ubuntu をテンプレートにして作成
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ubuntu20.04 LTS
&size(10){パッケージ管理[[ubuntu/apt]]};
&size(10){[[ubuntu/18.04]],[[ubuntu/16.04]]};
[[ubuntu/netplan]]
***nvidiaドライバーインストール [#o0cd23ff]
ubuntuの場合はnvidia提供のドライバーをダウンロードしてイ...
参照[[NVIDIA/ubuntu]]
***開発環境 [#wce2446c]
#code(nonumber){{
apt install build-essential mpi-default-dev git
apt install libfftw3-dev libtiff-dev
}}
***nfsマウント [#ye8320f7]
#code(nonumber){{
apt install nfs-common
or
apt install nfs-kernel-server
}}
***singularityのインストール [#g44b4793]
20.04向けのパッケージはないみたい. っでコンパイルして作る...
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 20.04.5 LTS"
root@ubuntu:~# apt install alien
root@ubuntu:~# wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel...
root@ubuntu:~# alien -d singularity-3.8.7-1.el8.x86_64.rpm
root@ubuntu:~# ls -l singularity*
-rw-r--r-- 1 root root 38062292 3月 18 2022 singularity...
-rw-r--r-- 1 root root 27263652 11月 29 13:16 singularity...
root@ubuntu:~#
root@ubuntu:~# apt install ./singularity_3.8.7-2_amd64.deb
root@ubuntu:~# echo "user.max_user_namespaces=10000" >> /...
root@ubuntu:~# sysctl -p
root@ubuntu:~# singularity config fakeroot --add illya
}}
***OSインストール [#d21757a0]
物理マシンに対して行ってます
対称にはnvidiaカード(GeForce GT 710)が搭載されている. CPU...
ここではBIOS操作にてpci-e由来の「GeForce GT 710」をプライ...
取得した「ubuntu-20.04.2-desktop-amd64.iso」を8GB USBメモ...
USBメモリーを装着させ電源ボタンを押下. 直後にbootデバイス...
BIOSのboot選択画面に、UEFIかBIOSかを問われる
&size(10){&color(white,blue){留意}; BIOS経由、UEFI経由と...
ここではUEFI経由でインストールを行う. GNU GRUB画面で「Ubu...
&size(10){「Ubuntu」を選ぶとその後の操作で画面が上下で縮...
-既設のストレージがLVMで構成されていると弄れない..
&size(10){単にスライスされていれば手動で新たな領域を作り...
-ネットワークの設定が出来ない
&size(10){DHCPがあればOSインストール時のupdateが可能. 無...
-system領域をLVMでお任せ作成するとswapは2GBになる
&size(10){メモリー搭載量次第かもしれない};
サードパティのプログラムをOSインストール時に組み込ませる...
-nvidia.koはインストールされるが cuda ライブラリ関係はイ...
-ドライバーは 460.32.03 がインストールされる &size(10){O...
#code(nonumber){{
root@e:~# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 460.32.03...
GCC version:
root@e:~#
}}
***cudaインストール [#hc78d9b7]
nvidia cudaのサイトでは 下記バージョンを utuntu20.04 対応...
-CUDA Toolkit 11.2 Update 2
-CUDA Toolkit 11.1 Update 1
-CUDA Toolkit 11.0 Update 1
一方でubuntuでは自身のリポジトリから提供するcudaライブラ...
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install nvidia-cuda-toolkit
}}
ただ現状インストールされる&color(orangered){cudaライブラ...
なので本家のnvidiaから提供されているcudaライブラリを利用...
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/r...
mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-reposi...
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-...
apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80...
apt-get update
apt-get -y install cuda
}}
cuda-11.7なら
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/r...
sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-r...
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local_11.7.0-515.4...
sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local/cuda-*-keyri...
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda
}}
この際のフォルダ構成は下記になります
#code(nonumber){{
root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx 1 root root 22 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
lrwxrwxrwx 1 root root 25 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 15 root root 293 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
root@e:~#
}}
クライオ関係のアプリに於いて最新の11.2があれば大抵は大丈...
ubuntu20.04でサポート外のcuda10.2をインストールするには r...
その際、インストールする対象物は「CUDA Runtime」だけにし...
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
chmod +x cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
./cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run --override
}}
&ref(2021y04m06d_132700770.png,nolink);
これでインストールを行うと下記のようになる
#code(nonumber){{
root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx 1 root root 22 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 4 root root 95 4月 6 13:31 /usr/local/cuda...
lrwxrwxrwx 1 root root 25 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 15 root root 293 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
root@e:~#
}}
&size(10){もしcudaへのリンクが10.2とかになっていたら「upd...
