emClarity をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://github.com/bHimes/emClarity>+https://git...
[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30349041>+https://w...
MATLABなアプリ。ソースコードが公開されてMATLABを持ってい...
だが、コンパイル済みのバイナリーも提供されている。なので...
この「MATLAB Compiler Runtime (MCR)」は[[https://jp.mathw...
っで、いろいろな種類のRuntimeがあるが、emClarityの「LTS 1...
***MATLAB Runtimeのインストール [#p8bee946]
先の[[https://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-r...
ダウンロードされるファイルは「MATLAB_Runtime_R2019a_Updat...
&ref(2020y05m20d_234548054.png,nolink);
インストール方法は [[MATLAB]] 参照
***emClarity(MATLAB コンパイル済み版)を入手 [#j368aa33]
emClarityのwikiページに移って[[https://github.com/bHimes/...
&ref(2020y10m24d_095309439.png,nolink);
リンクをクリックすると google drive に移ります。そこでダ...
&ref(2020y10m24d_095450476.png,nolink);
これでファイル「emClarity_1.5.1.0.zip」(265MB)が取得でき...
これを配置します。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# unzip /apps/src/emClarity_1.5.1.0.zip
}}
展開される中身は
#code(nonumber){{
[root@c apps]# cd emClarity_1.5.1.0
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -CF
bin/ docs/ lib/
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/
total 51880
drwxr-xr-x 5 root root 190 Jun 11 05:32 deps/
-rwxr--r-- 1 root root 53115000 Jun 11 20:01 emClarity_1_...
-rwxr-xr-x 1 root root 4350 Jun 11 20:01 emClarity_1_...
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
「emClarity_1_5_1_0」に実行権が入ってないので「chmod +x e...
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# chmod +x emClarity_1_5_1_0
}}
その他に配布ディレクトリを見てみると
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Oct 24 10:12 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
「emC_reconstruct3d」がリンクファイルなのだが、参照先が？...
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# rm bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# mv bin/deps/emC_reconstruct3d...
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
あと「bin/deps/autodoc/」にリンク参照先がないファイルが多...
***設定 [#q3fdf8a7]
一部修正する必要がある.
まずは、MATLAB Runtimeのインストール時に提示される runtim...
&size(0){既に 「/etc/ld.conf.d/」 とかで定義されているか...
そのためのファイル「/apps/MATLAB/mcr_bash.sh」を用意します
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /apps/MATLAB/mcr_bash.sh
_LD_LIBRARY_PATH=/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/runtime/...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
export LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_P...
[root@c ~]#
}}
そして「/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19...
#code(diff,nonumber){{
--- /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a.or...
+++ /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a 2...
@@ -7,12 +7,12 @@
#Please modify this line to point to the text file in yo...
#where you pasted the lines suggested to add to LD_LIBRA...
#MCR_BASH="/work/thirdParty/MATLAB/mcr_bash.sh"
-MCR_BASH=/groups/grigorieff/home/himesb/thirdParty/MTL_M...
+MCR_BASH=/apps/MATLAB/mcr_bash.sh
#Please modify this line to point to the install for emC...
#emClarity_ROOT=/work/emClarity
-export emClarity_ROOT=/groups/grigorieff/home/himesb/wor...
+export emClarity_ROOT=/apps/emClarity_1.5.1.0
export LD_LIBRARY_PATH=${emClarity_ROOT}/lib:${LD_LIBRAR...
# This is added in the middle of the emClarity run scrip...
}}
この修正後、emClarityが正しく動くかチェックします
#code(nonumber){{
[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a ch...
Found tmpfs /dev/shm with max mem 3958548 bytes
using this for MCR_CACHE_ROOT
##############
Created a tmp MCR_CACHE locally at /dev/shm/emC_t...
Available mem is 3.77517 GB
Started emC_memClean to make sure it removed in t...
