gP2S をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://github.com/arohou/gP2S>+https://github.c...
cryo-EM向けの電子実験ノート.
作ったグリッドとかサンプルとかを記録していきます. あと作...
研究リソースの管理にはいいかもしれません.
実験プロトコルも登録できて、トレースが楽かもしれません.
アプリとしてもdockerでも運用できるみたい.
フロントエンドはVue.jsで、バックエンドは SPRING によるjav...
ユーザアカウント管理[[gP2S/account]]
試しにデータを入力してみた[[gP2S/sample]]
***dokcer版を作ってみる [#bfccf922]
dokcer環境の構築はこちらを参照 [[docker]]
まずはgitを取得する
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ git clone https://github.com/arohou/gP2S
}}
使用するのは gP2S/docker-compose.yml だけなのですが、、、
構築方法はこの docker-compose.yml ファイルにも書かれてい...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ head -n 10 gP2S/docker-compose.yml
# Start.
# docker swarm init
# docker stack deploy -c docker-compose.yml gp2s_stack
# docker service ls
#
# Stop and remove services along with database volumes.
# docker stack rm gp2s_stack
# docker swarm leave --force
#
version: "3"
[illya@docker ~]$
}}
っと、「&color(magenta){docker swarm init};」「&color(mag...
どうやらdockerのswarmモードで構築するようで. &color(red){...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker swarm init
Swarm initialized: current node (略) is now a manager.
To add a worker to this swarm, run the following command:
docker swarm join --token SWMTKN-1-3wplhs8(略) 192.16...
To add a manager to this swarm, run 'docker swarm join-to...
[illya@docker ~]$
}}
これ以降「docker swarm join ...」とか実行するのかなと思う...
なので
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker stack deploy -c gP2S/docker-comp...
Ignoring deprecated options:
container_name: Setting the container name is not support...
Creating network gp2s_stack_gp2snet
Creating service gp2s_stack_apacheds
Creating service gp2s_stack_gp2s-service
Creating service gp2s_stack_mysql
Creating service gp2s_stack_mongodb
[illya@docker ~]$
(確認)
[illya@docker ~]$ docker service ls
ID NAME MODE ...
z7zvk3uufg8q gp2s_stack_apacheds replicated ...
iklprg83ukck gp2s_stack_gp2s-service replicated ...
x61uxqjru2tq gp2s_stack_mongodb replicated ...
n75nuv70by9s gp2s_stack_mysql replicated ...
[illya@docker ~]$
}}
これでgP2Sは動く.
***アクセスする [#yefcfc30]
gP2Sはwebアプリ. dockerを動かした計算機の 8080 にブラウザ...
すると下記のような画面が表示される.
&ref(2020y05m12d_093944652.png,nolink);
初期アカウントは「admin」初期パスワードは「secret」です.
ログインするとこんな感じ
&ref(2020y05m12d_094315492.png,nolink);
***停止 [#sf0a2986]
#code(nonumber){{
(稼働の確認)
[illya@docker ~]$ docker service ls
ID NAME MODE ...
yezgox9iw0nh gp2s_stack_apacheds replicated ...
p1hzkz4batr6 gp2s_stack_gp2s-service replicated ...
j1dvgx3e9cw7 gp2s_stack_mongodb replicated ...
dy84hj47yu0t gp2s_stack_mysql replicated ...
(停止)
[illya@docker ~]$ docker stack rm gp2s_stack
}}
これでサービスが停止します。
この後、「docker-compose.yml」のパラメータを調整して再度...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker stack deploy -c gP2S/docker-comp...
}}
***運用 [#p4c70785]
gP2Sのサイトにも書かれているが、そのまま稼働してデータを...
&color(red){*};具体的には「docker stack rm gp2s_stack」で...