***cryoアプリ [#n501152c]
「apt install environment-modules」
-relion
#code(nonumber){{
apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi...
apt install evince texlive-fonts-extra texlive-fonts-reco...
mkdir -p /apps/src && cd $_
git clone https://github.com/3dem/relion && cd relion
git checkout ver3.1
mkdir b && cd $_
cmake -DCUDA_ARCH=35 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-...
}}
&color(red){*};&size(10){公式にさらに「libfltk1.3-dev」「...
&size(10){「libpng-dev」は不要かも};
-sidesplitter
#code(nonumber){{
cd /apps
git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicin...
cd SIDESPLITTER
bash compile.sh
chmod +x sidesplitter_wrapper.sh
}}
-chimeraX
#code(nonumber){{
dpkg -i ucsf-chimerax-1.3ubuntu20.04_amd64.deb
}}
-chimera
#code(nonumber){{
chmod +x chimera-1.16-linux_x86_64.bin
./chimera-1.16-linux_x86_64.bin
}}
-pymol
#code(nonumber){{
apt install python3-dev python3-distutils libglew-dev lib...
git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
python3 setup.py build
python3 setup.py install --prefix=/apps/PyMOL
}}
-eman2
#code(nonumber){{
bash ./eman2.91_sphire1.4_sparx.linux64.sh
}}
-imod
#code(nonumber){{
bash ./imod_4.11.3_RHEL7-64_CUDA8.0.sh -dir /apps -script...
}}
&color(red){*};&size(10){「/usr/bin/python」を求める. な...
-pyenv/anaconda
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
pyenv install anaconda3-5.3.1
pyenv global anaconda3-5.3.1
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
conda update conda
}}
minicondaでconda-forgeで攻めるなら
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniconda3-4.7.12
pyenv global miniconda3-4.7.12
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$...
conda config --add channels conda-forge
conda config --remove channels defaults
conda update conda -y
}}
-coot
ubuntu22.04はそのままでは駄目.
[[http://nz2.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openss...
#code(nonumber){{
dpkg -i /Public/em/libssl1.1_1.1.1f-1ubuntu2.20_amd64.deb
cd /apps
tar xf /Public/em/coot-0.9.8-binary-Linux-x86_64-ubuntu-2...
}}
-phenix
***sshの有効化 [#t6d9eb41]
既定ではsshサーバは入っていない
#code(nonumber){{
apt update
apt install openssh-server
vi /etc/ssh/sshd_config
PermitRootLogin yes
systemctl restart sshd
}}
***rootの有効化 [#cab252f7]
#code(nonumber){{
sudo su - root
passwd
}}
***自動update禁止 [#g61d4ec0]
#code(nonumber){{
vi /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";
}}
***autofs [#g12e4a4b]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install autofs
root@e:~# echo "/- /etc/auto.home" >> /etc/auto.master
root@e:~# echo "/home c:/home" >> /etc/auto.home
root@e:~# systemctl restart autofs
}}
***ldapと連携 [#y9bd7e91]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install libnss-ldapd libpam-ldapd ldap-util...
}}
パッケージのインストールと共に「nslcd」が起動する
|LDAP server URI:|ldap://192.168.0.81/|
|LDAP server search base:|dc=sybyl,dc=local|
この次に「libnss-ldapd」の設定が続く
|Name services to configure:|passwd,group,shadowを選択|
引き続き「ldap-auth-config」の設定が行われる
|LDAP server Uniform Resource Identifier:|ldap://192.168....
|Distinguished name of the search base:|dc=sybyl,dc=local|
|LDAP version to use:|3|
|Make local root Database admin:|No|
|Does the LDAP database require login?|No|
これで完了.
pamの設定は「pam-auth-update」で修正可能. 「ldap-auth-con...
#code(nonumber){{
root@e:~# dpkg-reconfigure ldap-auth-config
}}
もしldapへの接続がanonymousでは駄目な場合は下記コマンドで...
