xray/XDS をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
本家様 [[http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/>+http://xds....
半人前にも至らぬ愚生が知ったかぶりで書くようで非常に恐縮...
回折データを指数付け(index)、積分(integrate)、スケーリン...
まあーそんなんだ、っのレベルである。いつかは理解したいも...
XYCORR, INIT, COLSPOT, IDXREF, DEFPIX, XPLAN, INTEGRATE, ...
各処理には各種のパラメータが用意され、それを記述したファ...
xdsのマニュアル
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_parameter...
各検出器によって使われるテンプレート一覧
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_prepare.h...
https://code.google.com/p/xdsme/
***xds [#a2d21caa]
インストール先を /apps/xds にします。
関連アプリもすべてここに入れたいと思う。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/src
[root@c src]# wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linu...
[root@c src]# tar xzf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz -C ...
[root@c src]# mv /apps/XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /apps/...
[root@c src]# cd /apps/xds
[root@c xds]# ls -l
合計 24084
total 28448
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1175380 Jan 22 01:18 2cbf
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 906769 Jan 22 01:18 cellparm
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 2747 Jan 22 01:14 forkxds
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1311034 Jan 22 01:17 mcolspot
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3235941 Jan 22 01:16 mcolspot_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1187163 Jan 22 01:18 merge2cbf
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1881612 Jan 22 01:17 mintegrate
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3782592 Jan 22 01:17 mintegrate_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 964696 Jan 22 01:18 pix2lab
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3182025 Jan 22 01:16 xds
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1167086 Jan 22 01:18 xdsconv
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 5022009 Jan 22 01:15 xds_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1694335 Jan 22 01:18 xscale
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3591513 Jan 22 01:17 xscale_par
[root@c xds]#
}}
***xds-Viewer [#a0c242d8]
本家様 [[https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswik...
cmakeとQt4のライブラリが必要
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install cmake qt-devel
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# wget http://downloads.sourceforge.net/xds-v...
[root@c src]# tar xf xds-viewer-0.6.tar.gz && cd xds-view...
[root@c xds-viewer-0.6]# bash ./compile.sh
[root@c xds-viewer-0.6]# cp build/bin/xds-viewer /apps/...
}}
***Generate_XDS.INP [#u049f926]
[[https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index...
サイトにも記載されている下記コマンドで取ってくるのがいい...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x generate_XDS.INP
[root@c xds]# ls -l generate_XDS.INP
-rwxr-xr-x 1 root root 68478 Nov 8 04:05 generate_XDS.INP
[root@c xds]#
}}
***xdsstat [#n38697a5]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x xdsstat
}}
***xdsgui [#gdcf87a0]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x xdsgui
}}
***xdsme [#o0c3b402]
/apps/xdsの中に xdsme フォルダを作ってます。
git: [[https://github.com/legrandp/xdsme/>+https://github...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# git clone https://github.com/legrandp/xdsme...
[root@c xdsme]# ./compile.sh
}}
***bitshuffle plugin [#oe46839a]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# yum install Cython
[root@c src]# yum install h5py
[root@c src]# git clone https://github.com/kiyo-masui/bit...
[root@c src]# cd bitshuffle/bitshuffle/
[root@c bitshuffle]# cython ext.pyx
[root@c bitshuffle]# cython h5.pyx
[root@c bitshuffle]# cd ..
[root@c bitshuffle]# python setup.py install --h5plugin -...
[root@c bitshuffle]# ls -l /apps/xds/lib/
total 776
-rwxr-xr-x 1 root root 755176 Feb 6 22:57 libh5bshuf.so
-rwxr-xr-x 1 root root 35696 Feb 6 22:57 libh5LZF.so
[root@c bitshuffle]#
}}
***HDF5形式のファイルをXDSで扱う [#n9283d74]
参照先[[https://github.com/keitaroyam/yamtbx/blob/master/...
まずはHDF5のアプリをインストール
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install hdf5
}}
次にhdf5形式のファイルをxdsでも取り扱えるようにするDectri...
だが、参照先に記載のあるようにこれは使わず、代わりに互換...
#code(nonumber){{
取得先: https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/harry/imosflm/ver72...