永続的にデータを残すには「docker-compose.yml」を調整する...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/docker-compose.yml b/docker-compose.yml
index 6fb19fd..d4fd2cd 100644
--- a/docker-compose.yml
+++ b/docker-compose.yml
@@ -22,8 +22,8 @@ services:
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
- #volumes:
- # - mysql_volume:/var/lib/mysql
+ volumes:
+ - mysql_volume:/var/lib/mysql
mongodb:
container_name: gp2s_mongodb
image: mongo:4.0.6
@@ -35,8 +35,8 @@ services:
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
- #volumes:
- # - mongo_volume:/data/db
+ volumes:
+ - mongo_volume:/data/db
apacheds:
container_name: gp2s_apacheds
image: openmicroscopy/apacheds:0.7.0
@@ -74,6 +74,6 @@ networks:
gp2snet:
#Uncomment below lines to have mysql and mongodb data pe...
-#volumes:
- #mongo_volume:
- #mysql_volume:
+volumes:
+ mongo_volume:
+ mysql_volume:
}}
これで「docker stack deploy -c gP2S/docker-compose.yml gp...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker volume ls
DRIVER VOLUME NAME
local 4fe641b83e791eaeb3d3f1387c3cd6055595c...
local ab450e1256ec03f2daf69a6f873bf18795fa0...
local cbf7052d592bc0a393efd25ae8a1af492264d...
local gp2s_stack_mongo_volume ...
local gp2s_stack_mysql_volume ...
[illya@docker ~]$
}}
これらは「docker stack rm gp2s_stack」としても、再起動し...
***日本語入力 [#w44ecfb8]
既定のままでは無理. エラーが発生します.
mysqlの所で「command」行を追加すれば回避できます. &color(...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/docker-compose.yml b/docker-compose.yml
index 6fb19fd..865587b 100644
--- a/docker-compose.yml
+++ b/docker-compose.yml
@@ -12,6 +12,7 @@ services:
mysql:
container_name: gp2s_mysql
image: mysql:5.7
+ command: mysqld --character-set-server=utf8 --collat...
ports:
- 3306:3306
environment:
@@ -19,6 +20,7 @@ services:
MYSQL_USER: gp2s_user
MYSQL_PASSWORD: password
MYSQL_DATABASE: gp2sdb
+ TZ: "Asia/Tokyo"
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
}}
終了行:
本家様 [[https://github.com/arohou/gP2S>+https://github.c...
cryo-EM向けの電子実験ノート.
作ったグリッドとかサンプルとかを記録していきます. あと作...
研究リソースの管理にはいいかもしれません.
実験プロトコルも登録できて、トレースが楽かもしれません.
アプリとしてもdockerでも運用できるみたい.
フロントエンドはVue.jsで、バックエンドは SPRING によるjav...
ユーザアカウント管理[[gP2S/account]]
試しにデータを入力してみた[[gP2S/sample]]
***dokcer版を作ってみる [#bfccf922]
dokcer環境の構築はこちらを参照 [[docker]]
まずはgitを取得する
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ git clone https://github.com/arohou/gP2S
}}
使用するのは gP2S/docker-compose.yml だけなのですが、、、
構築方法はこの docker-compose.yml ファイルにも書かれてい...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ head -n 10 gP2S/docker-compose.yml
# Start.
# docker swarm init
# docker stack deploy -c docker-compose.yml gp2s_stack
# docker service ls
#
# Stop and remove services along with database volumes.
# docker stack rm gp2s_stack
# docker swarm leave --force
#
version: "3"
[illya@docker ~]$
}}
っと、「&color(magenta){docker swarm init};」「&color(mag...
どうやらdockerのswarmモードで構築するようで. &color(red){...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker swarm init
Swarm initialized: current node (略) is now a manager.
To add a worker to this swarm, run the following command:
docker swarm join --token SWMTKN-1-3wplhs8(略) 192.16...
To add a manager to this swarm, run 'docker swarm join-to...
[illya@docker ~]$
}}
これ以降「docker swarm join ...」とか実行するのかなと思う...
なので
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker stack deploy -c gP2S/docker-comp...
Ignoring deprecated options:
container_name: Setting the container name is not support...
Creating network gp2s_stack_gp2snet
Creating service gp2s_stack_apacheds
Creating service gp2s_stack_gp2s-service
Creating service gp2s_stack_mysql
Creating service gp2s_stack_mongodb
[illya@docker ~]$
(確認)
[illya@docker ~]$ docker service ls
ID NAME MODE ...
z7zvk3uufg8q gp2s_stack_apacheds replicated ...
iklprg83ukck gp2s_stack_gp2s-service replicated ...
x61uxqjru2tq gp2s_stack_mongodb replicated ...
n75nuv70by9s gp2s_stack_mysql replicated ...