#code(nonumber){{
root@e:~# dpkg-reconfigure nslcd
}}
|LDAP server URI:|ldap://192.168.0.81/|
|LDAP server search base:|dc=sybyl,dc=local|
|LDAP authentication to use:|simple&br;&color(red){*};&si...
|LDAP database user:|cn=Manager,dc=sybyl,dc=local&br;&col...
|LDAP user password:|[LDAP database user]のパスワード|
|Use StartTLS?|No|
この定義は「/etc/nslcd.conf」に反映される
#code(nonumber){{
root@ubuntu:/etc# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/nslc...
uid nslcd
gid nslcd
uri ldap://192.168.0.81/
base dc=sybyl,dc=local
binddn cn=Manager,dc=sybyl,dc=local
bindpw xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
tls_cacertfile /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
root@ubuntu:/etc#
}}
&color(red){*};&size(10){生のパスワードが記載される..一応...
&size(10){getent passwdでユーザは見えるがidコマンドではユ...
***ldapと連携(その２) [#ibc9ad10]
sssを使う場合
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt install sssd sssd-ldap
root@ubuntu:~# /etc/sssd/sssd.conf
[domain/default]
autofs_provider = ldap
cache_credentials = True
ldap_search_base = dc=sybyl,dc=local
id_provider = ldap
auth_provider = ldap
chpass_provider = ldap
ldap_uri = ldap://192.168.0.81/
ldap_id_use_start_tls = False
ldap_tls_cacertdir = /etc/openldap/cacerts
ldap_tls_reqcert = never
# ldapサーバがanonymousを拒否するなら代理を立てる. ここで...
#ldap_default_bind_dn = cn=admin,dc=sybyl,dc=local
#ldap_default_authtok = xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
[sssd]
services = nss, pam, autofs
domains = default
[nss]
homedir_substring = /home
[pam]
[sudo]
[autofs]
[ssh]
[pac]
[ifp]
[secrets]
[session_recording]
root@ubuntu:~# chmod 600 /etc/sssd/sssd.conf
root@ubuntu:~# systemctl restart sssd
}}
***nisとの連携 [#fa6736be]
***samba-adとの連携 [#o695c95a]
***Teamviewer [#re4ee2dc]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install ./teamviewer_15.16.8_amd64.deb
:
root@e:~# ps -ef |grep team
root 33589 1 0 16:27 ? 00:00:00 /opt/...
root 34141 33011 0 16:27 pts/1 00:00:00 grep ...
root@e:~#
}}
***environment-modules [#d27710f4]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install environment-modules
root@e:~# dpkg -L environment-modules
root@e:~# vi /usr/share/modules/init/.modulespath
:
:
/apps/modulefiles
root@e:~#
}}
***メモ [#b12d7254]
リポジトリ一覧
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/apt/sou...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restr...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates ma...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates un...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates mu...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports ...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security univ...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security mult...
root@ubuntu:~#
}}
初回ログイン時に出てくる案内をやめたい
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt remove gnome-initial-setup
}}
あとこれも
#code(nonumber){{
apt remove update-notifier
}}
sshログイン時のメッセージも辞めたい
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# chmod -x /etc/update-motd.d/*
}}
***自動更新を止める [#o793188d]
これかな
[[https://qiita.com/latin1/items/a8db4dff2ba5480e3cd7>+ht...
***無線 [#n691586e]
「Buffalo WI-U3-866DS」は「RTL8812AU」チップ
「apt install rtl8812au-dkms」か「apt install realtek-rtl...
あるいは
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/gnab/rtl8812au
cd rtl8812au
make
sudo insmod 8812au.ko
sudo cp 8812au.ko /lib/modules/$(uname -r)/kernel/drivers...
sudo depmod
echo 8812au | sudo tee -a /etc/modules
}}
***docker [#yfc25e4b]
#code(nonumber){{
apt-get update -y && sudo apt-get upgrade -y
apt-get install apt-transport-https curl gnupg-agent ca-c...
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | \
sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/docker.gpg
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.gpg
echo \
"deb [arch=$(dpkg --print-architecture) \
signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.gpg] \
https://download.docker.com/linux/ubuntu \
$(lsb_release -cs) stable" | \
sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt update
sudo apt install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io...
apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io -y
systemctl enable docker && sudo systemctl start docker
}}
***nis [#q7244628]
[[NIS/ubuntu]]
終了行:
ubuntu20.04 LTS
&size(10){パッケージ管理[[ubuntu/apt]]};
&size(10){[[ubuntu/18.04]],[[ubuntu/16.04]]};
[[ubuntu/netplan]]
***nvidiaドライバーインストール [#o0cd23ff]
ubuntuの場合はnvidia提供のドライバーをダウンロードしてイ...
