home/saber/...
}}
そして.bashrcに「export PATH="/home/saber/cryoSPARC/cryos...
下記のように修正を行います
#code(nonumber){{
[saber@s ~]$ vi cryoSPARC/cryosparc_master/config.sh
export CRYOSPARC_LICENSE_ID="cccccccccccccccccccccccccccc...
export CRYOSPARC_MASTER_HOSTNAME="s.sybyl.local"
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/saber/cryoSPARC/cryosparc...
export CRYOSPARC_BASE_PORT=39000
export CRYOSPARC_DEVELOP=false
export CRYOSPARC_INSECURE=false
export CRYOSPARC_CLICK_WRAP=true
#(下記を追加)
export CRYOSPARC_FORCE_USER=true
[saber@s ~]$
}}
その上で「cryosparcm start」を実行します
***RockyLinux8.5で古いcryoSPARCをインストールしても動かな...
cryoSPARCのtar.gzを展開して、ライセンスコードとともにイン...
だが、その後「cryosparcm start」としても下記のように止ま...
#code(nonumber){{
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: started
command_core: ERROR (spawn error)
}}
こういった場合は、ログファイルで何が原因かが大抵書かれて...
ログファイルは 「cryosparc2_master/run」にある。
今回の場合は
#code(nonumber){{
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "cryosparc2_command/command_core/__init__.py", lin...
from flask_jsonrpc import JSONRPC
ImportError: No module named flask_jsonrpc
}}
とあったのでcryoSPARCの稼働に必要なpythonパッケージが不足...
cryoSPARCで使用しているpython環境に移る必要がありますが、...
#code(nonumber){{
eval $(./cryosparc2_master/bin/cryosparcm env)
}}
その後、「pip install flask_jsonrpc」でパッケージ追加を試...
「&color(magenta){AttributeError: 'int' object has no att...
とエラーが発生して失敗.
幸いにcryoSPARCの中にそのソースパッケージがありましたので...
#code(nonumber){{
cd cryosparc2_master/deps_bundle/python/python_packages/p...
cp Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz ...
cd /tmp
tar xf Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz
cd Flask-JSONRPC-0.3.1
python setup.py build
python setup.py install
tar xf Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz
cd Flask-PyMongo-0.5.1
python setup.py build
python setup.py install
}}
を施して「cryosparcm start」に成功した
その後、同じような現象が cryosparc_workerでも発生した.......
どうやら「&color(magenta){PIP_NO_CACHE_DIR=off};」を有効...
***cryoSPARCユーザのuidを変更したい [#g416792e]
cryoSPARCプロセスを全部落としてから「usermod」でUID/GIDら...
「chown -R cryosparc. /home/cryosparc」でファイル所有権も...
大抵はこれでOKですが、それでいて起動しない時がある.
その際は「/tmp/cryosparc-supervisor-*」や「/tmp/mongodb-*...
あと「/etc/hosts」に自ホスト存在確認でしょうか
終了行:
***laneを複数作りたい [#h36b281d]
計算ノードを追加していくと「default」laneに追加されていき...
この場合、計算を投入すると「default」から計算機が選ばれる...
&ref(2025y06m05d_215726034.png,nolink,70%);
なので「Queue to Lane」の中で計算機を選びたいなら「defaul...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "add_scheduler_lane('r9','node','rocky9','...
レーン名, node or cluster ...
}}
これでレーンが作られます. 次にすでに登録している計算機を...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "set_scheduler_target_node_lane('rockylinu...
登録済み...
}}
これで下記のようになります.
&ref(2025y06m05d_220904667.png,nolink,70%);
計算機登録の際に指定のレーンに参加させるには下記のように...
#code(nonumber){{
./bin/cryosparcw connect --worker rockylinux9 --master cr...
}}
新規のレーンに加えたいなら「--newlane」を追記する必要があ...
***apacheのReverse Proxyで参照URLはそのままでcryoSPARC ma...
内側にあるwebコンテンツを外にも繋げる方法として使っていた.