[illya@docker ~]$
}}
これでgP2Sは動く.
***アクセスする [#yefcfc30]
gP2Sはwebアプリ. dockerを動かした計算機の 8080 にブラウザ...
すると下記のような画面が表示される.
&ref(2020y05m12d_093944652.png,nolink);
初期アカウントは「admin」初期パスワードは「secret」です.
ログインするとこんな感じ
&ref(2020y05m12d_094315492.png,nolink);
***停止 [#sf0a2986]
#code(nonumber){{
(稼働の確認)
[illya@docker ~]$ docker service ls
ID NAME MODE ...
yezgox9iw0nh gp2s_stack_apacheds replicated ...
p1hzkz4batr6 gp2s_stack_gp2s-service replicated ...
j1dvgx3e9cw7 gp2s_stack_mongodb replicated ...
dy84hj47yu0t gp2s_stack_mysql replicated ...
(停止)
[illya@docker ~]$ docker stack rm gp2s_stack
}}
これでサービスが停止します。
この後、「docker-compose.yml」のパラメータを調整して再度...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker stack deploy -c gP2S/docker-comp...
}}
***運用 [#p4c70785]
gP2Sのサイトにも書かれているが、そのまま稼働してデータを...
&color(red){*};具体的には「docker stack rm gp2s_stack」で...
永続的にデータを残すには「docker-compose.yml」を調整する...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/docker-compose.yml b/docker-compose.yml
index 6fb19fd..d4fd2cd 100644
--- a/docker-compose.yml
+++ b/docker-compose.yml
@@ -22,8 +22,8 @@ services:
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
- #volumes:
- # - mysql_volume:/var/lib/mysql
+ volumes:
+ - mysql_volume:/var/lib/mysql
mongodb:
container_name: gp2s_mongodb
image: mongo:4.0.6
@@ -35,8 +35,8 @@ services:
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
- #volumes:
- # - mongo_volume:/data/db
+ volumes:
+ - mongo_volume:/data/db
apacheds:
container_name: gp2s_apacheds
image: openmicroscopy/apacheds:0.7.0
@@ -74,6 +74,6 @@ networks:
gp2snet:
#Uncomment below lines to have mysql and mongodb data pe...
-#volumes:
- #mongo_volume:
- #mysql_volume:
+volumes:
+ mongo_volume:
+ mysql_volume:
}}
これで「docker stack deploy -c gP2S/docker-compose.yml gp...
#code(nonumber){{
[illya@docker ~]$ docker volume ls
DRIVER VOLUME NAME
local 4fe641b83e791eaeb3d3f1387c3cd6055595c...
local ab450e1256ec03f2daf69a6f873bf18795fa0...
local cbf7052d592bc0a393efd25ae8a1af492264d...
local gp2s_stack_mongo_volume ...
local gp2s_stack_mysql_volume ...
[illya@docker ~]$
}}
これらは「docker stack rm gp2s_stack」としても、再起動し...
***日本語入力 [#w44ecfb8]
既定のままでは無理. エラーが発生します.
mysqlの所で「command」行を追加すれば回避できます. &color(...
#code(diff,nonumber){{
diff --git a/docker-compose.yml b/docker-compose.yml
index 6fb19fd..865587b 100644
--- a/docker-compose.yml
+++ b/docker-compose.yml
@@ -12,6 +12,7 @@ services:
mysql:
container_name: gp2s_mysql
image: mysql:5.7
+ command: mysqld --character-set-server=utf8 --collat...
ports:
- 3306:3306
environment:
@@ -19,6 +20,7 @@ services:
MYSQL_USER: gp2s_user
MYSQL_PASSWORD: password
MYSQL_DATABASE: gp2sdb
+ TZ: "Asia/Tokyo"
networks:
- gp2snet
#Uncomment below two lines to have mysql data persis...
}}
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