slabify-et をテンプレートにして作成
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開始行:
本家様 [[https://github.com/CellArchLab/slabify-et>+https...
A CLI tool to segment the lamella slab in cryo-ET volumes
conda環境で構築するようで、ここではpyenv-anaconda/minifor...
っで
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profi...
}}
その上で slabify-et を構築します
#code(nonumber){{
conda create -n slabify python=3.12
conda activate slabify
cd /apps/src
git clone https://github.com/CellArchLab/slabify-et.git
cd slabify-et
pip install .
}}
Environment-modules
「/apps/modulefiles/slabify」
#code(nonumber){{
#%Module
module load IMOD
set root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-...
prepend-path PATH $root/bin
}}
終了行:
本家様 [[https://github.com/CellArchLab/slabify-et>+https...
A CLI tool to segment the lamella slab in cryo-ET volumes
conda環境で構築するようで、ここではpyenv-anaconda/minifor...
っで
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profi...
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profi...
}}
その上で slabify-et を構築します
#code(nonumber){{
conda create -n slabify python=3.12
conda activate slabify
cd /apps/src
git clone https://github.com/CellArchLab/slabify-et.git
cd slabify-et
pip install .
}}
Environment-modules
「/apps/modulefiles/slabify」
#code(nonumber){{
#%Module
module load IMOD
set root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-...
prepend-path PATH $root/bin
}}
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