設定としては
#code(nonumber){{
dnf install httpd
}}
「/etc/httpd/conf.d/cs.conf」
#code(nonumber){{
Listen 39000
<VirtualHost *:39000>
ProxyRequests Off
RewriteEngine on
ProxyPass / http://cryosparc:39000/
ProxyPassReverse / http://cryosparc:39000/
RewriteCond %{HTTP:UPGRADE} ^WebSocket$ [NC]
RewriteCond %{HTTP:CONNECTION} ^Upgrade$ [NC]
RewriteRule .* ws://cryosparc:39000%{REQUEST_URI}...
</VirtualHost>
}}
あとfirewallに穴をあける.
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-port=39000/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd --reload
}}
selinuxは外しておく
***masterを別のマシンしたけど、参照URLは同じままにしたい....
絵的にはこんな感じかな
#code(nonumber){{
[win/mac PC] ----> [旧 master] ----> [新 master] 旧mast...
[回線図としては]
+----[情報コンセント]
|
+-------------[HUB]--------------+
| | |
[win/mac PC] [旧 master] [新 master]
}}
同じネットワークに所属している場合です.
[旧 master]でport forwardさせる. 具体的にはfirewall-cmdを...
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-forward-port=port=39000:proto=tcp:topo...
firewall-cmd --zone=public --add-masquerade --permanent
firewall-cmd --reload
}}
ルータ越しならそのルータ内で port forward 設定を施せばい...
#code(nonumber){{
[win/mac PC] ---@@@雲@@@---[ルータ]-------[旧 master]
+----------[新 master]
}}
ルータの設定変更が許可されないなら...前段のfirewall-cmdで...
あとnginxやapacheのリバースプロキシを使って受けたリクエス...
***masterを別のマシンで動かしたい [#x422f61c]
nfsでcryosparc master/worker/database が共有されているなら
基本 cryosparc_master/config.sh の「CRYOSPARC_MASTER_HOST...
これで移転先ノードがmasterになれます
元のノードで自動起動を仕掛けているならdisableにしてくださ...
standaloneで構築されている場合はworkerを一旦外して再登録...
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "get_scheduler_targets()" <--現在登録され...
cryosparcm cli "remove_scheduler_target_node('rockylinux8...
(workerノードにて)
./cryosparc_worker/bin/cryosparcw connect --worker rockyl...
}}
***port番号を変更したい [#q7128e39]
39000を39010にしたいとか.
#code(nonumber){{
cryosparcm changeport 39010
}}
で変更可能. config.sh の値も自動で変更されるみたい.
***「WARNING: io_uring support disabled (not supported by...
下記参照 RHEL9系でのお話。RHEL8系は関係ないみたい
[[https://discuss.cryosparc.com/t/io-uring-enabling/15564...
#code(nonumber){{
[root@rockylinux9 ~]# sysctl kernel.io_uring_disabled ...
kernel.io_uring_disabled = 2
[root@rockylinux9 ~]# sysctl -w kernel.io_uring_disabled=...
[root@rockylinux9 ~]# sysctl kernel.io_uring_disabled
kernel.io_uring_disabled = 0
(恒久的処置)
[root@rockylinux9 ~]# echo "kernel.io_uring_disabled=0" >...
}}
***「Transparent hugepages are enabled, You may encounter...
v4.6.2で抑えられた問題では？っと思うのだが、普通に出るみ...
害はなさそうですが、抑えるには「/etc/default/grub」の「GR...
#code(nonumber){{
vi /etc/default/grub
:
GRUB_CMDLINE_LINUX="resume=UUID=fa5375e3-7125-4e3e-b402-7...
:
}}
そしてこの設定を反映させます。
#code(nonumber){{
「/sys/firmware/efi」があればUEFIでbootなので
grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/rocky/grub.cfg
「/sys/firmware/efi」がなければBIOSでbootなので
grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
}}
とします
っが、rockylinux9では上手く動かないみたい.
