reliosparc をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://github.com/tribell4310/reliosparc>+https...
「reliosparc - interfacing between cryoSPARC and Relion」...
Python3.5以降の対応なので CentOS7 の標準は 2.7.5 なので無...
cudaの絡みとかもないのでOS提供の python3 を使う形で relio...
&size(10){pyenv/anacondaで環境を分けてもいいが、ツールの...
***下準備 [#jeed9074]
OS提供のpython3を入れる
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# yum install epel-release
[root@centos7 ~]# yum install python3 python36-numpy dos2...
[root@centos8 ~]# dnf --enablerepo=powertools install pyt...
}}
***インストール [#p74c44cc]
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps
[root@centos7 apps]# git clone https://github.com/tribell...
}}
ちょいと修正
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps/reliosparc
[root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py
cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable, wit...
[root@centos7 reliosparc]# dos2unix cs_to_stars.py
dos2unix: converting file cs_to_stars.py to Unix format ...
[root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py
cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable ...
[root@centos7 reliosparc]#
(行頭を修正)
[root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py (...
"""
Tristan Bell
[root@centos7 reliosparc]# sed -i '1s/^/#!\/usr\/bin\/pyt...
[root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py
#!/usr/bin/python3
"""
[root@centos7 reliosparc]# chmod +x cs_to_stars.py
}}
と使用するpython3を指定しました.
&size(10){「python3 /apps/reliosparc/cs_to_stars.py」で実...
***EnvironmentModules [#a37c53ea]
「/etc/modulefiles/reliosparc 」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set-alias cs_to_stars.py /apps/reliosparc/cs_to_stars.py
}}
***使い方 [#w3728778]
#code(nonumber){{
module load reliosparc
cs_to_stars.py
}}
***メモ [#x505d559]
本家様には
「The cs_to_stars.py script can take a cryosparc *.cs fil...
と書かれています。
その csparc2star は [[PyEM]] にあります.
終了行:
本家様 [[https://github.com/tribell4310/reliosparc>+https...
「reliosparc - interfacing between cryoSPARC and Relion」...
Python3.5以降の対応なので CentOS7 の標準は 2.7.5 なので無...
cudaの絡みとかもないのでOS提供の python3 を使う形で relio...
&size(10){pyenv/anacondaで環境を分けてもいいが、ツールの...
***下準備 [#jeed9074]
OS提供のpython3を入れる
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# yum install epel-release
[root@centos7 ~]# yum install python3 python36-numpy dos2...
[root@centos8 ~]# dnf --enablerepo=powertools install pyt...
}}
***インストール [#p74c44cc]
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps
[root@centos7 apps]# git clone https://github.com/tribell...
}}
ちょいと修正
#code(nonumber){{
[root@centos7 ~]# cd /apps/reliosparc
[root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py
cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable, wit...
[root@centos7 reliosparc]# dos2unix cs_to_stars.py
dos2unix: converting file cs_to_stars.py to Unix format ...
[root@centos7 reliosparc]# file cs_to_stars.py
cs_to_stars.py: Python script, ASCII text executable ...
[root@centos7 reliosparc]#
(行頭を修正)
[root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py (...
"""
Tristan Bell
[root@centos7 reliosparc]# sed -i '1s/^/#!\/usr\/bin\/pyt...
[root@centos7 reliosparc]# head -n 3 cs_to_stars.py
#!/usr/bin/python3
"""
[root@centos7 reliosparc]# chmod +x cs_to_stars.py
}}
と使用するpython3を指定しました.
&size(10){「python3 /apps/reliosparc/cs_to_stars.py」で実...
***EnvironmentModules [#a37c53ea]
「/etc/modulefiles/reliosparc 」
#code(nonumber){{
#%Module1.0
set-alias cs_to_stars.py /apps/reliosparc/cs_to_stars.py
}}
***使い方 [#w3728778]
#code(nonumber){{
module load reliosparc
cs_to_stars.py
}}
***メモ [#x505d559]
本家様には
「The cs_to_stars.py script can take a cryosparc *.cs fil...
と書かれています。
その csparc2star は [[PyEM]] にあります.
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