Default kill time is a max of 10080 minutes
##############
emC_cisTEMDepPath =
'/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/deps'
***************************************
emClarity version 8307477
run starting on 24-Oct-2020 11:31:35
cmd check
***************************************
/bin/bash: /apps/emClarity_1.5.1.0/testScripts/BH_checkIn...
***************************************
run ending on 24-Oct-2020 11:31:36
***************************************
[root@c ~]#
}}
と問題ないみたい. 「BH_checkInstall.sh」は見当たらない...
***EnvironmentModules [#f847621b]
使用するにはIMOD-4.10.18以上が必要なようで、module load ...
なので
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /etc/modulefiles/emClarity
#%Module1.0
#
module unload IMOD
module load IMOD/4.10
module load chimera
set-alias emClarity /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarit...
[root@c ~]#
}}
とかに.
IMOD/4.10のmodulefileとしては
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
set imod /apps/imod_4.10.48
#
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-ope...
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
set-alias subm "submfg \!* &"
}}
とかで.
終了行:
本家様 [[https://github.com/bHimes/emClarity>+https://git...
[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30349041>+https://w...
MATLABなアプリ。ソースコードが公開されてMATLABを持ってい...
だが、コンパイル済みのバイナリーも提供されている。なので...
この「MATLAB Compiler Runtime (MCR)」は[[https://jp.mathw...
っで、いろいろな種類のRuntimeがあるが、emClarityの「LTS 1...
***MATLAB Runtimeのインストール [#p8bee946]
先の[[https://jp.mathworks.com/products/compiler/matlab-r...
ダウンロードされるファイルは「MATLAB_Runtime_R2019a_Updat...
&ref(2020y05m20d_234548054.png,nolink);
インストール方法は [[MATLAB]] 参照
***emClarity(MATLAB コンパイル済み版)を入手 [#j368aa33]
emClarityのwikiページに移って[[https://github.com/bHimes/...
&ref(2020y10m24d_095309439.png,nolink);
リンクをクリックすると google drive に移ります。そこでダ...
&ref(2020y10m24d_095450476.png,nolink);
これでファイル「emClarity_1.5.1.0.zip」(265MB)が取得でき...
これを配置します。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps
[root@c apps]# unzip /apps/src/emClarity_1.5.1.0.zip
}}
展開される中身は
#code(nonumber){{
[root@c apps]# cd emClarity_1.5.1.0
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -CF
bin/ docs/ lib/
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/
total 51880
drwxr-xr-x 5 root root 190 Jun 11 05:32 deps/
-rwxr--r-- 1 root root 53115000 Jun 11 20:01 emClarity_1_...
-rwxr-xr-x 1 root root 4350 Jun 11 20:01 emClarity_1_...
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
「emClarity_1_5_1_0」に実行権が入ってないので「chmod +x e...
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# chmod +x emClarity_1_5_1_0
}}
その他に配布ディレクトリを見てみると
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
lrwxrwxrwx 1 root root 48 Oct 24 10:12 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
「emC_reconstruct3d」がリンクファイルなのだが、参照先が？...
#code(nonumber){{
[root@c emClarity_1.5.1.0]# rm bin/deps/emC_reconstruct3d
[root@c emClarity_1.5.1.0]# mv bin/deps/emC_reconstruct3d...
[root@c emClarity_1.5.1.0]# ls -lF bin/deps/
total 167008
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 19 2020 autodoc/
drwxr-xr-x 3 root root 21 Apr 18 2020 bin/
-rw-r--r-- 1 root root 31 Apr 18 2020 cisTEMDeps.txt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 18 2020 com/
-rwxr-xr-x 1 root root 55563272 Apr 18 2020 emC_ctffind*
-rwxr-xr-x 1 root root 57561952 Apr 18 2020 emC_reconstr...