なので [[https://www.mongodb.com/ja-jp/docs/v5.0/tutorial...
新たなサービス「/etc/systemd/system/disable-transparent-h...
#code(nonumber){{
[Unit]
Description=Disable Transparent Hugepages (THP)
DefaultDependencies=no
After=sysinit.target local-fs.target
Before=mongod.service
[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/bin/sh -c 'echo never | tee /sys/kernel/mm/tra...
[Install]
WantedBy=basic.target
}}
その後、このサービスを有効にする. 「systemctl enable disa...
***cluster運用でメモリーが足りなくてコケる [#dfc74e27]
スタンドアローン,master/woker運用なら関係ないのですが、cl...
ジョブに割り当てられるメインメモリー量が制限されます. &si...
っで、「cluster_script.sh」に変数を設けれて、ジョブを発行...
[[https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-man...
***cryoSPARCでtopaz [#de2bf8fe]
GPUオンでtopazの並列度[Number of parallel processes]を１...
規定値のtopaz並列度８なら処理が重くて落ちるそうな (K様ご...
***ここに書かせたい. ここを読んでほしい [#h1d5d37d]
自分以外のアカウント(例: cryosparc)でcryoSPARCサービスを...
#code(nonumber){{
chmod 755 $HOME
mkdir $HOME/cryosparc
chmod 777 $HOME/cryosparc
}}
と設定を緩くしてしまう... これだと他人が $HOME/cryosparc ...
じゃぁーどうるかとなりますが、[[ACL]]を使います
今時の$HOMEは 750 とかセキュア的に強固です. っでまずはユ...
#code(nonumber){{
cd /home
setfacl -m user:cryosparc:rx $HOME
}}
これでユーザcryosparcは、$HOMEの中に入れて$HOME直下のフォ...
他の方は$HOMEに入れないので、ある意味これで十分かも.
あとはcryoSPARC向けのフォルダを作って書き込み権限を付与さ...
#code(nonumber){{
mkdir $HOME/cryo
chmod 777 $HOME/cryo
}}
とかでもいいのかなと.
もっとエレガントにしたいのなら
#code(nonumber){{
mkdir $HOME/cryo
setfacl -m user:cryosparc:rwx $HOME/cryo
setfacl -dm user:cryosparc:rwx $HOME/cryo
(ユーザ cryosparc が作成したフォルダを弄るために)
setfacl -dm user:$USER:rwx $HOME/cryo
}}
とします. 「m」は既存からの修正. 「d」は設定が既定値との...
「777」よりはだいぶいいかと.
***/homeがNFS先で ACL が使えない。。。 [#k270c14f]
NFS_ACLは難解なので、グループパーミッションを駆使します。
cryoSPARCを動かすユーザが、cryosparcで、グループ名もcryos...
usermodを使います
#code(nonumber){{
usermod -aG cryosparc saber
(ユーザsaberをcryosparcグループに参加させる)
また逆に
usermod -aG saber cryosparc
(ユーザcryosparcをsaberグループに参加させる)
}}
そして大事な点ですが、作れるファイル、フォルダは全てグル...
これは「/etc/login.defs」を修正します
#code(nonumber){{
UMASK 022
↓
UMASK 002
}}
これでcryosparcで用意されたファイルに読み書き修正ができて...
***update_cluster_job_status ERROR [#id8aa075]
cryoSPARCでジョブ管理システムを使っているとたまに発生しま...
「このジョブは終わったかい？」とジョブ管理システムに問い...
この問い合わせは結構頻繁に行うので、エラーでログが埋まり...
支障あるって訳ではないですが、お掃除は必要かなと。
「&color(red){COMMAND.SCHEDULER update_cluster_job_sta...
上記の場合は P10のJ50を「killed」にしたとcryoSPARC側に登...