[root@c src]# unzip -l eiger2cbf-linux.zip
Archive: eiger2cbf-linux.zip
Length Date Time Name
--------- ---------- ----- ----
3742075 05-17-2016 17:05 eiger2cbf
481 05-17-2016 17:04 Makefile
500 03-09-2016 20:51 Makefile.osx
4662 05-17-2016 17:43 README
--------- -------
3747718 4 files
[root@c src]#
[root@c src]# unzip eiger2cbf-linux.zip -d /tmp
Archive: eiger2cbf-linux.zip
inflating: /tmp/eiger2cbf
inflating: /tmp/Makefile
inflating: /tmp/Makefile.osx
inflating: /tmp/README
[root@c src]# cp /tmp/eiger2cbf /apps/xds/
}}
&color(magenta){H5ToXds};のラッパーを作る。中身はこんな感...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /apps/xds/H5ToXds
#!/bin/sh
/apps/xds/eiger2cbf $@ 2>/dev/null
[root@c ~]#
[root@c ~]# chmod +x /apps/xds/H5ToXds
}}
***HDF5形式のファイルをXDSで扱う（neggia plugin） [#vf8d2...
XDS plugin. xdsがH5ToXdsを経由せずhdf5にアクセスできるよ...
Dectris社様で提供しているバイナリを使用するか、自らコンパ...
ここではバイナリを作ってみます。&size(10){このソースの提...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install cmake3
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/dectris/neggia
[root@c src]# cd neggia/
[root@c neggia]# mkdir build && cd $_
[root@c build]# cmake3 .. && make
[root@c build]# cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-negg...
[root@c build]# (cd /usr/local/lib64; ln -s /apps/xds/dec...
}}
XDS.INPファイルの「LIB」と「DETECTOR」パラメータを下記の...
#code(nonumber){{
DETECTOR=EIGER
LIB=/usr/local/lib64/dectris-neggia.so # gitでコンパ...
}}
***memo EnvironmentModules [#c2d83ff0]
[[EnvironmentModules]]に組み込むには
#code(nonumber){{
[root@c ~]# vi /apps/modulefiles/xds
#%Module1.0
prepend-path PATH /apps/xds:/apps/xds/xdsme/bin/noarch
setenv HDF5_PLUGIN_PATH /apps/xds/lib/
}}
***Adxv [#k7110f21]
[[https://www.scripps.edu/tainer/arvai/adxv.html>+https:/...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://www.scripps.edu/tainer/arvai/a...
[root@c xds]# chmod +x adxv.x86_64CentOS7
[root@c xds]# ln -s adxv.x86_64CentOS7 adxv
}}
終了行:
本家様 [[http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/>+http://xds....
半人前にも至らぬ愚生が知ったかぶりで書くようで非常に恐縮...
回折データを指数付け(index)、積分(integrate)、スケーリン...
まあーそんなんだ、っのレベルである。いつかは理解したいも...
XYCORR, INIT, COLSPOT, IDXREF, DEFPIX, XPLAN, INTEGRATE, ...
各処理には各種のパラメータが用意され、それを記述したファ...
xdsのマニュアル
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_parameter...
各検出器によって使われるテンプレート一覧
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/xds_prepare.h...
https://code.google.com/p/xdsme/
***xds [#a2d21caa]
インストール先を /apps/xds にします。
関連アプリもすべてここに入れたいと思う。
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/src
[root@c src]# wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linu...
[root@c src]# tar xzf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz -C ...
[root@c src]# mv /apps/XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /apps/...
[root@c src]# cd /apps/xds
[root@c xds]# ls -l
合計 24084
total 28448
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1175380 Jan 22 01:18 2cbf
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 906769 Jan 22 01:18 cellparm
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 2747 Jan 22 01:14 forkxds
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1311034 Jan 22 01:17 mcolspot
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3235941 Jan 22 01:16 mcolspot_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1187163 Jan 22 01:18 merge2cbf
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1881612 Jan 22 01:17 mintegrate
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3782592 Jan 22 01:17 mintegrate_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 964696 Jan 22 01:18 pix2lab
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3182025 Jan 22 01:16 xds
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1167086 Jan 22 01:18 xdsconv
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 5022009 Jan 22 01:15 xds_par
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 1694335 Jan 22 01:18 xscale
-rwxr-xr-x 1 10206 3010 3591513 Jan 22 01:17 xscale_par
[root@c xds]#
}}
***xds-Viewer [#a0c242d8]
本家様 [[https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswik...
cmakeとQt4のライブラリが必要
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install cmake qt-devel
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# wget http://downloads.sourceforge.net/xds-v...
[root@c src]# tar xf xds-viewer-0.6.tar.gz && cd xds-view...
[root@c xds-viewer-0.6]# bash ./compile.sh
[root@c xds-viewer-0.6]# cp build/bin/xds-viewer /apps/...
}}
***Generate_XDS.INP [#u049f926]
[[https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index...