参照[[NVIDIA/ubuntu]]
***開発環境 [#wce2446c]
#code(nonumber){{
apt install build-essential mpi-default-dev git
apt install libfftw3-dev libtiff-dev
}}
***nfsマウント [#ye8320f7]
#code(nonumber){{
apt install nfs-common
or
apt install nfs-kernel-server
}}
***singularityのインストール [#g44b4793]
20.04向けのパッケージはないみたい. っでコンパイルして作る...
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# grep PRETTY_NAME /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 20.04.5 LTS"
root@ubuntu:~# apt install alien
root@ubuntu:~# wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel...
root@ubuntu:~# alien -d singularity-3.8.7-1.el8.x86_64.rpm
root@ubuntu:~# ls -l singularity*
-rw-r--r-- 1 root root 38062292 3月 18 2022 singularity...
-rw-r--r-- 1 root root 27263652 11月 29 13:16 singularity...
root@ubuntu:~#
root@ubuntu:~# apt install ./singularity_3.8.7-2_amd64.deb
root@ubuntu:~# echo "user.max_user_namespaces=10000" >> /...
root@ubuntu:~# sysctl -p
root@ubuntu:~# singularity config fakeroot --add illya
}}
***OSインストール [#d21757a0]
物理マシンに対して行ってます
対称にはnvidiaカード(GeForce GT 710)が搭載されている. CPU...
ここではBIOS操作にてpci-e由来の「GeForce GT 710」をプライ...
取得した「ubuntu-20.04.2-desktop-amd64.iso」を8GB USBメモ...
USBメモリーを装着させ電源ボタンを押下. 直後にbootデバイス...
BIOSのboot選択画面に、UEFIかBIOSかを問われる
&size(10){&color(white,blue){留意}; BIOS経由、UEFI経由と...
ここではUEFI経由でインストールを行う. GNU GRUB画面で「Ubu...
&size(10){「Ubuntu」を選ぶとその後の操作で画面が上下で縮...
-既設のストレージがLVMで構成されていると弄れない..
&size(10){単にスライスされていれば手動で新たな領域を作り...
-ネットワークの設定が出来ない
&size(10){DHCPがあればOSインストール時のupdateが可能. 無...
-system領域をLVMでお任せ作成するとswapは2GBになる
&size(10){メモリー搭載量次第かもしれない};
サードパティのプログラムをOSインストール時に組み込ませる...
-nvidia.koはインストールされるが cuda ライブラリ関係はイ...
-ドライバーは 460.32.03 がインストールされる &size(10){O...
#code(nonumber){{
root@e:~# cat /proc/driver/nvidia/version
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 460.32.03...
GCC version:
root@e:~#
}}
***cudaインストール [#hc78d9b7]
nvidia cudaのサイトでは 下記バージョンを utuntu20.04 対応...
-CUDA Toolkit 11.2 Update 2
-CUDA Toolkit 11.1 Update 1
-CUDA Toolkit 11.0 Update 1
一方でubuntuでは自身のリポジトリから提供するcudaライブラ...
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install nvidia-cuda-toolkit
}}
ただ現状インストールされる&color(orangered){cudaライブラ...
なので本家のnvidiaから提供されているcudaライブラリを利用...
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/r...
mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-reposi...
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.2-460.32.03-...
apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80...
apt-get update
apt-get -y install cuda
}}
cuda-11.7なら
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/r...
sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-r...
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local_11.7.0-515.4...
sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-7-local/cuda-*-keyri...
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda
}}
この際のフォルダ構成は下記になります
#code(nonumber){{
root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx 1 root root 22 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
lrwxrwxrwx 1 root root 25 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 15 root root 293 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
root@e:~#
}}
クライオ関係のアプリに於いて最新の11.2があれば大抵は大丈...
ubuntu20.04でサポート外のcuda10.2をインストールするには r...
その際、インストールする対象物は「CUDA Runtime」だけにし...
#code(nonumber){{
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/1...
chmod +x cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
./cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run --override
}}
&ref(2021y04m06d_132700770.png,nolink);
これでインストールを行うと下記のようになる
#code(nonumber){{
root@e:~# ls -ld /usr/local/cuda*
lrwxrwxrwx 1 root root 22 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 4 root root 95 4月 6 13:31 /usr/local/cuda...
lrwxrwxrwx 1 root root 25 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
drwxr-xr-x 15 root root 293 4月 6 13:24 /usr/local/cuda...
root@e:~#
}}
&size(10){もしcudaへのリンクが10.2とかになっていたら「upd...