っで方法
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "set_job_status('P10','J50','killed')"
}}
***RockyLinux8.6で cryoSPARC v4.1.0 の 3D Flex を入れよう...
削除(解決済み)
***SSDにたまったファイルを自動削除 [#t7906f16]
「config.sh」に
#code(nonumber){{
export CRYOSPARC_SSD_CACHE_LIFETIME_DAYS=7
}}
と追記すれば７日で消えるそうな
***うまく動かない [#o1264197]
clustersのlaneにはジョブが流れるが、Master-Workerで登録し...
「symbol lookup error: /lib64/libk5crypto.so.3: undefined...
とエラーが発生する. &size(10){worker/worker共にRockyLinux...
調べるとOS由来の openssl と cryoSPARCのcondaでインストー...
っで面倒なのでアプリを再インストールしてみる
databaseと演算場所は残して、cryosparc_worker cryosparc_ma...
&color(red){*};注意: 同じcryoSPARCのバージョンで再インス...
#code(nonumber){{
cd ~/cryoSPARC
rm -rf cryosparc_worker cryosparc_master cryosparc2_worker
tar xf src/cryosparc_master.tar.gz
tar xf src/cryosparc_worker.tar.gz
./cryosparc_master/install.sh --license xxxxxx --hostname...
./cryosparc_worker/install.sh --license xxxxxx --cudapath...
cryosparcm start
}}
clusters形式とかMaster-Worker形式の情報はデータベースに残...
***起動しない [#b294b219]
「cryosparcm start」で下記文言が表示されて止まるなら、す...
#code(nonumber){{
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: ERROR (spawn error)
}}
あるいはcryoSPARCのデータベースが破損している可能性があり...
その際は
#code(nonumber){{
eval $(cryosparcm env)
cd cryosparc2_database
mongod --dbpath ./ --repair
}}
で直す 参照先[[https://discuss.cryosparc.com/t/please-ad...
あるいは、既にdatabaseが動いているがり、その際は「ps -ef ...
***workerたち [#k02325fc]
cryoSPARCのworkerたちは下記コマンドで得られる &size(10){...
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "get_scheduler_lanes()"
[{'desc': '', 'name': 'pbscluster', 'title': 'Lane pbsclu...
{'desc': '', 'name': 'run-on-s', 'title': 'Lane run-on-s...
{'desc': '', 'name': 'default', 'title': 'Lane default (...
[illya@c ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){表示は一行なのですが、改行コード...
不要となったschedulerは、「&color(magenta){cryosparcm cli...
"default"を指定して消すとMaster-Worker形式で登録したノー...
っでMaster-Worker形式は "get_scheduler_lanes()" では一括...
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "get_worker_nodes()"
[{'cache_path': '/scratch/cs_illya', 'cache_quota_mb': No...
'hostname': 'gpu01', 'lane': 'default', 'monitor_port': N...
'name': 'gpu01', 'resource_fixed': {略}, 'resource_slots'...
'ssh_str': 'illya@gpu01', 'title': 'Worker node gpu01', '...
{'cache_path': '/scratch/cs_illya', 'cache_quota_mb': No...
'hostname': 'gpu02', 'lane': 'default', 'monitor_port': N...
'name': 'gpu02', 'resource_fixed': {略}, 'resource_slots'...
'ssh_str': 'illya@gpu02', 'title': 'Worker node gpu02', '...
]
[illya@c ~]$
}}
&color(red){*};&size(10){表示は一行なのですが、改行コード...
値を変更したいなら "set_scheduler_target_property(hostnam...
簡単には
#code(nonumber){{
[illya@c ~]$ cryosparcm cli "set_scheduler_target_propert...
}}
とかで使います.
***起動が途中で止まる [#y33a1d77]
例えば
#code(nonumber){{
[saber@cryosparc ~]$ cryosparcm start
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: started
command_core: started
}}
で止まってしまう場合がある. これはそのcryoSPARCサーバの名...
