![[PukiWiki]](image/picc.png "[PukiWiki]")
本家様 https://github.com/CellArchLab/slabify-et
A CLI tool to segment the lamella slab in cryo-ET volumes
conda環境で構築するようで、ここではpyenv-anaconda/miniforge3でconda環境を敷いている.
っで
git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /apps/pyenv
export PYENV_ROOT=/apps/pyenv
export PATH=$PYENV_ROOT/bin:$PATH
pyenv install miniforge3-25.3.1-0
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.sh
conda update conda
(既に環境があるなら)
source /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/etc/profile.d/conda.shその上で slabify-et を構築します
conda create -n slabify python=3.12
conda activate slabify
cd /apps/src
git clone https://github.com/CellArchLab/slabify-et.git
cd slabify-et
pip install .Environment-modules
「/apps/modulefiles/slabify」
#%Module
module load IMOD
set root /apps/pyenv/versions/miniforge3-25.3.1-0/envs/slabify
prepend-path PATH $root/bin