***cryoアプリ [#n501152c]
「apt install environment-modules」
-relion
#code(nonumber){{
apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi...
apt install evince texlive-fonts-extra texlive-fonts-reco...
mkdir -p /apps/src && cd $_
git clone https://github.com/3dem/relion && cd relion
git checkout ver3.1
mkdir b && cd $_
cmake -DCUDA_ARCH=35 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/apps/relion-...
}}
&color(red){*};&size(10){公式にさらに「libfltk1.3-dev」「...
&size(10){「libpng-dev」は不要かも};
-sidesplitter
#code(nonumber){{
cd /apps
git clone https://github.com/StructuralBiology-ICLMedicin...
cd SIDESPLITTER
bash compile.sh
chmod +x sidesplitter_wrapper.sh
}}
-chimeraX
#code(nonumber){{
dpkg -i ucsf-chimerax-1.3ubuntu20.04_amd64.deb
}}
-chimera
#code(nonumber){{
chmod +x chimera-1.16-linux_x86_64.bin
./chimera-1.16-linux_x86_64.bin
}}
-pymol
#code(nonumber){{
apt install python3-dev python3-distutils libglew-dev lib...
git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
python3 setup.py build
python3 setup.py install --prefix=/apps/PyMOL
}}
-eman2
#code(nonumber){{
bash ./eman2.91_sphire1.4_sparx.linux64.sh
}}
-imod
#code(nonumber){{
bash ./imod_4.11.3_RHEL7-64_CUDA8.0.sh -dir /apps -script...
}}
&color(red){*};&size(10){「/usr/bin/python」を求める. な...
-pyenv/anaconda
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
eval "$(pyenv init - --no-rehash)"
pyenv install anaconda3-5.3.1
pyenv global anaconda3-5.3.1
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.3.1/bin/:$PATH
conda update conda
}}
minicondaでconda-forgeで攻めるなら
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniconda3-4.7.12
pyenv global miniconda3-4.7.12
export PATH=$PYENV_ROOT/versions/miniconda3-4.7.12/bin/:$...
conda config --add channels conda-forge
conda config --remove channels defaults
conda update conda -y
}}
-coot
ubuntu22.04はそのままでは駄目.
[[http://nz2.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openss...
#code(nonumber){{
dpkg -i /Public/em/libssl1.1_1.1.1f-1ubuntu2.20_amd64.deb
cd /apps
tar xf /Public/em/coot-0.9.8-binary-Linux-x86_64-ubuntu-2...
}}
-phenix
***sshの有効化 [#t6d9eb41]
既定ではsshサーバは入っていない
#code(nonumber){{
apt update
apt install openssh-server
vi /etc/ssh/sshd_config
PermitRootLogin yes
systemctl restart sshd
}}
***rootの有効化 [#cab252f7]
#code(nonumber){{
sudo su - root
passwd
}}
***自動update禁止 [#g61d4ec0]
#code(nonumber){{
vi /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";
}}
***autofs [#g12e4a4b]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install autofs
root@e:~# echo "/- /etc/auto.home" >> /etc/auto.master
root@e:~# echo "/home c:/home" >> /etc/auto.home
root@e:~# systemctl restart autofs
}}
***ldapと連携 [#y9bd7e91]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install libnss-ldapd libpam-ldapd ldap-util...
}}
パッケージのインストールと共に「nslcd」が起動する
|LDAP server URI:|ldap://192.168.0.81/|
|LDAP server search base:|dc=sybyl,dc=local|
この次に「libnss-ldapd」の設定が続く
|Name services to configure:|passwd,group,shadowを選択|
引き続き「ldap-auth-config」の設定が行われる
|LDAP server Uniform Resource Identifier:|ldap://192.168....
|Distinguished name of the search base:|dc=sybyl,dc=local|
|LDAP version to use:|3|
|Make local root Database admin:|No|
|Does the LDAP database require login?|No|
これで完了.
pamの設定は「pam-auth-update」で修正可能. 「ldap-auth-con...
#code(nonumber){{
root@e:~# dpkg-reconfigure ldap-auth-config
}}
もしldapへの接続がanonymousでは駄目な場合は下記コマンドで...