前者は「/etc/hosts」にipと名前を記載する
後者は「export no_proxy="127.0.0.1,localhost,<ホスト名>"...
ただ、前者の対応で起動できてもジョブを投げるとライセンス...
その場合は「cryosparc_master/config.sh」にproxyサーバとか...
#code(nonumber){{
[illya@s ~]$ cat cryoSPARC/cryosparc_master/config.sh
export CRYOSPARC_LICENSE_ID="xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...
export CRYOSPARC_MASTER_HOSTNAME="s.sybyl.local"
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/illya/cryoSPARC/cryosparc...
export CRYOSPARC_BASE_PORT=39000
export CRYOSPARC_DEVELOP=false
export CRYOSPARC_INSECURE=false
export CRYOSPARC_CLICK_WRAP=true
export no_proxy="127.0.0.1,localhost,s.sybyl.local,s"
export http_proxy="http://<proxyサーバのIP>:<proxy port>"
export https_proxy="http://<proxyサーバのIP>:<proxy port>"
[illya@s ~]$
}}
***起動が途中で止まる(2nd) [#o3d26328]
「cryosparcm start」で
#code(nonumber){{
Starting CryoSPARC System master process...
CryoSPARC is not already running.
configuring database...
configuration complete
database: started
Warning: Could not get database status (attempt 1/3)
Warning: Could not get database status (attempt 2/3)
Warning: Could not get database status (attempt 3/3)
:
}}
となるのはホスト名に&color(magenta){大文字};を含むため. ...
回避策としては /etc/hosts に大文字でエントリーを加える
#code(nonumber){{
10.10.10.100 CRYO-WS1
}}
とかで. &size(10){小文字なら/etc/hostsに記載しなくても...
***ライセンスコードの確認 [#hceba600]
下記を実行して正規のコードなら「{"success": true}」と表記...
#code(nonumber){{
curl https://get.cryosparc.com/checklicenseexists/"ライセ...
}}
もしproxyを利用されているなら「-x」でproxyサーバを指定する
#code(nonumber){{
curl https://get.cryosparc.com/checklicenseexists/"ライセ...
}}
***「cryosparcm stop」が効かない [#x7328e0e]
挙動が微妙なのでcryosparcを再起動させようにも「cryosparcm...
「cryosparcm start」の際に「/tmp」に sock ファイルを残し...
行うのですが、OSの「systemd-tmpfiles」で/tmpにあるファイ...
そのために「cryosparcm stop」が効かない事態が発生します。
応急措置的には 「ps -ef |grep cryosparc」で親プロセスが「...
その後に「cryosparcm start」とかして下さい。
恒久的な対応としては、「systemd-tmpfiles」の仕組みを弄る.
「systemd-tmpfiles」の設定ファイルは「/etc/tmpfiles.d/*.c...
「/etc/tmpfiles.d/」に新規ファイルを用意するのもあるけど...
なので
#code(nonumber){{
[root@s ~]# vi /usr/lib/tmpfiles.d/tmp.conf
:
:
# cryoSPARC
x /tmp/cryosparc-supervisor-*
x /tmp/mongodb-*
[root@s ~]#
}}
とします。
***最新のcudaライブラリに変更したので cryoSPARC も更新し...
&color(red){v4.4以上ではこの作業は不要です. cryoSPARC内に...
cryoSPARCの計算にGPUで計算する項目がある. っでそのGPU計算...
別に必須なわけではないが、cudaライブラリ を更新するなら同...
&color(red){*};&size(10){別に問題がなければそのままでも構...
cudaライブラリの更新に伴い cryoSPARC も更新なら対象は wor...
単純に
#code(nonumber){{
[cryosparc@s cryosparc_worker]$ ./bin/cryosparcw newcuda ...
}}
***外部らのアクセスを制限したい [#z2e5c7e1]
ほとんどfirewallな話なのですが、cryoSPARCはwebサービスな...
webサービスのポートは既定で39000を使用してます。
cryoSPARCのドキュメントでは連続10個のportを使用するような...