サイトにも記載されている下記コマンドで取ってくるのがいい...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x generate_XDS.INP
[root@c xds]# ls -l generate_XDS.INP
-rwxr-xr-x 1 root root 68478 Nov 8 04:05 generate_XDS.INP
[root@c xds]#
}}
***xdsstat [#n38697a5]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x xdsstat
}}
***xdsgui [#gdcf87a0]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://strucbio.biologie.uni-konstanz...
[root@c xds]# chmod +x xdsgui
}}
***xdsme [#o0c3b402]
/apps/xdsの中に xdsme フォルダを作ってます。
git: [[https://github.com/legrandp/xdsme/>+https://github...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# git clone https://github.com/legrandp/xdsme...
[root@c xdsme]# ./compile.sh
}}
***bitshuffle plugin [#oe46839a]
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# yum install Cython
[root@c src]# yum install h5py
[root@c src]# git clone https://github.com/kiyo-masui/bit...
[root@c src]# cd bitshuffle/bitshuffle/
[root@c bitshuffle]# cython ext.pyx
[root@c bitshuffle]# cython h5.pyx
[root@c bitshuffle]# cd ..
[root@c bitshuffle]# python setup.py install --h5plugin -...
[root@c bitshuffle]# ls -l /apps/xds/lib/
total 776
-rwxr-xr-x 1 root root 755176 Feb 6 22:57 libh5bshuf.so
-rwxr-xr-x 1 root root 35696 Feb 6 22:57 libh5LZF.so
[root@c bitshuffle]#
}}
***HDF5形式のファイルをXDSで扱う [#n9283d74]
参照先[[https://github.com/keitaroyam/yamtbx/blob/master/...
まずはHDF5のアプリをインストール
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install hdf5
}}
次にhdf5形式のファイルをxdsでも取り扱えるようにするDectri...
だが、参照先に記載のあるようにこれは使わず、代わりに互換...
#code(nonumber){{
取得先: https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/harry/imosflm/ver72...
[root@c src]# unzip -l eiger2cbf-linux.zip
Archive: eiger2cbf-linux.zip
Length Date Time Name
--------- ---------- ----- ----
3742075 05-17-2016 17:05 eiger2cbf
481 05-17-2016 17:04 Makefile
500 03-09-2016 20:51 Makefile.osx
4662 05-17-2016 17:43 README
--------- -------
3747718 4 files
[root@c src]#
[root@c src]# unzip eiger2cbf-linux.zip -d /tmp
Archive: eiger2cbf-linux.zip
inflating: /tmp/eiger2cbf
inflating: /tmp/Makefile
inflating: /tmp/Makefile.osx
inflating: /tmp/README
[root@c src]# cp /tmp/eiger2cbf /apps/xds/
}}
&color(magenta){H5ToXds};のラッパーを作る。中身はこんな感...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cat /apps/xds/H5ToXds
#!/bin/sh
/apps/xds/eiger2cbf $@ 2>/dev/null
[root@c ~]#
[root@c ~]# chmod +x /apps/xds/H5ToXds
}}
***HDF5形式のファイルをXDSで扱う（neggia plugin） [#vf8d2...
XDS plugin. xdsがH5ToXdsを経由せずhdf5にアクセスできるよ...
Dectris社様で提供しているバイナリを使用するか、自らコンパ...
ここではバイナリを作ってみます。&size(10){このソースの提...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# yum install cmake3
[root@c ~]# cd /apps/src/
[root@c src]# git clone https://github.com/dectris/neggia
[root@c src]# cd neggia/
[root@c neggia]# mkdir build && cd $_
[root@c build]# cmake3 .. && make
[root@c build]# cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-negg...
[root@c build]# (cd /usr/local/lib64; ln -s /apps/xds/dec...
}}
XDS.INPファイルの「LIB」と「DETECTOR」パラメータを下記の...
#code(nonumber){{
DETECTOR=EIGER
LIB=/usr/local/lib64/dectris-neggia.so # gitでコンパ...
}}
***memo EnvironmentModules [#c2d83ff0]
[[EnvironmentModules]]に組み込むには
#code(nonumber){{
[root@c ~]# vi /apps/modulefiles/xds
#%Module1.0
prepend-path PATH /apps/xds:/apps/xds/xdsme/bin/noarch
setenv HDF5_PLUGIN_PATH /apps/xds/lib/
}}
***Adxv [#k7110f21]
[[https://www.scripps.edu/tainer/arvai/adxv.html>+https:/...
#code(nonumber){{
[root@c ~]# cd /apps/xds
[root@c xds]# wget https://www.scripps.edu/tainer/arvai/a...
[root@c xds]# chmod +x adxv.x86_64CentOS7
[root@c xds]# ln -s adxv.x86_64CentOS7 adxv
}}
ページ名:
1
![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