-rwxr-xr-x 1 root root 57860976 Apr 18 2020 emC_refine3d*
-rw-r--r-- 1 root root 182 Apr 18 2020 imodDeps.txt
-rw-r--r-- 1 root root 8 Apr 18 2020 VERSION
[root@c emClarity_1.5.1.0]#
}}
あと「bin/deps/autodoc/」にリンク参照先がないファイルが多...
***設定 [#q3fdf8a7]
一部修正する必要がある.
まずは、MATLAB Runtimeのインストール時に提示される runtim...
&size(0){既に 「/etc/ld.conf.d/」 とかで定義されているか...
そのためのファイル「/apps/MATLAB/mcr_bash.sh」を用意します
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /apps/MATLAB/mcr_bash.sh
_LD_LIBRARY_PATH=/apps/MATLAB/MATLAB_Runtime/v96/runtime/...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
_LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:/apps/MATLAB/MATLAB_...
export LD_LIBRARY_PATH=${_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_P...
[root@c ~]#
}}
そして「/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19...
#code(diff,nonumber){{
--- /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a.or...
+++ /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarity_1_5_1_0_v19a 2...
@@ -7,12 +7,12 @@
#Please modify this line to point to the text file in yo...
#where you pasted the lines suggested to add to LD_LIBRA...
#MCR_BASH="/work/thirdParty/MATLAB/mcr_bash.sh"
-MCR_BASH=/groups/grigorieff/home/himesb/thirdParty/MTL_M...
+MCR_BASH=/apps/MATLAB/mcr_bash.sh
#Please modify this line to point to the install for emC...
#emClarity_ROOT=/work/emClarity
-export emClarity_ROOT=/groups/grigorieff/home/himesb/wor...
+export emClarity_ROOT=/apps/emClarity_1.5.1.0
export LD_LIBRARY_PATH=${emClarity_ROOT}/lib:${LD_LIBRAR...
# This is added in the middle of the emClarity run scrip...
}}
この修正後、emClarityが正しく動くかチェックします
#code(nonumber){{
[root@c ~]# /apps/emClarity/bin/emClarity_1_5_0_4_v19a ch...
Found tmpfs /dev/shm with max mem 3958548 bytes
using this for MCR_CACHE_ROOT
##############
Created a tmp MCR_CACHE locally at /dev/shm/emC_t...
Available mem is 3.77517 GB
Started emC_memClean to make sure it removed in t...
Default kill time is a max of 10080 minutes
##############
emC_cisTEMDepPath =
'/apps/emClarity_1.5.1.0/bin/deps'
***************************************
emClarity version 8307477
run starting on 24-Oct-2020 11:31:35
cmd check
***************************************
/bin/bash: /apps/emClarity_1.5.1.0/testScripts/BH_checkIn...
***************************************
run ending on 24-Oct-2020 11:31:36
***************************************
[root@c ~]#
}}
と問題ないみたい. 「BH_checkInstall.sh」は見当たらない...
***EnvironmentModules [#f847621b]
使用するにはIMOD-4.10.18以上が必要なようで、module load ...
なので
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /etc/modulefiles/emClarity
#%Module1.0
#
module unload IMOD
module load IMOD/4.10
module load chimera
set-alias emClarity /apps/emClarity_1.5.1.0/bin/emClarit...
[root@c ~]#
}}
とかに.
IMOD/4.10のmodulefileとしては
#code(nonumber){{
#%Module1.0
#
set imod /apps/imod_4.10.48
#
prepend-path PATH $imod/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $imod/lib
prepend-path MANPATH $imod/man
setenv IMOD_DIR $imod
setenv IMOD_QTLIBDIR $imod/qtlib
setenv IMOD_PLUGIN_DIR $imod/lib/imodplug
#setenv IMOD_JAVADIR /usr/lib/jvm/java-1.8.0-ope...
setenv IMOD_JAVADIR /usr
setenv FOR_DISABLE_STACK_TRACE 1
setenv IMOD_CALIB_DIR $imod/autodoc
set-alias subm "submfg \!* &"
}}
とかで.
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