１つの計算機で複数のインスタンスを立ち上げるなら、次のユ...
っで
#code(nonumber){{
firewall-cmd --add-port=39000-39010/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39020-39030/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39040-39050/tcp --zone=public --...
firewall-cmd --add-port=39060-39070/tcp --zone=public --...
(あと接続元を制限したいなら下記も追加. 注:他のサービス[ss...
firewall-cmd --add-source=192.168.0.0/24 --zone=public ...
(最後に)
firewall-cmd --reload
}}
***外部からのアクセスをipアドレスベースで制限したい [#m66...
外部に直接cryoSPARCサーバが晒されている場合で特定のipから...
#code(nonumber){{
firewall-cmd --permanent --zone=external --add-rich-rule=...
(あるいは)
firewall-cmd --zone=external --add-rich-rule="rule family...
firewall-cmd --runtime-to-permanent
firewall-cmd --reload
(確認)
firewall-cmd --list-all --zone=external
}}
とする
***ssdを無効から有効に変更する [#t0c75189]
#code(nonumber){{
bin/cryosparcw connect --worker c.sybyl.local --master c....
}}
現状の設定内容は下記コマンドで確認可能
#code(nonumber){{
cryosparcm cli "get_config_var(name='targets', colname='s...
}}
***計算機を再起動したら [#g32d921a]
計算機を再起動すると cryosparc も停止します。自動起動はな...
っでそれを起動させるには
-cryosparcユーザになる
一旦rootになって「su - cryosparc」になっても可。直接「su ...
-「&color(magenta){cryosparcm start};」を実行する
これで行けます。もし立ち上がらないのなら
-「&color(magenta){cryosparcm restart};」
あるいは、「/tmp/cryosparc-supervisor-******.sock」があっ...
-「&color(red){/bin/rm -f /tmp/cryosparc-supervisor-****...
としてそのファイルを削除してから「&color(magenta){cryospa...
あとは珠にcryosparcのサービスが勝手に停止している場合があ...
その場合、プロセスの残骸が生きていてうまくサービスの再開...
-「&color(magenta){cryosparcm stop};」
の後に
root権限になって「ps -ef |grep cryosparc」でまだ生き残っ...
簡単な方法としては、計算機の再起動を行ってください。
そうした上で「&color(magenta){cryosparcm start};」として...
***ユーザの追加とか [#jdaeba05]
cryosparcユーザになってから。
-現在の登録済みユーザ一覧
「cryosparcm listusers」
-ユーザ作成
「cryosparcm createuser --email saber_at_chaperone.jp --p...
-パスワード変更
「cryosparcm resetpassword --email saber_at_chaperone.jp ...
-ユーザ情報の変更
「cryosparcm updateuser --email saber_at_chaperone.jp --p...
emailとパスワードをキーとして、「name」と「admin(管理者)...
-ユーザの削除
「cryosparcm cli "delete_user('削除したいユーザのメールア...
で行う。
管理者自分自身を削除するには下記のようにします
「cryosparcm cli "delete_user('saber_at_chaperone.jp', 's...
***再起動時に自動的にサービスをupするには [#xcaa7b78]
以前のバージョンには「cryosparc autostart」でcronを駆使し...
今のバージョンではその機能が消えてしまったみたい。
***High resolution image of 2D classification [#g7ed1496]
[[https://discuss.cryosparc.com/t/high-resolution-image-o...
実行するにはまずpythonをcryoSPARCのpythonに切り替える必要...
それと「CRYOSPARC_ROOT_DIR」の定義も必要みたい。
これらは単純に
#code(nonumber){{
export PATH=/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2...
export CRYOSPARC_ROOT_DIR=/home/cryosparc/software/cryosp...
}}
でいいみたい。
次にpythonを立ち上げる
#code(nonumber){{
[saber@c ~]$ which python
/home/cryosparc/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps...