#code(nonumber){{
root@e:~# dpkg-reconfigure nslcd
}}
|LDAP server URI:|ldap://192.168.0.81/|
|LDAP server search base:|dc=sybyl,dc=local|
|LDAP authentication to use:|simple&br;&color(red){*};&si...
|LDAP database user:|cn=Manager,dc=sybyl,dc=local&br;&col...
|LDAP user password:|[LDAP database user]のパスワード|
|Use StartTLS?|No|
この定義は「/etc/nslcd.conf」に反映される
#code(nonumber){{
root@ubuntu:/etc# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/nslc...
uid nslcd
gid nslcd
uri ldap://192.168.0.81/
base dc=sybyl,dc=local
binddn cn=Manager,dc=sybyl,dc=local
bindpw xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
tls_cacertfile /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
root@ubuntu:/etc#
}}
&color(red){*};&size(10){生のパスワードが記載される..一応...
&size(10){getent passwdでユーザは見えるがidコマンドではユ...
***ldapと連携(その２) [#ibc9ad10]
sssを使う場合
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt install sssd sssd-ldap
root@ubuntu:~# /etc/sssd/sssd.conf
[domain/default]
autofs_provider = ldap
cache_credentials = True
ldap_search_base = dc=sybyl,dc=local
id_provider = ldap
auth_provider = ldap
chpass_provider = ldap
ldap_uri = ldap://192.168.0.81/
ldap_id_use_start_tls = False
ldap_tls_cacertdir = /etc/openldap/cacerts
ldap_tls_reqcert = never
# ldapサーバがanonymousを拒否するなら代理を立てる. ここで...
#ldap_default_bind_dn = cn=admin,dc=sybyl,dc=local
#ldap_default_authtok = xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
[sssd]
services = nss, pam, autofs
domains = default
[nss]
homedir_substring = /home
[pam]
[sudo]
[autofs]
[ssh]
[pac]
[ifp]
[secrets]
[session_recording]
root@ubuntu:~# chmod 600 /etc/sssd/sssd.conf
root@ubuntu:~# systemctl restart sssd
}}
***nisとの連携 [#fa6736be]
***samba-adとの連携 [#o695c95a]
***Teamviewer [#re4ee2dc]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install ./teamviewer_15.16.8_amd64.deb
:
root@e:~# ps -ef |grep team
root 33589 1 0 16:27 ? 00:00:00 /opt/...
root 34141 33011 0 16:27 pts/1 00:00:00 grep ...
root@e:~#
}}
***environment-modules [#d27710f4]
#code(nonumber){{
root@e:~# apt install environment-modules
root@e:~# dpkg -L environment-modules
root@e:~# vi /usr/share/modules/init/.modulespath
:
:
/apps/modulefiles
root@e:~#
}}
***メモ [#b12d7254]
リポジトリ一覧
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# grep -v -e '^\s*#' -e '^\s*$' /etc/apt/sou...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restr...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates ma...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates un...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates mu...
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports ...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security univ...
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security mult...
root@ubuntu:~#
}}
初回ログイン時に出てくる案内をやめたい
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# apt remove gnome-initial-setup
}}
あとこれも
#code(nonumber){{
apt remove update-notifier
}}
sshログイン時のメッセージも辞めたい
#code(nonumber){{
root@ubuntu:~# chmod -x /etc/update-motd.d/*
}}
***自動更新を止める [#o793188d]
これかな
[[https://qiita.com/latin1/items/a8db4dff2ba5480e3cd7>+ht...
***無線 [#n691586e]
「Buffalo WI-U3-866DS」は「RTL8812AU」チップ
「apt install rtl8812au-dkms」か「apt install realtek-rtl...
あるいは
#code(nonumber){{
git clone https://github.com/gnab/rtl8812au
cd rtl8812au
make
sudo insmod 8812au.ko
sudo cp 8812au.ko /lib/modules/$(uname -r)/kernel/drivers...
sudo depmod
echo 8812au | sudo tee -a /etc/modules
}}
***docker [#yfc25e4b]
#code(nonumber){{
apt-get update -y && sudo apt-get upgrade -y
apt-get install apt-transport-https curl gnupg-agent ca-c...
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | \
sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/docker.gpg
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.gpg
echo \
"deb [arch=$(dpkg --print-architecture) \
signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.gpg] \
https://download.docker.com/linux/ubuntu \
$(lsb_release -cs) stable" | \
sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt update
sudo apt install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io...
apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io -y
systemctl enable docker && sudo systemctl start docker
}}
***nis [#q7244628]
[[NIS/ubuntu]]
ページ名:
1
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