[saber@c ~]$ python
Python 2.7.15 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 10 2018, 21:...
[GCC 7.3.0] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>>
>>> import os
>>> os.chdir(os.environ['CRYOSPARC_ROOT_DIR'])
>>> from cryosparc2_compute import plotutil
>>> from cryosparc2_compute.blobio import mrc
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>>
>>> mrc_path_abs = '/home/saber/relion30_tutorial_precalc...
>>> plt=plotutil.plot_2D_classes(template_mrc, rows=3, co...
>>> plt.show()
}}
これで下記のような画面が表示される。
&ref(2020y02m19d_232235788.png,nolink);
***他のユーザのcryoSPARCアプリをコピーして使う [#mf1d88f6]
既に動ている他のユーザのcryosparcアプリを自分のディレクト...
#code(nonumber){{
[saber@s ~]$ cp -r /home/cryosparc/cryoSPARC /home/saber/...
}}
そして.bashrcに「export PATH="/home/saber/cryoSPARC/cryos...
下記のように修正を行います
#code(nonumber){{
[saber@s ~]$ vi cryoSPARC/cryosparc_master/config.sh
export CRYOSPARC_LICENSE_ID="cccccccccccccccccccccccccccc...
export CRYOSPARC_MASTER_HOSTNAME="s.sybyl.local"
export CRYOSPARC_DB_PATH="/home/saber/cryoSPARC/cryosparc...
export CRYOSPARC_BASE_PORT=39000
export CRYOSPARC_DEVELOP=false
export CRYOSPARC_INSECURE=false
export CRYOSPARC_CLICK_WRAP=true
#(下記を追加)
export CRYOSPARC_FORCE_USER=true
[saber@s ~]$
}}
その上で「cryosparcm start」を実行します
***RockyLinux8.5で古いcryoSPARCをインストールしても動かな...
cryoSPARCのtar.gzを展開して、ライセンスコードとともにイン...
だが、その後「cryosparcm start」としても下記のように止ま...
#code(nonumber){{
Starting cryoSPARC System master process..
CryoSPARC is not already running.
database: started
command_core: ERROR (spawn error)
}}
こういった場合は、ログファイルで何が原因かが大抵書かれて...
ログファイルは 「cryosparc2_master/run」にある。
今回の場合は
#code(nonumber){{
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "cryosparc2_command/command_core/__init__.py", lin...
from flask_jsonrpc import JSONRPC
ImportError: No module named flask_jsonrpc
}}
とあったのでcryoSPARCの稼働に必要なpythonパッケージが不足...
cryoSPARCで使用しているpython環境に移る必要がありますが、...
#code(nonumber){{
eval $(./cryosparc2_master/bin/cryosparcm env)
}}
その後、「pip install flask_jsonrpc」でパッケージ追加を試...
「&color(magenta){AttributeError: 'int' object has no att...
とエラーが発生して失敗.
幸いにcryoSPARCの中にそのソースパッケージがありましたので...
#code(nonumber){{
cd cryosparc2_master/deps_bundle/python/python_packages/p...
cp Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz ...
cd /tmp
tar xf Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz
cd Flask-JSONRPC-0.3.1
python setup.py build
python setup.py install
tar xf Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz
cd Flask-PyMongo-0.5.1
python setup.py build
python setup.py install
}}
を施して「cryosparcm start」に成功した
その後、同じような現象が cryosparc_workerでも発生した.......
どうやら「&color(magenta){PIP_NO_CACHE_DIR=off};」を有効...
***cryoSPARCユーザのuidを変更したい [#g416792e]
cryoSPARCプロセスを全部落としてから「usermod」でUID/GIDら...
「chown -R cryosparc. /home/cryosparc」でファイル所有権も...
大抵はこれでOKですが、それでいて起動しない時がある.
その際は「/tmp/cryosparc-supervisor-*」や「/tmp/mongodb-*...
あと「/etc/hosts」に自ホスト存在確認でしょうか
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